genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11124144--11124246	36	2.8	38	85	10	144	37	12	10	38	1.78
11124354--11124395	22	2.0	22	85	4	59	11	2	14	71	1.24
11124601--11124787	45	4.2	45	80	1	205	25	27	14	32	1.95
11124602--11124770	89	1.9	89	85	0	230	26	28	13	31	1.94
11124801--11125095	78	3.8	77	86	4	412	25	23	19	31	1.98
11126289--11126419	54	2.5	53	87	6	187	12	27	19	40	1.88
11135954--11136010	22	2.6	21	78	10	60	42	17	5	35	1.72
11135966--11136010	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
11135989--11136042	17	2.9	19	83	10	85	35	14	9	40	1.78
11137774--11137947	39	4.5	39	93	0	285	29	29	22	18	1.98
11139932--11139972	19	2.2	19	90	0	64	39	7	2	51	1.43
11142013--11142041	14	2.0	15	93	6	51	27	6	10	55	1.59
11142157--11142285	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
11142261--11142408	31	4.8	31	90	4	228	27	18	27	27	1.98
11142480--11142577	42	2.3	42	87	3	135	32	13	25	28	1.93
11143575--11143612	20	1.9	20	88	0	58	10	2	13	73	1.19
11145663--11145695	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
11145663--11145696	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
11145962--11146027	19	3.2	21	77	16	66	37	18	7	36	1.79
11145965--11146009	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
11145981--11146078	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
11145988--11146078	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11146429--11146612	89	2.1	90	83	1	226	24	29	14	30	1.95
11146429--11146628	45	4.5	45	81	1	222	23	29	15	32	1.95
11146642--11146935	78	3.8	78	86	3	405	25	22	18	33	1.97
11146642--11146935	155	1.9	156	86	4	425	25	22	18	33	1.97
11147097--11147467	78	4.8	78	92	0	548	23	22	19	33	1.97
11146642--11147921	532	2.4	531	92	0	2114	25	22	18	33	1.97
11146731--11148141	454	3.1	454	84	5	1632	25	22	18	33	1.97
11147629--11147921	78	3.8	78	88	1	419	24	23	18	33	1.97
11151263--11151292	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
11156239--11156273	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
11156536--11156594	17	3.4	17	73	17	57	35	15	8	40	1.77
11156520--11156564	22	2.0	23	86	4	65	37	17	6	37	1.76
11156543--11156596	17	2.9	19	81	10	76	37	12	9	40	1.76
11157762--11157829	20	3.2	20	65	15	55	30	10	19	39	1.85
11157741--11157829	44	2.0	44	100	0	178	31	8	17	41	1.81
11159570--11160309	49	15.4	47	94	2	1203	28	31	7	32	1.86
11159570--11160309	96	7.7	96	92	3	1251	28	31	7	32	1.86
11159896--11159978	27	3.3	27	63	27	72	32	31	4	31	1.79
11166016--11166084	30	2.3	31	80	14	83	8	14	17	59	1.60
11168483--11168658	46	3.8	46	74	14	173	21	21	27	29	1.98
11168479--11168647	93	1.8	93	90	2	277	22	21	28	27	1.99
11176147--11176171	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11178902--11179057	33	4.7	33	70	12	97	30	20	26	22	1.98
11179067--11179182	45	2.6	45	81	2	153	37	18	25	18	1.93
11179164--11179301	47	3.0	46	88	2	204	42	15	24	18	1.88
11179807--11179853	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
11186003--11186058	27	2.1	27	83	12	71	32	0	0	67	0.91
11186012--11186048	15	2.5	15	87	12	58	29	0	0	70	0.88
11186020--11186080	24	2.6	23	76	2	68	37	1	0	60	1.07
11186106--11186220	5	24.0	5	67	21	59	34	3	0	60	1.19
11186108--11186225	17	6.9	16	75	14	94	33	4	0	61	1.22
11186108--11186220	8	13.0	9	69	25	59	34	3	0	61	1.20
11186419--11186469	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
11190218--11190258	20	2.0	20	100	0	82	56	4	29	9	1.53
11198439--11198745	44	7.0	44	87	2	388	27	14	28	28	1.96
11198443--11198745	88	3.4	88	88	1	428	27	14	28	29	1.95
11198439--11198745	132	2.3	132	89	1	454	27	14	28	28	1.96
11198439--11198819	132	2.9	132	84	3	381	31	15	26	26	1.96
11198860--11199019	44	3.6	45	82	5	184	30	18	25	25	1.98
11199225--11199257	17	1.9	17	93	0	57	69	6	6	18	1.30
11200489--11200522	15	2.3	15	90	10	52	32	0	0	67	0.91
11200582--11200696	5	23.0	5	70	18	71	34	2	1	60	1.20
11200582--11200683	24	4.1	25	75	13	86	34	1	1	61	1.18
11200821--11200870	17	2.9	17	80	8	57	34	0	2	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11200826--11200867	18	2.4	17	88	8	57	35	0	2	61	1.09
11200896--11200946	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
11206955--11207001	21	2.2	21	77	7	51	46	8	8	36	1.65
11209889--11209937	8	5.8	8	81	13	62	79	2	4	14	0.97
11209889--11209937	17	2.8	17	87	9	64	79	2	4	14	0.97
11213796--11213842	24	2.0	24	91	0	76	51	23	2	23	1.59
11213798--11213848	8	6.4	8	75	8	50	50	25	1	21	1.59
11215304--11215363	25	2.3	26	82	8	86	65	28	3	3	1.25
11217812--11217842	12	2.6	12	100	0	62	25	25	6	41	1.79
11226111--11226362	139	1.8	138	86	6	359	30	17	24	28	1.97
11226395--11227110	75	8.8	77	71	19	289	29	18	19	32	1.96
11226247--11226889	168	3.8	168	91	3	888	29	19	20	30	1.97
11226473--11226830	91	4.1	93	72	17	237	27	20	18	33	1.96
11226473--11226662	93	2.1	91	82	5	222	26	21	18	33	1.96
11226563--11226738	77	2.3	77	86	3	219	27	21	17	33	1.96
11226643--11226830	91	2.1	90	86	2	259	26	20	17	35	1.95
11226810--11227031	80	2.7	83	82	11	242	30	16	18	35	1.92
11226997--11227137	75	1.9	74	86	2	203	28	17	21	31	1.96
11227216--11227248	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
11227051--11227593	88	6.0	91	78	10	426	27	16	18	37	1.92
11227051--11227593	181	3.0	178	78	9	498	27	16	18	37	1.92
11231836--11231918	30	2.8	30	83	3	96	55	18	14	12	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11231836--11231920	15	5.7	15	76	5	82	56	17	14	11	1.67
11235250--11235288	9	4.3	9	100	0	78	20	0	0	79	0.73
11236247--11236461	72	3.0	71	74	8	220	34	6	12	46	1.66
11236363--11236557	99	2.0	99	87	0	282	36	9	11	42	1.74
11236462--11236695	72	3.2	72	81	2	220	34	8	13	43	1.74
11245723--11245765	22	2.0	22	100	0	86	32	9	11	46	1.72
11247399--11247432	6	5.5	6	86	6	50	79	2	0	17	0.86
11248107--11248267	9	17.8	9	66	15	57	65	2	1	29	1.16
11248129--11248419	10	29.7	10	66	17	78	62	4	1	31	1.24
11248083--11248263	63	2.8	65	78	8	167	65	2	2	29	1.16
11248172--11248251	27	3.0	26	70	20	67	65	0	2	32	1.06
11248205--11248411	41	5.2	39	71	13	109	61	4	1	31	1.27
11248266--11248347	21	3.8	20	76	13	67	57	4	2	35	1.33
11248395--11248419	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
11248906--11248963	8	6.9	8	76	18	55	31	0	0	68	0.89
11260230--11260268	7	5.6	7	100	0	78	46	15	25	12	1.81
11262738--11262778	21	1.9	22	85	5	57	31	9	4	53	1.55
11266389--11266429	21	2.0	21	85	0	55	73	2	9	14	1.19
11267288--11267335	5	9.4	5	88	2	69	22	18	0	58	1.39
11267293--11267349	10	5.7	10	77	8	53	29	14	0	56	1.39
11267772--11267801	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
11272084--11272135	8	6.4	8	77	4	50	36	1	1	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11272106--11272140	16	2.1	17	89	5	54	40	0	5	54	1.24
11272084--11272133	25	2.0	25	84	0	64	34	2	2	62	1.18
11272129--11272245	60	2.0	60	83	10	150	35	5	17	40	1.75
11272724--11272862	68	2.0	69	91	1	226	30	17	24	27	1.98
11273695--11273725	6	5.2	6	92	0	53	16	35	0	48	1.46
11278365--11278509	30	4.8	30	94	0	245	24	48	3	22	1.66
11278594--11278648	28	2.0	28	92	7	94	18	0	41	40	1.50
11279098--11279156	25	2.4	25	82	0	73	35	3	1	59	1.24
11279179--11279237	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
11279195--11279243	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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