genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54542689--54542830	70	2.0	70	95	0	257	41	10	19	28	1.85
54547299--54547357	28	2.1	28	90	6	93	27	13	30	28	1.94
54547307--54547373	28	2.4	29	85	9	95	25	14	32	26	1.95
54548054--54548079	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
54548679--54548711	18	1.9	17	88	11	50	45	12	18	24	1.83
54552339--54552428	28	3.2	28	81	7	110	28	13	32	25	1.93
54557960--54558216	55	4.8	55	79	8	259	35	17	25	21	1.95
54557970--54558167	108	1.8	110	90	4	321	34	17	25	22	1.96
54558366--54558396	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
54561404--54561516	44	2.5	45	82	12	126	25	19	29	25	1.99
54567852--54568026	44	3.8	44	78	10	172	25	19	31	24	1.98
54568595--54568866	136	2.0	136	97	0	517	25	15	22	37	1.92
54572947--54573029	30	2.7	31	88	3	125	32	20	25	21	1.98
54572947--54573024	31	2.6	30	91	2	120	32	21	25	20	1.98
54577330--54577403	27	2.7	28	87	4	114	22	12	35	29	1.91
54577854--54577894	20	2.0	20	95	0	73	34	7	31	26	1.84
54579832--54579894	31	2.0	31	96	0	117	34	17	9	38	1.82
54580092--54580295	78	2.5	79	84	10	279	26	27	17	27	1.98
54587272--54587411	43	3.3	42	79	9	142	30	16	22	30	1.96
54588227--54588281	27	2.0	27	100	0	110	41	29	3	25	1.72
54592386--54592430	22	2.0	22	83	8	56	35	15	15	33	1.89
54598333--54599068	27	27.3	27	84	1	812	34	19	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54599205--54599323	27	4.5	26	75	7	96	21	21	19	38	1.93
54613460--54614638	588	2.0	588	95	0	2108	34	11	20	32	1.89
54615640--54615823	67	2.8	64	76	8	194	28	16	30	23	1.97
54620799--54621020	48	4.7	48	83	3	261	23	18	31	27	1.97
54620799--54621031	93	2.4	96	80	5	285	24	18	30	27	1.97
54624956--54625009	19	2.8	19	85	0	81	27	18	22	31	1.97
54629961--54630185	40	5.6	40	83	2	272	26	24	26	23	2.00
54629961--54630221	80	3.3	80	81	3	294	26	23	26	23	2.00
54629961--54630221	120	2.2	120	82	6	316	26	23	26	23	2.00
54638200--54638224	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
54641348--54641382	11	3.2	11	95	0	61	8	62	0	28	1.24
54641348--54641397	22	2.3	22	82	6	57	10	62	0	28	1.27
54646983--54647065	41	2.0	41	97	0	157	27	7	21	43	1.79
54649649--54649844	39	5.0	39	92	0	320	23	30	25	20	1.99
54655494--54655552	29	2.0	29	96	0	109	30	15	6	47	1.71
54663436--54663644	46	4.5	46	70	16	119	30	19	28	22	1.98
54663528--54663692	46	3.5	48	82	5	146	29	18	30	21	1.97
54667985--54668021	18	2.0	18	89	5	56	62	0	0	37	0.96
54668235--54668280	22	2.1	22	84	8	58	65	10	0	23	1.24
54671983--54672467	47	10.1	47	93	2	790	31	8	30	29	1.87
54671983--54672467	96	5.1	94	94	2	790	31	8	30	29	1.87
54676615--54676736	29	4.2	29	88	2	174	31	29	13	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54676622--54676735	57	2.0	58	89	1	176	30	29	14	25	1.94
54680508--54680604	28	3.5	28	88	6	128	25	13	27	32	1.93
54680535--54680617	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
54680508--54680619	28	4.0	27	83	8	100	28	12	25	33	1.92
54684829--54685026	27	7.4	26	77	14	131	30	27	14	27	1.95
54745942--54746119	27	6.6	27	82	5	180	30	28	15	26	1.96
54745963--54746118	82	1.9	81	86	3	224	30	28	15	26	1.96
54757711--54757922	41	5.2	40	86	5	284	31	17	29	21	1.96
54757692--54757922	81	2.9	81	85	4	310	32	17	29	19	1.95
54764791--54764880	46	2.0	46	97	0	171	17	26	10	45	1.80
54773020--54773601	47	12.1	49	93	2	956	31	8	30	29	1.87
54773020--54773601	96	6.1	96	93	2	958	31	8	30	29	1.87
54773720--54773798	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
54788699--54788724	12	2.2	12	100	0	52	7	23	38	30	1.83
54790056--54790094	13	2.8	14	84	11	53	25	28	20	25	1.99
54792620--54792688	35	2.0	35	82	2	86	23	26	26	24	2.00
54793962--54794033	32	2.2	32	82	0	81	20	25	18	36	1.95
54803933--54803972	21	2.0	20	85	5	53	37	2	17	42	1.63
54805949--54805973	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
54815527--54815573	21	2.1	22	85	14	62	51	17	0	31	1.46
54818202--54818226	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
54818271--54818344	33	2.2	33	97	0	139	28	17	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54820094--54820172	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
54820291--54820515	47	4.7	47	89	3	317	28	30	8	32	1.87
54822190--54822246	29	2.0	29	100	0	114	28	28	8	35	1.87
54823437--54823898	40	11.6	40	84	4	463	25	27	22	24	2.00
54825754--54825832	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
54825951--54826455	47	10.7	47	95	0	868	28	30	8	32	1.87
54834349--54834469	44	2.9	42	80	12	140	31	26	19	23	1.98
54839365--54839430	34	1.9	34	93	0	114	37	7	27	27	1.83
54841167--54841339	46	3.7	46	77	13	192	22	20	27	29	1.99
54841164--54841334	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
54842724--54842848	48	2.6	48	87	2	180	29	21	22	26	1.99
54850302--54850336	17	2.1	17	94	0	61	25	22	31	20	1.98
54850405--54850492	28	3.1	29	81	4	99	25	13	31	29	1.94
54853228--54853385	48	3.4	46	71	15	121	25	21	24	29	1.99
54853306--54853407	48	2.1	48	90	3	154	23	20	26	29	1.99
54854084--54854245	80	2.0	81	96	3	301	38	6	26	29	1.80
54859031--54859250	46	4.7	46	80	9	216	28	19	29	23	1.98
54862744--54862960	46	4.7	46	78	9	192	28	19	29	22	1.98
54878251--54878426	46	3.8	46	76	10	187	22	21	28	27	1.99
54878247--54878418	93	1.8	93	89	0	272	22	21	29	26	1.99
54881327--54881406	15	5.4	15	77	7	83	10	16	13	60	1.59
54881322--54881406	45	1.9	44	87	2	125	9	15	16	58	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54881318--54881397	30	2.7	30	78	7	90	11	16	15	57	1.65
54900518--54900694	46	3.8	46	74	11	171	22	20	28	28	1.98
54900514--54900686	94	1.8	93	87	1	256	21	20	29	27	1.98
54903631--54903692	15	4.2	15	79	8	65	11	16	12	59	1.61
54906095--54906270	46	3.8	46	77	10	196	21	20	28	29	1.98
54906091--54906262	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	28	1.98
54908796--54908974	39	4.6	39	79	12	174	25	21	28	25	1.99
54908952--54909259	40	7.9	40	89	4	414	24	22	28	25	1.99
54908952--54909259	158	2.0	155	90	3	483	24	22	28	25	1.99
54912046--54912632	47	12.5	47	96	0	1059	31	8	29	29	1.87
54917327--54917449	47	2.7	45	86	6	178	26	30	18	24	1.98
54919721--54919792	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
54920739--54920824	31	2.8	31	87	1	129	24	27	17	30	1.97
54921036--54921087	25	2.1	25	85	3	70	30	17	19	32	1.95
54921043--54921112	25	2.8	25	82	0	86	28	21	22	27	1.99
54921351--54921435	27	3.1	27	96	0	152	23	22	22	31	1.98
54923282--54923400	31	3.8	31	77	9	134	31	16	26	25	1.97
54923469--54923630	42	3.5	47	79	11	167	29	13	28	29	1.94
54923561--54923677	42	2.8	44	81	7	152	30	13	28	27	1.94
54924483--54924574	27	3.4	27	90	1	150	21	15	23	39	1.92
54924567--54924662	27	3.6	27	85	4	97	29	9	19	41	1.83
54924618--54924721	27	3.9	27	81	0	91	31	7	23	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54924653--54924946	81	3.6	81	82	3	340	39	7	22	30	1.82
54924683--54924946	27	9.8	27	87	0	348	40	7	22	29	1.81
54924683--54924946	81	3.3	81	89	0	411	40	7	22	29	1.81
54926614--54926756	47	3.0	49	87	8	204	25	21	23	29	1.99
54926614--54926755	71	2.0	72	87	9	211	26	21	23	28	1.99
54926614--54926757	24	6.0	24	88	9	197	25	21	23	29	1.99
54926813--54926888	9	7.9	9	70	18	55	34	21	9	35	1.85
54926809--54926890	20	4.2	20	95	3	148	31	19	12	36	1.89
54926809--54926879	9	7.1	11	67	20	57	30	19	12	36	1.89
54926809--54926890	39	2.1	40	95	2	148	31	19	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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