genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22028904--22029126	122	1.8	119	84	6	306	41	9	19	30	1.83
22041721--22041746	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
22043536--22043760	40	5.7	40	87	5	305	24	22	27	25	2.00
22043536--22043793	119	2.2	119	82	6	301	25	21	27	25	2.00
22053161--22053318	38	4.1	38	83	9	196	31	24	22	22	1.99
22053115--22053289	76	2.3	78	85	5	223	34	25	20	20	1.96
22057329--22057379	21	2.4	21	90	0	84	17	37	25	19	1.94
22061975--22062198	40	5.6	40	82	6	258	25	23	27	23	2.00
22061975--22062234	79	3.3	80	82	4	294	26	23	26	23	2.00
22061975--22062198	119	1.9	121	84	5	303	25	23	27	23	2.00
22070154--22070377	40	5.6	40	85	3	290	25	24	27	23	2.00
22070154--22070413	80	3.3	79	83	4	292	25	24	26	23	2.00
22074004--22074228	40	5.6	41	78	7	178	27	23	26	23	2.00
22074004--22074228	80	2.8	79	81	4	254	27	23	26	23	2.00
22078736--22078760	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
22080481--22080514	10	3.3	10	88	8	50	58	14	20	5	1.57
22088246--22088276	14	2.1	15	94	5	55	19	9	6	64	1.45
22090038--22090118	34	2.4	34	79	2	92	27	20	20	30	1.98
22097850--22097929	34	2.4	34	78	2	90	25	22	25	27	2.00
22098322--22098367	20	2.3	20	100	0	92	21	34	19	23	1.96
22105023--22105143	46	2.6	46	82	10	140	23	28	19	28	1.98
22105526--22105584	30	2.0	30	93	0	100	30	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22118162--22118212	27	1.9	26	84	11	68	23	7	0	68	1.15
22126659--22126913	55	4.8	54	78	9	251	36	18	24	21	1.95
22126659--22126866	108	1.9	111	89	4	325	35	17	24	22	1.96
22127110--22127140	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22131180--22131258	28	2.8	28	86	0	122	22	12	34	30	1.92
22131588--22132099	27	19.0	27	76	7	362	41	17	9	31	1.83
22131588--22132099	54	9.5	54	77	6	403	41	17	9	31	1.83
22131588--22132099	81	6.3	81	76	8	400	41	17	9	31	1.83
22132356--22132477	41	3.0	41	81	9	124	23	19	27	28	1.98
22135782--22136339	27	20.7	27	81	3	534	40	19	9	30	1.83
22136578--22136700	41	3.0	41	89	0	183	24	23	27	24	2.00
22140291--22140367	39	2.0	39	100	0	154	25	2	36	35	1.70
22141891--22142015	6	20.3	6	66	16	60	48	12	18	20	1.79
22141912--22142015	31	3.4	31	89	0	145	48	11	19	21	1.80
22142134--22142217	27	2.9	28	81	8	89	35	19	22	22	1.96
22142527--22142670	27	5.3	27	90	5	202	27	7	22	43	1.80
22146010--22146080	28	2.5	28	95	0	124	28	0	28	43	1.55
22154557--22154597	19	2.2	19	90	0	64	19	19	4	56	1.60
22156359--22156414	22	2.5	24	75	16	57	64	1	0	33	1.04
22156658--22156709	23	2.2	24	83	13	63	61	0	3	34	1.14
22156680--22156738	19	3.2	19	68	18	61	67	0	1	30	1.00
22166395--22166615	85	2.6	86	89	2	311	23	23	11	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22166712--22166777	27	2.4	27	85	7	80	24	24	18	33	1.97
22166727--22166780	27	2.0	27	92	0	90	25	25	14	33	1.95
22168606--22168659	24	2.3	24	90	3	83	33	24	24	18	1.97
22168677--22168757	24	3.4	23	75	8	74	39	20	23	16	1.92
22168708--22168765	23	2.5	24	77	2	64	41	24	20	13	1.89
22177389--22177599	40	5.3	40	82	3	248	26	27	22	24	2.00
22186671--22186731	25	2.4	25	83	0	77	26	22	22	27	1.99
22189244--22189273	7	4.3	7	100	0	60	43	16	0	40	1.48
22190347--22190384	20	2.1	18	85	14	51	57	13	0	28	1.36
22201091--22201148	24	2.4	24	88	5	91	43	18	20	17	1.89
22201316--22201373	24	2.4	24	85	5	73	34	18	29	17	1.94
22204142--22204785	49	13.7	49	70	13	325	23	26	19	30	1.98
22204142--22204556	98	4.4	98	83	7	500	22	26	19	31	1.98
22204142--22204555	193	2.2	186	84	7	523	22	26	19	31	1.98
22204392--22204556	89	1.9	89	87	5	244	22	28	18	30	1.97
22204443--22204519	40	1.9	40	83	0	100	23	25	16	33	1.96
22204573--22204788	46	4.6	48	74	6	165	24	25	19	31	1.98
22204573--22204788	94	2.3	93	80	7	224	24	25	19	31	1.98
22210878--22210971	25	3.7	25	84	2	80	24	26	20	28	1.99
22210903--22210972	25	2.8	25	91	0	113	24	25	18	31	1.98
22212962--22212995	17	2.0	17	88	0	50	29	29	23	17	1.97
22216219--22216258	19	2.1	19	86	9	55	15	25	35	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22216517--22216643	42	3.0	42	76	9	123	29	3	33	34	1.73
22218296--22218362	28	2.4	28	90	5	100	34	8	16	40	1.80
22220703--22220759	29	2.0	29	85	0	78	49	1	35	14	1.53
22222805--22222914	43	2.6	42	81	9	134	30	23	18	27	1.97
22222805--22222954	43	3.5	42	79	13	121	30	24	18	27	1.97
22235556--22235731	46	3.8	46	77	14	200	21	21	28	28	1.98
22235553--22235724	93	1.8	93	95	2	310	22	21	28	27	1.99
22237158--22237250	29	3.2	29	69	6	80	41	3	38	16	1.64
22237199--22237257	29	2.0	29	80	6	66	44	5	35	15	1.68
22242268--22242352	29	2.9	29	80	0	98	44	2	41	11	1.54
22241718--22245482	627	5.9	631	75	11	2933	37	11	18	31	1.87
22242398--22243522	586	1.9	573	83	6	1328	37	13	17	31	1.88
22243827--22243858	16	2.0	16	93	0	55	37	9	21	31	1.85
22244826--22244913	29	3.0	29	77	0	95	40	2	42	14	1.58
22242892--22245482	659	4.0	658	82	6	2998	37	11	19	31	1.87
22248172--22248202	15	2.1	15	94	5	55	70	0	0	29	0.87
22248490--22248528	17	2.4	16	86	4	51	66	0	0	33	0.92
22250207--22250278	28	2.4	30	80	13	87	55	5	5	33	1.46
22254003--22254046	23	2.0	22	82	13	54	43	0	6	50	1.29
22256951--22257011	19	3.2	19	72	11	52	50	3	1	44	1.28
22271467--22271505	19	2.1	19	100	0	78	25	20	30	23	1.98
22283693--22283738	20	2.3	20	92	0	74	26	23	2	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22287123--22287366	101	2.4	98	82	4	274	25	18	26	29	1.98
22287123--22287364	50	4.8	50	79	3	245	25	18	26	29	1.98
22291399--22291428	9	3.3	9	95	0	51	16	0	70	13	1.18
22294661--22294725	28	2.3	28	100	0	130	18	23	35	23	1.96
22302818--22302847	15	1.9	16	93	6	53	0	3	16	80	0.85
22312303--22312392	24	3.7	24	78	13	94	40	22	22	15	1.91
22312308--22312374	23	2.9	23	84	6	73	41	19	23	14	1.89
22312435--22312496	27	2.3	27	86	2	81	38	22	22	16	1.92
22314259--22314335	39	2.0	39	94	0	136	27	24	3	44	1.71
22317795--22317838	19	2.2	20	84	4	63	54	2	6	36	1.40
22319214--22320183	486	2.0	486	83	2	1243	31	22	14	31	1.93
22322158--22322190	15	2.2	15	89	10	50	36	6	24	33	1.80
22322223--22322265	9	4.7	9	81	13	52	76	2	2	18	1.00
22327122--22327378	129	2.0	129	86	1	363	29	14	15	40	1.87
22329420--22329454	16	2.1	17	89	5	54	54	8	2	34	1.46
22340168--22340418	128	1.9	130	80	6	287	36	19	15	29	1.92
22343121--22343349	86	2.6	87	80	6	239	24	24	17	33	1.96
22343400--22343525	44	2.9	43	68	13	103	22	25	20	31	1.98
22343245--22343873	177	3.7	163	79	10	541	23	25	20	31	1.98
22343382--22343928	89	6.2	88	86	2	704	23	25	20	31	1.98
22343360--22343902	177	3.1	177	86	1	757	22	25	19	32	1.98
22343770--22343902	44	3.0	42	63	16	99	21	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22343382--22343928	266	2.1	266	92	0	898	23	25	20	31	1.98
22344007--22344187	64	2.8	64	96	0	326	37	11	18	32	1.87
22353856--22354053	49	4.0	49	78	3	191	27	17	25	29	1.98
22357133--22357299	82	2.0	82	95	0	298	37	19	17	24	1.94
22357318--22357366	25	2.0	25	88	8	73	32	20	20	26	1.97
22357461--22357498	18	2.1	18	95	0	67	42	15	26	15	1.87
22367057--22367090	17	2.0	17	88	0	50	23	0	29	47	1.52
22367391--22367432	20	2.0	22	86	9	61	40	0	0	59	0.97
22379256--22379307	22	2.7	18	76	11	50	59	1	1	36	1.19
22379386--22379460	35	2.2	34	85	2	96	36	4	2	57	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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