genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87771902--87771963	21	3.0	21	81	4	74	43	16	22	17	1.87
87774143--87774261	53	2.2	53	89	0	175	42	18	15	22	1.88
87774173--87774300	53	2.4	53	86	2	168	45	21	14	18	1.85
87774295--87774405	53	2.1	54	82	1	134	41	16	21	20	1.90
87777998--87778058	30	2.0	30	83	0	77	44	4	19	31	1.72
87780364--87780557	45	4.3	45	88	0	271	18	18	21	41	1.91
87780749--87780939	18	10.6	18	72	12	133	35	12	15	37	1.84
87780737--87781032	36	8.0	36	70	14	138	36	11	14	37	1.83
87780736--87780939	72	2.8	71	78	7	189	36	11	14	36	1.83
87780956--87781032	18	4.3	18	80	1	84	37	9	12	40	1.76
87781305--87781368	33	1.9	33	90	0	101	37	3	26	32	1.72
87782867--87782940	28	2.8	27	84	11	100	9	6	2	81	0.97
87782951--87782999	11	4.4	11	76	5	53	14	2	6	77	1.05
87782951--87783004	23	2.3	23	84	6	65	18	1	5	74	1.11
87782992--87783071	22	3.5	22	77	16	92	38	1	1	58	1.14
87782992--87783073	21	3.7	21	75	15	85	37	1	1	59	1.13
87783359--87783442	27	3.1	27	87	0	114	16	22	32	28	1.96
87784123--87784309	94	2.0	94	95	0	338	32	14	25	26	1.95
87793148--87793209	29	2.2	28	88	5	90	24	35	22	17	1.95
87794088--87794143	22	2.5	22	85	11	69	35	1	0	62	1.06
87794324--87794385	24	2.7	23	82	7	81	56	0	3	40	1.15
87794324--87794378	23	2.4	23	87	3	76	58	0	3	38	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87794383--87794422	19	2.0	20	90	4	64	72	0	12	15	1.12
87794385--87794430	19	2.3	20	85	7	58	76	0	10	13	1.03
87796036--87796274	124	1.9	127	85	2	331	35	16	13	33	1.89
87796592--87796695	3	33.0	3	72	19	70	63	1	7	26	1.32
87796870--87796940	3	23.7	3	85	5	54	59	0	11	29	1.32
87796848--87796903	18	2.8	20	74	10	53	62	3	10	23	1.43
87798152--87798440	133	2.2	133	87	0	425	26	22	21	30	1.99
87797972--87798618	310	2.1	311	87	1	922	26	22	20	30	1.98
87797992--87798529	177	3.0	175	80	4	499	26	22	20	30	1.98
87797576--87798661	44	24.5	44	67	8	333	27	21	19	30	1.98
87798152--87798484	133	2.5	133	85	0	353	26	21	21	30	1.98
87798279--87798792	177	2.9	176	85	5	686	27	20	20	31	1.97
87798633--87798889	128	2.0	128	85	3	347	26	22	20	30	1.98
87800633--87800675	13	3.4	12	84	9	50	0	4	9	86	0.71
87800635--87800664	16	1.9	16	93	6	53	0	0	13	86	0.57
87805365--87805403	20	2.0	20	85	10	53	35	10	12	41	1.77
87805826--87805864	20	1.9	21	89	5	62	35	7	2	53	1.43
87806231--87806521	3	96.3	3	67	17	77	61	4	6	27	1.40
87816218--87816309	48	1.9	48	93	0	157	29	7	18	44	1.77
87818748--87818880	66	2.0	67	91	2	216	20	18	9	51	1.72
87819662--87819700	17	2.4	17	95	4	71	38	28	20	12	1.89
87824595--87824640	17	2.8	17	90	3	67	41	30	15	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87827799--87827974	95	1.9	95	90	0	280	35	12	4	47	1.62
87828432--87828474	15	2.6	16	85	10	52	30	9	0	60	1.28
87830260--87830330	31	2.3	31	82	2	90	38	15	12	33	1.85
87838769--87838821	23	2.2	24	80	3	63	62	3	3	30	1.30
87842265--87842298	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
87846903--87846936	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
87848811--87848856	23	2.0	23	83	8	58	28	10	8	52	1.66
87849045--87849100	19	3.0	18	76	19	53	23	7	21	48	1.74
87852669--87853057	203	1.9	203	97	0	742	26	19	24	29	1.99
87856394--87856422	14	2.1	14	100	0	58	13	27	13	44	1.82
87866096--87866125	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
87866106--87866148	22	1.9	23	85	4	61	48	0	0	51	1.00
87866374--87866418	22	2.2	20	84	8	54	51	0	2	46	1.13
87866379--87866415	19	2.1	17	90	10	56	51	0	0	48	1.00
87877972--87878040	27	2.5	28	88	6	106	31	2	4	60	1.31
87882392--87882652	131	2.0	131	83	0	324	34	16	11	36	1.85
87886078--87886133	29	1.9	29	89	7	87	25	16	7	51	1.69
87887889--87887917	15	1.9	15	100	0	58	0	0	79	20	0.74
87892118--87892143	4	6.5	4	100	0	52	50	26	0	23	1.50
87895198--87895242	23	1.9	24	90	4	74	37	2	0	60	1.09
87895215--87895252	17	2.2	17	86	9	51	44	2	0	52	1.14
87903527--87903569	20	2.2	20	91	8	70	76	4	2	16	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87903624--87903856	112	2.1	112	86	6	328	50	7	6	35	1.58
87906996--87907347	183	2.0	174	84	7	456	34	17	22	26	1.95
87908999--87909066	9	7.6	9	84	0	64	44	17	7	30	1.76
87909085--87909125	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
87920859--87920884	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
87922375--87922421	20	2.5	18	83	16	60	59	2	2	36	1.21
87924147--87924195	23	2.0	24	84	15	64	34	0	4	61	1.15
87929126--87929153	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
87929432--87929490	30	2.0	30	100	0	118	40	3	22	33	1.70
87931467--87931533	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
87931448--87931563	29	4.0	28	70	20	78	64	0	7	27	1.21
87931500--87931545	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
87931525--87931565	14	2.8	15	75	20	50	60	0	9	29	1.28
87931500--87931560	15	4.1	14	80	16	54	67	0	6	26	1.15
87935421--87935450	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
87943651--87943684	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
87944316--87944369	26	2.1	26	83	13	67	29	3	7	59	1.42
87948601--87948692	18	4.5	19	71	21	71	38	1	3	57	1.22
87948602--87948725	64	1.9	64	95	0	221	35	3	4	56	1.37
87955870--87955949	26	3.0	25	80	12	70	53	2	2	41	1.27
87956525--87956566	6	7.2	6	86	5	59	69	0	0	30	0.89
87956525--87956572	17	2.8	17	83	3	60	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87975203--87975264	30	2.1	30	84	0	79	59	14	1	24	1.44
87975242--87975272	12	2.7	11	90	9	53	70	6	3	19	1.22
87976952--87977013	21	3.0	21	86	4	83	14	24	20	40	1.90
87981404--87981449	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
87981411--87981455	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
87992654--87992702	12	4.2	11	79	7	53	16	2	6	75	1.09
87992654--87992702	18	2.7	18	85	14	66	16	2	6	75	1.09
88004800--88004882	23	3.8	22	73	17	66	37	0	1	61	1.04
88010134--88010174	20	2.0	20	95	0	73	31	4	29	34	1.79
88013831--88013867	17	2.2	17	95	0	65	59	10	5	24	1.52
88024841--88024922	44	1.9	41	82	7	101	32	25	24	17	1.96
88024836--88024923	21	4.1	22	72	10	65	35	23	23	17	1.95
88025127--88025210	28	3.0	28	87	1	123	46	29	3	20	1.67
88025873--88025906	16	2.1	16	88	0	50	29	14	5	50	1.67
88036156--88036252	40	2.5	38	80	6	113	34	38	14	13	1.85
88036567--88036622	27	2.1	27	96	0	103	41	19	12	26	1.87
88041062--88041150	43	2.0	44	97	2	171	24	15	15	43	1.86
88047125--88047255	66	2.0	66	93	0	226	32	10	20	35	1.87
88047496--88047529	16	2.1	16	89	10	52	44	0	5	50	1.26
88047507--88047651	47	3.1	47	72	16	158	44	2	3	49	1.30
88047493--88047619	44	2.8	43	73	15	123	46	2	3	47	1.34
88047716--88048218	120	4.2	118	97	1	898	44	2	5	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88048047--88048081	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
88048180--88048221	15	2.7	16	82	14	52	50	0	2	47	1.14
88048366--88048456	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
88048437--88048505	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
88048437--88048505	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
88050659--88050732	20	3.9	19	69	11	62	56	6	1	35	1.34
88053051--88053103	13	4.1	13	80	4	63	37	22	9	30	1.86
88054283--88054311	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
88056838--88056903	29	2.3	30	81	5	91	71	22	3	3	1.14
88067518--88067692	71	2.5	69	86	3	226	28	14	23	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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