genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9698261--9698298	14	2.7	14	91	0	58	28	23	7	39	1.83
9701908--9701945	19	2.0	20	89	5	60	44	7	10	36	1.68
9702184--9702235	14	3.6	14	75	14	52	61	0	1	36	1.07
9713334--9713373	8	5.0	8	96	0	62	25	7	25	42	1.80
9713338--9713373	4	9.0	4	87	0	54	25	5	25	44	1.75
9725082--9725168	26	3.3	26	77	6	104	33	28	17	20	1.95
9731030--9731065	18	1.9	19	88	5	56	44	5	5	44	1.50
9731030--9731067	19	2.0	19	85	10	51	44	5	5	44	1.49
9733660--9733697	18	2.0	20	85	10	53	71	5	5	18	1.25
9733920--9733970	21	2.3	23	80	6	61	23	1	3	70	1.14
9750317--9750388	27	2.6	27	82	2	81	20	26	12	40	1.88
9750487--9750548	27	2.3	28	86	5	83	29	29	9	32	1.89
9750640--9750739	50	2.0	51	84	5	132	29	21	16	34	1.94
9756716--9756759	19	2.3	19	88	7	63	22	0	4	72	1.02
9768227--9768273	20	2.5	20	86	6	62	59	6	0	34	1.23
9770870--9770906	18	2.1	18	100	0	74	56	10	21	10	1.64
9770931--9770981	21	2.4	21	78	12	52	70	7	15	5	1.30
9773541--9773598	19	2.9	19	79	20	73	60	0	0	39	0.97
9774682--9774763	9	8.2	9	69	28	51	59	2	0	37	1.11
9774682--9774763	11	8.2	10	73	21	66	59	2	0	37	1.11
9774689--9774760	19	3.5	19	80	12	81	56	2	0	40	1.13
9775075--9775159	37	2.3	38	83	6	102	42	4	1	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9775075--9775159	19	4.5	19	73	10	68	42	4	1	51	1.30
9775793--9775890	19	5.1	18	75	18	83	73	2	1	23	1.00
9775793--9775898	28	3.5	30	71	17	83	72	1	0	24	1.00
9775793--9775891	39	2.5	38	78	15	112	72	2	1	24	1.01
9775793--9775885	21	4.7	20	74	11	84	73	2	1	23	1.01
9775790--9775891	38	2.6	38	79	15	120	71	1	0	25	1.02
9776157--9776230	26	2.9	26	75	13	82	44	2	0	52	1.15
9778597--9778630	18	1.9	18	88	5	52	35	8	2	52	1.47
9780932--9780997	27	2.5	26	80	12	80	31	6	3	59	1.37
9780946--9780999	25	2.1	26	86	10	76	33	7	1	57	1.37
9781552--9781831	125	2.2	125	90	0	443	28	16	17	37	1.91
9781552--9781872	125	2.6	125	86	1	410	28	17	16	37	1.92
9783810--9783845	18	2.0	18	94	0	63	52	5	13	27	1.63
9784656--9784763	53	2.0	53	90	0	171	32	13	19	34	1.91
9785177--9785362	73	2.5	73	84	0	246	24	24	27	24	2.00
9786036--9786094	25	2.4	25	85	0	73	27	25	28	18	1.98
9786180--9786252	26	2.8	26	85	2	103	34	23	20	21	1.97
9787445--9787535	30	3.0	30	86	0	119	25	31	14	28	1.94
9787529--9787639	38	2.9	38	76	8	107	27	22	10	38	1.88
9789881--9789922	21	2.1	20	86	8	59	9	35	0	54	1.33
9791946--9792024	30	2.6	30	85	0	113	25	30	13	30	1.94
9792031--9792138	36	2.8	38	84	8	148	26	21	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9798901--9798936	18	2.1	18	89	5	56	55	2	0	41	1.14
9798956--9798991	8	4.5	8	92	0	63	36	2	0	61	1.11
9799012--9799051	16	2.6	15	84	7	53	80	2	17	0	0.83
9809048--9809072	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
9809111--9809231	53	2.3	53	95	0	215	16	19	22	42	1.89
9809101--9809238	53	2.4	58	83	12	205	16	20	21	42	1.90
9809437--9809500	18	3.6	18	84	0	83	43	9	7	39	1.66
9809427--9809500	36	2.1	36	84	5	96	43	8	9	39	1.67
9815198--9815237	15	2.5	17	88	12	66	62	0	0	37	0.95
9815198--9815265	23	2.9	24	71	10	59	55	1	0	42	1.08
9815774--9815817	23	1.9	23	90	0	70	54	4	2	38	1.33
9817972--9818000	13	2.2	13	100	0	58	31	27	6	34	1.83
9819995--9820088	46	2.0	46	97	0	179	39	14	23	22	1.91
9830988--9831014	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
9833200--9833241	22	2.0	22	86	13	63	50	2	4	42	1.36
9833326--9833371	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
9833314--9833411	31	2.9	32	71	15	83	52	2	2	43	1.24
9834124--9834161	19	2.0	19	89	0	58	31	26	7	34	1.85
9834277--9834347	38	1.9	36	83	11	90	52	0	8	39	1.32
9834599--9834642	19	2.4	18	85	7	61	27	0	40	31	1.56
9837301--9837367	27	2.5	27	92	7	111	50	2	19	26	1.62
9838680--9838709	10	3.0	10	95	0	51	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9838680--9838709	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
9848200--9848246	21	2.2	21	96	0	85	21	46	19	12	1.82
9851043--9851909	432	2.0	432	99	0	1707	39	19	15	26	1.91
9852581--9852632	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
9856920--9856987	25	2.8	23	80	12	82	39	0	19	41	1.51
9859151--9859205	28	1.9	29	82	17	71	29	21	20	29	1.98
9861580--9861632	26	2.0	26	100	0	106	43	30	0	26	1.55
9861769--9861802	17	2.0	17	94	0	59	44	11	2	41	1.56
9869508--9869538	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
9874568--9874617	24	2.0	25	84	11	66	48	0	4	48	1.20
9875754--9875783	7	4.4	7	91	8	53	86	0	0	13	0.57
9875754--9875783	13	2.2	14	94	5	53	86	0	0	13	0.57
9875986--9876026	18	2.3	18	87	4	57	34	0	14	51	1.43
9878174--9878212	14	2.7	15	84	8	53	20	10	15	53	1.70
9888870--9888922	15	3.3	15	76	19	52	3	28	0	67	1.07
9888880--9888922	19	2.3	19	88	8	61	4	27	0	67	1.10
9897431--9897457	14	1.9	14	100	0	54	22	77	0	0	0.76
9899152--9899202	25	2.0	25	100	0	102	39	3	19	37	1.70
9901075--9901125	4	12.8	4	79	8	59	23	5	27	43	1.77
9901077--9901123	12	3.9	12	88	0	76	23	6	27	42	1.78
9903645--9903669	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
9903710--9903741	7	4.6	7	96	0	55	43	25	12	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9905813--9905947	67	2.0	67	97	0	252	40	15	11	31	1.84
9906396--9906435	4	10.5	4	84	10	57	47	25	0	27	1.52
9908111--9908446	34	9.2	36	70	14	172	42	9	19	28	1.82
9908098--9908325	109	2.1	109	85	1	305	42	10	19	28	1.84
9908233--9908398	73	2.3	73	88	2	244	40	9	21	28	1.83
9908124--9908504	182	2.1	182	81	3	446	41	11	19	27	1.85
9908306--9908718	109	3.8	109	83	2	488	40	12	20	27	1.88
9908565--9908882	164	1.9	164	85	0	438	38	12	22	26	1.90
9915624--9915676	16	3.3	16	74	10	54	35	26	5	32	1.80
9917393--9917542	42	3.5	44	78	9	168	24	16	26	33	1.95
9919722--9919763	21	2.0	21	86	9	59	2	23	0	73	0.94
9919729--9919762	13	2.5	14	90	4	52	0	23	0	76	0.79
9919966--9919992	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
9920821--9920853	5	6.8	5	93	6	59	81	0	0	18	0.68
9924430--9924527	51	1.9	52	87	2	144	64	10	1	24	1.31
9924470--9924502	12	2.8	12	95	4	59	51	15	0	33	1.43
9924513--9924578	27	2.4	27	82	5	78	66	0	1	31	1.01
9924543--9924587	23	2.0	23	86	0	63	64	0	2	33	1.06
9925053--9925140	31	2.8	31	88	6	126	22	32	32	11	1.90
9927382--9927416	14	2.5	14	95	0	61	37	20	5	37	1.76
9928608--9928639	8	4.0	8	95	0	55	50	21	0	28	1.49
9928626--9928916	62	4.7	62	93	1	487	48	8	6	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9930892--9931035	46	3.1	45	71	11	112	30	29	19	20	1.97
9935748--9935805	30	1.9	30	92	0	98	12	27	37	22	1.89
9945107--9945224	62	1.9	62	96	0	218	35	24	11	27	1.91
9949008--9949037	12	2.5	12	94	0	51	26	30	33	10	1.89
9954706--9954737	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
9954706--9954736	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
9955509--9955644	72	1.9	71	85	8	190	40	2	7	49	1.46
9956083--9956120	18	2.1	18	85	9	51	36	0	5	57	1.21
9956664--9956708	17	2.6	17	85	3	54	2	20	2	75	1.01
9961393--9961472	25	3.3	24	75	16	69	22	21	15	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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