genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12894182--12894373	96	2.0	96	96	0	357	40	13	21	24	1.90
12896875--12896928	22	2.5	21	85	5	72	38	22	9	29	1.85
12900617--12900656	20	2.0	20	85	0	53	7	25	22	45	1.78
12902230--12902267	20	1.9	19	89	5	58	34	13	23	28	1.92
12903456--12903498	11	4.0	11	79	14	54	51	2	0	46	1.13
12903524--12903585	20	3.2	20	77	13	76	32	0	4	62	1.16
12904827--12904866	6	6.5	6	88	5	62	42	57	0	0	0.98
12904826--12904867	13	3.3	13	90	6	68	40	59	0	0	0.97
12906516--12906546	6	5.2	6	100	0	62	32	0	35	32	1.58
12911063--12911096	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
12913134--12913327	96	2.0	95	85	4	255	36	16	11	35	1.85
12913464--12913698	117	2.0	118	90	2	375	34	18	11	36	1.87
12918172--12918222	5	10.4	5	95	4	95	41	0	0	58	0.98
12918383--12918409	9	3.0	9	100	0	54	33	0	22	44	1.53
12919502--12919558	15	3.9	15	83	2	80	35	1	12	50	1.50
12919499--12919556	30	2.0	28	90	6	89	32	1	12	53	1.48
12919930--12919995	21	3.0	22	72	16	73	13	19	24	42	1.87
12924242--12924408	35	4.6	35	84	8	192	31	10	23	33	1.89
12924253--12924369	40	3.0	40	84	10	131	30	10	25	33	1.89
12924242--12924412	75	2.4	74	83	7	208	32	11	23	33	1.90
12926188--12926222	15	2.2	16	95	5	63	62	0	8	28	1.24
12930057--12930095	16	2.6	16	88	8	55	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12930057--12930095	15	2.5	15	83	4	51	71	0	0	28	0.86
12930654--12930694	22	1.9	22	85	5	57	56	4	0	39	1.21
12930997--12931054	24	2.4	25	77	13	68	43	0	0	56	0.99
12942669--12942695	13	2.1	13	100	0	54	40	14	22	22	1.90
12943047--12943102	25	2.5	21	74	20	58	33	26	8	30	1.87
12943052--12943101	25	2.0	25	100	0	100	36	24	8	32	1.84
12943478--12943525	21	2.4	21	86	13	66	47	2	10	39	1.49
12944809--12944884	38	2.0	38	100	0	152	31	10	15	42	1.81
12945934--12945979	12	3.2	15	73	20	53	21	0	8	69	1.15
12945930--12945981	21	2.4	21	81	18	70	23	0	7	69	1.14
12945975--12946014	22	1.9	21	85	10	55	37	12	0	50	1.41
12946083--12946137	24	2.3	23	81	9	65	27	5	7	60	1.46
12949889--12949936	19	2.5	19	86	6	62	31	18	4	45	1.68
12958340--12958435	45	2.1	45	82	3	113	30	18	20	30	1.97
12958157--12958645	227	2.2	225	82	4	590	31	19	20	28	1.97
12960479--12960518	22	1.9	22	90	10	66	37	15	0	47	1.45
12960589--12960644	24	2.3	23	79	8	67	26	5	7	60	1.44
12962449--12962486	20	1.9	19	89	5	58	23	39	18	18	1.92
12962953--12962998	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12962960--12963004	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12970433--12970473	20	2.0	21	85	4	57	9	21	2	65	1.34
12985852--12985883	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12988725--12988764	21	1.9	21	89	0	62	20	15	7	57	1.61
12989962--12989986	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12994621--12994645	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
13001675--13001914	114	2.1	114	89	3	367	30	23	20	25	1.98
13001957--13002002	22	2.1	22	91	0	74	28	13	23	34	1.92
13002148--13002474	29	11.4	29	75	2	257	28	23	23	24	2.00
13002136--13002474	58	5.9	58	78	2	299	28	23	23	25	2.00
13006967--13007000	11	3.1	11	86	0	50	79	0	17	2	0.86
13007496--13007528	13	2.3	15	90	10	52	48	6	0	45	1.27
13009098--13009136	21	1.9	20	84	5	51	38	2	0	58	1.12
13014944--13014995	26	2.0	26	82	14	63	36	1	9	51	1.46
13017146--13017190	20	2.2	21	88	4	65	53	8	13	24	1.68
13017247--13017293	20	2.3	21	88	3	69	59	4	14	21	1.52
13019358--13019457	50	2.0	50	92	1	166	30	17	22	31	1.96
13020471--13020509	20	2.0	20	90	5	62	35	12	2	48	1.55
13020569--13020637	20	3.5	20	81	0	75	49	5	17	27	1.69
13020547--13020656	40	2.7	41	75	12	111	48	6	20	25	1.73
13020550--13020655	20	5.3	19	75	6	68	48	5	20	25	1.72
13021420--13021458	21	1.9	21	94	5	71	51	10	12	25	1.71
13021420--13021476	20	2.8	20	84	10	71	50	10	12	26	1.72
13030978--13031050	6	11.5	6	78	11	74	78	4	4	13	1.05
13030979--13031059	33	2.4	32	78	17	85	77	3	4	13	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13030978--13031036	19	3.0	19	87	9	75	79	5	0	15	0.89
13032555--13032598	19	2.4	19	80	3	54	70	2	6	20	1.21
13033095--13033136	13	3.2	13	80	10	50	73	0	23	2	0.94
13048421--13048532	45	2.5	45	78	7	129	37	16	22	24	1.93
13048930--13048969	13	2.8	15	77	14	57	57	0	7	35	1.27
13049897--13049974	36	2.2	36	97	2	149	42	5	24	28	1.76
13050405--13050457	20	2.6	21	85	11	74	18	16	15	49	1.80
13050432--13050512	42	1.9	42	84	0	108	23	20	11	44	1.84
13050440--13050516	21	3.7	20	68	16	57	22	19	12	45	1.84
13050434--13050546	42	2.7	42	79	5	104	23	24	11	39	1.88
13051597--13051745	73	2.0	73	89	0	226	34	6	18	40	1.76
13054203--13054227	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
13054832--13054876	25	1.9	23	82	13	56	40	0	15	44	1.47
13054891--13054969	39	2.0	39	97	0	149	48	3	17	30	1.65
13077081--13077201	64	1.9	64	84	3	163	33	25	12	28	1.92
13079060--13079118	18	3.2	17	77	20	57	40	0	5	54	1.23
13079223--13079267	23	1.9	24	81	4	56	26	2	6	64	1.30
13079309--13079333	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
13079429--13079469	21	2.0	21	90	0	64	41	21	9	26	1.84
13082199--13082233	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
13082423--13082447	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13083372--13083559	43	4.4	43	87	2	252	36	15	18	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13083527--13083697	35	4.7	35	76	13	173	38	15	16	29	1.90
13083483--13083694	113	1.9	113	94	0	379	37	16	16	29	1.91
13083745--13083818	38	1.9	38	88	0	112	37	20	13	28	1.90
13090909--13091002	43	2.2	43	88	3	145	42	19	14	23	1.88
13092400--13092441	21	2.0	21	86	9	59	45	16	9	28	1.79
13094229--13094273	19	2.4	19	81	11	65	28	4	0	66	1.11
13094229--13094279	19	2.7	19	78	6	59	29	3	0	66	1.09
13094588--13094657	37	1.9	36	82	8	88	68	8	2	20	1.29
13096973--13097055	41	2.0	41	95	0	148	38	12	14	34	1.83
13099355--13099379	12	2.1	12	100	0	50	0	20	0	80	0.72
13099786--13099824	3	13.0	3	94	0	51	7	33	0	58	1.26
13107404--13107442	3	13.0	3	89	10	62	35	0	0	64	0.94
13108924--13108988	22	3.0	22	84	13	89	18	26	18	36	1.94
13110363--13110405	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
13110695--13110759	26	2.5	26	80	10	69	27	13	26	32	1.94
13114810--13114879	35	2.0	35	100	0	140	40	20	11	28	1.87
13118338--13118394	30	1.9	30	88	0	87	29	22	5	42	1.76
13121736--13121796	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
13126139--13126199	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
13127461--13127494	15	2.4	14	90	5	50	61	5	11	20	1.50
13132806--13132890	26	3.3	26	100	0	170	42	3	22	31	1.70
13135451--13135517	22	3.0	22	82	8	91	17	26	16	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13139996--13140027	7	4.6	7	100	0	64	56	0	0	43	0.99
13140538--13140592	22	2.5	22	93	3	92	54	12	1	30	1.48
13143161--13143225	26	2.5	26	84	2	85	21	16	18	43	1.88
13143302--13143363	24	2.6	24	80	10	72	16	22	19	41	1.89
13143177--13143359	73	2.5	74	71	12	169	20	22	20	36	1.95
13152778--13152914	46	3.0	46	90	0	211	26	30	8	34	1.87
13152888--13153078	47	4.1	47	88	1	240	26	28	9	35	1.87
13156445--13156731	40	6.9	40	84	8	367	24	29	22	23	1.99
13156617--13156718	51	2.0	51	98	0	195	18	29	26	25	1.98
13158221--13158357	46	3.0	46	91	0	220	25	31	8	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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