genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16535088--16535216	47	2.7	47	86	0	159	32	27	16	23	1.96
16537994--16538131	43	3.2	43	80	6	163	34	24	14	26	1.94
16541319--16541423	53	2.0	53	86	0	147	18	23	20	38	1.93
16542459--16542491	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
16545917--16545963	20	2.3	20	96	0	85	46	14	8	29	1.74
16546355--16546564	86	2.5	86	78	4	228	33	25	14	26	1.94
16546400--16546557	43	3.7	41	79	6	145	34	25	15	24	1.94
16549453--16549485	6	5.7	6	96	3	59	0	12	0	87	0.53
16549840--16549887	23	2.0	23	88	4	69	50	6	0	43	1.27
16564819--16564876	26	2.2	26	90	6	91	34	5	22	37	1.76
16566662--16566947	137	2.1	136	96	0	518	25	18	24	31	1.97
16569302--16569351	20	2.5	20	76	3	55	36	0	6	58	1.23
16569389--16569421	13	2.3	15	90	10	52	30	0	6	63	1.18
16569527--16569565	20	2.0	19	85	5	51	43	0	0	56	0.99
16570141--16570184	21	2.1	22	84	12	58	54	2	2	40	1.25
16572668--16572829	55	2.9	55	85	0	225	26	7	14	51	1.69
16574681--16574742	30	2.1	29	82	8	72	29	8	14	48	1.72
16574823--16574908	26	3.4	24	70	12	73	18	0	30	51	1.47
16574985--16575035	23	2.2	22	80	10	57	13	1	33	50	1.53
16574875--16575246	157	2.3	160	88	5	560	31	3	24	40	1.71
16575139--16575193	24	2.3	23	93	6	101	12	1	34	50	1.51
16575255--16575719	126	3.7	126	88	2	686	36	15	17	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16577180--16577330	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
16584668--16584818	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
16590129--16590161	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
16591268--16591319	25	2.2	24	82	6	61	59	9	5	25	1.51
16598821--16598879	26	2.3	25	82	8	73	42	13	16	27	1.86
16602281--16603059	132	5.9	131	81	3	636	37	15	15	31	1.89
16602271--16603055	264	3.0	262	78	4	781	37	15	15	31	1.90
16602244--16603085	396	2.1	393	78	3	893	37	15	15	31	1.89
16603002--16603152	67	2.2	68	78	2	162	35	17	14	33	1.90
16606026--16606269	49	4.9	49	83	5	292	26	18	26	28	1.98
16606129--16606212	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
16618105--16618274	46	3.7	46	75	13	170	30	28	20	21	1.98
16618112--16618283	93	1.8	93	90	2	274	28	28	20	22	1.99
16618113--16618299	46	4.0	46	69	20	113	28	28	20	22	1.98
16623645--16623687	15	2.9	15	96	0	77	13	37	23	25	1.92
16626244--16626306	26	2.4	27	79	10	78	42	1	0	55	1.09
16626983--16627020	19	2.0	19	100	0	76	31	10	5	52	1.58
16636634--16636683	26	1.9	26	91	0	82	14	22	26	38	1.91
16641727--16641883	85	1.8	85	82	5	201	28	24	21	26	1.99
16649845--16649930	43	2.0	43	84	13	115	27	29	18	24	1.98
16649939--16650068	63	2.1	63	97	0	242	30	24	13	31	1.94
16668617--16668693	31	2.6	30	86	8	104	33	6	15	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16668648--16668728	33	2.6	33	84	7	98	35	4	13	45	1.65
16670285--16670458	41	4.3	41	74	7	158	33	27	14	25	1.94
16675195--16675232	17	2.2	17	90	0	58	39	2	10	47	1.52
16691924--16692047	46	2.7	46	85	0	176	22	25	20	32	1.98
16692752--16692776	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
16703287--16703333	5	8.8	5	82	13	58	21	4	0	74	0.99
16710076--16710204	46	2.8	46	91	2	206	31	28	20	19	1.97
16711797--16711938	70	2.0	70	97	0	266	27	15	14	42	1.86
16721919--16721950	17	1.9	16	93	6	55	59	9	0	31	1.29
16723139--16723258	32	3.8	32	80	1	143	32	20	12	35	1.90
16723389--16723509	55	2.2	55	79	2	127	33	20	19	26	1.97
16723417--16723547	55	2.4	55	83	2	156	29	19	21	29	1.98
16732596--16732754	43	3.7	43	75	11	146	23	20	25	30	1.98
16732596--16732720	42	2.9	41	75	17	121	23	20	26	29	1.99
16741765--16741818	27	2.0	27	96	0	99	40	12	18	27	1.87
16744510--16744585	29	2.6	29	87	0	107	26	26	18	28	1.98
16755012--16755153	27	5.3	27	74	9	101	40	19	11	28	1.87
16755039--16755153	54	2.1	54	87	3	160	40	19	12	28	1.87
16755001--16755153	81	1.9	81	81	0	189	39	18	13	28	1.89
16755039--16755153	27	4.3	26	80	6	122	40	19	12	28	1.87
16760317--16760368	17	3.2	17	79	15	65	9	3	17	69	1.31
16765039--16765075	5	7.6	5	88	11	51	0	13	2	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16765039--16765078	14	2.8	13	85	14	53	0	12	2	85	0.71
16768288--16768321	17	2.0	17	88	0	50	26	2	20	50	1.63
16772439--16772480	20	2.0	20	86	4	57	35	2	16	45	1.61
16786753--16786901	74	2.0	74	90	1	237	25	16	26	32	1.96
16789800--16789841	21	2.0	21	90	0	66	42	30	16	9	1.80
16794113--16794375	40	6.6	40	89	3	343	25	20	27	26	1.99
16801929--16802190	40	6.6	40	86	3	307	24	20	28	26	1.99
16801968--16802225	80	3.3	80	83	4	229	25	20	28	25	1.99
16803575--16803699	26	5.0	26	88	2	168	27	22	21	28	1.99
16803910--16803988	31	2.5	31	85	0	122	31	16	24	27	1.96
16806226--16806599	27	13.9	27	80	3	243	37	20	8	33	1.83
16806220--16806704	54	9.0	54	75	4	289	37	19	9	33	1.84
16806345--16806621	81	3.4	81	82	4	335	39	20	9	31	1.84
16806318--16806673	27	13.1	27	78	9	117	39	19	8	32	1.82
16806735--16806825	27	3.4	26	84	4	110	35	19	25	19	1.96
16807625--16807781	52	3.1	52	92	5	261	28	20	22	28	1.99
16807625--16807781	26	6.2	26	85	2	196	28	20	22	28	1.99
16807992--16808070	31	2.5	31	87	0	122	31	16	24	27	1.96
16824965--16825003	19	1.9	19	90	10	60	20	2	0	76	0.90
16830246--16830421	46	3.8	46	75	10	178	23	19	26	30	1.98
16830243--16830414	93	1.8	93	89	0	272	23	20	26	29	1.99
16864153--16864323	93	1.8	93	89	0	270	29	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16864148--16864318	46	3.7	46	75	10	168	29	26	19	23	1.98
16871987--16872024	15	2.5	15	100	0	76	55	7	18	18	1.66
16877796--16877855	29	2.1	29	81	6	68	50	11	10	28	1.71
16890992--16891038	19	2.4	19	82	13	60	70	0	2	27	0.99
16904849--16904960	41	2.7	41	84	2	145	16	16	26	40	1.90
16914261--16914366	52	2.0	52	98	0	203	39	21	7	31	1.81
16914478--16914513	18	2.1	18	89	5	56	33	19	0	47	1.50
16914943--16914983	22	2.0	20	90	9	64	7	9	12	70	1.33
16915192--16915239	9	5.6	9	79	20	50	60	0	0	39	0.97
16915195--16915240	16	2.9	16	78	15	51	60	0	0	39	0.97
16915192--16915240	25	1.9	26	84	12	66	61	0	0	38	0.96
16915388--16915440	17	2.9	19	75	13	67	54	0	0	45	0.99
16915388--16915436	19	2.8	17	81	9	55	59	0	0	40	0.98
16925034--16925092	23	2.7	21	84	5	64	35	25	20	18	1.95
16925551--16925584	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
16928479--16928546	25	2.8	24	73	8	57	17	26	22	33	1.96
16928591--16928642	25	2.1	24	85	3	68	23	26	17	32	1.96
16929306--16929357	26	2.0	26	82	10	63	34	1	9	53	1.45
16947263--16947387	43	2.9	43	81	9	164	22	17	27	32	1.96
16951378--16951405	13	2.2	13	100	0	56	32	14	17	35	1.90
16959413--16959454	22	1.9	22	95	0	75	45	16	11	26	1.82
16961365--16961476	40	2.8	40	86	4	154	33	23	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16979302--16979329	10	2.8	10	100	0	56	39	10	10	39	1.75
16993279--16993392	56	2.0	56	100	0	228	44	7	19	28	1.76
16994793--16994850	28	2.1	28	100	0	116	10	18	3	67	1.35
16995934--16996086	39	3.9	40	80	6	129	28	28	22	20	1.99
16996004--16996090	39	2.2	39	93	0	147	27	29	20	21	1.98
16999889--17000104	107	2.0	108	97	0	407	43	5	9	42	1.58
17001982--17002023	22	2.0	21	86	13	59	23	11	0	64	1.27
17003133--17003181	5	9.6	5	93	2	80	40	0	16	42	1.48
17013893--17013924	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
17018804--17018850	15	3.3	14	82	11	60	21	2	0	76	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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