genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57404286--57404476	40	4.8	40	88	0	258	23	22	28	25	1.99
57406261--57406365	53	2.0	53	100	0	210	33	22	13	30	1.93
57417781--57418083	47	6.4	47	74	15	211	28	16	30	24	1.97
57419441--57419616	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
57419438--57419609	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
57426966--57427141	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
57426963--57427134	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
57431043--57431274	49	4.7	49	77	6	252	24	18	26	29	1.98
57442704--57442742	19	2.1	19	85	0	51	46	10	7	35	1.67
57443448--57443579	44	3.0	45	81	9	150	26	26	19	27	1.99
57444380--57444474	47	2.0	46	95	2	172	43	14	13	28	1.84
57467422--57467786	48	7.8	47	76	10	295	27	17	30	24	1.97
57467422--57467685	92	2.8	91	90	3	377	27	17	30	24	1.97
57467425--57467777	140	2.5	140	80	10	386	28	17	30	24	1.97
57467422--57467732	92	3.3	92	86	5	351	27	17	30	24	1.97
57469143--57469206	27	2.4	28	76	7	69	37	26	17	18	1.93
57469187--57469354	27	6.2	27	81	1	167	25	18	19	36	1.94
57469229--57469490	54	4.9	53	73	14	171	27	11	20	39	1.88
57469187--57469354	81	2.1	81	81	6	189	25	18	19	36	1.94
57469309--57469490	27	6.8	27	80	5	208	29	8	21	40	1.82
57473574--57473750	40	4.4	40	90	2	277	20	22	31	24	1.98
57473977--57474020	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57481623--57481799	40	4.4	40	90	2	277	22	22	30	24	1.99
57482026--57482069	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
57488815--57488893	41	1.9	41	100	0	158	30	36	8	24	1.86
57503785--57503858	23	3.2	24	73	17	77	22	24	17	35	1.95
57503794--57503864	22	3.2	23	72	18	69	22	22	18	36	1.95
57506333--57506367	16	2.1	17	89	5	54	57	5	11	25	1.56
57513071--57513174	43	2.4	43	80	0	127	29	15	24	30	1.95
57514420--57514506	42	2.1	42	91	0	138	17	24	40	18	1.91
57519741--57519983	40	6.1	40	89	2	330	25	28	23	22	1.99
57525551--57525775	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
57525551--57525808	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
57528386--57528436	25	2.0	25	100	0	102	17	31	31	19	1.95
57533433--57533614	40	4.7	40	81	10	207	24	23	26	25	2.00
57533484--57533647	79	2.1	77	80	10	183	26	21	27	25	1.99
57542979--57543163	40	4.6	40	83	6	198	22	22	28	27	1.99
57551111--57551299	40	4.7	40	92	3	292	21	22	27	28	1.99
57551111--57551335	120	1.9	119	82	7	285	20	22	28	28	1.99
57559286--57559328	19	2.4	18	77	11	52	16	4	16	62	1.48
57564615--57564681	29	2.3	29	84	0	80	26	31	17	23	1.97
57572406--57572461	28	2.0	28	85	3	76	26	30	16	26	1.96
57572678--57572734	16	3.6	16	85	0	69	12	24	19	43	1.85
57573956--57573988	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57576004--57576151	43	3.4	43	77	5	149	27	14	23	34	1.93
57584900--57585242	27	12.7	27	79	5	241	38	20	10	30	1.87
57584952--57585259	81	3.8	80	77	8	279	37	20	10	30	1.87
57584953--57585295	27	12.7	27	77	7	207	37	20	10	30	1.87
57585287--57585430	27	5.3	27	88	0	198	35	20	19	25	1.96
57585278--57585448	81	2.1	81	83	4	211	36	18	18	26	1.94
57585278--57585443	54	3.1	54	88	0	242	36	17	19	26	1.94
57588590--57588729	43	3.3	42	81	4	163	35	24	14	26	1.93
57588615--57588729	43	2.7	43	87	0	167	36	25	14	23	1.93
57596414--57596522	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
57596669--57596779	39	2.5	47	73	25	139	29	27	7	36	1.83
57596687--57596766	39	2.1	39	97	0	151	30	26	6	37	1.81
57596764--57596981	47	4.7	47	92	1	350	26	28	12	32	1.92
57608866--57609070	53	3.8	54	81	1	214	23	24	18	34	1.96
57608877--57609065	55	3.5	53	81	5	209	22	24	19	34	1.96
57609052--57609173	47	2.6	47	88	5	192	26	24	13	36	1.92
57609936--57609993	30	1.9	31	82	3	73	27	24	10	37	1.88
57616525--57616575	24	2.1	25	82	13	63	43	23	0	33	1.54
57617120--57617289	43	4.0	42	76	9	150	32	27	18	21	1.97
57622494--57622766	47	6.5	39	70	24	157	30	14	24	29	1.95
57622528--57622738	47	4.7	47	79	13	246	30	15	24	29	1.96
57622571--57622776	84	2.4	85	95	1	378	29	15	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57622707--57622783	38	2.0	38	92	0	127	28	16	27	27	1.97
57622571--57622807	84	2.8	83	83	9	309	29	15	25	29	1.96
57626033--57626074	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
57628357--57628568	47	4.7	47	76	12	228	30	14	24	31	1.94
57628400--57628606	85	2.4	85	90	0	342	29	13	25	30	1.94
57628541--57628613	38	1.9	38	91	0	119	27	12	28	31	1.93
57628786--57628822	14	2.6	14	95	4	65	32	0	18	48	1.49
57631279--57631454	47	3.6	50	81	8	184	25	29	17	27	1.97
57631281--57631454	49	3.6	50	80	6	171	25	29	17	27	1.98
57631329--57631551	99	2.3	94	81	8	243	25	30	17	26	1.98
57631328--57631585	94	2.7	95	77	11	247	25	29	18	26	1.98
57632269--57632293	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
57638916--57639191	47	5.8	48	74	11	235	21	30	21	27	1.98
57638920--57639231	94	3.3	94	77	7	292	21	29	21	28	1.98
57639908--57639932	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
57642926--57642986	24	2.5	24	82	12	72	34	18	26	21	1.96
57643904--57644289	27	14.3	27	87	2	497	36	17	18	26	1.94
57644635--57644693	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
57644851--57644986	27	5.0	27	83	7	152	18	22	22	37	1.94
57645104--57645219	6	18.8	6	71	15	85	18	19	12	48	1.81
57645107--57645168	25	2.5	25	91	0	97	19	20	14	45	1.85
57645104--57645207	31	3.4	31	73	15	106	19	20	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57645132--57645202	19	3.8	19	74	10	83	18	21	14	46	1.83
57645126--57645219	37	2.5	37	85	0	134	19	20	12	47	1.81
57658194--57658242	16	2.9	17	76	14	57	59	8	0	32	1.27
57658192--57658262	26	2.6	28	78	17	78	63	7	1	28	1.29
57658195--57658243	17	3.0	17	80	17	59	61	6	0	32	1.21
57658192--57658312	28	4.4	28	76	15	85	63	4	1	30	1.23
57658192--57658338	43	3.3	43	76	17	122	63	3	2	29	1.24
57658230--57658346	23	5.0	24	74	20	97	64	1	4	29	1.22
57658263--57658308	13	3.5	13	88	8	58	63	0	2	34	1.07
57658224--57658388	14	11.9	14	70	22	84	62	1	4	31	1.25
57658286--57658395	20	5.4	20	73	14	84	60	0	5	33	1.26
57658195--57658338	11	13.9	10	69	24	79	63	2	2	30	1.22
57658251--57658350	24	4.2	24	73	22	70	65	0	6	29	1.17
57658222--57658348	40	3.2	37	76	14	112	65	1	3	29	1.20
57658362--57658402	14	2.9	14	88	3	64	58	0	0	41	0.98
57673182--57673299	40	3.0	40	98	0	227	33	8	10	48	1.67
57673272--57673362	45	2.0	45	91	0	146	34	7	5	52	1.53
57681042--57681076	3	11.7	3	93	0	61	0	34	0	65	0.93
57682206--57682243	19	1.9	20	89	10	60	21	34	2	42	1.67
57696392--57696574	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
57696371--57696574	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
57704455--57704642	41	4.7	40	81	9	213	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57704455--57704641	81	2.3	81	80	11	213	24	27	22	25	2.00
57711225--57711275	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
57711147--57711368	103	2.2	103	93	1	374	18	18	31	31	1.95
57711288--57711437	71	2.1	71	90	3	232	23	16	29	30	1.96
57711396--57711447	27	1.9	27	92	0	86	15	23	32	28	1.95
57716561--57716586	13	2.0	13	100	0	52	53	15	30	0	1.42
57723604--57723781	27	6.6	27	84	3	189	35	21	17	25	1.95
57723631--57723798	54	3.1	54	88	5	250	34	19	19	26	1.96
57723655--57723799	27	5.4	27	81	9	156	33	20	20	25	1.97
57723630--57723800	81	2.1	80	81	9	204	35	19	19	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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