genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63149842--63150041	52	3.8	53	83	6	228	24	14	21	40	1.90
63150377--63150426	18	2.8	18	90	0	82	24	20	14	42	1.88
63154729--63154853	47	2.7	45	83	13	148	22	21	28	28	1.99
63156195--63156308	27	4.3	26	80	6	122	36	23	20	19	1.95
63156443--63156523	27	3.0	27	80	7	101	23	20	20	34	1.97
63160759--63160934	40	4.4	40	84	5	225	26	27	22	23	2.00
63164302--63164459	45	3.6	45	87	4	207	24	22	26	25	2.00
63168764--63168799	16	2.2	16	95	0	63	47	13	25	13	1.80
63169012--63169101	29	3.1	28	87	7	128	28	13	27	30	1.94
63170592--63170677	45	1.9	45	90	4	138	25	26	19	27	1.99
63181823--63181883	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
63184124--63184157	11	3.0	11	91	4	50	50	8	17	23	1.74
63184129--63184159	11	2.8	11	95	0	53	54	6	19	19	1.65
63197918--63197990	36	2.0	36	97	0	137	30	24	26	19	1.98
63197923--63197999	36	2.1	36	88	4	111	32	27	23	16	1.96
63199100--63199196	28	3.6	27	73	20	94	6	35	1	57	1.30
63200905--63200951	17	2.8	17	83	0	58	8	8	4	78	1.07
63200894--63200957	11	5.6	11	75	15	51	10	9	3	76	1.12
63200905--63200957	23	2.3	23	83	0	61	9	9	3	77	1.11
63206645--63206684	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
63209484--63209530	23	2.0	23	100	0	94	38	29	12	19	1.89
63219229--63219256	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63220627--63220691	31	2.1	31	91	0	103	40	15	13	30	1.86
63221980--63222018	15	2.6	16	84	15	57	0	10	2	87	0.65
63225562--63225600	20	2.0	20	89	0	60	41	5	0	53	1.23
63231873--63231909	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
63232121--63232180	30	2.0	31	86	3	86	21	40	0	38	1.54
63232721--63232757	17	2.2	17	90	4	58	51	2	5	40	1.39
63239490--63239528	15	2.5	15	83	4	51	69	0	0	30	0.89
63240225--63240285	5	12.2	5	100	0	122	60	0	0	39	0.97
63240525--63240579	25	2.2	26	83	9	69	32	9	5	52	1.56
63240894--63240943	25	2.0	25	100	0	100	20	12	8	60	1.57
63243745--63243776	13	2.5	13	94	0	55	43	0	18	37	1.51
63243801--63243841	21	2.0	21	85	9	57	43	0	24	31	1.54
63249397--63249653	40	6.5	40	86	2	333	23	22	28	25	2.00
63263367--63263436	32	2.2	32	94	0	122	15	27	22	34	1.95
63269733--63269861	54	2.4	54	97	0	240	31	27	17	23	1.97
63279045--63279206	40	4.1	40	91	3	256	22	21	28	27	1.99
63285091--63285123	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
63286157--63286182	11	2.4	11	100	0	52	0	15	23	61	1.33
63291062--63291263	42	4.6	42	73	10	172	28	24	17	28	1.98
63292421--63292461	20	2.1	19	86	9	55	29	4	14	51	1.63
63309265--63309290	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
63311111--63311286	46	3.8	45	76	10	185	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63311107--63311278	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	27	1.98
63316212--63316327	61	2.0	59	86	5	155	50	6	4	39	1.47
63316312--63316366	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
63324053--63324095	20	2.0	23	86	13	65	20	4	27	46	1.71
63340954--63341066	42	2.7	43	76	15	126	27	21	18	32	1.97
63353175--63353267	43	2.2	43	90	5	152	52	13	5	27	1.62
63357908--63358005	43	2.3	44	89	3	146	48	13	6	31	1.66
63362338--63362384	5	9.4	5	95	0	85	38	2	21	38	1.65
63374737--63374807	21	3.2	22	80	8	81	28	5	19	46	1.72
63374853--63374917	21	3.2	21	80	10	82	18	0	24	56	1.41
63389226--63389584	46	7.7	46	72	12	232	29	20	27	22	1.98
63389229--63389588	94	3.9	93	79	8	394	29	20	27	22	1.98
63391598--63391778	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
63391595--63391778	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
63399440--63399620	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
63399437--63399620	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
63485171--63485310	37	3.7	39	80	12	116	25	28	21	25	1.99
63485214--63485334	38	3.2	37	85	6	147	23	29	22	23	1.99
63485214--63485387	76	2.3	77	81	9	196	24	28	22	24	1.99
63488482--63488603	39	3.2	38	85	7	151	26	22	27	23	1.99
63488482--63488624	77	1.9	76	79	7	164	26	22	27	23	1.99
63489989--63490042	14	3.9	14	85	9	83	35	0	12	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63490442--63490493	21	2.5	21	96	0	95	13	26	28	30	1.94
63490670--63490713	20	2.2	20	84	11	56	54	0	18	27	1.44
63492262--63492428	39	4.3	39	81	7	189	25	20	28	25	1.99
63492209--63492428	39	5.7	38	77	14	177	25	20	28	25	1.99
63492208--63492426	76	2.8	77	80	8	239	26	20	28	25	1.99
63498471--63498524	23	2.5	21	80	19	51	37	0	0	62	0.95
63499561--63499589	10	2.7	11	89	10	51	62	0	0	37	0.96
63501241--63501286	21	2.2	22	84	7	60	52	4	6	36	1.47
63502204--63502261	30	1.9	30	100	0	116	50	3	34	12	1.57
63502399--63502503	46	2.3	46	95	3	187	20	3	9	65	1.37
63504645--63504772	45	2.9	45	88	5	167	23	30	23	22	1.99
63504765--63504914	38	3.9	38	91	0	210	28	24	23	24	1.99
63516019--63516059	21	1.9	22	85	5	57	48	0	2	48	1.14
63515972--63516501	262	2.0	262	97	0	997	33	10	9	46	1.71
63521419--63521594	46	3.8	46	80	10	205	19	21	30	28	1.98
63521415--63521587	93	1.9	93	93	0	301	20	21	30	27	1.98
63523565--63523600	18	2.0	19	89	10	58	36	27	8	27	1.86
63537379--63537432	25	2.2	24	83	9	65	59	1	3	35	1.26
63538103--63538146	22	2.0	21	83	12	54	54	0	6	38	1.27
63538456--63538545	41	2.2	41	97	0	171	42	6	11	40	1.67
63552643--63552686	22	2.0	22	100	0	88	54	13	4	27	1.58
63552646--63552686	11	3.7	11	86	0	64	58	12	2	26	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63553153--63553209	29	2.0	29	96	0	105	31	10	15	42	1.81
63561502--63561627	46	2.7	46	95	0	216	21	22	26	29	1.99
63562515--63562623	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
63562770--63563160	48	8.1	48	91	1	622	30	26	7	36	1.83
63572771--63572942	46	3.8	45	79	11	197	22	21	26	29	1.99
63572768--63572937	92	1.8	92	93	0	295	22	21	27	28	1.99
63581502--63581544	21	2.0	21	100	0	86	34	9	4	51	1.55
63581814--63581864	24	2.1	23	82	7	57	39	21	21	17	1.93
63587414--63587638	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
63587414--63587661	119	2.1	119	82	7	290	25	21	27	25	2.00
63594342--63594566	40	5.7	40	83	5	269	25	21	27	25	2.00
63598816--63598860	22	2.0	22	87	8	65	26	48	4	20	1.68
63602038--63602119	29	2.9	29	83	8	114	23	14	32	29	1.94
63610363--63610494	53	2.5	53	78	2	138	38	19	21	20	1.93
63613454--63613563	31	3.5	31	96	0	202	26	25	18	30	1.98
63613587--63613678	42	2.2	42	90	0	139	34	21	13	30	1.91
63613811--63613972	26	6.3	26	85	2	215	28	22	20	27	1.99
63614022--63614108	20	4.3	20	89	2	131	32	18	9	40	1.82
63614816--63614879	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
63614913--63615043	54	2.4	54	85	2	165	30	8	20	40	1.82
63614912--63615063	27	5.7	26	76	9	108	29	7	21	40	1.82
63614961--63615103	27	5.3	27	71	6	94	29	10	22	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63615095--63615186	27	3.4	27	86	0	130	45	8	18	27	1.78
63615111--63615386	27	10.1	27	74	7	101	35	8	21	34	1.83
63615178--63615296	27	4.3	26	79	11	105	28	8	24	38	1.84
63628155--63628256	40	2.6	40	87	7	138	23	28	23	24	2.00
63630901--63631121	40	5.6	39	86	3	248	23	20	27	28	1.99
63637897--63637967	27	2.6	27	76	12	65	35	15	28	21	1.94
63641059--63641093	16	2.1	16	89	5	52	37	0	34	28	1.58
63651550--63651580	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
63651547--63651586	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
63652458--63652684	41	5.5	41	86	4	305	20	18	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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