genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33442396--33442451	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
33443474--33443514	19	2.2	19	100	0	82	9	4	9	75	1.17
33443474--33443528	19	2.9	18	89	8	65	14	5	9	70	1.30
33443775--33443831	29	2.0	29	89	0	87	24	0	31	43	1.54
33446482--33446519	19	1.9	20	89	10	60	42	21	15	21	1.89
33450397--33450450	22	2.4	21	80	17	56	38	12	16	31	1.87
33451262--33451309	14	3.4	14	88	0	69	45	6	29	18	1.74
33457178--33457229	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
33457223--33457306	18	4.5	18	69	16	55	8	23	2	65	1.32
33463854--33463901	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
33465755--33465849	30	3.2	30	77	3	102	28	26	15	29	1.96
33471603--33471631	12	2.3	13	94	5	51	24	6	3	65	1.33
33475379--33475413	11	3.4	11	88	11	56	22	0	0	77	0.78
33492600--33492648	21	2.4	20	86	3	62	14	20	22	42	1.88
33492873--33492901	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
33499362--33499390	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
33503819--33503855	16	2.3	16	100	0	74	35	5	21	37	1.77
33508956--33509012	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
33513325--33513372	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
33513526--33513570	21	2.1	21	87	4	63	33	2	4	60	1.29
33515669--33515843	46	3.8	45	76	13	176	21	21	28	29	1.99
33515665--33515837	93	1.9	93	91	0	283	21	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33519723--33519819	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
33519836--33519880	20	2.2	21	84	4	56	33	15	26	24	1.95
33529951--33529989	20	2.0	20	84	0	51	20	12	35	30	1.90
33530218--33530367	56	2.7	55	89	4	228	34	24	15	26	1.95
33534098--33534234	27	5.1	26	81	7	148	18	23	21	36	1.95
33534098--33534252	54	2.9	53	85	2	195	20	23	20	36	1.95
33547301--33547338	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
33556684--33556831	74	2.0	74	97	0	278	50	17	14	17	1.79
33559280--33559305	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
33571659--33571785	23	5.4	23	79	10	132	27	23	18	30	1.97
33571658--33571788	46	2.8	46	83	10	158	28	23	18	29	1.98
33571670--33571786	24	4.9	24	78	10	107	27	24	17	30	1.97
33580705--33580742	19	2.0	19	94	0	67	65	5	7	21	1.38
33586558--33586609	27	1.9	27	84	0	68	65	1	25	7	1.30
33599694--33599741	25	1.9	25	95	0	87	29	10	18	41	1.84
33606485--33606591	40	2.7	40	84	5	119	26	27	19	27	1.99
33606531--33606711	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
33606528--33606711	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
33612399--33612544	43	3.4	45	78	11	130	25	23	20	30	1.98
33616103--33616162	30	2.0	30	96	0	111	28	15	16	40	1.89
33620668--33620831	35	4.7	35	83	3	188	31	10	23	33	1.90
33622768--33622835	24	2.8	24	93	0	118	45	19	16	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33625768--33625830	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
33625828--33625883	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
33625845--33625983	18	7.4	18	75	8	116	7	18	3	69	1.28
33625827--33625883	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
33625845--33625970	6	20.7	6	69	4	83	7	18	3	70	1.26
33634317--33634348	17	1.9	16	93	6	55	37	12	18	31	1.88
33635707--33635744	19	2.0	20	85	15	53	18	5	21	55	1.62
33639763--33639891	66	2.0	66	98	0	249	31	20	24	24	1.98
33647241--33647464	79	2.8	77	80	10	236	25	27	22	24	2.00
33647241--33647464	39	5.7	40	84	6	253	25	27	22	24	2.00
33651090--33651144	19	3.1	17	79	10	56	41	9	12	36	1.75
33651529--33651583	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
33650868--33652188	439	3.0	439	97	0	2462	42	16	9	31	1.81
33651968--33652022	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
33653030--33653089	31	1.9	31	96	0	111	25	21	11	41	1.87
33661229--33661459	40	5.8	40	88	1	304	25	24	27	22	2.00
33664355--33664411	30	1.9	30	88	0	87	38	8	22	29	1.85
33672760--33672885	48	2.6	48	91	2	191	26	15	30	26	1.96
33672768--33672941	48	3.6	49	84	4	149	24	18	28	28	1.98
33672915--33673113	42	4.6	42	74	10	159	25	18	27	28	1.98
33672947--33673110	90	1.8	90	85	2	231	25	18	27	29	1.98
33680580--33680679	48	2.1	48	96	0	182	24	18	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33680826--33680915	42	2.1	42	87	0	126	26	13	27	32	1.94
33680838--33681036	42	4.6	42	74	10	150	26	18	27	28	1.98
33680789--33681036	132	1.9	131	81	8	306	25	18	27	29	1.98
33753788--33753861	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
33761792--33761865	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
33765463--33765629	43	3.9	43	76	9	162	32	24	15	26	1.95
33765462--33765619	86	1.8	85	84	6	212	32	24	16	26	1.96
33766608--33766658	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
33767311--33767479	27	6.3	27	84	2	196	26	21	17	35	1.95
33767312--33767479	54	3.1	54	88	0	246	26	21	16	35	1.94
33774871--33775068	27	7.4	27	81	3	202	27	18	16	37	1.92
33780900--33781011	24	4.6	24	76	4	100	27	16	28	26	1.97
33780900--33781034	49	2.8	47	81	9	139	28	16	28	26	1.97
33782585--33782845	40	6.6	40	90	1	384	31	25	19	23	1.98
33787929--33788080	43	3.5	43	78	8	157	32	26	17	23	1.96
33787923--33788074	44	3.5	42	78	7	144	32	25	18	23	1.97
33787910--33788073	42	3.8	43	76	10	147	32	26	17	23	1.97
33795539--33795711	43	4.0	43	75	14	135	31	25	17	24	1.97
33798992--33799072	42	1.9	43	80	14	98	49	9	6	34	1.61
33802192--33802375	40	4.6	40	84	6	205	25	21	26	27	2.00
33802245--33802410	80	2.1	79	81	7	185	25	21	26	26	1.99
33809461--33809526	32	2.0	33	97	2	125	31	24	9	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33810369--33810591	40	5.7	40	86	7	287	26	27	21	24	1.99
33810369--33810591	117	1.9	119	83	7	294	26	27	21	24	1.99
33818320--33818544	40	5.7	40	83	5	251	27	26	21	24	1.99
33818287--33818544	119	2.2	120	81	5	292	26	26	20	25	1.99
33822397--33822526	55	2.4	55	84	0	152	27	31	22	18	1.97
33842246--33842371	49	2.5	50	83	6	141	28	19	26	25	1.98
33850390--33850429	21	2.0	20	86	13	57	20	22	0	57	1.41
33864872--33864977	53	2.0	53	98	0	203	44	9	16	30	1.79
33874225--33874403	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
33875671--33876077	96	4.3	94	90	5	581	32	8	30	28	1.86
33875671--33876077	47	8.6	47	91	4	588	32	8	30	28	1.86
33875975--33876049	22	3.3	22	67	17	62	32	9	30	28	1.88
33878506--33878580	38	2.0	38	86	5	107	30	20	25	24	1.98
33878634--33878834	40	5.1	40	88	0	269	24	21	28	25	1.99
33881596--33881653	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
33881596--33881656	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
33882937--33883437	47	10.6	47	92	3	717	32	8	30	27	1.88
33883288--33883409	22	5.3	22	63	21	61	33	10	29	26	1.90
33896046--33896119	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
33904138--33904211	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
33906111--33906152	19	2.3	18	81	18	52	45	9	9	35	1.69
33918239--33918414	50	3.5	49	81	9	178	26	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33918232--33918425	49	3.9	48	79	8	192	25	19	27	26	1.99
33923607--33923782	50	3.5	49	78	9	160	27	18	26	27	1.98
33923600--33923793	49	3.9	49	76	6	176	26	19	26	26	1.99
33927607--33927664	25	2.4	23	78	15	64	15	6	36	41	1.74
33927655--33927712	22	2.6	22	75	2	62	12	1	37	48	1.51
33928514--33928554	12	3.2	13	83	12	50	31	24	2	41	1.68
33934239--33934362	46	2.7	44	86	7	169	22	29	20	28	1.98
33937534--33937596	28	2.2	29	88	8	94	31	23	22	22	1.98
33937702--33937766	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
33941851--33941960	42	2.6	42	78	7	116	28	25	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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