genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100468457--100468535	28	2.8	29	75	11	83	60	7	3	27	1.41
100471050--100471104	15	3.7	15	75	2	58	52	3	7	36	1.47
100475870--100475915	9	4.7	10	79	12	51	52	0	0	47	1.00
100476321--100476380	31	1.9	31	89	0	93	25	11	8	55	1.63
100476722--100476802	31	2.7	30	81	9	85	32	8	12	46	1.72
100476748--100476811	29	2.2	28	75	8	65	28	9	12	50	1.71
100502031--100502075	22	2.0	22	91	0	72	80	0	8	11	0.92
100502046--100502074	14	2.1	14	93	6	51	86	0	6	6	0.72
100502078--100502121	21	2.1	21	100	0	88	36	0	22	40	1.54
100502624--100502706	40	2.0	41	88	6	125	53	7	1	38	1.37
100505151--100505239	45	2.0	45	97	0	169	33	22	21	22	1.97
100509570--100509603	16	2.1	16	94	0	59	70	0	0	29	0.87
100512027--100512057	16	1.9	16	93	0	53	25	16	19	38	1.92
100527620--100527646	11	2.5	11	100	0	54	48	22	0	29	1.51
100531726--100531840	57	2.0	57	96	3	214	43	12	18	26	1.85
100531742--100531832	29	3.2	29	67	14	89	47	12	16	24	1.80
100531752--100531841	28	3.2	28	67	14	85	43	12	16	27	1.84
100541012--100541052	16	2.3	18	80	16	50	58	0	4	36	1.20
100541698--100542066	185	2.0	182	95	2	670	28	18	11	40	1.86
100542239--100542307	32	2.3	30	80	7	77	53	11	1	33	1.46
100545361--100545398	16	2.5	15	91	8	67	36	0	0	63	0.95
100549076--100549105	12	2.5	12	94	0	51	70	13	0	16	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100549875--100549916	11	3.8	11	78	12	50	23	0	2	73	0.94
100550285--100550333	26	1.9	25	83	4	62	46	2	4	46	1.33
100559778--100559802	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
100567006--100567035	3	10.0	3	92	0	51	33	33	3	30	1.74
100569110--100569175	31	2.1	31	85	0	87	31	7	18	42	1.78
100577735--100577870	54	2.5	55	78	8	136	22	36	17	24	1.95
100584508--100584559	27	1.9	27	84	7	70	36	26	0	36	1.57
100585211--100585254	21	2.0	22	82	8	54	0	31	2	65	1.05
100585276--100585316	18	2.3	18	86	0	55	7	12	7	73	1.25
100585322--100585359	11	3.1	12	85	14	51	57	0	0	42	0.98
100585729--100585769	5	8.0	5	94	5	73	39	0	0	60	0.96
100587320--100587454	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
100588407--100588443	19	2.0	18	89	5	56	37	10	0	51	1.37
100590298--100590355	6	9.7	6	90	0	71	24	17	55	3	1.57
100590298--100590363	18	3.7	18	85	0	96	22	16	56	4	1.59
100590298--100590355	12	4.8	12	89	0	80	24	17	55	3	1.57
100591357--100591576	72	3.1	72	87	0	350	30	25	23	21	1.99
100594501--100594550	25	2.0	25	100	0	100	40	28	12	20	1.87
100597039--100597287	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
100597038--100597287	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
100597382--100597413	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
100597621--100597678	31	1.9	29	86	6	80	31	24	3	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100604438--100604686	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
100604437--100604686	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
100604781--100604812	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
100605024--100605081	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
100606624--100606666	23	1.9	22	86	13	61	53	2	0	44	1.13
100608718--100608768	22	2.3	22	96	0	93	49	0	7	43	1.32
100611665--100611689	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
100613327--100613353	12	2.2	12	100	0	54	0	7	0	92	0.38
100623046--100623091	24	2.0	23	82	4	56	36	0	19	43	1.51
100624317--100624357	20	2.0	22	85	9	59	58	21	7	12	1.58
100631783--100631858	40	1.9	40	100	0	152	31	30	18	19	1.96
100641207--100641249	21	2.1	20	83	12	52	34	4	0	60	1.17
100641580--100641604	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
100643278--100643379	53	1.9	52	92	2	168	38	9	12	39	1.77
100646291--100646315	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
100647466--100647509	22	2.0	22	86	0	61	50	0	2	47	1.13
100647480--100647521	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
100647528--100647569	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
100647532--100647568	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
100647587--100647656	15	4.5	15	75	17	56	51	4	0	44	1.21
100647606--100647656	19	2.9	18	75	18	63	50	3	0	45	1.20
100648025--100648096	32	2.2	33	87	2	101	52	19	2	25	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100653386--100653437	25	2.1	24	86	13	70	51	3	3	40	1.38
100653675--100653707	18	1.9	17	88	11	50	60	0	3	36	1.12
100655335--100655382	23	2.1	23	85	11	64	56	2	0	41	1.11
100659880--100659913	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
100664520--100664553	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
100666931--100666989	30	1.9	31	86	3	84	37	1	1	59	1.18
100667098--100667154	29	2.0	29	89	0	87	12	12	29	45	1.78
100671274--100671330	11	5.1	11	73	12	53	28	3	3	64	1.26
100671576--100671702	59	2.1	60	94	2	220	30	3	22	44	1.68
100688028--100688075	23	2.0	23	84	4	60	56	14	0	29	1.39
100691908--100691940	12	2.8	12	95	0	57	42	12	27	18	1.85
100692021--100692055	2	18.0	2	88	5	54	48	0	51	0	1.00
100692932--100692989	28	2.0	30	83	6	75	53	3	0	43	1.17
100708209--100708271	29	2.1	30	82	8	76	46	3	4	46	1.40
100715702--100715731	7	4.3	7	100	0	60	40	13	30	16	1.87
100716237--100716302	32	2.1	32	97	0	123	53	9	12	25	1.67
100717497--100717527	14	2.2	14	100	0	62	48	6	0	45	1.28
100723721--100723761	14	2.9	15	78	7	50	36	7	14	41	1.74
100723730--100723796	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
100725138--100725207	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
100726993--100727136	58	2.5	57	92	3	243	38	3	4	53	1.39
100727885--100727912	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100730516--100730697	96	1.9	96	89	0	283	35	9	13	40	1.78
100732958--100732993	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
100735692--100735756	26	2.4	28	78	21	77	66	3	0	30	1.07
100735708--100735767	27	2.3	26	80	5	68	58	3	0	38	1.15
100736066--100736116	19	2.8	18	82	11	59	60	9	3	25	1.45
100736126--100736152	14	1.9	14	100	0	54	59	14	3	22	1.51
100736598--100736639	18	2.3	18	100	0	84	26	0	0	73	0.83
100736598--100736650	18	3.0	18	91	2	63	26	1	1	69	1.09
100740391--100740583	35	5.5	35	84	4	248	31	12	23	32	1.92
100740391--100740583	105	1.8	104	86	5	282	31	12	23	32	1.92
100741503--100741689	43	4.3	43	87	4	225	29	29	18	22	1.97
100741714--100741757	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
100741898--100741944	24	2.0	24	95	0	85	51	19	4	25	1.65
100743243--100743377	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
100747502--100747539	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
100749444--100749581	46	3.0	46	92	0	222	39	14	23	23	1.91
100749445--100749605	46	3.5	46	87	1	216	40	14	22	22	1.89
100751278--100751374	48	2.0	48	100	0	194	46	14	14	24	1.82
100752747--100752797	13	3.6	14	84	7	68	37	0	0	62	0.95
100753496--100753534	14	2.8	14	84	11	53	38	46	0	15	1.46
100753524--100753576	22	2.4	23	81	12	67	49	28	0	22	1.50
100753790--100753957	41	4.1	40	87	4	237	25	29	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100755202--100755230	4	7.2	4	100	0	58	27	48	0	24	1.51
100760219--100760244	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
100770411--100770503	33	2.8	32	80	18	102	16	10	9	63	1.51
100770125--100770635	259	2.0	258	93	0	878	25	9	10	54	1.65
100770971--100771032	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
100774796--100774863	4	17.8	4	73	19	56	22	1	0	76	0.87
100774791--100774858	7	9.9	7	87	7	95	22	1	0	76	0.87
100774790--100774859	35	1.9	37	94	5	126	21	1	0	77	0.85
100774802--100774876	35	2.1	35	85	4	98	26	1	1	70	1.03
100774975--100775078	42	2.5	42	90	3	156	29	33	12	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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