genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72856926--72856966	21	2.0	21	85	9	57	7	17	2	73	1.17
72867131--72867159	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
72867236--72867265	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
72867347--72867394	20	2.3	21	82	17	64	56	6	2	35	1.36
72868170--72868204	14	2.4	15	95	4	63	62	5	2	28	1.32
72870126--72870629	89	5.6	89	82	5	551	34	18	17	29	1.94
72870252--72870286	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
72870022--72870629	180	3.4	177	84	7	718	34	19	17	28	1.94
72870522--72870557	14	2.6	14	90	0	54	52	2	19	25	1.59
72870536--72870698	73	2.2	73	91	3	265	31	21	17	28	1.96
72882849--72882877	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
72883857--72883891	14	2.4	15	95	4	63	62	5	2	28	1.32
72888469--72888535	27	2.7	23	72	24	64	17	4	31	46	1.68
72888442--72888524	27	3.0	28	89	3	123	19	3	30	46	1.66
72888727--72888834	21	5.1	21	84	5	119	14	22	25	37	1.93
72889914--72890063	46	3.1	46	72	14	140	25	16	28	30	1.97
72895313--72895389	40	1.9	40	91	0	127	36	35	14	14	1.86
72897033--72897078	11	4.4	11	72	10	51	4	17	0	78	0.91
72897033--72897093	31	2.1	30	84	9	81	6	14	0	78	0.94
72897040--72897085	20	2.3	20	88	7	67	6	13	0	80	0.89
72899993--72900031	20	2.0	20	100	0	78	30	7	10	51	1.64
72901773--72901801	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72901824--72901864	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
72903543--72903613	21	3.3	21	96	4	124	12	26	28	32	1.93
72903554--72903624	21	3.4	21	94	0	106	15	28	26	29	1.96
72903530--72903638	42	2.5	42	83	2	128	16	22	24	35	1.95
72918073--72918360	48	6.0	48	94	1	508	34	5	28	31	1.81
72918501--72918603	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
72919888--72920213	40	8.2	40	97	0	593	23	20	29	26	1.99
72920276--72920404	29	4.5	28	75	8	100	22	17	29	30	1.97
72920244--72920432	57	3.3	57	84	2	229	22	18	29	29	1.97
72920248--72920404	28	5.6	27	74	8	125	22	19	28	29	1.98
72944947--72945026	40	2.0	40	80	9	92	22	10	1	66	1.29
72944951--72945034	19	4.3	20	70	20	61	22	8	1	67	1.24
72953217--72953325	49	2.3	47	81	9	125	28	16	8	46	1.75
72954684--72954726	21	2.1	20	82	4	50	27	6	0	65	1.18
72969564--72969606	23	1.9	22	85	4	59	62	6	2	27	1.33
72972658--72973010	95	3.7	95	87	0	456	31	20	15	31	1.94
72972683--72972964	51	5.8	51	72	12	225	30	22	15	31	1.95
72972745--72973046	44	6.5	44	73	10	228	30	22	15	31	1.95
72977846--72977985	48	2.9	50	88	4	198	27	22	23	26	2.00
72996319--72996348	10	2.9	10	95	5	51	30	0	3	66	1.07
72997958--72998096	48	2.9	48	88	1	199	30	15	23	30	1.95
72998060--72998136	38	2.0	38	94	0	136	28	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73000958--73001133	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
73000954--73001126	93	1.9	93	92	0	292	21	21	29	27	1.99
73007141--73007201	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
73007633--73007700	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
73011060--73011143	42	2.0	42	97	0	159	51	11	20	16	1.76
73018400--73018445	19	2.5	19	82	3	67	39	0	10	50	1.38
73018636--73018673	13	2.9	13	85	11	51	57	0	2	39	1.12
73018928--73018958	10	3.2	10	90	9	55	54	0	0	45	0.99
73019141--73019197	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
73027996--73028039	21	2.1	21	95	0	79	36	22	2	38	1.67
73049746--73049784	18	2.2	18	85	0	51	23	15	12	48	1.79
73052818--73052973	3	52.0	3	66	18	67	30	7	2	60	1.37
73052820--73052865	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
73052965--73053020	14	4.2	13	80	8	51	35	0	10	53	1.36
73052983--73053014	17	1.9	16	93	6	55	34	0	12	53	1.39
73053221--73053310	45	2.0	44	82	6	110	33	4	3	58	1.34
73053215--73053310	22	4.4	22	76	6	88	33	4	3	59	1.32
73053487--73053546	27	2.2	28	87	3	86	36	6	5	51	1.50
73054980--73055033	22	2.5	22	100	0	108	24	53	7	14	1.66
73056765--73056872	26	4.2	26	93	0	180	36	23	7	33	1.83
73075015--73075083	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
73075070--73075100	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73075415--73075447	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
73078328--73078386	22	2.6	23	76	10	59	11	15	3	69	1.31
73079540--73079571	15	2.1	16	88	11	50	18	12	6	62	1.50
73084622--73084731	58	1.9	58	88	5	170	31	23	17	27	1.97
73086528--73086789	52	5.2	51	73	12	188	24	16	27	31	1.96
73090452--73090533	40	2.0	40	92	0	137	42	12	15	29	1.83
73101417--73101642	94	2.4	93	81	7	278	31	15	25	27	1.95
73109314--73110044	365	2.0	365	99	0	1444	34	16	18	29	1.94
73117818--73117890	22	3.1	25	76	23	77	30	5	8	56	1.51
73119279--73119311	6	5.3	6	92	7	57	84	0	0	15	0.61
73119279--73119311	13	2.7	12	95	4	57	84	0	0	15	0.61
73121880--73121933	21	2.6	21	90	0	81	31	33	20	14	1.93
73123413--73123471	31	1.9	31	86	6	84	38	18	11	30	1.87
73124158--73124245	45	2.0	45	93	2	151	32	3	7	55	1.45
73130358--73130423	33	2.0	33	96	0	123	43	13	15	27	1.84
73131164--73131191	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
73143776--73143847	31	2.3	32	85	2	101	44	11	13	30	1.79
73151558--73151837	46	6.6	45	83	10	290	35	14	21	28	1.93
73151596--73151706	37	3.0	37	91	0	186	38	12	19	28	1.89
73153568--73153621	24	2.2	24	83	9	65	35	1	7	55	1.39
73154267--73154603	128	2.6	127	85	2	440	27	16	19	36	1.93
73165908--73166212	45	6.8	44	73	10	208	32	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73166004--73166305	90	3.4	88	74	14	301	33	20	18	27	1.96
73165916--73166170	135	1.9	133	83	3	332	31	20	20	28	1.97
73165964--73166301	180	1.9	181	89	4	531	32	20	19	26	1.97
73168108--73168162	24	2.2	26	84	12	71	34	1	7	56	1.38
73169853--73169917	31	2.1	31	100	0	130	33	15	3	47	1.61
73172610--73172721	56	2.0	56	87	0	161	15	24	14	46	1.82
73175784--73175839	11	4.7	12	76	22	55	39	0	1	58	1.08
73175874--73175907	17	1.9	18	88	5	52	52	0	8	38	1.33
73176034--73176080	24	1.9	25	82	4	60	46	6	8	38	1.60
73176097--73176139	22	2.1	22	87	12	65	34	0	2	62	1.08
73183065--73183117	6	8.7	6	78	12	54	16	0	5	77	0.96
73183706--73183747	21	2.0	20	86	4	57	19	38	26	16	1.92
73183800--73183850	21	2.4	21	83	6	59	15	33	25	25	1.95
73183833--73183874	22	1.9	22	90	9	68	11	35	23	28	1.91
73200428--73200458	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
73202614--73202755	43	3.3	43	81	3	144	30	26	18	25	1.98
73205567--73205624	26	2.2	26	90	0	89	34	5	22	37	1.76
73207107--73207159	26	2.0	26	85	7	72	39	22	11	26	1.88
73210558--73210594	15	2.5	15	84	16	51	48	29	0	21	1.50
73210774--73210823	22	2.3	22	79	3	57	36	34	2	28	1.69
73210840--73210893	15	3.7	15	76	16	51	40	35	1	22	1.65
73210851--73210892	22	2.0	21	85	4	57	40	38	0	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73211108--73211153	22	2.1	22	88	4	67	26	0	23	50	1.50
73211195--73211372	41	4.3	41	91	1	277	19	22	23	34	1.97
73211350--73211395	23	2.0	24	95	4	85	6	17	28	47	1.72
73211308--73211436	64	2.0	65	90	4	208	16	20	24	39	1.92
73211267--73211460	105	1.8	106	86	5	286	17	21	23	37	1.94
73213255--73213331	37	2.1	37	92	0	127	40	20	7	31	1.81
73215825--73215857	7	4.7	7	100	0	66	54	0	0	45	0.99
73218524--73218581	26	2.2	26	96	0	107	37	24	3	34	1.72
73223795--73223876	31	2.7	31	76	1	85	42	12	10	34	1.77
73225049--73225128	26	3.1	26	98	0	151	23	0	7	68	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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