genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73682643--73682783	51	2.7	52	86	2	194	17	23	18	41	1.90
73691013--73691178	35	4.6	35	76	8	154	31	11	23	33	1.90
73691013--73691183	75	2.4	75	80	7	185	31	11	22	33	1.90
73692606--73692645	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
73694526--73694558	16	2.1	16	100	0	66	6	24	12	57	1.57
73694526--73694562	16	2.5	15	87	12	51	5	21	16	56	1.59
73697028--73697174	33	4.5	33	83	2	118	29	22	14	33	1.94
73697025--73697174	66	2.3	66	80	3	160	30	22	14	33	1.94
73704078--73704122	22	2.0	22	82	8	54	48	15	0	35	1.45
73704587--73704718	33	4.0	33	84	2	113	31	20	15	32	1.94
73706396--73706470	12	7.1	10	77	11	55	72	1	6	20	1.15
73706545--73706573	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
73713384--73713956	137	4.2	137	95	1	979	33	8	29	28	1.87
73713384--73713956	47	12.4	47	85	8	795	33	8	29	28	1.87
73722826--73722873	20	2.3	20	80	16	53	66	2	4	27	1.21
73723027--73723062	18	2.0	18	88	0	54	61	2	0	36	1.11
73723585--73723672	45	2.0	45	97	0	167	22	25	18	34	1.96
73729460--73729497	8	4.8	8	84	12	51	42	0	0	57	0.98
73731588--73731654	34	2.0	34	100	0	134	38	10	5	44	1.63
73743682--73743995	161	2.0	156	84	3	403	30	14	16	38	1.89
73746243--73746285	18	2.4	18	92	0	68	25	53	0	20	1.46
73746261--73746400	57	2.5	57	85	2	183	29	44	1	25	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73746297--73746422	57	2.2	57	84	0	153	28	47	0	23	1.57
73746419--73746500	24	3.4	24	69	12	69	28	46	3	21	1.68
73746489--73746551	24	2.7	24	87	7	94	30	41	0	28	1.56
73747465--73747585	29	4.2	28	75	13	93	49	28	2	19	1.61
73751942--73751999	22	2.6	23	75	8	66	44	12	6	36	1.68
73754114--73754241	18	7.4	18	69	15	83	5	26	9	58	1.51
73754115--73754241	36	3.8	31	71	16	92	5	26	9	58	1.52
73754144--73754258	36	3.3	36	82	3	137	4	26	10	58	1.50
73757244--73757274	13	2.5	13	94	5	55	38	0	0	61	0.96
73761341--73761385	18	2.4	19	88	3	65	8	11	8	71	1.32
73766169--73766225	29	2.1	27	80	9	62	21	14	12	52	1.73
73772027--73772063	18	2.0	19	89	5	58	56	10	2	29	1.47
73776136--73776181	23	2.0	23	100	0	92	39	13	26	21	1.90
73786709--73786880	93	1.8	93	93	2	301	27	30	20	20	1.98
73786701--73786876	46	3.8	46	79	11	207	28	29	20	21	1.98
73790311--73790343	17	2.0	16	94	5	57	42	18	0	39	1.50
73790768--73790840	35	2.0	39	84	10	100	35	21	19	23	1.96
73791966--73792022	9	5.9	9	77	16	53	73	7	19	0	1.05
73792943--73793078	40	3.5	39	75	16	129	25	18	25	30	1.98
73793071--73793111	12	3.4	12	100	0	82	24	24	34	17	1.96
73794555--73794675	22	5.5	22	80	7	129	25	26	17	30	1.97
73794890--73794957	21	3.3	21	72	12	77	27	2	29	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73794911--73794973	20	3.1	20	69	13	65	28	1	26	42	1.65
73794890--73794973	41	2.0	41	100	0	168	28	2	27	41	1.68
73795887--73796366	242	2.0	241	92	0	807	30	8	20	40	1.83
73802398--73802506	22	4.9	23	82	5	134	22	22	19	34	1.96
73802402--73802506	45	2.3	44	83	3	129	21	23	18	36	1.95
73802398--73802517	45	2.7	44	77	10	127	24	21	20	33	1.97
73806197--73806252	15	3.6	15	72	9	58	8	8	3	78	1.07
73806194--73806265	32	2.2	33	87	5	110	9	11	2	76	1.12
73806203--73806264	32	1.9	32	96	0	115	9	11	3	75	1.14
73806302--73806372	9	7.9	9	73	10	56	12	4	4	78	1.03
73806318--73806363	24	1.9	24	82	8	58	10	4	6	78	1.08
73806294--73806372	34	2.4	32	79	10	79	13	5	3	77	1.08
73806534--73806560	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
73806418--73806560	37	4.0	37	76	9	129	39	1	2	56	1.20
73806519--73806560	21	1.9	23	85	9	61	45	0	0	54	0.99
73806621--73806665	21	2.1	22	87	4	65	33	2	2	62	1.20
73806618--73806660	11	3.9	11	78	0	50	25	2	0	72	0.97
73806755--73806796	18	2.3	19	83	4	50	16	7	2	73	1.15
73806779--73806849	18	3.9	17	74	13	52	25	2	1	70	1.09
73806879--73806997	37	3.6	32	77	13	98	35	1	2	60	1.20
73807061--73807093	13	2.5	14	90	9	52	27	3	0	69	1.03
73807212--73807253	20	2.1	20	95	0	75	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73807388--73807446	26	2.2	26	87	3	82	49	5	1	44	1.34
73809320--73809368	21	2.3	20	86	6	62	71	0	6	22	1.08
73809594--73809666	9	7.9	9	74	10	67	80	2	4	12	0.95
73809600--73809659	17	3.3	18	81	6	68	81	3	5	10	0.95
73809597--73809706	46	2.4	46	83	7	136	76	3	6	13	1.12
73809594--73809666	10	6.8	10	73	17	58	80	2	4	12	0.95
73809612--73809666	17	3.2	16	82	7	56	81	1	5	10	0.92
73809698--73809771	17	4.6	16	75	16	64	78	2	10	8	1.06
73809685--73809759	30	2.5	30	91	8	118	78	1	9	10	1.02
73812899--73812972	31	2.4	30	77	6	76	32	8	16	43	1.77
73817807--73817875	16	4.2	16	94	3	120	23	0	37	39	1.55
73817807--73817875	33	2.1	32	94	2	120	23	0	37	39	1.55
73827033--73827076	23	1.9	23	90	0	70	34	0	4	61	1.16
73833117--73833243	67	1.9	67	88	6	195	24	14	32	29	1.94
73835607--73835657	22	2.3	22	80	6	59	66	9	5	17	1.40
73842531--73842751	92	2.4	92	87	0	307	19	23	14	42	1.89
73842526--73842753	46	5.0	46	85	1	278	20	23	14	41	1.89
73859435--73859524	24	3.7	23	84	10	101	33	17	21	27	1.96
73859432--73859500	24	3.0	23	87	8	104	36	17	20	26	1.94
73859432--73859525	47	1.9	50	85	10	133	34	18	21	26	1.96
73861675--73861774	46	2.2	45	89	1	146	45	16	18	21	1.86
73861763--73861965	45	4.5	45	88	0	289	37	19	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73864356--73864398	19	2.2	20	84	12	63	39	0	6	53	1.28
73866315--73866367	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
73867855--73867936	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
73870091--73870124	12	2.7	13	81	9	52	52	26	2	17	1.58
73871603--73871991	191	2.0	190	96	0	724	52	8	6	31	1.58
73873691--73873715	13	1.9	13	100	0	50	72	4	8	16	1.24
73874438--73874490	26	2.0	26	96	0	97	41	18	24	15	1.89
73876512--73876564	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
73878052--73878134	26	3.2	26	91	3	132	36	24	4	34	1.77
73878503--73878547	23	2.0	23	82	8	56	31	2	4	62	1.27
73888120--73888178	29	2.0	29	100	0	118	44	20	13	22	1.86
73888524--73888555	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
73891267--73891310	22	2.0	22	82	8	54	47	15	6	29	1.72
73892540--73892622	37	2.2	37	89	0	130	33	21	22	21	1.97
73892540--73892642	37	2.8	37	86	0	125	33	21	21	24	1.97
73894370--73894414	18	2.5	17	85	10	54	40	2	4	53	1.33
73898356--73898392	18	2.1	18	90	10	58	67	16	0	16	1.23
73898387--73898415	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
73912777--73912813	13	2.6	15	83	12	51	59	2	0	37	1.12
73912767--73912811	22	2.0	22	83	8	56	64	2	0	33	1.06
73914457--73914719	87	3.0	86	82	6	298	36	18	17	27	1.93
73914632--73914796	74	2.2	73	84	6	217	38	18	17	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73914579--73915362	163	4.8	165	77	14	704	36	18	17	27	1.94
73914793--73915034	74	3.2	74	84	5	306	35	19	17	26	1.94
73914789--73915034	75	3.3	75	84	4	352	35	19	17	26	1.94
73915045--73915362	87	3.8	82	78	12	253	36	18	17	27	1.93
73915269--73915302	14	2.4	14	95	0	59	61	0	11	26	1.30
73915151--73915365	87	2.5	85	87	4	292	37	17	16	28	1.91
73915916--73915987	36	2.0	36	94	0	126	43	12	26	18	1.85
73928347--73928383	13	2.6	15	83	12	51	59	2	0	37	1.12
73928337--73928381	22	2.0	22	83	8	56	64	2	0	33	1.06
73928966--73928995	15	2.1	15	93	6	53	20	0	3	76	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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