genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77707421--77707882	96	4.8	96	86	1	611	31	20	15	33	1.93
77710847--77710881	13	2.7	13	100	0	70	34	5	20	40	1.76
77712215--77712332	43	2.8	42	77	7	130	22	17	27	31	1.97
77712504--77712544	20	2.0	20	100	0	82	34	0	24	41	1.55
77713924--77713953	14	2.1	14	93	0	51	26	6	10	56	1.57
77715018--77715188	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
77715012--77715185	46	3.8	46	79	10	201	28	28	21	21	1.99
77719940--77720212	46	5.9	46	88	1	332	21	23	14	41	1.89
77723890--77723941	17	2.9	17	75	10	50	59	0	5	34	1.21
77723983--77724043	26	2.3	28	86	10	85	72	1	4	21	1.13
77724012--77724119	53	2.1	48	77	15	112	58	5	10	25	1.53
77725733--77725911	72	2.5	72	85	0	234	24	17	24	34	1.96
77728114--77728148	12	2.9	12	84	16	54	22	17	17	42	1.88
77728842--77728900	25	2.3	26	81	18	72	52	5	0	42	1.23
77729984--77730091	52	2.1	52	98	0	207	48	21	12	17	1.81
77731055--77731162	53	2.0	53	91	3	173	44	12	4	38	1.62
77732942--77732972	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
77735921--77736224	72	4.3	72	80	5	289	24	16	23	35	1.95
77736345--77736370	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
77737153--77737217	32	2.0	32	93	0	112	20	10	40	29	1.86
77738826--77738871	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
77744861--77744900	13	2.9	14	79	20	57	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77744868--77744896	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
77749218--77749671	229	2.0	229	98	0	872	33	13	20	33	1.91
77750463--77750598	46	3.0	46	89	2	184	22	24	13	39	1.90
77753019--77753086	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
77755785--77756012	46	5.0	46	95	1	377	22	24	14	38	1.92
77758381--77758448	30	2.3	30	84	5	84	27	17	5	48	1.70
77758633--77758772	39	3.6	39	92	0	226	12	25	23	37	1.91
77761226--77761269	21	2.1	21	83	8	54	59	0	4	36	1.18
77761236--77761276	21	2.0	20	85	4	55	51	2	4	41	1.36
77762112--77762146	6	5.8	6	96	0	52	40	34	8	17	1.80
77762111--77762149	12	3.2	12	88	0	60	46	30	7	15	1.74
77762111--77762149	6	6.5	6	93	0	51	46	30	7	15	1.74
77770678--77771267	89	6.6	88	72	10	329	29	21	17	32	1.96
77770675--77771270	133	4.4	131	75	8	466	29	20	17	32	1.96
77770639--77771269	44	14.1	44	74	5	415	28	21	17	32	1.96
77772183--77772227	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
77772773--77772802	15	2.0	15	100	0	60	53	0	13	33	1.40
77774080--77774384	46	6.6	46	91	0	439	42	13	23	20	1.88
77775665--77775712	25	1.9	25	91	0	78	22	20	14	41	1.89
77777305--77777368	31	2.1	30	82	8	76	40	0	3	56	1.15
77779220--77779569	46	7.6	46	88	1	450	43	12	24	19	1.86
77779230--77779569	138	2.5	138	90	0	518	43	13	24	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77782038--77782081	22	2.0	22	95	0	79	34	18	11	36	1.86
77791593--77791617	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
77791922--77792031	4	27.5	4	72	7	71	64	1	10	22	1.35
77791922--77792028	20	5.3	20	78	8	101	64	1	11	22	1.35
77797969--77798056	43	2.0	43	100	0	176	27	22	26	23	2.00
77799942--77799991	18	2.7	18	78	9	57	44	4	32	20	1.70
77799969--77800041	24	3.0	24	75	0	83	45	0	32	21	1.53
77806181--77806219	20	2.0	20	85	5	53	58	0	5	35	1.20
77819536--77819583	25	1.9	25	82	0	60	45	0	2	52	1.12
77820790--77820836	15	3.1	15	74	17	51	46	0	0	53	1.00
77825035--77825079	23	2.0	23	86	8	65	28	2	8	60	1.39
77825912--77825943	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
77825912--77825942	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
77826462--77826494	13	2.7	12	90	9	57	0	9	0	90	0.44
77826463--77826506	22	2.0	22	86	4	61	0	6	4	88	0.62
77826462--77826509	12	4.2	11	82	17	53	0	6	6	87	0.67
77827468--77827530	30	2.1	30	93	0	108	22	3	15	58	1.51
77827917--77827955	19	2.1	19	85	0	51	48	5	2	43	1.38
77840045--77840090	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
77840052--77840096	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
77846774--77846819	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
77846781--77846825	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77848354--77848385	12	2.7	12	100	0	64	31	15	0	53	1.43
77849865--77850015	36	4.2	35	84	4	178	20	13	25	41	1.88
77850897--77850976	42	1.9	42	94	0	142	30	18	30	21	1.97
77851767--77851827	28	2.2	28	85	11	81	31	21	24	22	1.98
77851783--77851847	28	2.3	28	84	5	87	35	20	18	26	1.95
77852229--77852280	24	2.2	24	96	0	95	25	7	28	38	1.83
77853804--77853842	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
77853893--77853943	13	3.8	13	75	12	50	72	3	0	23	1.01
77854044--77854089	22	2.0	24	87	8	69	0	47	0	52	1.00
77858983--77859008	3	8.7	3	100	0	52	0	30	34	34	1.58
77863923--77863991	33	2.1	33	100	0	138	39	31	5	23	1.78
77863951--77864062	55	2.0	55	98	0	215	41	27	8	22	1.81
77864344--77864369	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
77864301--77864367	9	7.6	9	75	9	50	62	2	0	34	1.10
77870270--77870296	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
77881232--77881259	8	3.5	8	100	0	56	46	0	0	53	1.00
77882028--77882067	21	2.0	20	85	5	53	42	5	2	50	1.37
77883454--77883492	20	2.0	20	94	0	69	33	0	12	53	1.39
77883684--77883717	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
77883893--77883951	16	3.7	15	76	14	57	74	1	16	6	1.11
77884861--77884958	40	2.6	37	75	15	101	15	24	29	30	1.95
77887077--77887106	12	2.5	12	88	0	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77887784--77887880	33	3.1	33	70	27	111	36	0	10	53	1.35
77887782--77887900	60	2.0	60	93	3	204	34	0	11	53	1.37
77888179--77888251	27	2.7	27	76	4	76	24	24	27	23	2.00
77888293--77888350	27	2.1	27	84	6	73	68	3	0	27	1.05
77890288--77890660	187	2.0	186	88	2	552	24	17	29	27	1.98
77892630--77892682	28	1.9	27	88	3	79	28	16	26	28	1.97
77894625--77894654	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
77896502--77896735	41	5.6	40	68	11	130	26	19	29	25	1.98
77896558--77896760	42	4.8	43	71	15	163	28	17	28	25	1.98
77896531--77896760	84	2.7	84	95	0	406	27	18	28	25	1.98
77896544--77896776	43	5.5	43	72	14	189	27	18	29	25	1.98
77901900--77901955	25	2.2	25	96	0	103	44	14	16	25	1.84
77903769--77903879	57	2.0	56	90	1	177	27	19	18	34	1.95
77905329--77905363	16	2.2	16	90	10	54	82	2	2	11	0.88
77906723--77906898	46	3.8	46	78	12	198	21	20	28	29	1.98
77906720--77906890	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
77908863--77908891	13	2.1	14	93	6	51	68	3	6	20	1.27
77909429--77909487	32	1.9	30	86	6	82	33	15	1	49	1.55
77919132--77919220	30	3.0	30	89	0	133	22	1	43	32	1.61
77921005--77921128	35	3.5	35	83	6	144	19	8	29	42	1.81
77921863--77921988	63	2.0	63	96	0	234	36	12	15	35	1.85
77924663--77924689	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77925136--77925233	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
77925164--77925246	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
77929386--77929483	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
77929414--77929496	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
77931031--77931083	21	2.5	21	78	0	61	32	22	26	18	1.97
77932467--77932495	6	4.8	6	100	0	58	68	0	13	17	1.20
77935959--77936001	13	3.3	13	86	0	68	72	0	2	25	0.97
77935998--77936030	15	2.3	15	94	5	59	48	0	0	51	1.00
77936140--77936181	20	2.2	19	86	4	57	40	0	2	57	1.12
77936141--77936182	19	2.2	19	83	8	50	42	0	2	54	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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