genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80443183--80443240	18	3.2	18	76	9	64	56	1	1	39	1.19
80443895--80443984	23	4.0	23	84	7	123	18	20	23	37	1.94
80445290--80445329	18	2.2	19	86	4	55	50	7	5	37	1.53
80445295--80445353	18	3.3	18	80	4	57	44	8	3	44	1.51
80445394--80445424	16	1.9	16	93	0	53	41	9	9	38	1.71
80446654--80446692	21	1.9	21	89	5	62	10	10	0	79	0.94
80446655--80446715	27	2.2	27	88	8	88	9	11	1	77	1.07
80451536--80451587	18	2.9	18	97	0	95	42	17	17	23	1.89
80457811--80457890	40	2.0	40	90	0	124	32	12	17	37	1.87
80459042--80459186	35	4.1	35	81	1	175	33	23	11	31	1.91
80461069--80461109	11	3.8	11	81	15	50	46	0	2	51	1.14
80467782--80467834	22	2.3	24	78	18	67	45	1	1	50	1.23
80473519--80473546	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
80477570--80477626	29	2.0	29	89	0	87	26	8	28	36	1.86
80479143--80479257	57	2.0	56	91	1	185	59	13	13	13	1.62
80485303--80485414	46	2.4	46	100	0	224	38	13	21	26	1.90
80485752--80485867	43	3.1	34	71	21	88	24	1	22	51	1.57
80485850--80485902	14	3.8	14	84	0	70	13	0	30	56	1.37
80485843--80485910	28	2.4	28	77	0	82	11	0	26	61	1.30
80486311--80486347	18	2.1	18	90	5	58	45	0	2	51	1.15
80486310--80486350	17	2.3	18	83	12	57	46	0	2	51	1.14
80490780--80490851	31	2.3	32	84	13	89	25	2	2	69	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80490804--80490850	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
80490978--80491125	43	3.4	43	84	1	181	21	18	29	29	1.97
80501722--80501746	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
80512152--80512315	28	5.8	28	70	12	104	29	17	26	26	1.97
80523963--80524024	32	1.9	32	83	0	79	17	25	29	27	1.98
80524277--80524310	17	1.9	18	88	5	52	14	11	14	58	1.63
80526321--80526437	33	3.6	33	81	3	121	27	24	15	32	1.95
80526354--80526526	33	5.3	33	81	3	134	30	21	12	35	1.90
80526344--80526476	65	2.0	66	81	4	153	29	22	15	33	1.94
80528920--80528971	26	2.0	26	84	0	68	23	34	1	40	1.66
80535866--80536025	39	4.1	39	94	0	257	21	22	30	26	1.99
80546291--80546327	17	2.1	18	95	5	67	18	21	40	18	1.91
80553243--80553306	26	2.6	25	78	11	69	23	34	3	39	1.71
80567237--80567262	12	2.2	12	100	0	52	50	23	7	19	1.73
80567688--80567766	13	6.1	13	76	5	52	34	5	22	37	1.76
80567706--80567766	26	2.3	26	72	10	61	32	4	24	37	1.77
80568336--80568371	3	12.0	3	87	0	54	30	36	2	30	1.72
80568330--80568368	12	3.2	12	85	0	51	28	38	5	28	1.78
80569728--80570064	72	4.7	71	83	5	385	53	14	4	26	1.61
80570493--80570540	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
80576014--80576065	10	5.0	10	77	9	50	53	0	5	40	1.25
80579589--80579646	30	1.9	30	85	0	80	20	13	6	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80579934--80579973	20	1.9	22	90	10	66	27	0	0	72	0.85
80579920--80579973	22	2.2	25	87	12	78	27	0	1	70	0.98
80579966--80580028	23	2.5	26	80	17	80	33	4	0	61	1.17
80579922--80580004	33	2.5	33	79	9	82	31	1	1	66	1.07
80580011--80580049	20	2.0	20	89	0	60	28	2	2	66	1.18
80583976--80584038	33	1.9	33	93	0	108	36	19	22	22	1.95
80591972--80592307	45	7.5	45	69	15	255	32	15	26	25	1.95
80591932--80592330	90	4.4	89	91	2	611	31	15	27	26	1.96
80593747--80593790	18	2.5	17	81	3	52	29	4	0	65	1.12
80593783--80593845	29	2.1	30	85	8	83	38	1	1	58	1.17
80593868--80593926	17	3.6	16	72	21	50	27	0	3	69	1.04
80593884--80594030	12	12.8	11	70	14	75	31	2	2	63	1.19
80593884--80594036	23	6.6	24	69	19	76	31	2	1	64	1.19
80593903--80593977	33	2.3	33	80	11	91	34	1	0	64	1.02
80593984--80594022	20	2.0	20	89	0	60	28	2	2	66	1.18
80597333--80597563	90	2.6	90	88	0	354	29	25	13	30	1.94
80599678--80599748	33	2.1	34	89	7	110	15	4	8	71	1.25
80601753--80601787	18	1.9	18	88	0	52	51	5	11	31	1.61
80606182--80606211	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
80607822--80607875	21	2.7	20	81	18	60	40	0	0	59	0.98
80607822--80607863	21	2.0	21	86	13	61	42	0	0	57	0.99
80609136--80609186	22	2.4	20	81	12	57	1	33	1	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80609163--80609203	14	2.9	14	88	3	55	2	29	2	65	1.18
80613917--80613999	40	2.1	40	100	0	166	31	4	0	63	1.15
80619908--80619988	35	2.4	35	89	8	116	25	7	24	41	1.81
80619924--80619994	35	2.0	35	100	0	142	25	8	22	43	1.81
80626731--80626788	30	1.9	30	82	6	73	37	1	27	32	1.67
80629901--80629933	16	1.9	17	88	11	50	9	0	18	72	1.10
80630602--80630655	26	2.2	25	83	6	65	0	14	3	81	0.82
80630601--80630655	22	2.4	23	81	6	67	0	14	5	80	0.89
80636868--80636929	30	2.1	30	93	0	106	25	3	12	58	1.50
80637052--80637086	11	3.1	11	95	4	61	68	0	0	31	0.90
80647072--80647188	41	2.7	43	79	11	141	25	17	27	29	1.97
80648398--80648470	35	2.1	35	97	0	137	30	6	19	43	1.76
80655977--80656007	15	2.1	15	100	0	62	12	25	12	48	1.77
80665809--80665847	15	2.6	15	84	11	53	10	7	0	82	0.86
80670206--80670254	16	2.8	18	78	6	57	28	0	0	71	0.86
80672106--80672201	25	3.8	25	83	5	113	20	26	22	30	1.99
80673623--80673667	21	2.0	22	83	8	56	35	11	13	40	1.80
80688018--80688084	25	2.7	25	86	4	82	56	5	5	31	1.47
80688290--80688384	30	3.6	25	75	19	77	61	5	3	30	1.34
80688290--80688411	27	4.5	27	73	13	90	61	4	3	31	1.31
80689406--80689442	15	2.2	18	86	13	53	75	5	10	8	1.17
80689559--80689599	22	1.9	22	85	5	57	7	19	9	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80690071--80690275	44	4.7	44	78	1	205	28	25	19	26	1.99
80690071--80690278	88	2.4	88	85	1	283	28	25	19	26	1.99
80690159--80690648	193	2.6	183	80	8	508	28	23	18	29	1.98
80690531--80690648	44	2.6	45	85	4	141	29	23	17	28	1.97
80690413--80690648	94	2.6	93	74	8	227	29	21	19	30	1.97
80690657--80690958	131	2.3	131	87	0	433	28	22	20	28	1.98
80695090--80695140	12	4.2	12	73	16	52	11	21	17	49	1.79
80699108--80699152	21	2.0	22	83	8	56	40	11	4	44	1.60
80699338--80699396	24	2.5	23	78	10	57	37	3	8	50	1.49
80711582--80711777	72	2.7	72	93	3	322	29	17	19	33	1.95
80711722--80711831	54	2.0	55	92	1	186	30	15	15	39	1.88
80711650--80712047	127	3.1	127	94	1	681	28	16	18	36	1.92
80711849--80711958	54	2.0	55	96	1	204	28	15	17	39	1.90
80712086--80712189	53	2.0	53	96	0	190	30	15	17	36	1.91
80712048--80712278	126	1.8	128	94	2	412	29	16	18	36	1.92
80711816--80712295	231	2.1	232	96	0	890	27	15	20	35	1.93
80714559--80714603	21	2.0	22	83	8	56	40	11	4	44	1.60
80715599--80715660	24	2.4	27	84	10	85	59	6	0	33	1.23
80715599--80715728	27	4.9	27	75	13	99	60	4	2	32	1.29
80715677--80715777	23	4.2	24	69	17	68	64	3	4	26	1.32
80718660--80718755	50	1.9	50	81	8	115	45	6	8	39	1.59
80724034--80724061	13	2.2	13	100	0	56	35	17	0	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80724236--80724302	4	16.0	4	96	3	107	0	28	0	71	0.86
80724366--80724413	5	9.8	5	95	4	89	58	0	0	41	0.98
80727072--80727149	40	2.0	40	84	5	104	23	11	32	33	1.90
80730781--80730867	44	2.0	44	93	0	147	17	21	27	33	1.96
80730785--80730878	44	2.1	44	88	4	134	18	21	25	35	1.95
80732089--80732166	40	2.0	40	89	5	122	23	12	33	30	1.92
80736364--80736396	17	1.9	17	93	0	57	69	21	0	9	1.15
80737603--80737659	29	2.0	29	89	0	87	31	0	0	68	0.90
80737665--80737702	19	2.0	20	89	5	60	55	2	0	42	1.14
80737690--80737827	12	11.5	12	71	19	92	32	1	0	65	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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