genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19310356--19310487	40	3.3	40	81	7	133	36	27	12	23	1.91
19327699--19327780	26	3.2	25	70	17	78	32	23	23	20	1.98
19353034--19353109	38	2.0	38	100	0	152	26	15	13	44	1.83
19360435--19360607	46	3.7	46	78	13	192	20	19	30	30	1.97
19360428--19360600	93	1.9	93	92	0	292	20	19	30	30	1.97
19365786--19365829	22	2.0	22	86	8	63	56	2	0	40	1.11
19370928--19371055	43	3.0	42	78	6	132	29	26	16	27	1.97
19372361--19372389	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
19377935--19378014	40	2.0	40	97	0	151	22	31	15	31	1.94
19379309--19379449	46	3.0	45	75	11	124	29	30	19	19	1.97
19381357--19381428	30	2.4	30	77	13	76	54	16	18	11	1.71
19381357--19381419	15	4.2	15	79	4	65	55	14	19	11	1.68
19381361--19381428	15	4.5	15	76	7	50	52	17	19	10	1.72
19384272--19384405	46	2.9	47	76	12	150	29	30	20	20	1.97
19384280--19384420	46	3.0	45	73	11	115	29	29	19	20	1.97
19388560--19388593	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
19394323--19394403	33	2.4	35	75	10	87	30	23	17	28	1.97
19394711--19394765	26	2.1	27	86	6	78	23	14	23	38	1.92
19408390--19408539	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
19408414--19408597	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
19413766--19413799	18	1.9	17	94	5	59	50	0	2	47	1.16
19415305--19415336	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19415745--19415874	66	1.9	68	85	7	183	33	15	30	20	1.94
19417604--19417688	33	2.6	33	77	3	91	23	24	11	40	1.88
19420391--19420428	15	2.4	16	86	4	51	60	10	2	26	1.43
19434401--19434676	27	10.4	27	77	9	214	27	14	18	39	1.89
19434464--19434676	81	2.7	80	84	5	270	28	14	18	39	1.89
19435005--19435052	18	2.6	19	83	9	64	27	18	6	47	1.72
19439484--19439759	27	10.3	26	79	8	245	29	15	18	36	1.92
19439484--19439759	54	5.1	54	79	7	285	29	15	18	36	1.92
19439487--19439763	80	3.4	79	82	5	349	29	14	19	37	1.91
19440072--19440113	18	2.3	18	88	8	59	23	16	14	45	1.84
19444803--19444886	43	2.0	43	83	4	107	27	30	17	23	1.97
19462626--19462663	14	2.6	15	95	4	69	39	15	0	44	1.47
19466811--19467642	436	1.9	427	91	2	1360	35	11	18	34	1.86
19468778--19468946	84	2.0	84	97	0	320	22	17	28	31	1.96
19469293--19469331	20	1.9	21	85	15	55	20	23	0	56	1.42
19471508--19471573	26	2.5	26	76	14	71	30	9	15	45	1.77
19473158--19473268	35	3.2	35	83	5	143	28	7	20	43	1.78
19486173--19486309	50	2.8	49	80	3	132	29	19	11	39	1.87
19486220--19486333	50	2.3	48	83	3	138	26	20	11	42	1.86
19497755--19499688	966	2.0	966	99	0	3825	31	26	14	26	1.95
19507387--19507420	12	2.9	11	87	12	50	2	11	0	85	0.71
19508670--19508718	25	1.9	26	87	4	73	22	12	8	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19510688--19510718	5	6.2	5	92	0	53	77	0	22	0	0.77
19511849--19511888	19	2.1	19	95	0	71	57	5	7	30	1.48
19518732--19518757	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
19519901--19519943	16	2.7	16	77	0	50	53	18	18	9	1.70
19527988--19528019	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
19530484--19530523	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
19531022--19531116	40	2.4	39	80	5	109	24	14	27	33	1.94
19531097--19531156	28	2.1	28	87	0	84	30	11	26	31	1.92
19532160--19532305	66	2.2	63	81	10	152	21	25	30	23	1.99
19542195--19542305	40	2.8	40	84	0	150	25	18	24	32	1.97
19547807--19547923	62	1.9	61	89	5	184	51	3	3	41	1.35
19547916--19547988	24	3.0	24	74	20	62	58	4	1	35	1.25
19547959--19547988	11	2.6	12	89	10	53	66	0	0	33	0.92
19550232--19550311	41	2.0	40	85	9	108	15	42	22	20	1.88
19551370--19551496	49	2.6	49	87	2	166	21	25	22	29	1.99
19553705--19553745	20	2.0	20	100	0	82	31	4	39	24	1.76
19554299--19554485	51	3.7	51	83	1	214	36	16	23	24	1.94
19555800--19555859	30	2.0	30	90	0	93	43	15	23	18	1.87
19560140--19560208	16	4.2	16	94	3	120	39	37	0	23	1.55
19560140--19560208	33	2.1	32	94	2	120	39	37	0	23	1.55
19561468--19561499	13	2.5	13	94	0	55	34	3	9	53	1.49
19561696--19561735	21	2.0	19	90	9	62	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19562388--19562454	13	5.2	13	73	7	55	46	4	10	38	1.59
19562390--19562440	26	2.0	26	84	7	68	45	5	11	37	1.65
19564159--19564350	91	2.1	92	86	2	262	30	15	14	40	1.87
19566127--19566186	28	2.1	28	90	0	93	36	18	15	30	1.91
19574466--19574506	22	1.9	21	85	5	55	41	2	2	53	1.27
19578699--19578741	20	2.2	19	95	4	77	39	23	2	34	1.67
19579541--19579895	177	2.0	175	90	3	552	35	14	11	38	1.82
19581215--19581258	23	1.9	23	86	9	63	63	11	13	11	1.52
19582872--19582910	21	1.9	20	84	5	51	23	17	15	43	1.87
19587025--19587249	47	4.8	49	76	13	201	24	28	19	27	1.98
19587025--19587289	46	5.7	47	76	11	219	24	27	20	27	1.99
19590956--19591005	26	1.9	26	88	8	75	62	0	22	16	1.33
19590949--19590998	13	3.9	12	82	12	64	60	0	24	16	1.36
19590949--19591005	13	4.4	13	77	20	57	61	0	22	15	1.34
19596542--19596581	19	2.1	19	90	9	64	30	10	10	50	1.69
19600199--19600303	44	2.4	43	78	7	115	33	19	14	33	1.91
19600787--19600827	21	2.0	20	85	4	55	48	21	0	29	1.50
19607262--19607290	13	2.1	14	93	6	51	51	10	20	17	1.74
19620659--19620683	8	3.1	8	100	0	50	64	0	12	24	1.27
19621691--19621879	55	3.5	53	78	8	186	23	22	17	35	1.95
19621691--19621887	54	3.6	54	78	8	213	23	22	17	36	1.94
19625570--19625662	40	2.3	40	87	3	125	23	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19625598--19625714	40	3.0	40	83	7	141	24	26	22	26	2.00
19633491--19633583	40	2.3	40	87	3	125	23	26	23	25	2.00
19633519--19633596	40	2.0	40	94	0	138	24	25	21	28	1.99
19639271--19639378	26	4.2	26	90	0	171	36	24	7	32	1.83
19642383--19642580	55	3.6	54	82	4	229	22	24	18	34	1.96
19651225--19651258	11	3.1	11	82	0	50	52	2	2	41	1.31
19652595--19652639	13	3.4	13	87	3	63	60	0	24	15	1.36
19655094--19655478	43	9.0	43	83	2	443	27	16	26	29	1.97
19655088--19655474	171	2.3	170	81	4	445	27	16	26	29	1.97
19663647--19663709	26	2.4	26	74	10	65	26	17	15	39	1.90
19664627--19664700	35	2.1	35	97	0	139	27	12	24	36	1.91
19670893--19671136	121	2.0	121	94	2	427	38	17	14	29	1.89
19674261--19674596	47	7.1	47	93	2	557	31	8	30	28	1.88
19674715--19674793	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19676655--19676798	43	3.3	43	100	0	288	22	14	35	27	1.93
19676780--19676853	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
19677164--19677279	40	2.9	40	86	0	160	25	22	25	25	2.00
19681056--19681297	47	5.1	49	90	4	363	31	9	30	28	1.88
19681415--19681491	36	2.1	37	85	4	104	24	18	31	25	1.97
19683648--19683843	46	4.2	46	77	11	193	30	19	27	22	1.98
19754053--19754237	79	2.3	80	81	7	207	24	22	27	24	2.00
19754053--19754237	40	4.7	40	81	6	207	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19754106--19754260	79	2.0	79	82	7	190	25	21	27	25	1.99
19758621--19758705	43	2.0	43	88	0	125	35	25	14	24	1.93
19777334--19777397	26	2.5	24	80	12	65	56	3	26	14	1.53
19781481--19781642	43	3.8	42	80	5	166	27	14	24	32	1.95
19787154--19787436	48	5.9	48	93	0	467	34	6	28	31	1.81
19787577--19787685	37	2.9	37	93	0	173	22	18	30	28	1.97
19788935--19789255	40	8.0	40	90	0	480	21	22	29	25	1.99
19789412--19789466	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
19792828--19793110	48	5.9	48	95	0	494	33	6	28	30	1.82
19793251--19793322	37	1.9	37	91	0	117	22	19	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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