genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  209  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72119995--72120044	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85
72122656--72122805	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
72122680--72122863	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
72129893--72129934	3	15.0	3	80	14	54	35	0	0	64	0.94
72133028--72133070	23	1.9	22	90	4	68	60	18	2	18	1.47
72146163--72146409	55	4.6	54	80	9	233	35	17	25	22	1.95
72148085--72148128	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
72151461--72151493	16	2.1	16	94	0	57	30	15	24	30	1.95
72152856--72152882	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
72152816--72152991	58	3.1	57	80	13	184	42	1	1	55	1.17
72153181--72153226	16	2.9	16	86	0	56	32	13	4	50	1.61
72155034--72155117	41	2.1	40	95	2	150	47	11	16	23	1.80
72158984--72159015	7	4.4	7	92	7	55	75	0	0	25	0.81
72162787--72162858	23	3.1	23	69	23	60	52	0	5	41	1.24
72163391--72163438	20	2.4	21	79	6	55	45	12	6	35	1.67
72167620--72167741	43	2.9	41	81	7	154	27	24	17	30	1.97
72170767--72170884	27	4.3	27	75	11	98	26	26	11	35	1.91
72172802--72172902	27	3.8	27	92	1	150	33	19	7	38	1.81
72180428--72180453	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
72184924--72184951	14	2.0	14	100	0	56	0	7	0	92	0.37
72184926--72184950	13	1.9	13	100	0	50	0	4	0	96	0.24
72196997--72197055	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72197139--72197164	8	3.2	8	100	0	52	65	0	11	23	1.25
72197765--72197873	53	2.1	53	94	0	191	27	21	12	38	1.90
72202116--72202187	19	3.4	21	74	16	60	29	0	2	68	1.04
72202147--72202181	10	3.6	10	84	7	54	34	0	2	62	1.10
72202196--72202235	16	2.4	17	83	4	55	25	0	7	67	1.16
72202123--72202285	87	1.9	86	94	1	290	30	2	3	63	1.24
72202226--72202330	33	3.0	35	69	20	92	32	2	3	60	1.29
72202213--72202493	140	2.0	136	86	2	391	31	3	4	60	1.32
72202374--72202407	10	3.5	10	84	8	52	35	0	2	61	1.11
72202211--72202506	68	4.3	69	85	4	398	31	3	4	60	1.31
72206469--72206559	20	4.8	20	69	20	77	25	0	7	67	1.17
72207642--72207672	15	2.1	15	100	0	62	19	0	19	61	1.35
72211560--72211634	25	3.0	25	84	2	96	76	5	6	12	1.15
72211958--72212008	14	3.9	14	75	15	63	78	5	5	9	1.08
72211971--72212024	11	4.6	11	76	13	54	77	7	5	9	1.11
72211958--72212019	25	2.5	25	86	0	97	77	6	6	9	1.12
72211332--72212373	402	2.6	401	86	5	1453	43	14	11	29	1.81
72214377--72214475	42	2.4	42	89	0	144	25	28	24	22	1.99
72225882--72225947	25	2.7	24	79	4	69	42	15	24	18	1.88
72227739--72227789	25	2.0	25	100	0	102	35	25	3	35	1.75
72228725--72228751	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
72239511--72239543	6	5.5	6	100	0	66	48	0	33	18	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72244030--72244125	40	2.4	39	79	6	95	31	27	11	30	1.91
72247241--72247320	33	2.5	33	79	2	90	52	8	1	37	1.41
72250537--72250585	24	2.1	23	85	11	64	10	2	22	65	1.34
72252284--72252314	16	1.9	16	100	0	62	29	19	12	38	1.89
72255776--72255828	27	2.0	27	88	7	81	45	11	5	37	1.64
72256737--72257037	153	2.0	151	83	7	387	42	10	4	41	1.62
72261741--72261809	34	2.0	34	100	0	138	39	8	20	31	1.83
72265353--72265415	31	2.1	31	90	3	101	42	9	9	38	1.70
72270084--72270137	26	2.1	26	100	0	108	18	35	7	38	1.79
72275452--72275478	13	2.1	13	100	0	54	37	14	48	0	1.45
72285709--72285755	24	1.9	25	86	4	69	53	4	10	31	1.55
72285702--72285762	25	2.4	26	81	10	72	52	3	13	31	1.56
72285796--72285842	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
72287922--72288036	23	4.9	23	67	12	72	17	27	21	33	1.96
72288422--72288603	46	4.0	46	89	1	240	40	14	23	21	1.90
72292852--72292900	19	2.4	21	76	13	57	55	6	2	36	1.37
72292946--72293000	23	2.5	22	80	14	60	49	12	3	34	1.59
72293707--72293736	15	2.0	15	100	0	60	26	6	60	6	1.47
72294393--72295078	160	4.2	161	81	9	717	34	19	16	29	1.94
72294607--72294742	71	1.9	72	89	3	211	30	22	15	31	1.95
72294833--72294862	14	2.1	14	100	0	60	60	6	13	20	1.55
72294828--72294862	14	2.6	13	86	8	52	51	5	17	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72294671--72295002	87	3.8	86	84	4	382	37	20	15	27	1.92
72296904--72296931	8	3.5	8	100	0	56	28	10	60	0	1.30
72307545--72307592	19	2.5	20	82	6	62	54	6	2	37	1.38
72307620--72307677	29	2.0	29	100	0	116	51	10	0	37	1.36
72307695--72307724	15	1.9	16	93	6	53	56	6	3	33	1.42
72307674--72307722	23	2.2	22	82	13	57	51	10	4	34	1.55
72308766--72308834	33	2.0	34	83	10	88	21	2	8	66	1.32
72309173--72309202	15	2.0	15	100	0	60	26	6	60	6	1.47
72310117--72310224	37	2.8	38	78	12	114	35	23	15	25	1.94
72312918--72312981	30	2.1	30	82	0	74	34	23	6	35	1.80
72313616--72313970	179	2.0	179	96	0	647	36	18	11	33	1.87
72322071--72322144	29	2.6	29	72	8	69	36	8	4	51	1.51
72326289--72326316	14	2.0	14	100	0	56	28	28	21	21	1.99
72328456--72328490	7	5.0	7	96	0	61	14	25	0	60	1.35
72328734--72329173	220	2.0	220	99	0	862	35	14	12	37	1.84
72330258--72330318	29	2.1	29	96	0	113	24	14	19	40	1.89
72331114--72331177	29	2.2	29	77	5	67	31	25	17	26	1.97
72343854--72343928	38	2.0	38	82	12	93	60	4	1	34	1.24
72344512--72344556	13	3.4	13	81	6	63	60	0	0	40	0.97
72344506--72344557	16	3.5	16	68	26	51	57	0	0	42	0.98
72344512--72344591	27	3.1	26	78	15	85	55	1	0	43	1.08
72344512--72344575	27	2.3	27	91	8	101	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72344681--72344716	17	2.1	17	89	0	54	52	0	0	47	1.00
72344482--72344719	67	3.5	65	71	19	173	50	3	2	43	1.30
72345104--72345134	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
72364975--72365197	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
72365525--72365588	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
72365532--72365588	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
72372767--72372804	18	2.1	18	85	9	51	36	2	5	55	1.37
72372977--72373040	27	2.3	29	81	10	80	51	4	0	43	1.22
72383063--72383101	17	2.2	18	90	4	62	43	0	12	43	1.42
72383902--72383938	18	2.1	18	100	0	74	29	5	21	43	1.75
72386781--72386856	25	3.0	25	84	0	89	17	30	19	32	1.95
72388900--72388956	22	2.7	21	81	5	60	42	19	5	33	1.74
72388927--72389024	19	5.2	19	90	7	155	35	17	10	36	1.84
72388949--72388986	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
72389427--72389924	87	5.7	85	70	16	342	27	20	19	32	1.97
72389550--72390011	88	5.3	86	70	17	333	26	19	21	32	1.97
72389468--72390011	175	3.1	175	94	0	937	26	19	20	32	1.97
72390013--72390470	84	5.4	84	85	4	570	24	21	23	31	1.99
72391418--72391452	18	1.9	18	88	11	54	2	8	0	88	0.61
72397701--72397781	19	4.4	19	90	4	121	37	17	7	38	1.78
72399654--72399798	55	2.6	55	83	5	202	24	8	15	51	1.72
72401698--72401736	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72402812--72402928	47	2.5	47	90	2	182	15	22	23	39	1.92
72403050--72403117	18	3.7	18	78	2	64	29	7	16	47	1.73
72406880--72407027	38	3.9	37	71	16	115	20	16	17	44	1.87
72407705--72407742	19	2.1	19	85	9	53	60	5	2	31	1.33
72410402--72410440	14	2.8	14	96	0	69	46	10	28	15	1.78
72416642--72416741	29	3.2	31	66	23	91	54	19	2	25	1.55
72416615--72416741	63	2.0	63	100	0	254	55	18	1	23	1.51
72418026--72418073	24	2.0	24	87	0	69	35	20	10	33	1.87
72419213--72419322	42	2.6	43	81	8	134	23	19	29	28	1.98
72423803--72423831	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311