genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68534055--68534137	43	1.9	43	85	0	112	21	16	27	33	1.95
68537904--68537967	15	4.3	15	84	7	85	12	12	17	57	1.64
68540984--68541099	43	2.7	44	80	4	130	20	16	33	29	1.95
68545081--68545127	23	2.0	23	95	0	85	23	29	8	38	1.84
68547124--68547340	46	4.6	48	78	7	176	24	29	19	26	1.99
68548715--68548839	47	2.7	48	80	6	132	32	20	24	22	1.97
68558119--68558209	45	2.0	45	93	0	155	25	12	24	38	1.90
68565771--68565822	27	2.0	26	82	14	63	21	19	19	40	1.92
68565861--68565986	24	5.3	23	72	11	92	19	24	20	34	1.96
68565860--68565994	72	1.9	73	84	7	186	20	23	20	35	1.96
68567992--68568059	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
68568161--68568239	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
68620422--68620745	172	1.9	171	85	8	453	31	25	13	28	1.94
68625707--68625897	40	4.8	40	88	2	260	23	29	24	23	1.99
68631986--68632088	41	2.5	41	87	1	143	30	22	24	23	1.99
68632074--68632378	41	7.7	41	82	6	344	25	20	24	28	1.99
68632120--68632182	32	2.0	32	96	0	117	23	25	23	26	2.00
68632079--68632289	72	2.8	73	79	7	199	26	18	26	28	1.98
68632978--68633018	14	2.8	15	78	14	50	43	41	0	14	1.45
68633166--68633208	21	2.0	21	82	8	52	23	2	30	44	1.66
68633591--68633693	8	12.9	8	81	10	88	62	3	1	32	1.25
68633617--68633693	15	5.1	15	87	6	102	63	2	1	32	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68633617--68633682	7	9.0	7	90	5	87	65	3	1	30	1.17
68633618--68633698	7	11.0	7	87	7	63	60	2	1	35	1.18
68639722--68639821	42	2.3	43	87	1	139	24	22	25	29	1.99
68640751--68640966	46	4.6	46	77	13	183	28	18	30	21	1.97
68640709--68640966	140	1.8	140	82	6	335	29	17	30	22	1.97
68640753--68640966	47	4.6	45	75	10	164	28	19	30	21	1.98
68645551--68645690	51	2.8	49	82	5	174	27	26	20	25	1.99
68647962--68648145	40	4.6	40	76	10	171	26	26	22	25	2.00
68647990--68648099	39	2.8	39	83	8	141	28	26	19	26	1.99
68647990--68648146	79	2.0	80	82	3	192	26	26	21	24	1.99
68649383--68649433	21	2.4	23	81	15	65	5	23	1	68	1.22
68655956--68656139	40	4.6	40	78	10	189	25	27	22	25	2.00
68655958--68656140	79	2.3	81	81	7	205	25	26	22	25	2.00
68657384--68657436	23	2.3	23	84	9	65	3	20	1	73	1.08
68662380--68662505	47	2.7	48	83	8	145	29	20	26	23	1.99
68669286--68669460	46	3.8	46	78	13	214	29	30	20	20	1.97
68669293--68669464	93	1.8	93	96	0	317	28	30	20	20	1.98
68674708--68675023	48	6.6	48	83	2	350	25	30	18	25	1.98
68678174--68678450	27	10.3	27	81	2	200	38	23	8	29	1.84
68678186--68678452	54	5.0	54	79	4	238	38	22	8	30	1.85
68678189--68678452	81	3.3	81	80	4	257	38	22	8	30	1.84
68678265--68678503	81	3.0	81	81	5	218	40	20	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68678442--68678521	27	3.0	27	90	0	124	36	18	20	25	1.95
68678442--68678546	27	3.9	26	83	5	111	38	16	20	24	1.93
68678431--68678544	54	2.1	53	80	6	131	39	15	20	24	1.91
68678751--68678820	25	2.8	25	93	0	113	28	27	21	22	1.99
68678762--68678847	25	3.5	24	87	6	77	27	25	20	25	1.99
68680711--68680916	40	5.2	40	93	2	344	28	27	21	22	1.99
68688799--68688979	40	4.6	40	90	3	278	26	26	22	24	2.00
68688799--68688979	79	2.3	80	90	3	278	26	26	22	24	2.00
68705277--68705314	18	2.1	18	85	9	51	28	28	5	36	1.79
68706453--68706867	48	8.7	48	85	1	429	26	28	18	26	1.98
68712695--68712732	9	4.2	9	80	12	51	18	2	10	68	1.30
68712690--68712751	27	2.4	24	80	15	70	16	4	6	72	1.23
68720424--68720705	50	5.6	50	81	7	313	30	26	17	24	1.97
68720422--68720806	101	3.8	100	80	7	309	31	26	17	24	1.97
68720403--68720760	151	2.4	151	88	3	526	30	25	18	25	1.98
68725353--68725693	27	12.6	27	83	0	353	39	19	9	31	1.84
68725732--68725898	54	3.1	55	80	5	191	35	17	19	26	1.95
68725732--68725898	27	6.2	27	81	4	160	35	17	19	26	1.95
68726326--68726390	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
68726541--68726596	26	2.2	26	83	3	69	16	23	21	39	1.92
68726549--68726622	27	2.8	27	87	2	96	17	22	22	36	1.95
68726782--68726946	6	26.8	6	74	16	133	19	17	15	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68726761--68726931	31	5.5	31	94	4	267	18	17	15	48	1.81
68730674--68731116	50	8.8	50	74	4	354	31	25	16	26	1.97
68730681--68731116	151	2.9	151	85	3	567	31	25	16	26	1.97
68730880--68731069	101	1.9	101	88	2	292	30	23	19	27	1.98
68735197--68735307	43	2.6	42	77	5	116	27	26	15	30	1.96
68740566--68740650	25	3.4	25	73	14	68	24	28	11	35	1.91
68740589--68740662	25	3.0	25	71	15	71	25	25	12	36	1.91
68756576--68756669	43	2.2	43	78	3	109	27	18	26	27	1.98
68759231--68759329	36	2.8	36	73	19	93	44	16	5	34	1.69
68760870--68761015	43	3.4	42	73	12	111	23	19	23	33	1.97
68763759--68763976	93	2.3	93	88	0	310	28	26	20	24	1.99
68763814--68763970	47	3.4	46	76	8	174	29	28	18	24	1.98
68769410--68769571	47	3.5	46	74	14	161	29	27	19	24	1.98
68769351--68769524	46	3.8	46	73	15	160	31	26	19	22	1.98
68769356--68769573	93	2.3	93	89	0	319	29	27	19	23	1.98
68772431--68772584	42	3.6	42	86	1	200	33	16	22	28	1.95
68778468--68778607	44	3.1	44	74	11	131	32	23	14	30	1.94
68793681--68793705	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
68794449--68794545	51	1.9	51	82	0	122	34	26	13	25	1.93
68794553--68794684	50	2.6	51	84	4	169	33	28	13	25	1.93
68796126--68796163	20	1.9	20	100	0	76	50	21	0	28	1.49
68796301--68796392	24	3.9	24	79	2	114	38	17	21	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68796291--68796392	47	2.2	47	87	0	141	38	17	21	22	1.93
68796291--68796380	24	3.8	23	76	4	72	37	18	21	22	1.94
68805445--68805614	85	2.0	85	79	13	181	56	1	7	35	1.34
68805896--68805987	17	5.6	16	71	19	57	60	0	6	32	1.22
68805918--68805998	20	4.1	20	66	20	53	61	0	4	33	1.17
68805905--68806033	30	4.2	31	76	12	99	60	0	4	34	1.17
68805905--68806033	23	5.7	23	69	19	78	60	0	4	34	1.17
68805955--68806033	15	5.3	14	73	18	61	62	0	2	35	1.09
68805952--68806023	20	3.3	20	71	22	56	63	0	1	34	1.03
68807149--68807183	15	2.3	15	100	0	70	28	28	22	20	1.98
68807763--68808346	205	2.8	205	92	0	954	28	21	18	30	1.97
68820566--68820694	30	4.2	31	75	12	90	60	0	4	34	1.23
68820616--68820694	7	10.6	7	70	17	52	62	1	2	34	1.17
68820566--68820694	23	5.7	22	70	17	79	60	0	4	34	1.23
68836749--68836834	43	2.0	43	100	0	172	27	16	20	34	1.94
68836923--68836968	18	2.6	18	92	0	74	21	8	6	63	1.46
68838566--68838642	38	2.0	38	90	5	120	18	14	22	45	1.85
68850343--68850687	172	2.0	172	95	0	618	36	8	17	37	1.80
68852747--68852804	30	1.9	30	85	0	80	22	20	32	24	1.98
68856947--68857058	42	2.6	43	77	5	120	25	18	23	32	1.97
68856907--68857064	43	3.7	42	73	9	124	25	18	23	32	1.97
68858786--68858823	19	2.0	19	94	0	67	31	23	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68860082--68860237	42	3.7	42	86	3	188	32	16	23	27	1.96
68866908--68867076	50	3.4	50	88	1	232	24	14	28	31	1.95
68867036--68867111	36	2.1	36	85	2	100	26	14	25	34	1.94
68877760--68877904	40	3.7	40	89	4	197	22	22	28	26	1.99
68877760--68877937	79	2.3	79	82	5	200	24	21	27	25	2.00
68882849--68882933	33	2.6	31	74	17	75	28	15	28	28	1.96
68889828--68889905	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
68889858--68890184	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
68897981--68898058	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
68898011--68898337	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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