genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73227938--73228026	26	3.3	26	78	10	90	51	3	7	37	1.48
73228033--73228097	32	2.0	32	88	5	96	58	4	3	33	1.34
73228024--73228124	53	1.9	53	86	11	145	60	3	1	33	1.26
73229925--73229957	15	2.2	15	94	0	57	69	3	6	21	1.24
73229888--73230285	89	4.4	93	79	12	345	35	18	17	28	1.94
73230031--73230303	89	3.1	87	85	5	370	38	18	17	26	1.93
73230196--73230229	13	2.5	14	85	9	52	64	2	11	20	1.39
73230248--73230820	152	3.9	146	83	9	605	31	22	17	28	1.96
73230213--73230820	75	8.2	74	79	10	638	32	22	17	27	1.96
73243669--73243757	26	3.3	26	78	10	90	51	3	7	37	1.48
73243764--73243828	32	2.0	32	88	5	96	58	4	3	33	1.34
73243795--73243851	22	2.6	22	78	13	64	61	3	1	33	1.23
73245406--73245469	25	2.6	25	76	18	64	59	4	4	31	1.38
73247159--73247215	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
73247155--73247213	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
73247599--73247655	21	2.6	21	86	5	60	15	24	26	33	1.95
73247610--73247673	21	3.0	21	88	0	74	15	25	26	32	1.95
73247617--73247673	21	2.7	21	91	0	87	14	24	26	35	1.93
73247835--73247875	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
73249371--73249490	59	2.0	59	100	0	240	36	8	18	36	1.81
73253835--73253891	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
73253831--73253889	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73254261--73254324	23	2.9	23	75	6	71	15	20	25	39	1.92
73254490--73254530	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
73259328--73259356	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
73278287--73278325	16	2.5	16	87	4	62	58	2	0	38	1.12
73286083--73286109	14	1.9	14	100	0	54	29	3	14	51	1.60
73286784--73286847	31	2.1	31	84	0	83	37	1	9	51	1.44
73287948--73287977	15	2.1	14	93	6	51	0	0	10	90	0.47
73287948--73287977	12	2.5	12	94	0	51	0	0	10	90	0.47
73288837--73288871	10	3.4	10	84	7	52	28	8	0	62	1.24
73288838--73288880	21	2.0	23	90	9	72	27	11	0	60	1.31
73290370--73290399	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
73300033--73300228	24	8.0	26	68	12	87	36	19	23	20	1.95
73303064--73303098	3	11.7	3	93	0	52	25	5	0	68	1.11
73304655--73304684	3	10.0	3	100	0	60	0	0	33	66	0.92
73306296--73306342	13	3.7	13	80	5	60	78	10	2	8	1.04
73306302--73306351	26	2.0	26	96	4	93	78	10	4	8	1.09
73306486--73306524	15	2.6	15	95	0	69	25	23	12	38	1.90
73315757--73315796	12	3.5	12	90	6	57	37	0	2	60	1.11
73317681--73317738	29	2.0	29	83	6	73	65	6	0	27	1.18
73320672--73320702	5	6.4	5	92	7	55	80	0	19	0	0.71
73324468--73324506	14	2.8	14	88	0	60	41	10	17	30	1.83
73325062--73325098	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73325113--73325158	15	3.2	15	75	12	51	43	0	2	54	1.12
73325166--73325249	31	2.8	30	77	15	84	50	1	2	46	1.22
73327225--73327300	3	24.3	3	82	5	89	34	1	3	60	1.23
73328200--73328253	25	2.2	24	83	9	65	70	5	3	20	1.23
73332060--73332111	19	2.7	19	86	13	79	38	5	0	55	1.24
73345059--73345275	90	2.4	89	84	4	260	31	16	18	33	1.93
73344972--73345710	305	2.4	305	94	0	1282	29	16	18	34	1.94
73345364--73345582	90	2.5	89	85	5	284	30	17	18	33	1.94
73345582--73345782	73	2.8	72	92	2	330	30	15	16	36	1.91
73345728--73345890	56	3.0	54	93	3	290	30	14	16	38	1.88
73353974--73354105	51	2.9	44	72	15	131	21	15	31	32	1.94
73358600--73358987	44	8.4	43	69	17	217	34	20	20	25	1.96
73358523--73358813	138	2.1	138	86	0	404	34	19	19	26	1.96
73358628--73359118	94	5.2	93	82	2	507	36	19	18	26	1.95
73358665--73359118	189	2.4	188	84	1	568	36	19	17	26	1.94
73358782--73358958	50	3.7	49	70	16	136	38	19	18	24	1.93
73358859--73359002	44	3.1	44	71	12	128	34	22	19	24	1.97
73359762--73359818	21	2.7	21	89	5	62	61	8	15	14	1.56
73359775--73359818	21	2.1	21	100	0	88	56	9	15	18	1.65
73363407--73363443	18	2.1	18	100	0	74	45	10	10	32	1.74
73369510--73369595	9	9.6	9	92	0	109	45	23	6	24	1.77
73369615--73369667	6	8.5	6	83	8	70	16	0	5	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73375607--73375685	40	1.9	39	82	7	95	64	2	1	31	1.15
73377154--73377198	20	2.4	19	81	7	56	57	2	17	22	1.50
73393304--73393394	29	3.2	29	84	3	105	27	29	15	27	1.96
73395991--73396563	44	12.7	43	71	6	185	34	16	20	29	1.94
73396254--73396511	89	2.9	90	76	10	226	33	17	20	28	1.95
73396210--73396453	133	1.8	133	82	0	317	31	16	21	30	1.96
73396202--73396734	44	11.9	44	70	10	213	33	16	19	30	1.94
73396285--73396550	89	3.0	90	77	10	269	33	16	21	29	1.95
73396427--73396701	140	2.0	140	86	2	392	36	16	17	30	1.91
73396649--73396745	44	2.2	44	84	0	122	35	18	17	28	1.94
73398154--73398216	3	21.0	3	86	0	90	33	6	0	60	1.22
73399433--73399494	17	3.6	17	97	0	115	40	4	24	30	1.76
73400562--73400612	20	2.5	20	83	3	57	21	21	15	41	1.90
73400661--73400725	21	3.2	20	72	12	62	12	23	23	41	1.87
73400643--73400782	39	3.6	39	89	0	199	12	22	24	40	1.89
73400643--73400784	18	7.4	18	67	13	77	13	22	24	39	1.90
73401466--73401499	13	2.5	13	95	4	59	76	0	0	23	0.79
73407593--73407651	28	2.1	28	96	0	109	55	6	22	15	1.63
73407931--73407981	20	2.5	20	83	3	57	21	21	15	41	1.90
73408010--73408133	39	3.2	39	90	0	194	12	23	25	38	1.90
73414259--73414300	22	1.9	22	90	9	68	21	4	7	66	1.35
73415082--73415114	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73418549--73418869	46	7.0	46	92	2	466	21	24	15	38	1.92
73421004--73421055	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
73422723--73422770	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
73422963--73423015	26	2.0	26	82	13	65	26	15	22	35	1.93
73424494--73424600	26	4.2	26	86	7	155	35	24	6	33	1.81
73429493--73429517	12	2.1	12	100	0	50	16	52	24	8	1.70
73432653--73432760	26	4.2	26	90	2	173	34	24	8	33	1.85
73434485--73434509	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
73434615--73434656	20	2.1	20	100	0	84	26	23	21	28	1.99
73446061--73446096	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
73447137--73447185	18	2.7	18	78	15	55	40	0	6	53	1.26
73447152--73447188	18	2.1	18	90	5	58	51	0	2	45	1.15
73448313--73448346	15	2.3	15	89	0	50	35	0	2	61	1.11
73448804--73448854	22	2.3	22	86	0	66	66	7	13	11	1.43
73449710--73449764	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
73449823--73449971	25	5.9	25	68	15	92	57	4	7	30	1.47
73449873--73449944	27	2.6	28	73	8	67	61	4	6	27	1.41
73450514--73450632	30	4.0	30	91	3	195	21	5	47	25	1.72
73451163--73451207	21	2.1	21	87	0	63	28	31	8	31	1.88
73451277--73451482	87	2.4	87	82	4	227	36	18	13	30	1.90
73451420--73451608	102	1.8	102	85	4	263	40	16	14	28	1.88
73451520--73451694	89	1.9	90	87	2	253	36	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73451520--73452645	166	7.0	157	78	15	626	34	19	17	28	1.94
73451764--73452298	75	7.3	75	85	5	657	34	19	15	31	1.93
73451837--73452278	216	2.0	220	89	3	671	33	19	15	32	1.93
73452393--73452559	73	2.3	73	89	2	246	35	20	17	26	1.95
73461640--73461859	110	2.0	110	98	0	422	46	8	21	23	1.78
73462194--73462440	39	6.3	39	92	0	354	18	23	28	29	1.98
73468501--73468669	76	2.2	73	78	9	167	57	4	6	31	1.43
73468618--73468746	23	5.6	23	76	8	102	55	3	6	34	1.40
73468549--73468654	25	4.0	28	68	20	77	59	4	6	29	1.43
73468697--73468757	23	2.7	24	75	12	58	63	0	4	31	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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