genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42789186--42789458	48	5.7	48	75	13	206	28	17	27	26	1.98
42789186--42789465	96	2.9	95	79	4	285	28	18	26	26	1.98
42789197--42789465	144	1.9	144	82	4	346	27	18	27	26	1.98
42795615--42795693	40	2.0	40	84	0	104	13	16	34	35	1.88
42797369--42797451	43	1.9	43	81	13	100	43	3	8	44	1.52
42799986--42800011	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
42809267--42809341	34	2.2	34	90	2	116	33	20	17	29	1.95
42811327--42811392	33	2.1	33	85	5	91	37	3	0	59	1.13
42811371--42811403	17	2.0	16	94	5	57	42	0	0	57	0.98
42812658--42812695	18	2.2	18	90	4	60	21	28	34	15	1.94
42818771--42818857	43	2.0	44	95	2	158	39	12	24	24	1.90
42820071--42820120	22	2.3	22	96	0	91	16	20	42	22	1.89
42828529--42828567	14	2.8	14	100	0	78	20	28	15	35	1.93
42829108--42829150	21	2.0	21	90	0	68	20	16	23	39	1.92
42833367--42833534	40	4.2	40	89	1	250	22	23	25	27	2.00
42833367--42833564	80	2.5	80	83	3	220	23	22	24	28	1.99
42836715--42836903	96	2.0	96	97	0	360	37	12	15	33	1.86
42839406--42839454	23	2.1	23	88	0	71	40	4	6	48	1.47
42844150--42844310	56	2.9	55	84	3	198	29	34	16	19	1.94
42854650--42854699	25	2.0	25	96	0	91	18	4	32	46	1.67
42859323--42859399	40	1.9	40	83	0	100	19	14	32	33	1.92
42861228--42861278	19	2.5	21	78	9	61	66	1	3	27	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42862982--42863048	24	2.6	26	81	11	77	64	1	1	32	1.12
42870216--42870267	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
42874526--42874579	25	2.1	26	86	10	76	9	11	1	77	1.06
42876726--42876766	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
42877187--42877220	17	2.0	17	94	0	59	35	38	11	14	1.83
42880019--42880181	40	4.1	39	79	9	100	25	28	22	24	1.99
42880081--42880261	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
42880078--42880261	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
42887934--42888080	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
42887980--42888160	80	2.3	80	84	9	228	27	27	21	23	1.99
42887977--42888160	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
42894971--42897236	453	5.0	453	95	0	3915	30	24	15	28	1.96
42904150--42904186	16	2.3	16	90	0	56	43	13	35	8	1.74
42904157--42904188	16	2.0	16	100	0	64	43	12	31	12	1.80
42904196--42904253	25	2.3	25	96	3	107	32	24	22	20	1.98
42909591--42909623	15	2.1	17	88	11	52	39	9	6	45	1.61
42911442--42911471	9	3.2	9	95	4	51	86	0	0	13	0.57
42911442--42911500	8	6.5	8	77	22	55	79	0	3	16	0.86
42913181--42913225	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
42933485--42933519	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
42933933--42934000	30	2.3	31	80	17	81	54	7	4	33	1.48
42935800--42935825	12	2.2	12	100	0	52	0	0	46	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42936517--42936649	72	1.9	70	92	6	223	29	24	15	31	1.95
42947846--42947971	46	2.7	46	96	0	225	29	27	22	20	1.98
42947848--42947990	46	3.1	45	88	4	146	28	28	21	20	1.98
42953962--42953993	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
42953966--42954006	12	3.4	12	82	0	55	63	2	4	29	1.28
42954433--42954483	25	2.0	26	88	7	77	56	5	3	33	1.42
42954840--42954893	24	2.4	22	84	9	65	57	5	3	33	1.40
42954798--42954895	22	4.3	22	68	25	69	54	7	8	30	1.57
42955121--42955172	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
42955669--42955693	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
42955876--42955915	18	2.3	17	84	16	55	77	0	5	17	0.94
42958442--42958484	21	2.0	21	100	0	86	48	13	9	27	1.73
42977111--42977137	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
42978595--42978638	19	2.3	19	84	7	54	72	6	0	20	1.07
42978595--42978637	20	2.2	19	83	4	50	74	6	0	18	1.04
42983309--42983349	16	2.5	17	84	7	50	31	24	0	43	1.54
42987269--42987381	35	3.2	35	88	1	154	38	30	15	15	1.88
42989267--42989382	35	3.3	34	82	7	117	35	22	12	30	1.90
42989296--42989392	35	2.8	34	84	4	122	37	21	12	28	1.90
42989296--42989411	35	3.3	35	80	5	85	35	21	12	30	1.91
42991213--42991248	16	2.2	16	100	0	72	22	22	5	50	1.70
42993216--42993440	30	7.5	30	78	9	201	23	23	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42993242--42993311	29	2.4	30	85	2	88	20	31	10	38	1.85
43006624--43006709	44	2.0	44	100	0	172	56	10	2	30	1.45
43007796--43007869	30	2.5	30	93	0	121	27	21	9	41	1.84
43019602--43019646	21	2.2	20	84	4	54	53	4	13	28	1.59
43019609--43019649	20	2.0	21	90	4	66	51	4	9	34	1.56
43019709--43019838	11	10.8	11	66	24	50	54	3	4	37	1.37
43019654--43019794	75	1.9	73	80	14	162	54	3	4	36	1.39
43019778--43019838	23	2.7	23	80	12	63	52	4	4	37	1.45
43019880--43019933	23	2.5	20	80	13	54	55	7	1	35	1.39
43019934--43020024	3	30.0	3	68	14	53	61	0	3	35	1.12
43019897--43020000	18	5.8	18	67	23	51	59	2	3	33	1.30
43019959--43020023	34	1.9	34	84	6	87	61	0	1	36	1.05
43021572--43021673	44	2.3	46	81	5	120	29	25	17	27	1.98
43021657--43021749	44	2.1	45	91	2	152	26	25	21	25	1.99
43021857--43022222	152	2.4	153	80	8	433	33	19	17	29	1.95
43021859--43022240	77	5.1	74	80	8	414	35	19	17	28	1.94
43032133--43032238	42	2.5	42	95	1	185	33	11	13	41	1.80
43032221--43032265	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
43035950--43035993	21	2.2	20	83	4	52	54	4	11	29	1.56
43035912--43036118	25	8.3	25	73	16	148	54	4	6	34	1.47
43036035--43036097	31	2.1	29	85	5	81	57	1	4	36	1.30
43036048--43036194	13	11.8	12	67	26	58	53	2	4	38	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43036064--43036153	40	2.3	37	83	11	101	55	2	4	37	1.32
43036131--43036194	24	2.7	23	83	4	83	51	4	4	39	1.44
43036235--43036288	23	2.5	20	80	13	54	55	7	1	35	1.39
43036314--43036348	15	2.2	16	90	5	54	62	0	2	34	1.10
43036311--43036375	34	1.9	34	84	6	87	61	0	1	36	1.05
43038699--43038739	20	2.0	20	90	0	64	41	12	17	29	1.85
43039057--43039197	63	2.3	63	84	8	182	28	31	19	20	1.97
43039511--43039549	20	2.0	20	84	0	51	17	2	5	74	1.12
43046369--43046408	21	1.9	21	94	0	71	32	15	17	35	1.91
43052220--43052266	22	2.2	21	88	3	67	27	0	0	72	0.85
43056322--43056368	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
43061059--43061155	48	2.0	48	87	0	140	43	19	4	32	1.70
43065840--43066034	49	4.0	49	89	0	264	29	29	16	24	1.97
43068130--43068276	53	2.8	53	90	2	226	23	31	29	16	1.96
43069126--43069245	42	2.9	42	77	14	140	41	16	25	16	1.89
43069236--43069274	20	2.0	20	84	0	51	35	15	25	23	1.94
43073091--43073133	22	2.0	21	82	13	52	41	23	0	34	1.55
43076557--43076780	79	2.8	80	84	6	287	25	27	22	24	2.00
43076557--43076780	40	5.7	40	84	7	278	25	27	22	24	2.00
43085496--43085632	39	3.5	40	79	9	131	24	27	21	27	1.99
43085470--43085684	78	2.7	76	81	9	211	24	26	21	26	1.99
43093538--43093722	40	4.7	40	80	6	207	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43093538--43093722	79	2.3	81	81	9	211	25	27	21	25	1.99
43096776--43096812	18	2.1	18	95	5	67	5	18	0	75	0.99
43100246--43100288	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
43100269--43100301	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
43100280--43100374	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
43100542--43100576	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
43100500--43100572	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
43100461--43100732	144	1.9	147	93	3	478	46	3	2	46	1.35
43100686--43100720	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
43100706--43100884	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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