genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34482212--34482261	23	2.2	24	82	7	59	38	4	0	58	1.17
34486234--34486280	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
34486328--34486410	25	3.4	25	81	6	107	31	20	18	30	1.96
34486619--34486682	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
34494262--34494328	20	3.3	20	85	4	91	35	8	19	35	1.83
34494284--34494319	9	3.8	9	86	13	54	36	2	19	41	1.66
34494261--34494313	11	5.2	11	76	15	51	33	7	20	37	1.81
34494376--34494458	25	3.4	25	86	6	125	26	20	22	30	1.98
34494376--34494470	49	1.9	50	83	10	124	25	22	23	29	1.99
34494666--34494729	31	2.1	31	84	0	83	42	15	18	23	1.89
34496075--34496137	30	2.1	30	88	5	92	20	38	0	41	1.53
34496221--34496283	20	3.3	18	75	16	56	25	34	0	39	1.56
34496359--34496417	17	3.4	17	71	17	57	37	3	1	57	1.25
34522435--34522475	22	2.0	21	90	9	66	34	0	9	56	1.32
34523573--34523604	13	2.4	14	94	5	57	25	6	25	43	1.77
34524835--34525035	50	4.0	50	92	1	314	27	10	21	39	1.87
34524835--34525058	50	4.5	51	89	2	287	28	12	21	38	1.89
34526249--34526311	26	2.4	26	83	0	90	20	14	30	34	1.92
34527553--34527651	49	2.0	49	100	0	198	34	6	24	35	1.80
34530070--34530141	36	2.0	36	100	0	144	36	13	16	33	1.89
34533746--34533857	27	4.2	26	79	7	107	17	23	24	34	1.96
34541402--34541446	24	1.9	23	82	13	56	33	6	26	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34542912--34542961	22	2.3	22	96	0	91	38	14	22	26	1.91
34556594--34556658	31	2.1	31	94	0	112	36	9	16	36	1.81
34558158--34558182	8	3.1	8	100	0	50	40	12	0	48	1.40
34563746--34563833	31	2.9	31	89	5	126	44	17	15	22	1.86
34565381--34565470	36	2.4	36	82	10	94	30	23	18	27	1.98
34565365--34565470	38	2.8	38	80	13	114	30	24	19	25	1.98
34573236--34573460	40	5.7	40	84	5	242	26	27	22	24	2.00
34573238--34573460	119	1.9	120	81	8	276	26	26	22	24	2.00
34576349--34576395	10	4.6	10	80	12	51	36	2	2	59	1.21
34579311--34579335	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
34581213--34581382	49	3.5	47	77	5	171	24	27	19	28	1.98
34581411--34581524	48	2.4	47	88	1	165	22	28	20	28	1.98
34586662--34586766	42	2.4	42	79	12	104	28	13	24	33	1.93
34608952--34609040	25	3.6	25	80	3	99	20	25	21	32	1.97
34608953--34609065	50	2.3	51	78	10	126	23	23	19	33	1.97
34611569--34611623	26	2.2	24	83	6	65	10	12	0	76	1.02
34619162--34619300	60	2.3	60	81	6	156	28	25	19	27	1.99
34619293--34619338	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
34619305--34619348	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
34620663--34621031	185	2.0	185	100	0	738	45	20	14	18	1.85
34622993--34623110	43	2.8	42	80	6	123	26	19	23	30	1.98
34627701--34627919	46	4.7	46	77	8	196	30	21	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34630837--34630888	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
34640614--34640647	17	2.0	17	88	0	50	82	0	17	0	0.67
34641907--34642124	40	5.5	40	87	2	280	22	23	28	25	1.99
34649238--34649271	15	2.3	15	100	0	68	35	8	38	17	1.81
34651548--34651589	19	2.2	19	100	0	84	9	9	21	59	1.57
34657663--34657712	17	2.9	17	85	8	66	34	0	12	54	1.38
34658694--34658726	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
34659291--34659406	43	2.7	43	91	1	189	24	28	22	25	1.99
34662230--34662389	42	3.7	42	76	3	149	29	16	23	30	1.96
34665731--34665842	27	4.2	26	85	7	118	36	23	23	16	1.94
34665731--34665842	54	2.1	54	83	6	138	36	23	23	16	1.94
34673084--34673117	17	2.0	17	100	0	68	23	29	23	23	1.99
34675248--34675288	20	2.0	20	86	9	57	60	2	0	36	1.10
34679060--34679157	42	2.3	42	78	0	106	27	26	15	30	1.96
34682986--34683152	43	3.9	43	84	6	205	32	24	14	28	1.94
34684220--34684331	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
34684220--34684331	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
34685524--34685570	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
34688485--34688509	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
34694688--34694772	41	2.1	41	100	0	170	51	18	9	20	1.73
34695173--34695332	49	3.4	46	76	11	137	25	27	20	26	1.99
34695169--34695480	46	6.7	46	73	11	194	23	29	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34695169--34695486	93	3.4	92	77	11	312	24	29	19	26	1.99
34695954--34696002	20	2.5	20	93	0	80	32	20	0	46	1.51
34703946--34703990	21	2.1	21	100	0	90	37	8	40	13	1.76
34705284--34705394	56	2.0	56	96	3	206	37	10	18	33	1.85
34721773--34721815	21	2.0	21	90	0	68	37	9	16	37	1.81
34723084--34723205	46	2.7	46	89	2	174	25	22	18	33	1.97
34723084--34723205	23	5.3	23	76	3	111	25	22	18	33	1.97
34733135--34733211	17	4.7	17	71	20	74	41	2	1	54	1.22
34735684--34735738	19	2.8	19	97	2	101	29	16	32	21	1.95
34735836--34735900	28	2.3	28	83	0	76	35	29	4	30	1.78
34736006--34736096	28	3.2	27	83	7	110	21	23	21	32	1.98
34737177--34737211	10	3.4	10	84	7	52	28	8	8	54	1.60
34739813--34739877	28	2.3	28	89	0	94	30	29	7	32	1.85
34739983--34740073	28	3.2	28	87	4	130	21	24	21	31	1.98
34739993--34740084	28	3.2	28	84	7	114	23	26	18	31	1.97
34739993--34740098	56	1.9	55	82	7	133	21	24	18	34	1.96
34740527--34740567	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
34741694--34741869	46	3.8	45	79	8	185	27	19	28	24	1.98
34744667--34744819	73	2.1	74	81	8	188	34	18	24	21	1.96
34744702--34744871	26	6.8	26	75	10	115	34	18	24	21	1.96
34744798--34744881	26	3.2	26	87	0	114	35	22	22	19	1.96
34744945--34745026	24	3.4	23	73	9	65	39	19	25	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34749904--34749937	11	3.2	11	91	4	52	73	0	0	26	0.83
34749904--34749945	15	2.8	15	85	10	59	71	0	0	28	0.86
34751875--34751977	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
34752118--34752899	48	16.3	48	95	0	1314	29	27	7	35	1.85
34757557--34757703	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
34757603--34757783	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
34757600--34757783	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
34765405--34765511	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
34765411--34765631	80	2.8	80	79	7	193	27	27	20	25	1.99
34765451--34765631	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
34765448--34765631	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
34767187--34767223	11	3.5	11	92	3	58	29	43	16	10	1.82
34776192--34776237	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
34778750--34778799	25	2.0	25	96	0	91	42	8	18	32	1.79
34786649--34786860	46	4.5	48	81	8	199	24	29	18	27	1.98
34786694--34786901	46	4.4	49	76	15	131	23	27	19	28	1.98
34788408--34788492	30	2.7	31	89	8	104	44	12	15	27	1.83
34788431--34788492	30	2.1	30	100	0	124	48	12	16	22	1.80
34789436--34789495	31	1.9	31	89	0	93	28	1	11	58	1.43
34789732--34789765	17	2.0	17	88	0	50	70	5	0	23	1.09
34789709--34789757	21	2.4	20	77	12	55	69	2	0	28	1.00
34789807--34789857	7	7.3	7	100	0	102	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34789800--34789857	21	2.9	21	94	5	102	72	0	0	27	0.85
34790029--34790101	37	2.1	34	82	7	83	1	34	2	61	1.19
34793798--34793891	47	2.0	47	100	0	188	34	19	8	38	1.82
34799404--34799468	34	1.9	34	84	6	87	41	26	15	16	1.88
34799510--34799609	36	2.8	36	80	8	89	49	22	5	24	1.70
34799542--34799616	18	4.2	18	75	10	64	46	24	2	26	1.66
34810793--34810955	71	2.3	71	93	0	281	33	12	22	31	1.92
34810841--34812985	718	3.0	718	96	0	3976	36	15	17	31	1.91
34816562--34816606	22	2.0	22	100	0	90	44	4	24	26	1.72
34816631--34816784	42	3.7	42	85	2	211	29	24	15	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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