genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55948618--55948780	19	7.8	20	71	17	70	31	4	1	61	1.25
55949030--55949109	37	2.2	37	82	10	94	35	1	2	61	1.18
55952269--55952322	26	2.1	26	100	0	108	27	14	27	29	1.95
55952274--55952329	26	2.2	26	93	0	94	30	14	30	25	1.95
55957833--55957973	40	3.5	40	84	4	171	25	20	26	27	1.99
55965942--55966124	40	4.6	40	85	5	244	24	22	27	26	2.00
55965946--55966100	83	1.9	83	94	0	274	22	22	29	25	1.99
55970829--55970898	30	2.3	30	95	0	131	32	12	24	30	1.93
55972511--55973264	205	3.7	205	91	2	1165	31	18	20	28	1.97
55974931--55974994	16	4.4	14	78	14	60	34	1	0	64	1.03
55974930--55975050	16	7.3	15	67	22	57	33	3	0	61	1.18
55974931--55975036	45	2.4	45	81	10	112	34	3	0	60	1.21
55975026--55975095	21	3.4	20	71	21	63	28	5	1	64	1.25
55975397--55975430	7	4.9	7	92	0	59	44	0	0	55	0.99
55975397--55975456	14	4.6	14	83	12	74	45	1	0	53	1.10
55975404--55975451	24	2.0	24	84	8	62	45	0	0	54	0.99
55975402--55975457	12	4.5	12	78	13	51	44	1	0	53	1.11
55977881--55977944	33	1.9	33	84	6	85	34	6	26	32	1.82
55981809--55982003	40	4.9	39	83	5	214	26	26	21	25	2.00
55981842--55981985	40	3.6	40	89	3	220	26	27	21	25	1.99
55981809--55981984	80	2.2	79	86	7	241	24	26	22	26	2.00
55985644--55985816	46	3.7	46	77	13	192	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55985641--55985811	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
55989226--55989290	32	2.0	32	100	0	130	50	15	12	21	1.76
55989676--55989805	48	2.7	49	79	4	156	21	28	23	26	1.99
55989680--55989941	141	1.9	138	83	7	341	23	27	20	27	1.99
55989823--55989990	48	3.6	48	82	4	225	22	26	19	32	1.97
55991735--55991778	23	1.9	23	95	0	79	43	18	18	20	1.89
55991740--55991803	23	2.8	23	85	0	74	48	18	17	15	1.81
55993534--55993577	22	2.0	22	90	0	70	15	18	36	29	1.92
56013934--56014138	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
56013934--56014137	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
56013988--56014137	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
56022062--56022266	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
56022062--56022265	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
56022116--56022265	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
56024981--56025057	36	2.1	36	83	4	93	25	29	18	25	1.98
56025173--56025804	47	13.1	47	88	6	901	29	30	9	31	1.88
56025227--56025804	146	3.9	146	92	4	920	29	29	8	31	1.88
56025183--56025804	193	3.2	193	91	4	970	29	30	9	31	1.88
56064242--56064384	43	3.4	43	94	5	265	23	15	35	25	1.94
56064366--56064439	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56064748--56064895	39	3.7	39	78	8	147	24	22	28	25	1.99
56064865--56064981	40	2.9	40	85	0	153	23	21	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56067720--56068341	46	13.1	47	91	4	984	31	9	29	29	1.88
56067720--56068339	95	6.5	93	94	3	974	31	9	29	29	1.88
56067720--56068339	141	4.3	140	93	3	976	31	9	29	29	1.88
56070831--56070966	27	5.0	27	80	1	146	37	11	23	27	1.90
56072837--56072966	44	3.0	44	79	3	140	23	18	26	32	1.97
56080952--56081075	44	2.9	43	78	5	128	24	19	25	30	1.98
56089517--56089543	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
56092273--56092443	93	1.8	93	91	0	279	29	29	19	21	1.98
56092264--56092439	46	3.8	46	76	15	182	30	28	19	21	1.97
56105694--56105885	49	3.9	49	78	11	210	30	26	16	26	1.97
56105690--56105882	50	3.8	51	82	4	198	31	26	16	25	1.96
56109886--56110001	50	2.3	50	85	4	146	30	25	17	27	1.97
56109886--56110001	49	2.3	49	85	4	144	30	25	17	27	1.97
56109988--56110012	11	2.3	11	100	0	50	20	32	20	28	1.97
56112405--56112544	40	3.5	41	91	4	225	22	22	27	27	1.99
56120242--56120266	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
56129006--56129061	20	2.8	20	70	5	51	42	19	25	12	1.86
56130470--56130523	27	2.0	27	92	0	90	38	24	14	22	1.91
56131431--56131489	31	1.9	31	82	0	73	42	6	27	23	1.79
56131859--56132303	50	8.8	50	79	4	403	26	17	24	30	1.97
56131909--56132300	101	3.9	99	76	5	365	26	18	25	30	1.98
56131859--56132300	151	2.9	151	87	1	616	26	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56132862--56133220	180	2.0	180	87	2	524	38	8	19	33	1.82
56138643--56138684	15	2.8	15	80	20	52	26	2	9	61	1.39
56140060--56140507	50	8.9	50	79	2	407	26	18	24	29	1.98
56140060--56140507	101	4.4	100	76	4	407	26	18	24	29	1.98
56140059--56140448	151	2.6	152	84	0	485	26	18	24	30	1.98
56140061--56140507	202	2.2	201	86	2	601	26	18	24	29	1.98
56141068--56141418	180	2.0	180	91	0	567	38	9	18	33	1.84
56144273--56144348	27	2.7	29	83	4	102	27	31	15	25	1.96
56144571--56144621	16	3.2	16	91	0	75	9	19	21	49	1.77
56147492--56147636	40	3.6	40	83	4	175	26	24	25	24	2.00
56147659--56147693	16	2.2	16	94	0	61	34	28	20	17	1.95
56151918--56152062	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
56156736--56157009	140	2.0	140	89	0	422	34	14	18	32	1.92
56160697--56160874	46	3.8	46	77	11	202	29	28	20	21	1.98
56160704--56160875	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
56165388--56165482	25	3.8	25	88	0	136	24	23	25	27	2.00
56166443--56166881	27	16.2	27	80	6	354	39	20	9	30	1.84
56166463--56166845	54	7.1	53	82	4	390	38	20	9	30	1.85
56166877--56166950	27	2.7	27	91	4	114	35	17	16	31	1.92
56167879--56168060	27	6.7	27	90	0	274	23	21	20	34	1.97
56168047--56168219	27	6.5	26	70	13	93	32	8	18	39	1.81
56168088--56168558	27	17.4	27	78	5	193	35	8	19	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56168222--56168378	54	2.9	54	85	0	215	40	8	21	29	1.83
56168204--56168403	81	2.5	81	78	0	220	38	8	21	31	1.83
56168373--56168553	80	2.2	81	86	2	249	31	9	19	39	1.84
56170461--56170687	40	5.7	40	88	2	314	25	23	27	23	2.00
56172809--56173202	45	8.7	45	82	4	409	42	13	18	25	1.87
56172809--56173202	91	4.3	90	82	3	402	42	13	18	25	1.87
56172809--56173202	137	2.9	135	81	3	400	42	13	18	25	1.87
56172858--56173202	46	7.6	46	83	2	322	43	14	17	24	1.87
56183585--56183637	21	2.5	21	81	0	61	30	7	35	26	1.84
56185730--56185766	7	5.3	7	93	0	65	16	54	0	29	1.43
56185729--56185776	14	3.4	14	88	0	69	20	45	0	33	1.52
56185729--56185781	21	2.5	21	81	0	61	20	45	1	32	1.62
56195303--56195605	150	2.0	150	100	0	606	33	13	22	31	1.92
56197526--56197710	40	4.6	40	88	1	264	24	22	26	27	2.00
56197522--56197742	80	2.8	80	81	8	281	26	21	25	26	2.00
56209410--56209443	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
56215178--56215285	43	2.5	43	87	0	153	25	16	24	34	1.95
56218668--56219079	45	9.1	45	76	13	203	41	16	19	23	1.90
56218668--56219169	90	5.6	89	81	8	419	40	15	19	23	1.90
56218782--56218854	22	3.2	24	61	23	57	43	17	17	20	1.88
56218771--56219168	45	8.8	46	83	6	474	41	15	20	22	1.89
56218776--56219168	91	4.3	91	84	7	471	41	15	20	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56222469--56222493	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
56224674--56224744	25	2.8	25	89	2	106	25	23	22	28	2.00
56224673--56224757	25	3.4	24	84	7	100	28	22	22	27	1.99
56224965--56225047	30	2.7	31	87	3	116	31	18	26	24	1.97
56224965--56225042	31	2.6	30	89	2	111	30	19	26	23	1.98
56228564--56228739	50	3.5	49	81	7	185	28	27	18	25	1.98
56228564--56228749	101	1.9	99	85	4	257	27	28	18	25	1.98
56237193--56237231	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
56237970--56238129	53	3.0	53	94	0	275	35	18	18	28	1.94
56241690--56241748	27	2.2	27	90	0	91	37	18	10	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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