genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13158331--13158568	47	5.1	47	91	1	334	26	29	10	34	1.89
13160937--13160982	19	2.3	21	85	14	62	71	2	2	23	1.08
13160945--13160982	21	1.9	20	89	10	60	73	2	0	23	0.95
13160978--13161006	14	2.1	14	93	6	51	62	13	10	13	1.55
13161425--13161469	25	1.9	23	82	13	56	35	6	0	57	1.25
13165682--13165976	72	3.9	73	88	7	396	31	15	18	33	1.93
13165822--13165976	84	1.8	85	92	1	267	30	16	18	34	1.94
13165919--13166033	57	2.0	57	94	0	203	33	16	20	29	1.95
13165975--13166456	72	6.4	73	85	5	495	33	15	17	33	1.91
13166053--13166421	79	4.8	78	85	4	416	34	15	17	31	1.92
13166999--13167052	15	3.5	15	87	12	83	64	12	5	16	1.45
13167590--13167623	16	2.2	16	89	5	52	50	8	11	29	1.69
13177806--13178093	72	3.8	73	87	6	371	32	15	18	33	1.92
13177939--13178093	84	1.8	85	92	1	267	30	16	18	34	1.93
13178036--13178150	57	2.0	57	98	0	221	33	17	20	27	1.95
13178098--13178537	78	5.8	78	87	3	480	33	16	18	32	1.93
13178398--13178615	78	2.8	78	82	8	200	30	17	20	31	1.96
13179112--13179165	16	3.4	16	87	7	76	64	12	5	16	1.45
13179691--13179724	16	2.2	16	89	5	52	50	8	11	29	1.69
13183810--13183897	27	3.3	27	85	6	124	28	22	7	40	1.82
13183889--13184097	27	7.8	27	84	6	246	40	21	8	30	1.82
13183889--13184096	54	3.9	54	87	1	276	40	21	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13184082--13184327	27	9.1	27	86	0	314	35	18	20	25	1.95
13185750--13185921	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	21	1.98
13185742--13185918	46	3.8	46	77	7	187	28	28	20	22	1.98
13185793--13185936	46	3.1	45	68	15	105	29	28	19	22	1.98
13187303--13187374	25	3.0	24	81	6	74	30	23	20	25	1.99
13192806--13193621	177	4.7	177	86	4	1120	31	19	23	26	1.98
13192806--13193621	341	2.3	346	87	3	1124	31	19	23	26	1.98
13198891--13198946	21	2.7	21	94	0	94	26	14	28	30	1.95
13208914--13208955	21	2.0	21	90	4	66	26	0	2	71	0.98
13209306--13209369	29	2.2	29	83	5	76	32	6	6	54	1.50
13211161--13211393	116	2.0	116	98	0	448	41	12	19	27	1.87
13212827--13212859	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
13213145--13213417	92	3.0	92	90	0	411	20	24	14	41	1.89
13213145--13213417	46	5.9	46	90	0	368	20	24	14	41	1.89
13221877--13222005	66	2.0	66	88	0	195	37	16	17	27	1.91
13232183--13232358	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
13232180--13232351	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
13234806--13234838	7	4.9	7	88	3	50	27	0	0	72	0.85
13234804--13234861	17	3.4	17	80	4	64	25	5	0	68	1.10
13236506--13236537	15	2.1	15	94	0	55	9	9	0	81	0.88
13238979--13239022	18	2.2	20	80	19	65	43	13	9	34	1.76
13238987--13239022	18	2.0	18	100	0	72	44	16	5	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13241355--13241415	29	2.1	29	96	0	113	47	8	8	36	1.63
13251327--13251390	29	2.2	29	88	0	92	51	14	12	21	1.75
13256133--13256197	24	2.7	24	87	0	85	29	15	32	23	1.95
13256655--13256698	21	2.1	21	86	0	61	56	9	11	22	1.62
13256721--13256771	21	2.4	22	90	6	79	56	11	7	23	1.61
13267058--13267104	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
13267365--13267635	46	5.9	46	90	2	402	22	24	14	39	1.91
13269772--13269836	31	2.1	30	83	8	78	55	3	1	40	1.25
13276842--13278331	743	2.0	742	94	0	2640	24	17	26	31	1.97
13280196--13280292	40	2.5	38	86	6	140	12	16	35	36	1.86
13280406--13280527	43	2.8	44	82	6	142	24	18	22	34	1.96
13280426--13280633	112	1.8	114	87	4	314	27	19	23	29	1.98
13285029--13285130	42	2.4	43	82	6	111	29	24	18	27	1.98
13286655--13286811	24	6.4	24	73	18	105	27	16	22	33	1.96
13286638--13286743	49	2.2	48	85	10	135	23	17	23	34	1.96
13286705--13286811	49	2.2	49	86	1	144	28	14	22	34	1.94
13286638--13286792	73	2.1	74	84	3	197	25	16	23	34	1.96
13290079--13290117	20	2.0	19	90	5	60	74	0	25	0	0.82
13291851--13291894	6	7.2	6	82	5	52	43	18	20	18	1.89
13291872--13291979	44	2.4	45	77	10	123	43	18	14	23	1.87
13292130--13292174	22	2.0	22	86	0	63	42	22	11	24	1.86
13292949--13292981	17	1.9	17	93	0	57	3	9	9	78	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13293253--13293313	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
13293261--13293340	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
13295400--13295436	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
13297600--13297872	46	6.0	46	89	1	352	39	15	24	20	1.91
13297600--13297872	91	3.0	92	88	0	395	39	15	24	20	1.91
13297615--13297895	137	2.1	136	85	4	377	40	16	23	20	1.91
13301136--13301175	18	2.2	18	86	0	53	37	22	0	40	1.54
13301866--13301934	35	2.0	35	100	0	138	44	17	8	28	1.78
13303223--13303364	42	3.4	41	79	6	142	28	23	16	31	1.96
13303261--13303364	42	2.5	42	85	0	154	28	25	15	29	1.96
13308972--13309032	30	2.1	29	90	3	95	26	14	21	37	1.92
13315387--13315508	43	2.9	42	79	2	145	28	23	15	31	1.95
13317656--13317728	9	7.9	9	74	15	51	2	23	1	72	1.05
13317657--13317682	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
13318472--13318510	21	1.9	20	84	5	51	30	7	20	41	1.80
13319126--13319209	29	2.9	29	85	1	116	21	15	29	33	1.94
13322467--13322574	22	4.9	22	76	6	74	37	19	25	17	1.93
13322412--13322574	89	1.8	88	84	3	220	37	19	25	17	1.94
13322494--13322588	22	4.3	20	74	15	64	36	21	24	17	1.94
13323404--13323455	24	2.2	24	92	0	86	34	1	7	55	1.39
13326528--13326563	15	2.3	15	90	4	54	25	0	0	75	0.81
13326525--13326566	16	2.6	17	85	11	61	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13339692--13339737	19	2.4	19	82	7	58	26	4	0	69	1.07
13339763--13339850	19	4.7	18	69	21	56	25	7	2	64	1.32
13339816--13339867	27	2.0	27	85	11	72	25	5	0	69	1.10
13339799--13340011	20	11.4	18	68	16	96	26	4	2	66	1.24
13339678--13339868	18	10.4	18	68	16	76	25	5	2	66	1.27
13342604--13342629	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
13342792--13342832	14	3.0	14	86	10	50	63	0	0	36	0.95
13343080--13343136	15	3.6	15	75	24	55	35	0	3	61	1.13
13343362--13343386	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92
13343925--13343953	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
13348123--13348172	23	2.2	23	86	13	68	22	4	0	74	0.99
13348128--13348173	17	2.7	16	83	12	56	23	2	0	73	0.94
13348164--13348209	12	3.8	12	82	0	56	32	4	0	63	1.14
13348813--13348879	27	2.4	28	82	9	84	31	11	5	50	1.63
13349576--13349638	22	2.9	22	85	0	90	26	49	11	12	1.74
13362917--13363093	72	2.5	71	82	2	205	29	13	21	35	1.92
13363097--13364457	72	18.2	72	77	11	1001	29	16	19	34	1.94
13363111--13364710	374	4.2	364	76	11	1110	29	16	19	33	1.94
13363698--13364457	73	10.1	72	80	9	689	28	17	20	33	1.95
13363707--13364457	232	3.3	226	83	6	828	28	17	20	33	1.95
13363904--13364214	159	2.0	158	85	3	421	29	17	19	33	1.95
13364149--13364535	159	2.4	157	81	7	415	26	18	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13364731--13364898	89	1.9	90	83	3	223	29	17	19	33	1.95
13365579--13365641	22	2.9	22	87	0	99	25	50	11	12	1.73
13371443--13371508	29	2.2	30	81	2	80	42	13	7	36	1.73
13383257--13383309	6	8.3	6	80	12	61	13	62	1	22	1.40
13388788--13388904	56	2.1	57	90	3	182	25	18	5	49	1.70
13391674--13391727	24	2.2	24	80	9	65	25	24	14	35	1.94
13395014--13395101	39	2.3	38	75	9	88	56	1	2	39	1.19
13397394--13397424	16	2.0	15	93	6	53	58	0	0	41	0.98
13397690--13397731	20	2.3	19	80	15	52	23	0	2	73	0.94
13413539--13413571	16	2.1	16	100	0	66	12	18	18	51	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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