genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57140510--57140727	27	8.0	27	90	0	301	34	18	21	24	1.96
57140930--57141024	25	3.8	25	90	0	145	26	24	23	26	2.00
57140930--57141037	25	4.4	25	83	8	100	28	22	23	25	1.99
57146307--57146341	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
57146316--57146400	31	2.7	31	78	7	100	45	12	18	22	1.83
57146513--57146572	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57146534--57146597	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
57146613--57146663	27	1.9	26	84	4	66	31	21	29	17	1.96
57146927--57147095	27	6.3	27	86	2	232	20	21	21	36	1.95
57147135--57147313	27	6.6	27	79	5	155	31	10	20	37	1.86
57147113--57147270	81	2.0	81	79	5	176	32	10	20	36	1.86
57147135--57147317	81	2.3	81	80	3	190	31	9	20	37	1.86
57149263--57149297	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
57149272--57149356	31	2.7	31	78	7	100	45	12	18	22	1.83
57149469--57149528	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57149490--57149553	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
57149569--57149620	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57149883--57150051	27	6.3	27	87	2	241	20	21	21	36	1.96
57150096--57150250	27	5.7	27	79	8	104	29	9	21	40	1.84
57150091--57150273	81	2.3	81	79	3	181	31	9	21	38	1.85
57150152--57150273	27	4.5	27	86	0	145	30	8	21	40	1.82
57152213--57152247	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57152222--57152306	31	2.7	31	78	7	100	45	12	18	22	1.83
57152419--57152478	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57152440--57152503	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
57152519--57152570	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57152833--57153001	27	6.3	27	87	2	241	20	21	21	36	1.96
57153045--57153172	27	4.7	26	79	9	107	30	9	20	39	1.84
57153099--57153221	27	4.6	27	85	0	138	30	8	21	39	1.82
57155165--57155199	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
57155174--57155258	31	2.7	31	78	7	100	45	12	18	22	1.83
57155371--57155430	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57155398--57155539	67	2.1	67	84	5	176	30	21	28	19	1.97
57155469--57155520	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57155765--57155951	27	7.0	27	87	0	241	22	22	19	35	1.96
57155998--57156073	27	2.8	26	86	4	89	30	11	21	36	1.89
57156079--57156168	27	3.3	27	90	0	135	30	7	21	41	1.81
57157164--57157188	13	1.9	13	100	0	50	48	20	16	16	1.82
57166683--57166852	91	1.9	91	94	0	304	22	24	34	19	1.97
57167448--57167512	34	1.9	34	84	12	89	32	16	24	26	1.96
57174540--57174602	17	3.7	17	86	0	81	15	30	33	20	1.94
57209894--57210003	55	2.0	55	96	0	202	34	7	20	37	1.81
57214244--57214327	31	2.7	31	88	1	125	22	26	16	34	1.95
57214548--57214617	25	2.8	25	86	0	95	28	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57214663--57214700	10	3.7	10	86	6	58	31	21	18	28	1.97
57214742--57214791	25	2.0	25	92	0	82	26	18	24	32	1.97
57221476--57221535	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57223826--57224009	40	4.7	40	82	9	200	23	21	27	27	1.99
57223827--57224007	78	2.3	81	82	9	221	24	21	27	26	1.99
57231879--57232099	40	5.6	39	84	7	243	24	21	28	24	1.99
57234452--57234579	27	4.7	27	85	0	175	29	22	9	38	1.86
57234571--57234939	27	13.7	27	91	1	560	35	20	20	24	1.96
57235376--57235440	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
57235599--57235697	27	3.7	27	82	5	101	20	21	22	36	1.95
57235843--57235899	25	2.3	25	81	0	69	21	19	12	47	1.81
57235880--57235914	12	2.9	12	86	0	52	25	17	8	48	1.75
57237252--57237353	46	2.2	48	85	3	136	25	25	14	34	1.94
57239133--57239222	27	3.3	27	76	14	87	32	10	18	38	1.84
57239432--57239483	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
57239719--57239887	27	6.2	27	86	0	212	40	7	21	30	1.80
57239909--57240033	27	4.7	27	79	12	114	31	8	19	40	1.82
57239838--57240043	54	3.8	54	76	5	184	32	8	19	39	1.82
57242221--57242304	31	2.7	30	88	1	114	25	21	17	35	1.95
57242525--57242594	25	2.8	25	91	0	104	25	22	25	25	2.00
57242640--57242679	10	3.9	10	80	6	53	32	17	20	30	1.95
57249803--57249829	13	2.1	13	100	0	54	44	14	22	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57251998--57252112	55	2.1	56	93	1	196	33	7	21	37	1.82
57255247--57255318	34	2.2	33	85	12	94	33	22	22	22	1.97
57259760--57259786	11	2.5	11	100	0	54	25	0	29	44	1.54
57263325--57263478	28	5.5	28	92	1	238	26	12	27	33	1.92
57271074--57271227	28	5.5	28	92	1	238	26	12	27	33	1.92
57272901--57272932	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
57273143--57273471	50	6.5	50	83	2	338	32	24	15	26	1.95
57273142--57273471	101	3.3	100	84	2	358	33	24	15	26	1.95
57273193--57273471	151	1.8	152	82	1	362	32	24	15	26	1.95
57276414--57276473	15	4.0	15	86	0	75	55	13	18	13	1.70
57279983--57280377	50	7.8	50	77	6	375	32	24	14	27	1.95
57279984--57280368	151	2.5	151	82	5	420	32	24	15	27	1.95
57281832--57281898	34	2.0	34	85	5	91	34	19	22	23	1.97
57301878--57301916	20	1.9	20	85	15	53	41	17	5	35	1.72
57304731--57304898	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
57304754--57304898	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
57312774--57312941	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
57312797--57312941	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
57317223--57317346	46	2.7	44	81	8	133	27	18	30	23	1.98
57317422--57317522	49	2.1	49	82	0	121	29	20	25	23	1.99
57319283--57319320	18	2.1	19	85	14	53	42	23	0	34	1.55
57319536--57319708	47	3.7	46	75	13	183	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57326797--57326834	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57327061--57327231	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
57327056--57327228	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
57334361--57334398	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57334628--57334796	92	1.8	92	91	2	277	28	28	20	21	1.98
57334623--57334793	46	3.7	46	77	12	190	29	27	20	22	1.98
57338219--57338386	46	3.6	44	79	10	176	22	27	19	30	1.98
57338219--57338389	94	1.8	92	86	7	247	22	28	19	29	1.98
57345411--57345541	47	2.8	47	70	16	119	22	28	21	28	1.99
57348086--57348128	19	2.4	17	80	7	50	20	41	23	13	1.88
57351646--57352041	27	14.7	27	78	6	241	38	20	7	32	1.81
57351740--57352126	54	7.1	54	74	6	244	39	20	8	31	1.83
57351781--57352013	81	2.9	80	87	3	290	42	21	7	29	1.80
57352052--57352103	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
57352148--57352248	27	3.7	27	88	5	116	33	22	22	20	1.97
57352562--57352601	21	2.0	21	90	5	64	30	20	27	22	1.98
57353050--57353199	26	5.8	26	89	0	230	27	22	22	28	1.99
57353050--57353211	78	2.1	75	91	3	261	28	20	22	28	1.99
57353344--57353435	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
57353459--57353537	31	2.5	31	89	0	131	31	17	22	27	1.97
57360075--57360402	39	8.4	39	84	0	377	22	23	27	27	1.99
57361940--57362119	40	4.7	40	84	8	248	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57361978--57362119	75	1.9	75	100	0	284	25	29	21	23	1.99
57370090--57370298	79	2.6	78	92	2	328	26	27	21	24	1.99
57370088--57370351	40	6.7	40	83	5	322	26	27	21	24	1.99
57370088--57370351	119	2.2	121	83	5	333	26	27	21	24	1.99
57370090--57370351	79	3.3	78	86	7	325	25	27	21	24	1.99
57375529--57375567	19	2.0	20	90	5	62	43	12	0	43	1.42
57380593--57380635	15	2.9	15	82	6	52	74	2	4	18	1.10
57381756--57381816	31	2.0	31	96	0	113	45	0	8	45	1.33
57384774--57384813	21	1.9	21	85	10	55	35	17	2	45	1.62
57394155--57394225	35	2.0	35	91	0	115	29	8	15	46	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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