genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6711172--6711571	87	4.6	87	73	13	327	27	18	20	34	1.96
6711258--6711662	176	2.3	176	87	5	566	27	18	20	33	1.96
6717748--6717796	5	9.6	5	78	12	55	79	0	0	20	0.73
6717748--6717796	15	3.2	15	85	8	64	79	0	0	20	0.73
6730782--6730866	43	1.9	43	81	9	100	60	3	3	32	1.31
6732769--6732881	43	2.7	43	84	6	142	26	16	25	30	1.97
6733286--6733383	19	5.2	19	91	7	155	38	9	16	35	1.80
6733276--6733361	36	2.4	35	83	14	106	39	9	15	36	1.79
6733305--6733361	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
6733286--6733383	36	2.6	37	88	9	144	38	9	16	35	1.80
6736072--6736096	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
6738621--6738654	7	4.9	7	86	13	52	88	0	11	0	0.52
6738622--6738657	13	2.7	14	87	12	58	88	0	11	0	0.50
6739616--6740400	44	17.9	43	71	14	468	29	14	25	29	1.95
6739584--6739961	132	2.9	130	89	1	549	29	15	24	30	1.95
6739747--6740336	176	3.4	175	91	0	910	29	14	25	29	1.95
6740457--6740625	90	1.9	87	82	8	207	30	17	24	27	1.97
6740456--6740731	44	6.2	43	69	11	173	30	17	23	28	1.97
6740460--6740790	44	7.3	46	67	14	163	31	17	23	28	1.97
6740453--6740808	134	2.6	134	86	1	462	31	16	23	28	1.96
6740795--6740949	45	3.5	45	80	7	172	32	12	28	26	1.93
6741615--6741655	20	2.0	21	85	4	57	31	12	12	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6746087--6746195	51	2.1	51	83	3	130	31	31	18	19	1.96
6749222--6749258	19	1.9	19	88	0	56	37	16	8	37	1.78
6756232--6756274	22	2.0	22	86	4	61	23	4	6	65	1.37
6759866--6759903	19	2.0	19	100	0	76	21	36	0	42	1.53
6760758--6760828	17	4.1	17	74	16	65	56	0	0	43	0.99
6760796--6760825	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
6761925--6761986	27	2.4	27	81	5	74	61	1	8	29	1.34
6762063--6762090	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
6762229--6762273	15	2.9	15	90	6	63	64	2	8	24	1.34
6762241--6762357	29	4.0	29	66	8	76	60	0	10	28	1.35
6763865--6764092	46	5.0	46	92	1	350	37	15	24	22	1.93
6771116--6771148	12	2.8	12	95	0	57	63	0	9	27	1.24
6772067--6772122	10	5.7	9	83	12	58	69	1	5	23	1.18
6772061--6772122	20	3.1	19	81	11	70	69	1	6	22	1.20
6772063--6772120	30	1.9	30	89	6	91	70	1	6	20	1.19
6779689--6779740	20	2.5	20	84	3	68	53	9	9	26	1.64
6790465--6790588	41	3.2	39	73	12	119	32	24	16	26	1.96
6791483--6791529	20	2.4	20	78	3	51	2	29	4	63	1.25
6791563--6791635	5	14.8	5	97	2	139	58	0	0	41	0.98
6797725--6797852	38	3.3	38	84	2	157	34	25	18	21	1.96
6797762--6797881	38	3.1	38	82	9	136	29	24	22	24	1.99
6797730--6797881	76	1.9	78	80	7	175	30	25	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6800901--6800944	18	2.5	18	86	13	65	43	0	0	56	0.99
6800906--6800954	10	5.1	10	76	14	50	48	0	0	51	1.00
6800905--6800947	15	2.8	15	83	16	61	46	0	0	53	1.00
6806749--6806778	14	2.1	14	93	0	51	30	0	10	60	1.30
6813017--6813150	69	1.9	70	90	1	216	32	13	17	36	1.88
6814211--6814472	45	5.9	45	87	4	347	24	20	29	25	1.99
6817315--6817450	55	2.4	55	80	8	150	42	1	3	52	1.28
6830453--6830482	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
6831380--6831438	30	2.0	30	100	0	118	45	3	13	37	1.60
6835375--6835540	52	3.3	50	81	11	137	31	24	15	28	1.95
6835405--6835555	52	2.9	52	82	6	180	32	25	13	28	1.94
6835664--6835713	25	2.0	26	88	7	77	42	34	6	18	1.74
6837885--6838217	131	2.6	130	84	5	433	26	17	19	36	1.94
6839692--6839737	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
6843566--6843689	64	1.9	64	90	0	194	31	16	13	37	1.88
6843799--6844551	89	8.6	87	77	4	669	32	18	24	24	1.97
6843799--6844530	176	4.2	176	88	1	1047	32	18	25	24	1.97
6843799--6844444	261	2.5	261	78	4	618	32	18	25	24	1.97
6843799--6844530	350	2.1	353	87	1	1078	32	18	25	24	1.97
6843773--6844554	88	8.9	90	75	8	621	32	18	24	24	1.97
6844929--6844978	25	2.0	26	88	7	77	42	32	6	20	1.76
6847206--6847467	132	2.0	131	93	2	454	26	19	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6850502--6850543	16	2.6	16	84	0	66	42	23	23	9	1.83
6850933--6851073	27	5.2	27	82	11	182	17	25	23	33	1.96
6850930--6851073	54	2.7	54	94	2	245	17	25	23	33	1.96
6850933--6851091	81	2.0	80	84	8	207	18	25	22	33	1.97
6860946--6860998	17	3.1	16	86	13	70	64	1	0	33	1.05
6860928--6860994	18	3.7	18	80	13	68	67	1	1	29	1.09
6875486--6875539	22	2.5	22	84	9	74	20	24	7	48	1.75
6875704--6875757	22	2.3	23	71	9	56	24	16	7	51	1.69
6886532--6886706	96	1.8	96	87	0	260	38	17	32	12	1.86
6888311--6888356	22	2.1	22	91	0	74	17	28	13	41	1.86
6891849--6892147	137	2.2	138	79	3	327	23	16	21	38	1.93
6891773--6892147	69	5.5	68	76	4	281	22	16	21	39	1.92
6906896--6907129	117	2.0	117	97	0	441	35	12	26	26	1.92
6907267--6907619	174	2.0	174	96	0	652	37	13	29	19	1.89
6908273--6908298	6	4.3	6	100	0	52	34	34	30	0	1.58
6915282--6915315	16	2.1	16	88	0	50	58	11	0	29	1.33
6915866--6915899	10	3.4	10	88	11	52	38	0	0	61	0.96
6915919--6915945	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
6916104--6916294	99	1.9	99	95	0	346	41	13	12	33	1.81
6917113--6917143	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
6917995--6918042	21	2.2	21	82	10	53	29	0	20	50	1.49
6930114--6930167	27	2.1	26	82	6	65	48	0	1	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6931710--6931775	33	1.9	33	82	14	80	24	37	15	22	1.92
6932075--6932171	36	2.8	36	76	6	92	29	17	18	34	1.94
6932155--6932252	29	3.4	29	83	7	101	32	25	21	20	1.97
6932186--6932318	70	1.9	70	85	3	187	28	26	24	21	1.99
6934215--6934321	24	4.2	26	74	10	80	15	26	23	34	1.95
6935134--6935159	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
6935966--6935992	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
6938776--6938840	28	2.3	28	78	7	69	49	0	6	44	1.27
6941124--6941163	21	1.9	21	84	0	53	45	5	12	37	1.64
6944482--6944557	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
6944644--6944672	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
6944777--6944815	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
6951828--6951903	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
6951990--6952018	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
6952123--6952161	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
6973068--6973109	14	3.1	14	82	3	50	73	0	26	0	0.83
6973282--6973389	33	3.4	33	71	20	104	36	0	11	52	1.37
6973266--6973399	60	2.2	61	88	4	200	31	0	11	56	1.35
6981205--6981248	21	2.0	21	83	12	54	38	9	20	31	1.84
6983868--6983964	30	3.2	30	68	8	79	45	7	1	46	1.37
6983870--6983986	61	1.9	61	89	0	180	42	10	1	45	1.48
6984687--6984740	24	2.2	24	78	12	65	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6996695--6996798	52	2.0	52	94	0	181	28	20	16	34	1.94
7002771--7002811	16	2.5	17	80	8	57	63	4	2	29	1.28
7005445--7005525	23	3.6	22	80	11	101	33	18	22	25	1.97
7008786--7008835	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
7013302--7013356	21	2.7	21	81	13	69	61	3	3	30	1.30
7019241--7019283	22	1.9	22	85	4	59	74	2	13	9	1.16
7025600--7025728	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
7025704--7025821	31	3.8	31	91	4	193	27	19	27	24	1.99
7025846--7025969	47	2.7	46	86	2	167	26	16	27	29	1.97
7025940--7026037	42	2.3	42	89	3	153	31	14	26	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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