genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  52  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14874563--14874615	23	2.3	25	75	18	60	43	1	3	50	1.30
14876474--14876555	42	2.0	42	82	4	103	47	18	19	14	1.82
14876557--14876624	21	3.2	21	72	12	59	41	13	22	23	1.89
14877131--14877228	49	2.0	49	100	0	196	22	28	6	42	1.77
14878097--14878130	16	2.1	17	89	10	54	35	0	0	64	0.94
14884058--14884220	35	4.7	35	86	4	186	31	10	24	33	1.89
14891507--14891665	35	4.6	35	87	3	214	31	11	24	32	1.91
14891508--14891665	69	2.3	70	88	1	228	31	11	24	32	1.91
14901762--14902284	266	2.0	266	96	0	974	27	18	22	31	1.97
14903620--14903663	17	2.5	17	85	10	54	68	2	0	29	1.02
14916619--14916667	25	2.0	25	87	0	71	24	22	18	34	1.96
14917553--14917649	42	2.3	42	85	0	131	15	24	34	25	1.95
14922214--14922245	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
14927991--14928259	46	5.8	46	80	7	314	22	19	27	30	1.98
14927989--14928252	93	2.9	92	85	5	347	22	19	28	30	1.98
14927991--14928259	91	2.9	91	86	4	346	22	19	27	30	1.98
14928992--14929033	21	2.0	21	95	0	75	28	14	21	35	1.92
14929635--14929666	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
14931148--14931209	28	2.2	28	91	0	97	12	17	9	59	1.59
14931200--14931232	13	2.4	14	90	5	50	6	21	0	72	1.05
14931853--14931883	16	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
14938522--14938768	134	1.8	134	97	0	467	47	12	15	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14941856--14941917	24	2.6	24	80	7	72	35	27	14	22	1.93
14945365--14945453	27	3.2	27	64	14	72	35	17	7	38	1.79
14945334--14945497	57	2.9	57	100	0	328	39	15	6	38	1.74
14964579--14964633	16	3.4	16	89	0	83	36	7	27	29	1.84
14968417--14968445	14	2.0	15	93	6	51	68	3	0	27	1.05
14986324--14986400	38	2.0	38	100	0	154	28	25	10	35	1.89
14987884--14987953	35	2.0	35	88	5	106	34	2	5	57	1.37
14998830--14998872	4	10.8	4	82	9	52	81	0	0	18	0.69
14998828--14998874	10	4.4	11	78	21	55	82	0	0	17	0.66
14999689--15000417	88	8.3	87	88	2	1012	34	21	23	21	1.97
15000288--15000553	44	6.0	45	70	9	170	36	21	23	19	1.95
15000303--15000552	134	1.9	135	93	0	430	34	21	24	19	1.96
15000654--15000761	45	2.4	45	87	0	162	31	21	20	26	1.98
15000748--15000944	86	2.3	87	87	1	279	33	22	20	23	1.97
15001036--15001162	44	2.9	44	69	13	125	30	26	18	24	1.98
15001004--15001254	88	2.9	88	92	1	396	27	25	20	25	1.99
15002738--15002807	35	2.0	35	91	5	115	32	2	5	58	1.36
15002966--15002997	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
15003068--15003100	7	4.9	7	85	7	50	15	0	0	84	0.61
15005772--15005805	11	3.2	11	95	4	61	67	0	0	32	0.91
15007780--15007890	25	4.5	25	78	5	102	32	18	27	21	1.97
15011055--15011096	20	2.0	21	82	13	52	47	2	7	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15011873--15011954	26	3.2	26	98	0	155	30	4	26	37	1.77
15013439--15013491	26	2.0	25	82	13	63	35	22	15	26	1.93
15016310--15016419	42	2.6	42	92	0	184	34	24	18	22	1.96
15016510--15016550	14	3.0	14	76	16	50	51	17	0	31	1.46
15016510--15016572	28	2.2	30	86	11	87	50	19	0	30	1.47
15026957--15027026	24	2.9	24	91	0	113	21	12	32	32	1.91
15028549--15028585	18	2.0	18	89	5	56	29	0	2	67	1.04
15032824--15032865	19	2.2	19	86	4	57	35	0	2	61	1.09
15037410--15037577	85	2.0	85	83	2	212	28	20	17	33	1.95
15037401--15037577	44	4.1	43	75	9	153	28	19	16	35	1.94
15037642--15037757	44	2.6	45	86	1	153	31	24	18	26	1.97
15038280--15038475	65	3.0	65	91	0	311	50	9	18	21	1.76
15042297--15042392	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
15042678--15042718	22	1.9	21	90	5	64	31	19	0	48	1.49
15042776--15042833	15	3.8	15	86	2	80	53	10	0	36	1.35
15043929--15043984	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
15043928--15043981	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
15044293--15044339	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
15045461--15045612	80	1.9	80	94	2	270	51	2	15	30	1.57
15051285--15051362	39	2.0	39	94	0	138	19	24	21	34	1.96
15057730--15057854	44	2.8	44	87	0	178	24	16	11	47	1.80
15068912--15068957	24	1.9	24	95	0	83	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15068911--15068957	9	5.8	8	83	14	60	74	0	0	25	0.82
15074971--15074999	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
15088022--15088181	42	3.8	41	77	6	133	18	24	15	41	1.89
15088040--15088138	21	4.7	21	72	5	83	21	24	15	39	1.91
15088041--15088180	63	2.2	63	75	5	140	20	22	15	42	1.89
15088658--15088794	72	1.9	73	90	1	222	24	27	20	28	1.99
15088830--15088958	67	1.9	67	89	6	199	26	26	27	20	1.99
15092443--15092528	40	2.2	39	87	2	118	24	17	29	29	1.97
15102861--15102964	42	2.5	42	82	1	120	17	22	16	44	1.87
15102908--15103023	20	5.8	20	79	5	108	12	21	21	44	1.84
15102892--15103023	42	3.2	41	80	3	142	13	21	20	44	1.85
15124692--15124722	12	2.6	12	94	0	53	48	9	9	32	1.69
15125904--15125951	23	2.1	23	100	0	96	16	4	20	58	1.55
15129419--15129504	42	2.0	42	93	0	145	38	16	13	31	1.88
15136002--15136059	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
15138997--15139026	15	2.0	15	93	0	51	30	26	0	43	1.55
15140122--15140178	24	2.6	22	86	13	82	12	19	22	45	1.83
15142870--15142925	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
15147727--15148166	47	9.4	47	93	1	731	32	8	30	28	1.87
15147733--15148109	186	2.0	186	97	0	709	32	8	29	29	1.87
15148285--15148363	37	2.1	37	88	9	117	27	18	29	24	1.98
15154320--15154375	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15157552--15157661	26	4.2	26	91	2	168	33	4	25	36	1.76
15159282--15159394	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
15159280--15159394	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
15159456--15159495	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
15174101--15174125	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15177233--15177371	60	2.3	59	85	8	183	28	20	25	25	1.99
15183441--15183500	31	1.9	32	83	10	79	43	16	3	36	1.65
15187437--15187525	44	2.0	44	100	0	178	22	23	17	35	1.95
15191350--15191387	19	2.0	19	94	0	67	50	15	7	26	1.72
15199324--15199384	32	1.9	32	86	3	88	54	1	11	32	1.46
15199468--15199516	22	2.2	22	82	10	55	69	8	8	14	1.36
15202506--15202675	46	3.7	45	89	6	227	29	20	27	22	1.98
15202748--15202869	49	2.5	49	82	2	147	28	23	26	21	1.99
15205836--15205870	17	2.1	17	88	0	52	25	5	22	45	1.74
15206956--15207019	21	3.2	21	60	13	53	39	9	10	40	1.73
15208858--15208895	19	2.0	19	100	0	76	42	5	5	47	1.48
15209190--15209244	22	2.4	22	82	11	58	41	0	3	54	1.18
15209296--15209333	2	19.0	2	84	10	51	47	5	0	47	1.24
15209296--15209333	12	3.2	12	88	0	58	47	5	0	47	1.24
15209939--15210003	16	3.9	16	69	15	51	64	4	0	30	1.14
15211412--15211580	54	3.1	54	82	3	207	40	15	28	15	1.88
15211935--15212014	39	2.1	39	95	0	142	28	5	31	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15211974--15212299	180	1.8	177	86	3	474	30	12	27	28	1.93
15213754--15213812	29	2.0	30	90	3	93	33	3	6	55	1.43
15215667--15215707	15	2.7	15	82	17	50	17	0	9	73	1.09
15215678--15215708	16	2.0	16	93	6	55	16	0	12	70	1.16
15218337--15219802	731	2.0	731	99	0	2923	27	24	16	31	1.97
15224279--15224328	19	2.9	18	82	14	61	38	0	4	58	1.17
15224863--15224906	18	2.4	19	80	7	54	20	18	20	40	1.91
15226072--15226096	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15226809--15227294	241	2.0	241	87	3	692	43	10	17	29	1.82
15227402--15227444	23	2.0	21	81	9	50	62	0	6	30	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311