genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88395693--88395812	64	1.9	64	87	0	177	34	25	15	25	1.95
88395757--88396069	77	4.1	76	86	3	412	34	20	16	28	1.94
88395687--88396038	154	2.4	145	80	8	390	33	21	16	27	1.95
88395747--88396069	154	2.1	154	87	0	477	35	20	16	28	1.94
88399898--88399942	22	2.0	23	95	4	83	17	17	22	42	1.89
88412479--88412551	35	2.1	34	94	2	128	24	19	16	39	1.91
88413211--88413256	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
88413218--88413262	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
88417778--88417812	12	2.9	12	86	0	52	45	2	8	42	1.49
88417826--88417863	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
88419971--88420005	12	2.9	12	86	0	52	45	2	8	42	1.49
88420019--88420197	3	61.0	3	69	10	86	59	1	8	30	1.34
88420136--88420193	16	4.1	15	79	20	63	60	0	8	31	1.27
88420395--88420440	23	2.0	23	87	8	67	60	6	2	30	1.34
88420605--88420636	3	10.7	3	93	0	55	62	0	3	34	1.11
88422790--88422817	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
88423463--88423514	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
88429024--88429070	21	2.2	21	78	17	53	48	4	4	42	1.42
88431573--88431667	21	4.8	20	75	10	88	41	15	24	18	1.90
88441604--88441644	7	5.9	7	83	16	50	43	0	0	56	0.99
88442544--88442635	44	2.1	44	83	0	112	22	17	21	38	1.93
88442829--88442862	10	3.3	11	88	12	54	38	0	17	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88447733--88447844	40	2.8	40	91	2	172	35	16	10	37	1.83
88450886--88451034	51	3.1	51	83	13	222	28	24	16	30	1.97
88450885--88451043	44	3.5	44	87	9	219	29	23	16	30	1.97
88453585--88453642	29	2.0	29	93	0	98	32	12	36	18	1.88
88470566--88470723	44	3.7	43	77	10	153	33	27	17	21	1.95
88470561--88470730	86	2.0	85	81	5	200	35	27	15	21	1.94
88475310--88475349	21	1.9	21	100	0	80	17	2	25	55	1.55
88477672--88477722	25	2.0	25	100	0	102	45	31	11	11	1.77
88482571--88482599	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
88490357--88490416	20	2.8	22	76	23	65	51	0	1	46	1.10
88491123--88491166	21	2.2	20	84	12	54	63	13	13	9	1.51
88492008--88492091	42	2.0	42	97	0	159	27	33	15	23	1.95
88494946--88495006	30	2.0	30	83	0	77	44	0	36	19	1.51
88496082--88496267	26	7.4	26	75	7	150	59	3	5	30	1.39
88496082--88496269	50	3.7	52	76	9	165	59	4	5	30	1.40
88496122--88496269	48	2.9	51	78	7	167	60	4	4	30	1.38
88496516--88496566	25	2.1	24	82	10	59	56	1	5	35	1.35
88498328--88498356	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
88498704--88498756	25	2.1	26	82	3	63	49	1	1	47	1.23
88498870--88498933	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
88499413--88499453	15	2.7	15	84	0	55	34	2	14	48	1.57
88501181--88501269	38	2.4	37	83	5	124	30	14	22	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88504743--88504908	53	3.1	53	85	6	194	25	13	28	31	1.94
88512212--88512367	53	3.0	53	88	4	210	26	16	27	29	1.97
88514934--88515013	41	2.0	41	100	0	160	26	10	16	47	1.77
88518489--88518535	19	2.4	19	85	3	58	23	2	4	70	1.16
88518822--88518867	22	2.1	22	100	0	92	41	10	21	26	1.86
88520400--88520466	28	2.4	28	100	0	134	29	2	16	50	1.60
88522516--88522626	57	2.0	57	82	8	138	39	13	9	37	1.76
88526571--88526629	2	29.5	2	100	0	118	50	0	49	0	1.00
88542938--88543079	52	2.7	54	80	4	157	26	16	27	30	1.96
88545758--88545791	17	2.1	16	94	5	59	50	0	0	50	1.00
88546728--88546783	6	9.2	6	84	2	67	19	17	16	46	1.84
88548574--88548598	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88549856--88550478	47	13.3	47	92	3	1006	33	8	29	28	1.87
88551936--88552234	39	7.6	39	90	2	436	24	21	28	26	1.99
88551936--88552234	79	3.8	79	90	2	440	24	21	28	26	1.99
88551927--88552234	118	2.6	118	91	1	481	25	20	28	25	1.99
88554407--88554431	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88555695--88556322	47	13.3	47	91	3	999	33	8	29	28	1.87
88555695--88556322	96	6.6	94	93	2	999	33	8	29	28	1.87
88559875--88559938	28	2.3	28	78	5	67	51	6	1	40	1.36
88566784--88566844	31	2.0	31	86	0	86	39	13	14	32	1.85
88568539--88568588	24	2.1	24	100	0	100	30	16	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88570944--88571011	31	2.2	31	84	10	86	55	0	0	44	0.99
88571092--88571120	14	2.1	14	100	0	58	20	6	27	44	1.77
88571411--88571436	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
88572642--88572757	61	1.9	60	84	5	153	26	9	10	53	1.65
88573191--88573266	31	2.5	31	84	4	100	46	10	15	27	1.79
88591202--88591284	25	3.3	25	83	5	96	24	19	24	32	1.97
88595888--88595922	15	2.4	14	86	9	52	25	14	5	54	1.62
88595890--88595920	15	2.1	15	93	0	53	22	12	6	58	1.58
88596109--88596266	43	3.7	43	80	9	162	31	25	17	25	1.97
88601696--88601730	18	1.9	18	88	0	52	20	2	25	51	1.61
88610748--88610799	26	2.2	22	86	13	68	40	3	0	55	1.18
88614334--88614372	14	2.8	14	84	0	51	69	2	5	23	1.21
88619997--88620205	21	10.0	21	78	2	186	45	15	21	17	1.85
88619997--88620202	84	2.5	84	87	0	295	45	15	21	17	1.86
88619997--88620205	42	5.0	42	83	0	265	45	15	21	17	1.85
88621961--88622261	148	2.0	148	95	0	539	33	12	14	38	1.85
88623427--88623482	29	1.9	29	85	7	78	50	5	19	25	1.69
88625346--88625458	33	3.4	33	80	7	113	35	18	22	23	1.96
88625534--88625751	46	4.7	46	91	0	337	43	13	22	20	1.86
88627788--88627847	25	2.4	25	75	10	61	25	23	18	33	1.97
88628208--88628237	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
88631541--88631648	26	4.2	26	84	2	146	36	22	8	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88631543--88631645	52	2.0	52	90	0	161	35	22	8	33	1.85
88649751--88649792	18	2.3	18	88	8	59	35	0	2	61	1.09
88651716--88651768	16	3.5	15	78	14	56	56	7	1	33	1.38
88651732--88651793	29	2.2	28	83	13	74	58	6	1	33	1.34
88651649--88652077	141	3.1	139	80	13	504	60	5	3	30	1.38
88651673--88652087	140	3.0	138	85	8	545	59	5	3	31	1.38
88651964--88652071	22	4.7	24	69	17	68	62	5	0	31	1.25
88652025--88652064	20	2.0	20	86	13	57	62	7	0	30	1.23
88651777--88652088	142	2.1	144	87	8	431	59	5	3	31	1.37
88652031--88652111	9	10.5	8	68	22	50	61	2	2	33	1.22
88652079--88652123	24	2.0	23	83	12	58	60	0	4	35	1.17
88655007--88655126	41	2.9	41	78	12	127	17	25	18	38	1.92
88655007--88655127	42	2.9	41	81	9	138	17	26	18	38	1.92
88655045--88655111	21	3.2	21	74	4	64	16	25	19	38	1.92
88655058--88655118	21	3.0	21	75	2	61	19	27	18	34	1.95
88670382--88670408	6	4.5	6	100	0	54	14	0	51	33	1.43
88671304--88671355	11	4.5	11	76	19	52	34	0	0	65	0.93
88671377--88671418	20	2.1	20	86	0	57	40	7	0	52	1.29
88672046--88672121	4	19.0	4	75	20	70	71	2	25	1	1.07
88672046--88672129	22	3.9	21	77	14	75	70	2	26	1	1.07
88672052--88672121	30	2.5	29	80	11	83	70	2	25	1	1.10
88672985--88673071	41	2.2	40	85	2	111	26	14	21	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88675298--88675580	48	5.9	48	79	6	288	28	18	28	24	1.98
88675248--88675578	144	2.3	143	83	4	396	28	18	27	25	1.98
88683011--88683234	48	4.7	48	81	4	211	26	19	31	22	1.98
88683052--88683234	96	1.9	96	88	0	276	25	19	32	22	1.97
88686114--88686183	7	10.4	7	79	14	76	48	1	0	50	1.09
88686114--88686215	32	3.4	31	75	21	110	47	0	0	50	1.14
88690386--88690419	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
88691309--88691409	38	2.5	41	71	12	102	23	19	28	27	1.99
88691311--88691445	39	3.4	39	76	8	123	24	20	27	27	1.99
88691549--88691588	18	2.2	18	86	8	55	47	0	22	30	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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