genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11555064--11555131	28	2.4	30	73	14	72	17	2	26	52	1.58
11555911--11555944	10	3.3	10	87	4	50	67	11	0	20	1.21
11556007--11556049	20	2.2	20	83	8	52	30	0	4	65	1.13
11556531--11556648	26	4.3	26	72	17	105	48	0	7	43	1.37
11556637--11556712	38	2.0	38	100	0	152	36	15	10	36	1.82
11556750--11556786	12	3.5	11	86	13	51	45	0	8	45	1.32
11556876--11556904	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
11560470--11560533	28	2.3	28	83	0	83	20	15	35	28	1.93
11560855--11560998	27	5.4	27	84	6	177	38	20	10	29	1.86
11560846--11560998	53	2.8	55	83	5	179	39	19	10	30	1.85
11560870--11561038	27	6.3	27	82	6	148	39	18	13	28	1.89
11560870--11561038	54	3.2	52	79	5	167	39	18	13	28	1.89
11563878--11563941	28	2.3	28	81	5	76	21	15	34	28	1.94
11564266--11565047	27	29.3	27	80	5	716	38	20	10	30	1.86
11564267--11565021	53	14.2	53	80	7	630	38	20	9	31	1.85
11564258--11565040	80	9.8	83	78	8	399	38	19	10	31	1.85
11564986--11565064	27	2.9	27	90	0	113	37	18	17	25	1.93
11566025--11566107	21	3.9	21	79	3	94	18	20	37	24	1.94
11566027--11566150	64	1.9	64	85	0	167	22	21	33	22	1.98
11566092--11566198	43	2.5	43	82	0	124	27	25	28	18	1.98
11575606--11575685	27	3.0	27	83	0	106	23	16	20	40	1.91
11577306--11577386	33	2.5	33	91	0	126	27	24	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11582226--11582335	27	4.1	27	88	1	150	25	15	17	41	1.88
11587590--11587748	43	3.7	42	77	13	171	25	18	27	28	1.98
11590373--11590432	28	2.1	28	84	0	75	18	26	28	26	1.98
11595228--11595271	23	1.9	22	86	9	61	36	20	22	20	1.95
11595160--11595278	21	5.4	23	77	8	106	36	25	22	15	1.94
11595661--11595718	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
11595664--11595724	30	2.1	28	93	6	104	55	11	0	32	1.36
11600390--11600428	19	2.1	19	90	0	60	71	5	5	17	1.23
11600900--11600981	27	3.0	27	78	7	94	30	24	25	19	1.98
11601087--11601151	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
11604338--11604489	21	7.0	22	82	6	134	35	25	23	16	1.95
11604859--11604916	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
11604862--11604922	30	2.1	28	93	6	104	55	11	0	32	1.36
11605072--11605113	2	21.0	2	100	0	84	50	50	0	0	1.00
11614420--11614477	17	3.3	18	63	18	50	50	6	13	29	1.68
11618202--11618352	43	3.6	41	74	11	126	27	18	25	28	1.98
11620219--11620270	24	2.2	24	85	0	68	51	9	3	34	1.53
11623603--11623678	39	1.9	39	81	5	91	28	6	18	46	1.74
11623761--11623803	21	2.0	21	86	0	59	34	6	9	48	1.62
11623818--11623882	20	3.4	19	78	12	62	32	6	12	49	1.65
11626302--11626340	19	2.0	20	85	5	53	12	28	38	20	1.89
11627343--11627497	52	3.0	51	80	8	168	25	25	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11637984--11638035	17	2.9	17	78	16	52	71	0	19	9	1.13
11642120--11642169	23	2.2	23	88	0	73	20	24	14	42	1.88
11642134--11642188	23	2.4	23	84	0	74	25	20	18	36	1.94
11642797--11642851	21	2.6	21	70	16	51	23	25	27	23	2.00
11651672--11651772	47	2.2	47	86	12	138	27	17	30	23	1.97
11669217--11669264	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
11669288--11669344	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
11669394--11669528	26	5.3	26	87	5	181	29	19	22	28	1.98
11669739--11669802	31	2.1	31	87	0	92	39	17	20	23	1.92
11677416--11677463	25	1.9	25	91	0	78	35	20	14	29	1.93
11677490--11677546	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
11677489--11677563	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
11677508--11677563	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
11677613--11677696	26	3.4	25	85	6	109	29	19	23	27	1.98
11677612--11677710	25	4.0	24	82	11	103	28	21	23	27	1.99
11677924--11677998	38	2.0	38	97	0	141	37	13	22	26	1.91
11685353--11685442	45	2.0	45	100	0	180	53	6	11	28	1.61
11685769--11685800	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
11685770--11685800	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
11702940--11703017	34	2.3	35	88	2	113	25	16	25	32	1.96
11703816--11703872	25	2.2	26	81	12	73	42	10	12	35	1.77
11718702--11718790	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11718702--11718781	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
11718713--11718790	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
11724319--11724344	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
11742400--11743028	176	3.6	175	84	4	669	31	19	22	27	1.98
11742492--11742766	44	6.2	44	71	12	127	30	21	20	26	1.98
11742537--11742808	88	3.1	87	69	14	250	30	21	22	25	1.98
11742581--11742857	88	3.1	87	68	12	224	31	21	21	25	1.98
11742824--11743095	87	3.1	86	67	16	223	33	15	23	27	1.95
11742618--11743247	177	3.5	179	81	6	660	31	18	23	26	1.97
11742853--11743101	43	5.7	42	67	16	123	34	14	24	26	1.94
11748258--11748287	6	5.0	6	95	0	51	20	0	0	80	0.72
11748646--11748687	22	1.9	22	100	0	84	21	23	23	30	1.99
11750969--11751052	28	2.9	29	73	8	91	22	11	3	61	1.45
11750984--11751078	28	3.3	29	72	11	88	24	10	2	63	1.37
11752905--11752971	29	2.4	28	75	5	64	58	1	4	35	1.28
11754238--11754299	31	2.0	31	90	3	99	27	4	9	58	1.50
11760014--11760053	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
11765024--11765063	20	2.0	21	85	5	55	57	10	2	30	1.45
11766944--11766978	13	2.7	13	90	0	52	42	22	5	28	1.76
11766988--11767012	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
11770496--11770526	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
11771007--11771041	17	2.1	17	94	0	61	25	5	20	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11773498--11773573	40	1.9	40	91	0	125	35	32	14	17	1.90
11777869--11777907	14	2.8	14	88	0	60	56	5	17	20	1.60
11779217--11779253	17	2.3	17	86	9	51	29	2	0	67	1.04
11779202--11779255	24	2.3	23	75	9	54	29	1	0	68	1.00
11779968--11780007	21	2.0	20	85	14	55	15	0	40	45	1.46
11780010--11780035	7	3.7	7	100	0	52	42	11	15	30	1.82
11784191--11784285	44	2.2	43	81	10	106	24	16	26	32	1.96
11790426--11790586	48	3.4	46	78	9	162	34	24	12	27	1.92
11805301--11805750	223	2.0	223	98	0	864	29	21	19	30	1.97
11819017--11819050	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
11831601--11831660	31	1.9	31	82	0	75	45	10	6	38	1.64
11831774--11831822	17	2.9	16	79	8	53	28	0	6	65	1.16
11834815--11834852	15	2.4	17	87	12	55	36	7	34	21	1.82
11843675--11843795	38	3.1	38	78	2	125	36	23	18	21	1.95
11844684--11845588	448	2.0	448	97	0	1693	33	18	11	37	1.86
11847874--11847976	29	3.6	29	71	19	97	28	31	17	23	1.97
11847840--11848008	58	2.9	58	92	2	261	28	28	19	23	1.98
11847904--11848005	29	3.5	29	72	10	100	29	26	20	23	1.99
11848162--11848254	43	2.2	43	92	0	150	31	33	22	12	1.92
11850459--11850775	50	6.6	49	77	11	252	24	29	16	29	1.96
11850510--11850777	95	2.8	93	78	8	227	25	30	15	28	1.96
11856958--11857050	46	2.0	46	100	0	186	33	2	21	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11860845--11860893	20	2.4	20	93	3	80	40	0	2	57	1.10
11860838--11860973	57	2.4	57	83	6	168	43	0	2	52	1.21
11861141--11861194	16	3.4	16	76	5	56	29	24	5	40	1.77
11869690--11869733	14	2.9	16	83	16	58	77	0	22	0	0.77
11869690--11869737	11	4.4	11	79	7	53	77	0	22	0	0.78
11869690--11869756	27	2.4	28	82	2	82	71	1	25	1	1.03
11874490--11874555	34	1.9	34	81	6	80	45	7	13	33	1.72
11874629--11874818	94	2.0	96	86	2	267	45	8	13	31	1.75
11875325--11875362	18	2.2	18	85	4	51	42	31	0	26	1.56
11886135--11886203	36	1.9	36	100	0	138	49	5	23	21	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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