genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317789--8317887	34	2.9	34	72	13	94	26	4	34	35	1.75
8320835--8320936	50	2.0	50	98	0	195	22	10	20	46	1.82
8323307--8323337	12	2.6	12	100	0	62	32	35	25	6	1.82
8327430--8327479	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
8327450--8327508	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
8328042--8328080	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
8330985--8331046	29	2.1	31	82	11	76	37	0	3	59	1.13
8331024--8331048	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8335601--8335708	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
8342821--8342923	44	2.3	45	84	3	127	31	21	13	33	1.92
8342843--8342928	46	1.9	44	90	4	136	29	24	13	32	1.94
8344668--8344705	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
8344842--8344877	13	2.6	15	79	20	51	52	16	0	30	1.44
8344845--8344876	13	2.5	13	95	5	57	53	18	0	28	1.45
8349479--8349525	7	6.7	7	90	0	58	29	0	0	70	0.88
8349479--8349525	14	3.4	14	84	0	67	29	0	0	70	0.88
8350212--8350252	21	2.0	21	90	0	64	26	53	4	14	1.61
8350233--8350279	15	3.2	15	77	14	53	36	44	4	14	1.65
8350274--8350390	7	16.4	7	69	10	67	47	27	0	23	1.57
8350763--8350868	39	2.7	40	81	7	119	27	17	21	33	1.96
8350749--8351000	132	1.9	134	89	1	391	25	17	21	34	1.96
8356169--8356276	26	4.2	26	98	0	198	30	5	26	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8357871--8358015	54	2.7	54	92	2	238	16	24	24	35	1.95
8357875--8358033	27	5.9	27	80	11	175	18	24	22	34	1.96
8357875--8358033	81	2.0	80	82	8	198	18	24	22	34	1.96
8360941--8361217	46	5.8	49	74	11	213	25	18	30	25	1.98
8361085--8361216	50	2.7	50	77	10	137	25	19	30	25	1.98
8366531--8366743	105	2.0	105	97	0	399	26	12	18	42	1.86
8367243--8367276	17	2.0	17	88	0	50	35	0	20	44	1.52
8371029--8371063	13	2.7	13	86	0	52	45	0	2	51	1.16
8376032--8376211	33	5.5	32	80	9	186	31	23	10	35	1.88
8376056--8376250	32	6.0	32	83	6	187	32	23	11	32	1.91
8376606--8376659	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
8383039--8383229	95	2.0	95	98	0	373	30	19	16	32	1.94
8398189--8398249	27	2.3	27	85	0	77	36	16	19	27	1.93
8407368--8407509	39	3.6	39	83	2	187	31	16	16	35	1.91
8409455--8409498	11	3.5	13	79	20	58	2	25	0	72	0.96
8409461--8409506	11	4.2	11	78	15	51	2	23	0	73	0.94
8409519--8409554	4	9.0	4	93	0	54	5	25	0	69	1.10
8411067--8411207	57	2.5	57	80	5	151	24	18	24	33	1.97
8412367--8412416	21	2.4	21	100	0	100	16	32	36	16	1.90
8412341--8412459	22	5.5	22	82	2	125	17	32	31	18	1.94
8413125--8413551	75	5.8	75	80	4	424	31	15	16	37	1.90
8413149--8413551	37	10.8	37	80	1	367	31	15	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8413125--8413551	149	2.9	148	83	2	504	31	15	16	37	1.90
8413174--8413539	112	3.3	110	77	5	378	32	15	15	36	1.89
8416484--8416557	30	2.5	30	91	8	125	12	35	31	21	1.90
8417383--8417499	62	1.9	59	86	5	162	41	4	3	50	1.38
8420896--8420939	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
8420966--8420999	15	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
8421032--8421088	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
8422565--8422612	20	2.5	20	82	3	53	60	4	2	33	1.27
8427541--8427598	29	2.0	30	86	3	82	41	17	6	34	1.76
8429642--8429685	21	2.2	20	83	4	52	43	6	2	47	1.42
8447149--8447189	18	2.4	17	87	4	55	56	0	0	43	0.99
8448223--8448295	21	3.4	22	86	7	87	17	24	26	31	1.97
8448236--8448295	21	2.8	21	92	5	93	15	25	28	31	1.95
8459458--8459490	16	1.9	18	88	11	52	15	15	21	48	1.81
8461438--8461535	18	5.5	18	74	2	90	40	17	9	32	1.81
8461545--8461615	18	3.9	18	69	10	54	43	14	9	32	1.78
8461561--8461612	18	2.8	19	79	5	70	50	9	7	32	1.64
8461734--8461854	53	2.3	53	84	2	163	42	23	19	15	1.89
8465150--8465318	46	3.7	46	76	15	186	22	20	27	28	1.99
8465147--8465317	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	28	1.99
8472844--8472970	42	3.0	42	78	6	139	29	14	26	28	1.96
8487909--8488057	77	1.9	77	87	0	217	48	11	11	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8489450--8489484	18	1.9	18	88	0	52	5	48	0	45	1.26
8495649--8495727	39	2.0	39	95	0	140	29	11	20	39	1.87
8499457--8499492	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
8499574--8499616	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
8499721--8499758	14	2.7	15	92	8	62	42	5	2	50	1.39
8501913--8501951	12	3.2	12	92	0	69	33	20	0	46	1.51
8502585--8502630	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
8502874--8502922	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
8502937--8503027	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
8507984--8509443	120	12.2	120	98	0	2764	43	2	6	47	1.40
8508793--8508827	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8509152--8509186	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8507984--8509443	719	2.0	718	98	0	2794	43	2	6	47	1.40
8509392--8509426	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8509591--8509681	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
8509662--8509713	16	3.2	16	94	5	95	36	38	0	25	1.56
8516298--8516343	23	2.0	23	95	0	83	21	21	19	36	1.95
8516587--8516635	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
8516650--8516740	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
8521698--8523037	120	11.2	120	98	0	2535	43	2	6	47	1.40
8521698--8523037	359	3.7	359	98	0	2556	43	2	6	47	1.40
8522506--8522540	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8522986--8523020	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8523185--8523270	44	1.9	45	85	2	120	36	29	6	27	1.83
8523256--8523324	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
8523256--8523324	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
8524125--8524167	19	2.3	18	84	4	59	60	4	0	34	1.17
8524124--8524178	19	2.9	18	81	10	56	58	3	0	38	1.16
8526335--8526378	13	3.5	13	75	12	56	70	6	6	15	1.31
8528286--8528336	25	2.0	25	96	0	93	41	1	11	45	1.52
8528290--8528343	25	2.2	25	89	0	81	37	5	12	44	1.66
8528774--8528833	26	2.3	26	88	0	93	20	23	18	38	1.93
8528927--8528985	24	2.5	24	100	0	118	16	25	20	37	1.93
8528995--8529049	25	2.2	25	77	6	58	20	25	23	30	1.98
8530160--8530192	12	2.8	12	100	0	66	54	0	15	30	1.41
8547901--8547928	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
8551623--8551676	23	2.4	22	79	11	56	37	3	11	48	1.57
8559603--8559701	49	2.0	49	92	0	162	33	25	17	24	1.96
8564341--8564471	27	4.8	28	84	7	160	25	16	25	33	1.95
8565966--8566010	20	2.2	20	92	0	72	11	26	40	22	1.87
8566626--8566662	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
8568819--8569046	46	5.0	46	88	1	305	40	14	22	22	1.90
8570439--8570535	40	2.5	39	78	8	110	31	26	22	18	1.97
8571700--8571738	3	12.7	3	94	5	69	64	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8577662--8577758	40	2.5	39	81	8	110	30	28	23	16	1.96
8578935--8578967	15	2.3	14	94	5	57	66	0	6	27	1.15
8580390--8580434	22	2.0	22	91	0	72	31	28	11	28	1.91
8580704--8580737	13	2.6	13	95	0	59	29	38	29	2	1.72
8587037--8587076	21	1.9	21	85	10	55	30	22	20	27	1.98
8590020--8590136	62	1.9	60	84	5	155	48	3	5	42	1.42
8590115--8590222	11	9.4	11	67	25	55	54	1	1	41	1.22
8609315--8609470	23	6.9	23	82	7	187	32	16	25	26	1.96
8609328--8609481	68	2.3	68	90	1	238	33	16	25	25	1.96
8609316--8609514	23	8.8	23	76	15	96	31	17	24	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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