genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14044425--14044532	48	2.3	46	84	9	130	28	16	30	24	1.96
14044518--14044544	12	2.2	12	100	0	54	37	7	33	22	1.82
14044536--14044658	46	2.7	45	87	7	160	26	17	30	25	1.97
14053027--14053111	42	2.0	42	90	0	134	29	8	11	50	1.68
14063450--14063499	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
14072161--14072267	33	3.3	32	79	6	108	34	23	10	31	1.88
14073656--14073697	22	1.9	22	90	0	66	59	4	2	33	1.31
14074584--14074613	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
14075175--14075394	43	5.1	43	84	4	302	25	16	28	30	1.97
14075173--14075390	86	2.5	86	90	1	348	24	16	28	29	1.97
14076563--14076601	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
14076563--14076602	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
14076640--14076690	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
14084396--14084434	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
14084396--14084435	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
14084475--14084524	24	2.0	25	88	3	75	26	20	24	30	1.98
14086858--14086924	33	2.0	33	100	0	134	23	8	17	49	1.75
14089632--14089666	6	5.7	6	86	6	52	57	0	25	17	1.40
14089631--14089666	13	2.8	13	87	4	56	58	0	25	16	1.38
14091658--14091760	30	3.4	30	79	7	111	30	2	21	45	1.66
14094252--14094285	17	1.9	18	88	5	52	11	47	26	14	1.79
14102492--14102541	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14102745--14102774	15	2.1	15	93	6	53	20	6	13	60	1.55
14103500--14103524	9	2.8	9	100	0	50	36	0	0	64	0.94
14106669--14106733	33	1.9	34	87	3	96	20	23	26	30	1.98
14116904--14117268	48	7.7	47	72	12	239	24	27	18	29	1.98
14117099--14117271	92	1.9	93	89	4	269	23	28	18	29	1.98
14116903--14117268	47	7.7	46	71	10	192	24	27	18	29	1.98
14118381--14118423	11	3.9	11	82	11	52	34	0	2	62	1.08
14120567--14121023	46	9.9	46	95	0	763	37	15	24	22	1.93
14125228--14125308	41	2.0	41	100	0	162	33	4	17	44	1.70
14132577--14132638	31	2.0	30	84	9	81	29	12	12	45	1.80
14143295--14143426	60	2.2	59	86	4	185	40	8	15	35	1.78
14157330--14157357	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
14160055--14160128	18	4.1	18	75	3	67	45	13	8	32	1.73
14160071--14160127	19	3.1	19	79	5	71	50	12	7	29	1.66
14160350--14160374	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
14160500--14160548	20	2.4	21	73	10	57	32	8	0	59	1.27
14164668--14164699	16	1.9	17	93	6	57	65	0	3	31	1.08
14164668--14164715	16	3.0	15	79	11	51	68	2	2	27	1.11
14164668--14164718	17	3.1	15	81	18	50	66	1	1	29	1.13
14165200--14165245	3	15.3	3	90	0	56	69	6	0	23	1.11
14166778--14166876	9	10.7	9	72	6	63	15	3	67	14	1.35
14166828--14166867	21	1.9	21	94	0	53	15	2	70	12	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14166923--14167029	30	3.3	30	69	25	90	20	2	66	10	1.34
14166947--14167000	27	2.0	27	92	7	92	24	3	59	12	1.50
14168231--14168298	24	3.1	24	65	30	69	42	19	5	32	1.75
14173201--14173236	18	1.9	19	88	5	56	66	2	0	30	1.06
14193689--14193736	16	3.1	16	82	14	64	64	0	33	2	1.05
14194246--14194301	16	3.5	16	72	0	58	71	5	3	19	1.21
14194338--14195023	151	4.6	150	88	4	990	58	7	6	27	1.50
14194338--14195023	300	2.3	296	89	5	1053	58	7	6	27	1.50
14199442--14199495	28	1.9	28	85	7	74	59	0	3	37	1.15
14199945--14199982	19	2.1	19	85	5	51	55	15	23	5	1.61
14205658--14205699	21	2.0	21	100	0	84	47	4	4	42	1.45
14207279--14207305	7	3.9	7	100	0	54	44	14	0	40	1.46
14208027--14208153	32	4.0	32	92	1	220	34	11	9	44	1.72
14210154--14210212	21	2.8	21	84	5	75	30	33	6	28	1.83
14210813--14210845	14	2.4	14	95	5	59	48	0	0	51	1.00
14212236--14212294	29	2.1	29	87	3	84	30	0	0	69	0.89
14212262--14212310	18	2.7	18	78	9	55	28	4	0	67	1.09
14212233--14212295	27	2.3	26	78	8	72	34	0	0	65	0.93
14212414--14212482	24	2.8	25	78	8	70	36	1	1	60	1.14
14214299--14214351	25	2.1	25	100	0	106	50	7	7	33	1.59
14215159--14215187	10	2.7	11	94	5	51	79	0	0	20	0.74
14219547--14219575	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14220747--14220781	17	2.1	17	94	0	61	20	11	11	57	1.64
14223375--14223408	16	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
14224605--14224636	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
14224951--14225013	33	1.9	33	100	0	126	36	9	12	41	1.76
14231598--14231629	11	2.9	11	90	0	55	31	0	12	56	1.37
14234061--14234087	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
14235068--14235119	25	2.2	23	80	10	59	40	11	5	42	1.65
14238402--14238446	19	2.3	20	78	17	51	48	0	0	51	1.00
14239496--14239555	31	1.9	31	89	0	93	13	31	35	20	1.91
14245167--14245191	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
14246376--14246400	12	2.1	12	100	0	50	28	32	8	32	1.86
14249858--14249896	14	2.8	14	84	0	51	20	2	30	46	1.64
14250812--14251144	158	2.1	157	82	6	415	35	12	22	30	1.91
14252855--14252910	8	7.0	8	83	0	67	37	1	28	32	1.68
14252855--14252915	32	1.9	32	86	0	86	37	1	27	32	1.67
14253754--14253783	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
14253769--14254051	86	3.2	86	92	6	442	33	8	3	54	1.48
14253696--14254051	182	1.9	185	94	4	639	33	8	3	55	1.47
14253855--14254057	96	2.1	96	96	1	372	33	7	2	56	1.43
14254037--14254066	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
14253989--14254118	62	2.1	63	95	4	237	33	3	2	60	1.27
14254050--14254200	42	3.5	42	66	22	114	35	5	3	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14254045--14254199	47	3.4	47	69	12	153	34	5	3	56	1.42
14253893--14254224	153	2.1	158	92	6	550	33	6	3	56	1.41
14253941--14254260	153	2.1	149	84	11	425	31	6	4	57	1.44
14254476--14254582	9	11.7	9	72	13	76	43	14	1	40	1.55
14254482--14254582	18	5.5	18	74	13	89	44	13	1	39	1.56
14259646--14259674	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
14260391--14260456	31	2.1	31	91	0	105	15	10	21	53	1.72
14260530--14260622	43	2.2	43	84	3	116	31	23	18	26	1.97
14262602--14262659	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
14269530--14269608	26	3.2	24	91	8	131	31	5	25	37	1.78
14273549--14273643	26	3.9	25	75	20	103	32	7	24	35	1.83
14290671--14290826	33	4.7	33	68	12	88	31	19	25	23	1.98
14290836--14290951	45	2.6	45	90	0	178	37	16	25	21	1.94
14290835--14291151	46	6.9	46	84	1	289	38	15	24	21	1.92
14290933--14291151	93	2.4	93	85	2	280	39	14	23	21	1.91
14311647--14311691	16	2.8	16	81	15	56	31	2	0	66	1.04
14312724--14312754	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
14312769--14312846	38	2.0	39	80	11	90	53	2	1	42	1.22
14315895--14316028	61	2.2	61	83	0	178	40	5	12	41	1.68
14323706--14323755	24	2.1	23	82	14	57	54	10	6	30	1.58
14323687--14323838	67	2.3	67	84	6	200	51	11	6	30	1.64
14324325--14324363	19	2.1	19	85	9	53	56	2	10	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14324372--14324417	21	2.2	21	88	7	67	60	0	4	34	1.16
14324386--14324432	12	3.9	11	82	17	58	63	0	2	34	1.06
14325995--14326261	44	6.1	44	88	1	401	27	26	14	30	1.96
14338239--14338287	21	2.4	20	82	3	62	24	28	34	12	1.91
14344238--14344277	20	2.1	19	85	4	53	37	0	5	57	1.21
14344296--14344330	13	2.7	13	95	0	61	31	2	0	65	1.07
14344859--14344927	13	5.6	12	72	16	52	34	2	4	57	1.33
14350945--14350994	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
14360941--14361526	206	2.8	205	88	2	838	31	17	22	29	1.97
14363126--14363183	25	2.5	23	81	13	57	36	1	1	60	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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