genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101150898--101150952	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
101150904--101150952	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
101150805--101151126	156	2.1	156	95	0	581	44	3	6	46	1.44
101151074--101151108	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
101150991--101151256	137	1.9	138	89	2	410	44	3	4	47	1.38
101151012--101151290	137	2.0	135	81	8	314	45	5	3	45	1.42
101154478--101154789	145	2.2	145	95	0	561	34	9	8	47	1.67
101154705--101154829	64	2.0	64	95	0	223	31	8	8	51	1.64
101157832--101157893	22	2.8	22	77	18	65	53	0	0	46	1.00
101164853--101164886	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
101169492--101169525	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
101171130--101171177	24	2.0	24	100	0	96	41	37	0	20	1.53
101189079--101189137	21	2.9	21	82	7	59	69	0	3	27	1.04
101189121--101189169	18	2.8	18	75	3	55	67	2	2	28	1.13
101189599--101189651	27	1.9	27	85	11	72	28	1	1	67	1.11
101196393--101196450	29	2.0	29	86	0	80	43	10	3	43	1.55
101197825--101197874	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
101202464--101202513	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
101204213--101204254	18	2.4	17	88	11	59	42	2	2	52	1.27
101212796--101212838	21	2.0	21	95	0	77	44	16	13	25	1.85
101213315--101213816	268	1.9	265	90	3	803	21	15	16	46	1.84
101216094--101216126	6	5.7	6	96	3	59	0	0	66	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101220694--101220730	18	1.9	19	89	10	58	48	5	2	43	1.40
101231885--101232006	61	2.0	60	84	6	158	40	19	18	21	1.92
101232346--101232390	4	11.2	4	100	0	90	48	26	0	24	1.51
101236043--101236068	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
101236400--101236433	17	1.9	18	88	5	52	26	0	5	67	1.13
101236399--101236433	18	1.9	18	88	11	54	25	0	5	68	1.11
101239079--101239135	15	3.9	15	86	2	80	36	0	10	52	1.36
101239508--101239571	20	3.1	21	81	4	76	15	21	26	35	1.94
101243628--101243676	24	2.1	23	85	11	64	30	22	24	22	1.99
101243633--101243750	24	4.8	24	71	14	80	33	20	25	21	1.97
101243802--101243877	26	2.9	26	80	3	82	38	21	22	18	1.94
101244316--101244360	21	2.2	20	88	4	63	42	15	0	42	1.47
101244324--101244362	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
101247802--101247826	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
101252833--101252947	59	1.9	59	92	0	194	32	10	11	46	1.74
101256251--101256289	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
101259375--101259399	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
101275824--101275854	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
101275934--101275964	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
101278242--101278287	24	1.9	24	82	8	58	41	4	2	52	1.33
101285454--101285479	8	3.2	8	100	0	52	26	15	23	34	1.94
101288778--101288805	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101306166--101306253	5	18.8	5	88	11	134	39	0	0	60	0.97
101306167--101306262	23	4.2	23	88	11	137	40	0	0	59	0.97
101306166--101306262	28	3.4	27	91	8	149	40	0	0	59	0.97
101306271--101306366	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
101307074--101307131	30	1.9	30	92	0	98	43	3	24	29	1.70
101307343--101307374	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
101307468--101307710	50	4.7	50	84	5	281	27	24	28	19	1.99
101307468--101307718	100	2.4	103	87	6	357	26	23	28	20	1.99
101319405--101319449	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
101339565--101339598	15	2.3	15	100	0	68	29	0	0	70	0.87
101339584--101339624	22	2.0	21	85	9	57	46	0	2	51	1.14
101339850--101339898	23	2.1	23	84	0	62	71	4	2	22	1.13
101341614--101341680	30	2.2	31	86	2	91	40	0	7	52	1.30
101344240--101344272	5	6.6	5	96	0	57	75	0	0	24	0.80
101344433--101344531	47	2.1	48	90	7	157	55	7	2	35	1.39
101344722--101344766	19	2.3	19	85	11	56	60	2	8	28	1.39
101371569--101371729	70	2.3	70	85	2	216	29	11	23	35	1.90
101371569--101371691	35	3.5	35	95	0	219	28	9	25	36	1.88
101378466--101378626	35	4.6	35	88	1	216	35	24	11	28	1.91
101382949--101382990	14	2.9	14	82	13	50	38	0	2	59	1.10
101387816--101387840	10	2.5	10	100	0	50	72	20	8	0	1.10
101391168--101391208	20	2.0	21	85	4	57	21	19	9	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101401869--101401917	21	2.4	20	80	10	55	69	0	6	24	1.11
101401858--101401922	27	2.4	28	74	10	71	70	0	4	24	1.06
101401869--101401924	20	2.7	22	74	17	57	67	0	5	26	1.11
101404521--101404678	51	3.1	51	93	0	262	32	15	22	29	1.95
101420426--101420470	23	1.9	24	86	4	65	28	2	0	68	1.01
101420451--101420492	21	2.0	21	86	9	59	33	2	0	64	1.07
101420459--101420493	16	2.1	16	89	10	52	37	2	0	60	1.12
101436825--101436872	15	3.1	15	75	3	51	16	2	6	75	1.11
101456410--101456516	54	2.0	54	84	0	142	40	5	28	26	1.78
101456836--101456895	29	2.1	28	79	14	68	50	16	6	26	1.70
101463762--101463875	60	1.9	60	80	7	133	41	8	6	43	1.60
101467201--101467301	53	1.9	53	84	8	134	57	8	3	29	1.48
101472238--101472298	31	2.0	31	83	0	77	34	11	9	44	1.74
101485230--101485291	19	3.2	19	82	8	63	19	1	3	75	1.02
101485503--101485538	6	5.8	6	87	6	54	66	0	0	33	0.92
101486188--101486253	34	2.0	34	93	3	116	40	9	19	30	1.83
101486433--101486491	31	1.9	31	85	0	82	27	15	16	40	1.89
101487710--101487825	52	2.2	52	96	0	214	38	15	18	26	1.91
101488169--101488351	51	3.5	50	74	12	170	32	21	19	26	1.97
101488213--101488396	51	3.5	54	75	12	168	30	22	19	28	1.98
101489564--101489637	34	2.2	34	90	0	112	32	27	13	27	1.94
101489716--101489779	27	2.4	27	94	0	110	21	21	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101489873--101489988	31	3.7	31	86	4	162	27	27	17	27	1.97
101490006--101490093	33	2.7	33	83	1	124	26	21	12	39	1.89
101492702--101492815	51	2.2	51	92	0	183	32	13	23	30	1.93
101496862--101496890	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
101497271--101497311	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
101497642--101497691	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
101497688--101497720	10	3.4	10	95	4	59	51	6	0	42	1.26
101501817--101501963	31	4.7	31	91	0	231	27	28	17	26	1.97
101501956--101502068	33	3.5	31	81	11	113	26	23	12	38	1.90
101501981--101502068	33	2.7	33	87	1	133	25	22	12	39	1.89
101504679--101504792	51	2.2	51	95	0	201	33	14	23	28	1.94
101507674--101507849	46	3.7	46	77	9	181	32	17	21	28	1.96
101507765--101507971	109	2.0	105	86	7	294	33	16	18	30	1.94
101507765--101508004	109	2.3	108	83	7	287	30	17	20	32	1.95
101508550--101508682	50	2.5	51	80	9	144	27	18	21	33	1.96
101508601--101508736	54	2.6	51	83	5	150	22	19	19	39	1.92
101511548--101511591	20	2.3	19	84	4	52	25	13	31	29	1.94
101511648--101511753	32	3.4	33	71	20	120	22	21	29	26	1.99
101511620--101511782	60	2.7	60	95	0	290	24	19	28	27	1.99
101511616--101511720	28	3.7	26	71	21	86	24	20	28	26	1.99
101512682--101512915	108	2.2	106	79	3	254	34	17	20	27	1.95
101513131--101513181	17	3.4	17	65	30	51	60	23	3	11	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101513130--101513194	28	2.3	29	97	2	123	61	23	3	12	1.45
101515862--101516007	53	3.0	48	77	13	127	30	27	15	26	1.96
101515897--101516047	53	2.8	53	85	4	187	31	26	15	27	1.96
101518097--101518361	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
101518689--101518753	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
101518696--101518753	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
101525718--101525767	26	1.9	26	95	0	91	30	34	24	12	1.91
101525583--101525845	103	2.6	102	90	3	393	30	30	20	19	1.97
101526172--101526236	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
101526179--101526236	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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