genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78200510--78200669	43	3.7	42	77	14	139	31	26	18	23	1.97
78200572--78200669	44	2.3	42	84	8	126	31	26	19	22	1.98
78202233--78202281	7	6.9	7	90	4	80	42	40	0	16	1.48
78202233--78202281	22	2.3	22	89	6	66	42	40	0	16	1.48
78208054--78208213	43	3.7	42	81	11	173	31	25	18	24	1.98
78208054--78208213	86	1.9	85	82	8	200	31	25	18	24	1.98
78209915--78209968	26	2.1	26	100	0	108	66	3	11	18	1.37
78213377--78213424	20	2.4	20	80	13	55	35	4	18	41	1.70
78213619--78213663	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
78213709--78213750	21	2.0	21	100	0	84	52	4	23	19	1.65
78216750--78216895	37	3.9	37	91	0	229	26	29	19	24	1.99
78217042--78217176	48	2.8	48	96	0	252	31	26	6	35	1.82
78217146--78217339	47	4.1	47	91	0	298	26	29	10	32	1.90
78217239--78217310	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
78231327--78231361	16	2.2	16	94	0	61	31	11	11	45	1.76
78234134--78234175	20	2.0	21	86	4	59	35	9	9	45	1.69
78236796--78236834	18	2.1	18	85	9	51	20	0	2	76	0.90
78236921--78236998	28	2.9	26	86	7	104	32	10	7	50	1.65
78239197--78239234	20	2.0	20	84	5	51	44	0	0	55	0.99
78244762--78244811	18	2.8	18	84	0	64	48	18	6	28	1.71
78244831--78244871	6	6.5	6	89	10	64	17	0	2	80	0.82
78244831--78244868	14	2.9	13	92	7	60	18	0	2	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78248036--78248247	107	2.0	107	90	1	336	50	16	19	13	1.78
78257120--78257279	26	6.2	26	88	0	230	34	6	21	37	1.79
78257120--78257279	52	3.1	52	90	0	257	34	6	21	37	1.79
78257962--78258104	27	5.2	27	80	11	166	18	24	22	34	1.96
78257960--78258104	56	2.6	55	91	4	222	18	24	22	34	1.96
78259032--78259290	112	2.3	113	94	2	448	51	14	1	32	1.49
78259030--78259371	112	3.1	111	86	11	383	51	14	0	32	1.49
78259944--78259984	3	13.3	3	89	5	64	0	36	0	63	0.95
78261199--78261254	27	2.0	27	86	10	78	50	1	8	39	1.44
78262187--78262293	21	5.1	21	70	17	71	58	1	0	38	1.15
78262116--78262232	61	2.0	61	84	6	159	49	4	0	46	1.21
78263142--78263168	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
78278189--78278271	39	2.1	39	97	0	157	43	4	8	43	1.56
78282996--78283045	26	2.0	26	84	7	68	32	0	6	62	1.20
78283083--78283116	10	3.4	10	100	0	68	8	32	50	8	1.64
78288726--78288762	15	2.5	15	95	0	65	24	0	18	56	1.41
78290547--78290800	136	1.9	136	98	0	490	36	12	18	32	1.88
78293422--78293580	27	5.9	27	80	12	175	33	21	24	20	1.97
78293440--78293583	54	2.7	55	91	4	231	34	22	24	18	1.97
78295178--78295285	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
78299934--78299971	8	5.0	8	81	12	53	28	0	0	71	0.87
78299932--78299960	14	2.1	14	100	0	58	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78299934--78299975	22	2.0	20	90	9	66	28	0	0	71	0.86
78308243--78308273	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
78308539--78308584	24	2.0	23	82	4	56	28	8	6	56	1.54
78310783--78310814	15	2.1	15	94	0	55	6	3	40	50	1.43
78313810--78314008	35	5.7	35	84	3	161	31	12	24	32	1.92
78313817--78314008	70	2.8	70	84	2	253	30	12	24	32	1.92
78313817--78314009	105	1.8	104	86	5	282	30	12	24	32	1.92
78316785--78316814	15	1.9	16	93	6	53	60	20	0	20	1.37
78320955--78321002	17	2.9	16	80	20	62	79	0	2	18	0.84
78321710--78321763	28	1.9	28	84	0	72	29	7	5	57	1.49
78324978--78325031	27	2.0	27	85	0	72	33	5	3	57	1.40
78327278--78327487	90	2.3	89	84	7	257	33	8	20	37	1.84
78327604--78327693	40	2.3	39	78	18	96	30	6	5	57	1.47
78327580--78327693	39	2.9	40	72	20	105	32	5	5	57	1.44
78334010--78334034	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
78336932--78336990	31	1.9	31	82	0	73	40	8	8	42	1.66
78340931--78341018	44	2.0	44	97	0	167	35	9	10	45	1.70
78346242--78346277	3	12.0	3	88	11	56	30	0	2	66	1.06
78366091--78366129	9	4.0	10	81	18	55	58	0	0	41	0.98
78366091--78366129	20	2.0	20	90	10	62	58	0	0	41	0.98
78370368--78370495	43	3.0	43	83	8	161	31	28	17	21	1.97
78370813--78370837	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78372044--78372155	37	3.0	37	79	19	119	40	2	3	53	1.32
78372184--78372246	23	2.7	23	78	12	65	47	1	4	46	1.33
78375074--78375107	4	8.5	4	86	0	50	23	5	0	70	1.09
78375058--78375103	16	2.8	16	86	6	56	23	6	0	69	1.11
78376612--78376643	16	2.0	16	93	0	55	21	0	0	78	0.76
78377704--78377738	14	2.5	14	85	0	52	22	17	17	42	1.88
78379820--78379853	15	2.2	16	94	5	61	44	5	11	38	1.65
78382557--78382615	10	5.9	10	82	7	75	69	0	10	20	1.17
78388323--78388576	126	2.0	126	87	3	368	24	26	16	32	1.96
78393280--78393348	29	2.3	31	82	7	79	49	4	4	42	1.42
78396836--78396900	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
78397487--78397513	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
78397797--78397838	20	2.1	20	100	0	84	30	9	4	54	1.53
78402080--78402182	29	3.6	29	74	10	111	28	30	17	24	1.97
78402049--78402214	58	2.9	58	91	0	262	28	27	19	24	1.99
78402368--78402501	43	3.1	43	86	4	189	32	32	21	13	1.92
78406133--78406214	27	3.0	27	76	3	85	35	17	28	19	1.94
78407903--78407945	21	2.0	21	90	0	68	37	30	16	16	1.91
78409724--78409754	16	1.9	16	93	0	53	12	9	6	70	1.31
78411320--78411395	19	4.2	18	75	16	68	40	1	3	53	1.27
78411320--78411395	36	2.1	36	83	11	93	40	1	3	53	1.27
78419759--78419805	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78419759--78419799	20	2.0	20	85	0	55	78	4	0	17	0.93
78419825--78419874	9	5.6	9	83	9	66	26	8	22	44	1.80
78422927--78422963	19	1.9	19	94	0	65	18	29	32	18	1.96
78423343--78423367	12	2.1	12	100	0	50	20	0	32	48	1.50
78427878--78427918	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
78434194--78434231	12	3.2	12	92	0	67	23	23	7	44	1.79
78436485--78436530	6	7.7	6	100	0	92	32	0	52	15	1.43
78440997--78441043	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
78441852--78441899	19	2.5	19	86	6	62	35	6	6	52	1.52
78441956--78441993	19	2.1	19	85	5	51	31	13	2	52	1.54
78442003--78442051	20	2.4	21	76	13	57	42	22	0	34	1.54
78451810--78451880	37	2.0	35	83	10	90	54	2	2	39	1.29
78453437--78453552	27	4.3	27	77	10	112	56	2	8	32	1.44
78453499--78453556	29	2.0	28	83	9	73	60	1	8	29	1.36
78458026--78458185	24	6.7	24	72	5	126	32	31	14	21	1.93
78465249--78465293	18	2.5	18	79	10	56	48	2	2	46	1.26
78467125--78467169	19	2.4	19	88	0	63	42	17	15	24	1.88
78468728--78468767	20	2.0	20	100	0	80	35	10	20	35	1.86
78469685--78469752	21	3.2	21	73	8	57	16	19	19	45	1.85
78469609--78469757	42	3.6	41	79	5	156	16	20	16	46	1.84
78469726--78469766	21	2.0	21	85	0	55	14	17	19	48	1.81
78472792--78472861	35	2.0	35	94	0	122	20	20	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78473346--78473425	19	4.3	19	84	9	119	47	33	3	15	1.63
78473356--78473428	37	2.0	37	97	0	137	47	31	4	16	1.65
78493212--78493338	61	2.1	61	80	0	137	37	1	12	48	1.51
78495076--78495192	40	2.9	40	94	0	198	33	16	29	20	1.94
78495140--78495730	113	5.3	112	93	1	970	25	18	29	26	1.98
78495157--78495730	223	2.6	223	94	1	977	25	19	29	26	1.98
78496342--78496367	12	2.2	12	100	0	52	38	7	34	19	1.80
78496759--78496959	84	2.4	84	91	2	323	33	19	17	29	1.95
78497943--78497982	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
78499326--78499483	17	8.6	17	77	20	149	45	12	1	40	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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