genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51103033--51103211	48	3.7	48	90	0	277	27	30	17	24	1.97
51106313--51106434	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	26	1.93
51106413--51106620	55	3.9	54	81	5	215	36	16	24	23	1.95
51110786--51111060	48	5.7	48	88	1	374	26	32	17	23	1.97
51112947--51113014	28	2.4	28	95	0	118	26	32	17	23	1.97
51115020--51115127	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
51119681--51119796	43	2.7	44	79	2	128	32	25	15	25	1.95
51123568--51123689	56	2.2	56	89	2	183	36	22	11	29	1.89
51123666--51123717	26	2.0	27	92	3	88	25	28	15	30	1.96
51129018--51129110	46	2.0	46	83	4	116	31	30	19	19	1.96
51129234--51129383	46	3.2	46	69	18	130	32	28	16	22	1.96
51160908--51161089	40	4.6	40	88	2	260	28	25	22	23	1.99
51165199--51165234	18	2.0	18	94	0	63	30	30	0	38	1.58
51172284--51173093	27	30.0	27	82	4	821	28	21	8	41	1.82
51172287--51173094	108	7.5	107	85	3	933	28	21	8	41	1.81
51173102--51173297	54	3.6	54	84	2	232	36	19	18	26	1.94
51173110--51173278	27	6.3	27	84	0	212	37	20	18	24	1.94
51173110--51173297	27	7.0	27	83	0	178	36	19	19	25	1.95
51173110--51173278	81	2.1	81	87	2	241	37	20	18	24	1.94
51173496--51173578	27	3.1	26	86	5	112	19	21	21	37	1.94
51173666--51173724	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
51174080--51174181	6	16.8	6	75	17	95	20	17	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51174080--51174181	30	3.4	29	90	6	150	20	17	13	48	1.81
51174080--51174202	30	4.1	30	82	11	144	20	17	13	48	1.80
51177157--51177308	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
51177157--51177308	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
51179584--51179757	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
51179585--51179740	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
51188288--51188439	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
51188288--51188439	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
51193757--51193908	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
51193757--51193908	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
51201760--51201910	27	5.5	27	93	3	239	31	28	13	26	1.94
51201760--51201935	55	3.2	55	90	0	262	31	28	13	25	1.94
51203693--51203854	47	3.5	47	76	14	172	22	18	29	30	1.97
51207357--51207398	18	2.4	17	84	15	50	16	16	2	64	1.40
51210093--51210136	23	1.9	24	81	9	56	38	29	0	31	1.58
51213541--51213659	56	2.1	56	92	1	193	34	14	12	38	1.84
51221043--51221152	56	2.0	56	96	0	202	35	12	12	39	1.82
51225310--51225364	23	2.3	25	75	15	62	36	1	21	40	1.64
51233227--51233304	27	2.9	27	84	0	102	26	16	17	38	1.92
51239018--51239121	27	3.9	27	94	0	163	27	14	13	44	1.83
51241098--51241162	34	1.9	34	93	0	112	40	4	12	43	1.63
51242595--51242656	31	2.0	31	90	0	97	32	24	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51246273--51246552	48	5.8	48	82	2	299	27	22	26	23	2.00
51251306--51251356	20	2.5	20	87	0	75	15	39	31	13	1.87
51253986--51254191	27	7.6	27	85	4	254	26	15	28	30	1.96
51263594--51263818	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
51263594--51263851	80	3.2	80	82	7	224	25	21	27	24	1.99
51263594--51263851	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	24	1.99
51275535--51275734	41	4.9	41	83	8	219	27	17	26	29	1.97
51275535--51275734	82	2.4	83	84	4	255	27	17	26	29	1.97
51286515--51286637	46	2.7	46	84	3	142	17	22	14	44	1.86
51286650--51286816	45	3.7	45	90	0	244	21	20	19	38	1.94
51286625--51286821	90	2.2	90	83	0	241	20	18	19	40	1.91
51291373--51291739	186	2.0	185	90	0	581	46	13	1	38	1.55
51291526--51291739	23	9.3	23	65	8	94	45	14	1	37	1.56
51291435--51292246	92	8.8	93	80	4	697	45	16	2	35	1.61
51291675--51292237	184	3.1	184	90	0	862	44	17	2	35	1.63
51291610--51292240	276	2.3	273	85	1	803	45	17	2	35	1.62
51295255--51295292	20	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
51295255--51295292	19	1.9	19	85	15	51	39	21	0	39	1.53
51295522--51295692	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
51295517--51295689	46	3.7	46	78	10	199	30	27	20	21	1.98
51296112--51296171	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
51297050--51297079	12	2.5	12	94	0	51	6	36	26	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51298906--51298968	33	1.9	33	93	0	108	31	28	14	25	1.95
51298952--51299127	49	3.6	48	82	9	205	23	27	21	27	1.99
51298952--51299172	49	4.6	48	82	7	191	23	25	20	29	1.99
51299836--51299874	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
51303171--51303226	17	3.3	17	100	0	112	21	30	26	21	1.98
51305664--51305847	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
51305627--51305847	80	2.8	80	78	7	193	26	27	21	24	1.99
51305667--51305847	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
51313506--51313689	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
51313469--51313689	80	2.8	80	78	7	193	26	27	21	24	1.99
51313509--51313689	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
51318919--51318943	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
51319042--51319114	36	2.0	36	100	0	146	13	27	10	47	1.76
51319509--51319777	47	5.7	46	79	10	244	24	29	18	27	1.98
51319509--51319771	140	1.9	141	83	7	347	23	29	18	27	1.98
51323811--51323906	24	4.0	24	76	8	95	31	22	21	23	1.99
51326660--51326859	106	1.9	105	87	3	294	30	24	15	30	1.95
51329867--51330099	49	4.7	50	82	2	281	26	18	26	28	1.98
51332063--51332236	48	3.6	48	81	9	196	28	20	27	23	1.99
51332251--51332380	49	2.6	48	78	10	138	32	20	24	22	1.98
51333935--51333998	22	3.0	21	84	8	69	79	0	3	17	0.85
51333943--51333999	27	2.2	24	84	12	69	78	0	1	19	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51333943--51333983	5	7.8	5	89	10	64	80	0	2	17	0.82
51339111--51339222	39	2.9	38	77	10	127	23	20	25	31	1.98
51342820--51342992	49	3.6	48	77	3	161	23	28	20	26	1.99
51343015--51343129	46	2.5	46	82	2	131	27	27	14	29	1.95
51347742--51347890	41	3.6	40	90	7	228	24	28	22	23	1.99
51355741--51355925	40	4.6	40	93	1	300	26	27	22	23	2.00
51362404--51362442	20	2.0	20	89	0	60	35	7	12	43	1.72
51362719--51362768	20	2.6	19	81	12	57	36	14	24	26	1.93
51370519--51370588	22	3.4	22	64	22	53	34	7	11	47	1.67
51373787--51373975	49	3.8	48	80	6	216	30	26	17	25	1.97
51373786--51373978	100	1.9	100	92	2	325	30	26	18	25	1.98
51374136--51374164	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
51374239--51374292	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
51376552--51376598	22	2.1	22	84	7	60	65	2	0	31	1.04
51377244--51377300	19	2.8	20	75	20	55	50	0	3	45	1.18
51377378--51377408	11	2.7	11	95	5	53	0	12	0	87	0.55
51377380--51377408	12	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
51378264--51378321	28	2.1	28	100	0	116	48	6	6	37	1.57
51380732--51380757	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
51382353--51382386	18	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
51383012--51383041	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
51391241--51391319	32	2.4	32	85	6	106	16	41	5	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51399137--51399356	45	5.0	45	89	2	313	23	22	28	25	1.99
51401020--51401383	48	7.6	48	76	8	312	25	27	18	28	1.98
51401037--51401383	143	2.4	144	84	3	432	25	27	19	27	1.98
51402734--51402937	27	7.6	27	87	2	257	29	27	15	26	1.96
51410953--51411156	27	7.6	27	87	2	257	29	27	15	26	1.96
51418758--51418979	40	5.6	40	95	1	385	26	27	22	23	2.00
51432499--51432722	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
51432641--51432792	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
51438186--51438455	46	5.7	48	83	4	275	25	17	33	23	1.96
51438763--51438818	26	2.1	26	80	9	60	30	17	16	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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