genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75682215--75682312	22	4.7	21	78	12	78	63	5	0	31	1.16
75683510--75683544	6	5.8	6	93	0	61	34	20	17	28	1.95
75686912--75686994	28	3.0	28	89	3	123	19	3	30	46	1.66
75686970--75687028	20	2.8	22	89	10	104	16	5	32	45	1.70
75687219--75687305	21	4.0	23	75	13	94	16	22	25	35	1.94
75694855--75695025	93	1.8	93	93	2	299	29	28	19	21	1.98
75694850--75695022	46	3.7	47	81	10	221	30	27	19	21	1.98
75695445--75695501	30	1.9	30	85	0	78	33	22	5	38	1.77
75699133--75699178	24	1.9	24	91	8	76	36	0	41	21	1.54
75699134--75699188	24	2.2	25	84	9	69	38	3	36	21	1.71
75700595--75700701	27	4.0	27	87	1	144	15	25	21	37	1.93
75706606--75706659	25	2.2	25	86	0	72	40	0	11	48	1.39
75706612--75706659	25	1.9	25	91	0	78	37	0	12	50	1.41
75709202--75709265	31	2.0	33	82	11	80	26	25	15	32	1.95
75710307--75710346	11	3.5	11	93	3	62	80	7	0	12	0.91
75710307--75710346	12	3.4	12	96	3	73	80	7	0	12	0.91
75715548--75715587	19	2.1	19	85	0	53	27	32	15	25	1.95
75722245--75722295	24	2.1	25	88	3	77	56	9	0	33	1.32
75722368--75722407	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
75722429--75722487	30	2.1	27	84	9	73	54	3	5	37	1.39
75722457--75722500	22	2.0	23	86	4	63	56	9	0	34	1.31
75724791--75725024	54	4.3	54	96	0	414	38	17	14	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75725084--75725118	14	2.5	14	100	0	70	62	5	14	17	1.49
75725014--75725279	89	3.0	89	92	1	448	37	19	16	25	1.93
75725181--75725207	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
75725225--75725370	54	2.7	54	92	0	247	36	20	13	29	1.91
75725227--75725388	54	3.0	54	89	0	243	38	19	13	29	1.90
75725443--75725477	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
75725457--75725617	73	2.2	73	94	0	277	34	21	17	26	1.95
75726469--75726510	15	2.6	17	89	10	63	0	14	0	85	0.59
75734643--75734710	34	2.0	34	97	0	127	22	17	13	47	1.82
75737982--75738032	24	2.1	25	88	3	77	56	9	0	33	1.32
75738105--75738144	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
75738193--75738234	20	2.0	21	86	4	59	57	9	0	33	1.31
75738446--75738508	26	2.4	27	79	15	69	55	11	3	30	1.50
75740028--75740088	24	2.5	24	74	15	63	36	0	16	47	1.47
75740062--75740110	17	2.9	16	75	21	55	40	0	8	51	1.32
75740071--75740125	19	2.9	19	72	25	53	40	0	10	49	1.38
75742886--75742942	30	1.9	30	88	0	87	38	12	1	47	1.51
75743124--75743169	22	2.0	22	84	12	58	39	15	6	39	1.73
75746428--75746472	11	3.9	11	77	11	54	35	2	4	57	1.31
75752395--75752555	46	3.3	49	75	11	152	26	16	29	28	1.97
75759350--75759381	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
75759722--75759771	15	3.4	15	75	25	61	28	0	12	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75759714--75759773	29	2.1	29	100	0	120	31	0	10	58	1.31
75759720--75759767	14	3.4	14	74	25	55	31	0	10	58	1.32
75761621--75761658	18	2.1	18	95	0	67	39	15	18	26	1.91
75766669--75766824	42	3.7	42	82	3	179	28	23	16	30	1.96
75768860--75768907	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
75768870--75768908	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
75769031--75769062	16	2.1	15	94	5	55	78	0	21	0	0.76
75769748--75769799	15	3.2	15	73	19	50	36	0	13	50	1.42
75769782--75769845	29	2.2	28	83	10	76	39	0	17	43	1.49
75769932--75770070	40	3.5	40	73	8	133	27	17	24	30	1.97
75772209--75772276	35	1.9	35	93	0	118	26	14	23	35	1.94
75773129--75773219	47	2.0	46	85	10	123	16	10	19	52	1.73
75780396--75780455	24	2.4	24	76	15	59	68	5	1	25	1.19
75781866--75783807	73	24.9	83	75	16	772	33	19	16	31	1.94
75781813--75782114	89	3.5	88	77	11	261	32	19	16	31	1.94
75782043--75783180	73	15.0	72	75	16	834	33	19	16	31	1.94
75782570--75783194	75	8.3	72	77	13	496	34	19	16	30	1.93
75782731--75783808	75	13.9	75	72	14	685	33	19	15	31	1.94
75782419--75783966	158	9.9	154	82	9	1686	33	19	15	31	1.94
75781940--75783806	543	3.4	528	82	12	1896	33	19	16	31	1.94
75783510--75783812	77	4.0	76	88	5	389	31	18	15	34	1.92
75782188--75783968	234	7.6	237	79	14	1435	33	19	16	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75783824--75783984	71	2.2	74	84	9	208	37	19	14	28	1.91
75786334--75786413	25	3.2	24	78	5	79	22	25	21	31	1.98
75800770--75800987	10	22.3	10	67	22	76	60	3	0	35	1.18
75800786--75800856	8	8.2	8	75	18	63	61	4	0	33	1.15
75800789--75800858	26	2.6	29	78	19	89	61	4	0	34	1.16
75800822--75800917	50	1.9	51	85	10	135	59	4	0	36	1.17
75800873--75800925	19	2.9	17	81	15	61	60	1	0	37	1.08
75800950--75800997	19	2.5	20	81	18	57	62	2	2	33	1.18
75800950--75801007	10	6.0	9	76	21	55	63	3	1	31	1.21
75800935--75801008	31	2.5	31	82	4	80	63	4	1	31	1.21
75801748--75801784	19	1.9	20	88	5	58	18	13	0	67	1.23
75805846--75805881	16	2.2	16	90	0	54	19	5	0	75	1.00
75809462--75809512	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
75809386--75809606	103	2.2	103	90	4	349	18	18	32	31	1.95
75809525--75809674	70	2.1	70	90	3	230	23	17	28	30	1.97
75816990--75817041	27	1.9	27	96	0	95	13	21	32	32	1.92
75816917--75817133	103	2.2	99	86	5	303	17	17	31	33	1.93
75817055--75817201	69	2.1	69	87	5	208	22	16	29	31	1.96
75817160--75817211	27	1.9	27	92	0	86	15	23	32	28	1.95
75819430--75819459	8	3.6	8	91	8	51	23	13	26	36	1.92
75819545--75819617	23	3.3	23	86	7	114	20	21	26	31	1.98
75826527--75826565	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75826778--75826853	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
75830746--75830780	18	1.9	18	94	0	61	65	0	0	34	0.93
75830767--75830915	20	7.4	20	73	12	92	55	2	4	37	1.35
75830746--75830913	10	16.8	10	66	14	71	57	2	3	36	1.29
75830775--75830888	40	2.8	40	81	6	113	56	1	4	37	1.30
75830930--75831075	20	7.5	19	76	12	102	42	2	1	53	1.23
75830942--75830997	19	3.0	18	80	12	51	39	5	0	55	1.23
75830930--75831075	10	15.0	10	68	19	78	42	2	1	53	1.23
75831041--75831065	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
75834496--75834670	45	3.8	46	79	13	207	21	20	29	29	1.98
75841997--75842166	47	3.7	47	79	14	192	21	21	28	28	1.99
75854445--75854484	21	1.9	21	94	0	71	20	10	12	57	1.63
75854813--75854861	19	2.7	18	84	9	55	42	2	4	51	1.32
75854844--75854882	20	1.9	21	89	5	62	41	5	2	51	1.38
75858701--75858737	19	1.9	19	100	0	74	48	13	10	27	1.75
75859523--75859558	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
75867003--75867030	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
75876392--75876438	25	1.9	25	91	4	78	21	25	14	38	1.92
75876384--75876449	24	2.7	25	77	15	75	21	30	15	33	1.94
75884529--75884596	21	3.2	21	65	0	55	45	17	20	16	1.85
75884510--75884655	42	3.5	42	71	3	132	45	15	20	17	1.85
75893206--75893270	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75893206--75893256	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
75893208--75893268	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
75893302--75893373	25	2.9	25	82	0	81	29	22	20	27	1.99
75893320--75893386	25	2.7	25	80	15	77	31	20	20	26	1.98
75893592--75893669	31	2.5	31	87	6	106	26	19	25	28	1.99
75895039--75895086	6	8.0	6	85	0	69	77	4	2	16	1.03
75895036--75895093	12	5.0	11	84	12	71	75	3	3	17	1.07
75895039--75895093	18	3.1	17	82	7	65	76	3	3	16	1.07
75900655--75900809	41	3.6	43	80	11	167	29	27	18	24	1.98
75904348--75904483	46	3.0	46	92	2	211	22	23	13	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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