genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82020077--82020194	47	2.5	47	87	0	164	39	18	19	22	1.92
82024508--82024577	24	2.9	24	80	6	79	35	14	24	25	1.93
82038393--82038654	27	9.7	27	80	4	233	27	14	16	41	1.88
82038390--82038654	54	4.9	54	78	8	270	27	14	16	41	1.88
82038974--82039025	24	2.2	24	89	0	77	21	23	13	42	1.88
82038993--82039028	18	2.1	17	89	5	54	22	22	13	41	1.89
82042492--82042862	27	13.7	27	82	1	420	26	13	18	42	1.87
82042503--82042862	81	4.4	81	89	2	546	25	14	17	42	1.87
82043188--82043254	18	3.7	18	92	4	109	23	22	14	38	1.92
82046623--82046657	18	1.9	18	100	0	70	80	0	0	20	0.72
82046966--82047004	19	2.1	19	85	0	51	12	2	30	53	1.52
82054754--82054904	43	3.5	43	82	2	196	27	15	23	33	1.95
82066115--82066238	53	2.3	55	81	5	155	33	20	24	21	1.97
82074226--82074442	49	4.5	49	73	12	225	29	26	17	25	1.98
82077956--82078183	46	5.0	46	90	1	314	39	14	23	21	1.91
82088805--82088939	39	3.4	39	74	11	116	27	27	20	24	1.99
82089894--82089941	25	1.9	25	86	0	69	10	14	4	70	1.29
82091360--82091560	50	4.0	50	81	3	217	24	18	29	27	1.98
82093715--82093822	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82095416--82095560	54	2.7	54	93	2	238	16	24	24	35	1.95
82095420--82095575	27	5.8	27	81	10	176	18	25	22	33	1.96
82095420--82095573	81	1.9	81	84	5	204	18	25	22	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82103286--82103321	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
82111432--82111459	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
82113181--82113222	22	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
82113541--82113571	16	1.9	16	100	0	62	70	0	0	29	0.87
82113541--82113579	16	2.4	16	91	0	60	64	0	5	30	1.15
82117837--82118042	53	3.9	52	83	6	234	26	24	16	32	1.96
82123240--82123281	6	7.0	6	100	0	84	0	50	16	33	1.46
82123824--82123868	18	2.4	18	81	3	54	40	4	0	55	1.20
82131368--82131617	88	2.9	84	81	12	249	37	17	8	36	1.81
82131429--82131617	84	2.2	85	82	11	219	40	18	8	32	1.81
82131624--82131661	20	1.9	20	88	0	58	36	18	10	34	1.85
82131723--82131860	10	14.4	10	68	13	60	63	0	4	31	1.19
82131759--82131861	29	3.5	29	73	12	93	60	0	3	34	1.22
82131983--82132190	10	21.2	10	70	18	84	31	2	2	62	1.24
82131988--82132138	19	7.8	19	68	12	76	29	3	3	63	1.26
82132123--82132237	31	3.8	30	74	10	85	30	1	1	66	1.12
82137703--82138032	127	2.6	127	83	3	405	38	18	16	26	1.92
82138978--82139013	17	2.1	17	100	0	72	63	11	0	25	1.27
82140918--82141295	133	2.8	133	91	0	578	29	25	18	26	1.98
82140911--82141303	44	8.8	44	73	7	269	28	25	18	27	1.98
82152697--82153022	129	2.5	127	85	1	445	37	19	17	25	1.93
82153116--82153211	47	2.0	47	97	0	183	54	6	16	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82165932--82165971	20	2.0	20	100	0	80	40	30	5	25	1.77
82170022--82170106	43	2.0	43	100	0	170	43	18	7	30	1.77
82170128--82170277	75	2.0	75	98	0	291	33	18	6	42	1.76
82170585--82170634	25	2.0	25	88	7	75	38	24	20	18	1.93
82173674--82173736	31	2.1	30	88	5	92	33	0	12	53	1.39
82174064--82174122	18	3.2	19	66	9	59	57	5	16	20	1.58
82174047--82174120	36	2.1	36	100	0	148	58	5	20	16	1.57
82180781--82180820	21	1.9	21	84	0	53	47	0	17	35	1.48
82182176--82182223	7	6.9	7	90	0	78	0	14	2	83	0.74
82192893--82192931	18	2.1	18	90	4	60	51	0	0	48	1.00
82192930--82192977	22	2.2	21	80	20	55	41	0	0	58	0.98
82194028--82194061	13	2.5	13	95	4	59	14	5	23	55	1.61
82203027--82203065	15	2.6	15	95	0	69	56	5	7	30	1.49
82203197--82203401	9	22.0	9	71	15	116	32	0	21	45	1.56
82203268--82203402	51	2.6	52	90	3	211	34	0	20	45	1.51
82205842--82205976	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
82207535--82207565	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
82209770--82209879	40	2.8	40	86	2	152	25	21	18	34	1.96
82210364--82210393	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
82210537--82210609	22	3.3	21	79	7	83	24	0	31	43	1.54
82210945--82211052	42	2.6	41	85	5	148	24	22	19	34	1.97
82212070--82212119	22	2.3	22	82	3	57	48	16	8	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82227572--82227671	42	2.4	42	87	0	137	19	19	25	37	1.94
82227647--82227688	17	2.5	17	92	0	75	16	21	21	40	1.91
82227608--82227721	59	1.9	58	91	1	183	18	21	22	37	1.94
82227665--82227762	41	2.4	42	81	11	123	19	21	23	35	1.96
82232319--82232365	20	2.5	19	75	6	51	61	0	2	36	1.08
82238465--82238495	9	3.6	9	91	8	55	9	9	0	80	0.90
82238466--82238495	8	3.6	8	95	4	51	10	10	0	80	0.92
82238468--82238505	17	2.2	17	86	9	51	13	10	0	76	1.02
82238467--82238524	18	3.3	18	81	13	59	12	12	3	72	1.24
82238511--82238584	36	2.0	36	85	12	98	22	5	2	68	1.23
82238538--82238585	18	2.7	17	81	9	60	29	4	0	66	1.10
82238572--82238662	23	4.1	22	70	18	64	42	0	2	54	1.12
82238574--82238654	23	3.7	21	76	11	65	39	0	2	58	1.12
82238601--82238667	23	2.9	23	82	10	66	40	0	1	58	1.07
82238683--82238752	37	1.9	35	91	5	113	42	1	2	52	1.24
82238620--82238726	56	2.0	53	81	5	124	37	0	1	59	1.14
82239403--82239495	10	9.9	9	73	11	62	52	2	1	44	1.20
82239404--82239511	19	5.5	19	71	14	69	52	1	1	43	1.22
82239403--82239531	29	4.3	29	73	14	79	52	1	1	44	1.19
82239465--82239554	33	2.7	34	80	14	107	54	0	1	44	1.07
82239505--82239558	26	2.1	26	86	3	74	57	0	0	42	0.98
82243016--82243138	30	4.1	30	84	4	158	28	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82248403--82248445	18	2.3	18	88	4	59	39	0	0	60	0.97
82248713--82248775	26	2.4	27	81	10	76	46	1	3	49	1.27
82248964--82249001	18	2.2	17	86	13	51	36	0	0	63	0.95
82249261--82249355	21	4.2	22	71	11	59	53	2	0	44	1.12
82249261--82249355	22	4.2	22	69	17	70	53	2	0	44	1.12
82249343--82249414	36	2.0	37	84	13	96	68	4	5	22	1.28
82249338--82249389	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
82249432--82249462	8	3.8	8	91	8	53	80	0	9	9	0.90
82249432--82249462	9	3.6	9	95	4	55	80	0	9	9	0.90
82252289--82252343	18	3.0	17	86	10	65	25	1	3	69	1.15
82252301--82252365	30	2.2	29	81	10	71	29	3	3	64	1.23
82259291--82259336	23	2.0	24	86	4	67	32	4	2	60	1.28
82265105--82265192	33	2.7	33	90	0	140	34	18	10	37	1.84
82265178--82265254	32	2.4	32	84	4	93	38	23	11	25	1.89
82266897--82266946	22	2.3	22	96	0	91	38	8	20	34	1.82
82273979--82274028	21	2.5	20	77	22	52	62	2	4	32	1.25
82278765--82278803	20	2.0	20	84	0	51	46	10	5	38	1.60
82280290--82280321	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
82283896--82283959	19	3.4	19	66	12	60	6	32	14	46	1.69
82283882--82283959	37	2.1	38	97	2	149	6	28	15	50	1.68
82285711--82285758	25	1.9	25	87	8	71	58	4	16	20	1.55
82299889--82299935	23	2.0	23	84	12	60	27	2	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82299988--82300034	24	2.0	24	82	0	58	40	4	0	55	1.19
82306852--82306895	23	2.0	23	90	4	72	25	9	27	38	1.86
82309882--82309912	15	2.0	16	93	6	55	29	6	0	64	1.18
82310113--82310168	24	2.3	24	85	11	71	51	0	8	39	1.33
82310101--82310175	30	2.6	30	75	10	75	56	0	8	36	1.29
82317788--82317908	43	2.8	43	86	6	140	29	14	23	31	1.95
82323867--82323933	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
82324311--82324353	21	2.1	20	87	12	61	51	2	2	44	1.27
82324540--82324583	18	2.7	15	80	16	52	47	2	0	50	1.13
82324704--82324730	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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