genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  272  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89810830--89810872	16	2.5	17	78	14	52	32	0	2	65	1.06
89813558--89813592	16	2.2	16	89	0	52	8	17	0	74	1.06
89818489--89818517	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
89822313--89822361	20	2.5	20	89	0	80	59	4	0	36	1.17
89825024--89825066	10	4.4	10	79	5	52	76	9	0	13	1.01
89825032--89825068	19	1.9	19	88	0	56	75	8	0	16	1.02
89825383--89825416	15	2.1	17	89	10	54	76	5	11	5	1.14
89826517--89826546	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
89835219--89835326	26	4.2	26	89	4	173	35	24	7	33	1.83
89839398--89839439	17	2.5	17	100	0	84	57	4	4	33	1.41
89842114--89842160	23	2.0	23	95	0	85	31	12	21	34	1.91
89852430--89852479	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
89852698--89852730	12	2.8	12	86	13	50	78	0	21	0	0.75
89852702--89852730	13	2.3	13	94	5	51	79	0	20	0	0.74
89856319--89856468	67	2.2	68	80	10	173	32	17	28	21	1.96
89856275--89856526	68	3.8	64	75	9	181	30	16	28	24	1.97
89858816--89859020	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
89866777--89866981	27	7.6	27	85	5	252	30	27	15	27	1.96
89872120--89872167	21	2.3	22	79	17	57	4	29	2	64	1.23
89877935--89877959	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
89878792--89878899	42	2.5	43	80	1	128	27	18	22	31	1.97
89889750--89889796	4	12.0	4	78	13	53	2	25	0	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89889747--89889796	11	4.5	11	85	11	66	2	26	0	72	0.96
89894105--89894181	40	1.9	40	89	0	118	37	36	14	11	1.82
89897091--89897163	15	4.9	15	79	0	83	54	15	16	13	1.71
89905118--89905142	7	3.6	7	100	0	50	40	16	12	32	1.84
89905200--89905424	9	25.6	9	74	8	167	36	1	15	46	1.56
89905205--89905428	80	2.8	80	87	4	303	37	1	14	46	1.56
89905343--89905423	42	2.0	41	87	2	117	38	1	11	49	1.46
89905213--89905440	113	2.0	116	87	4	338	36	1	14	46	1.55
89906124--89906169	23	2.0	23	91	8	76	39	13	4	43	1.63
89906842--89906888	24	2.0	24	91	0	76	29	14	40	14	1.87
89907014--89907058	14	3.5	14	71	22	53	37	6	13	42	1.70
89908676--89908815	39	3.6	39	88	1	201	11	27	25	35	1.90
89909500--89909565	28	2.3	28	82	7	71	74	3	1	21	1.04
89912217--89912321	55	1.9	56	80	9	126	34	20	24	20	1.96
89912242--89912321	27	2.9	27	83	5	97	31	21	25	22	1.98
89912242--89912331	27	3.2	27	73	10	83	32	23	23	21	1.98
89912437--89912557	28	4.3	28	94	0	206	28	7	27	37	1.84
89912655--89912709	19	2.8	19	91	2	92	21	30	16	30	1.95
89913640--89913678	5	8.0	5	82	5	53	76	0	23	0	0.78
89915191--89915241	18	2.9	17	77	5	57	25	0	35	39	1.56
89915359--89915460	40	2.5	40	80	0	123	32	18	13	35	1.90
89916386--89916446	22	2.8	21	80	11	70	42	34	1	21	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89916528--89916607	38	2.2	36	88	8	117	45	26	2	26	1.66
89923934--89924491	278	2.0	277	99	0	1107	36	12	23	26	1.91
89925423--89925910	44	11.1	45	82	1	417	33	18	19	29	1.95
89925423--89925910	88	5.5	88	80	2	478	33	18	19	29	1.95
89925421--89925882	132	3.5	132	82	4	545	32	18	19	29	1.95
89925429--89925933	132	3.8	132	81	4	543	33	18	19	28	1.95
89927281--89927319	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
89927281--89927320	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
89930117--89930386	41	6.6	41	91	5	379	28	24	19	27	1.99
89937777--89938046	41	6.6	41	91	5	379	28	24	19	27	1.99
89939566--89939590	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
89942121--89942230	55	2.0	55	94	0	193	22	19	24	33	1.97
89945268--89945326	29	2.0	30	83	9	77	20	20	23	35	1.96
89945623--89945661	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
89945623--89945662	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
89948600--89948637	12	3.2	12	82	14	51	26	0	0	73	0.83
89948796--89948837	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
89951639--89951689	13	3.9	13	80	10	59	39	23	3	33	1.73
89953800--89953854	2	27.5	2	92	0	92	0	47	0	52	1.00
89959022--89959136	58	2.0	58	92	0	194	42	11	15	30	1.82
89968031--89968221	92	2.1	92	97	0	364	35	16	13	35	1.88
89980564--89980626	29	2.2	29	97	0	117	23	33	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89980293--89980921	330	1.9	330	95	0	1141	33	22	17	26	1.96
89989715--89989885	47	3.6	47	84	4	193	30	27	16	25	1.97
89992714--89992820	50	2.1	50	94	1	187	43	22	10	23	1.83
90002949--90002994	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
90002956--90003000	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
90007374--90007748	186	2.0	187	94	0	662	38	17	11	32	1.85
90021606--90021647	16	2.9	14	80	16	50	78	0	0	21	0.75
90021624--90021659	8	4.2	8	86	13	54	83	0	5	11	0.80
90021606--90021647	21	2.0	21	85	0	57	78	0	0	21	0.75
90025344--90025403	10	6.0	10	86	7	77	68	1	6	23	1.22
90026732--90026910	63	2.9	62	82	4	189	26	20	27	24	1.99
90030442--90030467	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
90033675--90033822	38	3.9	38	90	0	206	47	5	17	29	1.69
90044264--90044297	16	2.1	16	89	10	52	17	11	14	55	1.68
90051136--90051189	2	27.0	2	96	0	99	48	0	50	1	1.11
90053208--90053250	18	2.3	19	80	4	52	34	18	18	27	1.95
90059115--90059146	16	2.0	16	100	0	64	25	12	18	43	1.85
90062278--90062313	17	2.1	17	100	0	72	52	30	11	5	1.59
90062762--90062922	86	1.9	86	93	0	277	23	34	21	21	1.97
90069621--90069662	20	2.1	20	100	0	84	23	9	9	57	1.60
90087002--90087043	19	2.3	18	87	4	57	76	0	2	21	0.90
90088058--90088086	15	1.9	15	100	0	58	10	41	13	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90088772--90089432	44	14.7	44	74	8	402	29	20	17	31	1.96
90088772--90088969	85	2.3	85	79	5	202	31	19	18	31	1.95
90088791--90089429	133	4.7	133	75	9	389	29	20	17	32	1.96
90093876--90093925	25	2.0	26	88	4	75	48	0	24	28	1.52
90096613--90096646	16	2.1	16	94	0	59	23	5	2	67	1.26
90096836--90096884	22	2.1	24	81	7	57	32	2	8	57	1.40
90098200--90098228	13	2.2	13	100	0	58	51	6	13	27	1.66
90101451--90101540	42	2.1	43	83	2	110	31	24	18	25	1.98
90102708--90102742	17	2.1	17	100	0	70	31	40	28	0	1.57
90106632--90106680	16	3.0	15	80	14	53	63	2	2	32	1.17
90106784--90106843	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
90106902--90106966	14	4.6	14	75	19	55	56	1	4	36	1.29
90106910--90107041	25	5.6	25	74	12	100	55	3	6	35	1.40
90107523--90107576	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
90107518--90107616	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
90108296--90108816	89	5.8	91	79	7	374	36	17	17	28	1.93
90108259--90108837	87	6.5	90	79	8	485	37	17	16	28	1.92
90108638--90108673	14	2.6	14	100	0	72	55	5	13	25	1.60
90108418--90108837	185	2.3	178	81	6	463	37	17	17	28	1.92
90108332--90108837	274	1.9	267	81	6	624	36	17	16	28	1.92
90108744--90109453	73	9.3	74	75	14	523	34	20	16	28	1.94
90108766--90109453	146	4.5	150	80	10	707	33	20	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90109209--90109446	77	3.1	76	84	6	297	34	21	16	27	1.95
90109434--90109480	13	3.5	14	82	8	62	63	4	14	17	1.45
90109243--90109704	250	1.8	251	87	5	682	34	20	17	27	1.95
90109472--90109690	73	2.9	74	88	5	300	30	21	18	30	1.97
90114460--90114504	14	3.3	13	84	9	63	13	11	2	73	1.19
90114460--90114504	13	3.4	12	82	17	54	13	11	2	73	1.19
90114385--90114757	100	3.9	97	79	10	374	26	16	17	39	1.91
90114694--90115275	73	7.9	73	85	6	739	30	16	20	32	1.94
90114674--90115284	148	4.1	147	87	3	770	30	15	19	34	1.94
90114694--90115284	221	2.7	222	91	3	919	30	16	20	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311