genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5651837--5652016	7	24.7	7	70	12	78	41	37	0	20	1.57
5651838--5651969	21	6.2	22	74	11	87	41	38	0	18	1.56
5652322--5652432	41	2.8	39	80	8	125	26	18	26	28	1.98
5652225--5652619	180	2.2	180	86	4	546	31	20	20	27	1.98
5652671--5652749	38	2.1	37	83	6	97	25	17	17	39	1.92
5660473--5660524	26	2.0	26	92	0	86	57	15	7	19	1.62
5662294--5662413	49	2.4	49	83	0	132	27	20	16	35	1.94
5663238--5663277	19	2.0	20	90	4	64	45	0	7	47	1.31
5672262--5672344	38	2.2	38	88	0	121	18	44	12	25	1.84
5674824--5675081	40	6.5	40	89	2	360	26	29	22	22	1.99
5685646--5685916	68	4.0	68	94	0	470	24	23	23	28	2.00
5686327--5686409	38	2.2	38	95	0	148	16	48	12	22	1.80
5686805--5686854	12	3.8	13	76	12	50	24	2	0	74	0.93
5686807--5686895	15	5.9	15	74	17	69	30	2	1	66	1.11
5686814--5686893	3	26.3	3	72	18	60	31	2	1	65	1.14
5686808--5686895	24	3.5	25	76	20	76	30	2	1	65	1.12
5687094--5687321	126	1.8	126	83	8	306	31	3	4	60	1.36
5689968--5690005	20	1.9	20	100	0	76	34	21	15	28	1.94
5692283--5692334	26	2.0	26	96	0	95	57	17	7	17	1.62
5693621--5693646	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
5694716--5694755	19	2.0	20	90	4	64	45	0	7	47	1.31
5702678--5702725	19	2.6	19	83	9	64	37	2	12	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5702739--5702832	43	2.2	43	92	3	154	27	6	13	52	1.65
5705353--5705390	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
5705620--5705790	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
5705615--5705787	46	3.7	46	79	10	199	30	27	20	21	1.98
5710208--5710251	19	2.4	18	82	14	54	38	4	11	45	1.61
5710264--5710361	43	2.3	43	85	3	135	32	6	12	48	1.65
5718538--5718592	29	1.9	28	92	3	92	18	18	27	36	1.94
5730343--5730472	35	3.6	35	78	10	127	35	21	10	32	1.88
5730344--5730465	40	3.2	39	76	12	128	36	22	10	31	1.88
5744184--5744231	21	2.3	22	82	7	55	20	10	6	62	1.49
5744800--5744866	34	2.0	34	90	0	107	43	20	22	13	1.87
5747042--5747080	20	2.1	19	90	9	62	53	15	28	2	1.55
5753363--5753402	16	2.5	17	88	8	57	2	22	0	75	0.93
5754056--5754090	17	1.9	19	88	11	56	14	28	37	20	1.91
5756047--5756152	53	2.0	53	98	0	203	34	11	23	30	1.90
5758688--5758804	49	2.4	48	84	2	135	27	19	17	35	1.94
5761346--5761624	41	6.8	41	98	0	524	26	19	22	30	1.98
5761346--5761666	123	2.6	123	92	2	486	27	19	23	29	1.98
5767465--5767499	18	1.9	18	100	0	70	28	25	17	28	1.97
5768050--5768113	13	4.9	13	82	0	83	35	26	7	29	1.85
5768050--5768113	26	2.5	26	86	0	101	35	26	7	29	1.85
5768654--5768694	21	1.9	22	85	5	57	39	2	2	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5775461--5775490	13	2.3	13	94	0	51	76	0	0	23	0.78
5780106--5780155	20	2.6	20	84	6	59	40	10	0	50	1.36
5780515--5780653	65	2.2	64	97	2	269	33	10	15	39	1.83
5782552--5782638	43	2.0	43	100	0	174	40	9	9	41	1.69
5783298--5783342	22	2.0	22	83	8	56	37	4	0	57	1.19
5783309--5783342	16	2.1	16	89	10	52	35	2	0	61	1.11
5800593--5800640	10	4.8	10	76	0	51	31	6	2	60	1.33
5800591--5800640	20	2.5	20	87	6	75	32	6	2	60	1.32
5821797--5821979	97	1.9	95	86	4	260	28	14	26	30	1.95
5821973--5822017	14	3.2	15	84	12	60	73	0	0	26	0.84
5821973--5822027	14	4.0	14	84	11	53	72	0	1	25	0.94
5825111--5825190	24	3.3	25	74	10	85	33	23	26	16	1.95
5825108--5825212	24	4.3	25	77	8	76	35	22	25	16	1.95
5825249--5825299	26	2.0	27	84	7	70	43	19	15	21	1.88
5834307--5834465	59	2.7	58	82	9	180	50	11	15	22	1.76
5835297--5835358	24	2.5	24	82	10	72	62	0	1	35	1.05
5835383--5835441	22	2.7	22	85	12	70	67	3	0	28	1.06
5836533--5836644	56	2.0	56	94	0	197	24	21	15	39	1.91
5844216--5844258	18	2.2	20	88	8	63	65	6	2	25	1.30
5849162--5849234	21	3.6	21	85	8	89	53	0	1	45	1.09
5849159--5849235	22	3.3	23	82	12	86	54	0	1	44	1.08
5849159--5849235	10	7.4	10	74	20	61	54	0	1	44	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5849179--5849234	2	29.5	2	85	10	82	55	0	0	44	0.99
5855961--5855988	14	2.0	14	100	0	56	42	0	35	21	1.53
5856554--5856639	30	2.8	31	87	3	129	46	2	9	41	1.48
5861815--5861950	56	2.4	56	91	0	227	29	14	23	32	1.94
5862166--5862196	16	1.9	16	93	0	53	41	6	12	38	1.69
5862182--5862225	19	2.3	19	84	7	54	50	2	13	34	1.55
5865650--5865680	11	2.7	11	95	5	53	54	6	0	38	1.26
5865783--5865854	32	2.2	34	78	11	80	59	4	5	30	1.39
5865959--5866068	22	4.7	23	73	18	86	53	5	9	31	1.55
5865959--5866059	24	4.3	23	72	18	82	54	4	8	31	1.53
5866110--5866143	17	1.9	18	88	5	52	44	17	14	23	1.86
5866187--5866252	11	6.1	11	75	16	57	53	4	3	39	1.37
5866239--5866277	18	2.0	20	90	9	64	64	2	0	33	1.08
5868345--5868562	75	3.0	72	85	6	285	31	21	16	30	1.96
5868557--5868715	72	2.2	72	83	4	205	38	22	13	25	1.91
5868406--5868701	159	1.8	161	85	5	420	34	22	15	28	1.94
5886566--5886616	23	2.2	24	82	3	59	52	9	3	33	1.53
5889514--5889594	30	2.7	30	100	0	162	29	6	27	37	1.81
5889929--5890146	94	2.4	90	78	9	208	27	20	27	24	1.99
5889931--5890245	47	6.7	47	69	15	163	28	20	26	23	1.99
5892134--5892214	27	2.9	28	74	17	80	41	30	3	23	1.72
5892152--5892214	27	2.3	27	83	5	83	41	33	4	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5892715--5892748	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
5893162--5893194	17	1.9	17	88	11	50	0	21	9	69	1.15
5897713--5897825	57	2.0	57	96	0	208	33	13	20	32	1.91
5899592--5899655	13	4.9	13	79	7	67	31	7	26	34	1.85
5901322--5901350	13	2.2	13	100	0	58	17	41	20	20	1.90
5909810--5909844	18	2.0	17	88	5	52	11	2	14	71	1.25
5913122--5913605	162	2.9	166	78	6	509	27	22	16	34	1.95
5917414--5917563	75	2.0	75	97	0	282	22	18	20	38	1.93
5927992--5928085	40	2.3	41	94	3	163	40	20	15	23	1.91
5930205--5930322	31	3.8	31	94	0	209	25	19	28	26	1.99
5930395--5930569	42	3.8	48	81	13	204	28	15	26	29	1.96
5930470--5930597	42	3.0	42	86	0	175	32	14	24	28	1.95
5931610--5931636	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
5931967--5932008	20	2.2	19	86	4	57	47	0	2	50	1.14
5931996--5932036	21	2.0	21	85	0	55	56	0	7	36	1.27
5933421--5933472	16	3.1	16	80	5	50	61	3	0	34	1.14
5935506--5935539	14	2.4	14	90	9	52	35	8	11	44	1.72
5937202--5937341	39	3.6	39	92	0	217	37	22	25	14	1.92
5940461--5940492	11	2.8	12	90	9	50	40	0	31	28	1.57
5941967--5942016	25	2.0	25	100	0	100	52	12	12	24	1.72
5944792--5944850	30	2.0	29	93	3	100	55	13	10	20	1.66
5948145--5948190	24	1.9	24	81	0	56	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5948672--5948703	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
5952818--5952921	36	2.8	36	95	2	181	37	12	14	35	1.84
5952818--5952932	19	6.2	19	88	10	175	38	11	15	34	1.83
5952818--5952910	17	5.5	15	84	13	62	38	11	15	34	1.84
5958563--5958611	23	2.3	22	89	10	75	79	0	10	10	0.93
5958564--5958627	23	2.8	23	81	11	71	78	0	10	10	0.98
5959458--5959951	44	11.2	44	74	8	353	31	17	23	27	1.97
5959581--5959936	132	2.7	132	94	0	604	32	17	23	26	1.96
5959458--5959826	175	2.1	175	91	1	605	30	18	23	27	1.97
5959898--5960844	206	4.6	205	94	0	1543	30	18	22	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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