genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17701976--17702024	25	2.0	25	87	0	71	34	20	16	28	1.94
17702173--17702219	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
17708174--17708212	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
17708813--17708855	22	2.0	22	95	0	77	13	34	0	51	1.42
17709238--17710645	352	4.0	352	95	0	2559	29	13	28	28	1.95
17710958--17710991	10	3.4	10	92	8	52	38	11	17	32	1.86
17710964--17711014	21	2.4	21	80	0	57	35	13	19	31	1.91
17711063--17711133	25	2.9	24	78	14	65	28	23	22	25	2.00
17711975--17712077	51	2.0	51	85	7	138	20	22	32	25	1.98
17712086--17712203	43	2.8	42	83	3	139	31	25	18	24	1.98
17717738--17717779	18	2.4	17	92	4	66	54	19	0	26	1.44
17719137--17719309	43	4.0	44	73	10	151	32	26	15	26	1.96
17719134--17719303	86	2.0	85	82	7	211	32	25	15	25	1.96
17721889--17722114	23	9.9	23	73	7	156	25	19	18	36	1.95
17721899--17722115	46	4.7	46	82	4	251	25	19	18	36	1.95
17723082--17723161	40	2.0	40	95	0	142	46	16	8	28	1.77
17723338--17723405	20	3.3	20	74	10	66	36	26	29	7	1.83
17726186--17726300	54	2.1	53	88	6	169	24	26	28	20	1.99
17729121--17729198	39	2.0	39	100	0	156	28	12	28	30	1.93
17729710--17729775	25	2.7	25	75	11	73	31	16	30	21	1.95
17741852--17741989	43	3.2	42	72	17	115	27	23	18	29	1.98
17752302--17752327	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17752721--17752760	20	2.0	20	100	0	80	40	25	20	15	1.90
17765598--17765770	43	4.0	42	81	9	197	35	26	15	23	1.94
17770659--17770781	43	2.9	43	82	0	138	24	16	26	32	1.96
17773885--17773909	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
17779795--17779932	43	3.2	44	84	6	158	26	15	24	33	1.95
17783216--17783276	25	2.5	25	81	5	72	42	11	24	21	1.86
17788578--17788651	22	3.4	22	86	0	103	31	28	27	13	1.94
17788578--17788664	22	4.0	22	86	0	93	32	27	26	13	1.94
17788578--17788664	44	2.0	44	83	0	111	32	27	26	13	1.94
17800799--17801098	79	3.8	77	76	16	244	62	1	12	23	1.38
17800801--17800949	45	3.4	45	75	17	152	63	2	11	23	1.38
17800867--17801128	27	9.4	27	68	23	143	61	1	11	25	1.38
17800900--17801001	26	3.4	32	74	24	105	64	1	9	23	1.34
17800838--17800926	22	4.0	22	70	16	67	64	2	10	23	1.36
17800929--17801073	21	6.8	22	72	19	87	60	1	12	25	1.40
17801053--17801127	34	2.3	31	82	11	80	61	0	12	26	1.31
17800791--17801127	5	66.0	5	68	20	114	62	1	12	24	1.39
17800909--17801128	59	3.7	58	76	17	170	60	1	12	25	1.40
17801720--17801759	20	2.0	20	95	0	71	50	10	2	37	1.50
17806061--17806109	6	7.7	6	88	2	53	75	4	0	20	0.96
17806076--17806109	14	2.4	15	90	9	54	76	0	0	23	0.79
17807712--17807764	3	17.0	3	88	11	72	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17807712--17807763	14	3.8	13	87	7	77	69	0	0	30	0.89
17807712--17807764	17	3.0	17	84	15	72	67	0	0	32	0.91
17811427--17811476	25	2.1	22	82	10	55	30	22	36	12	1.90
17811552--17811704	79	1.9	80	81	10	186	38	6	32	22	1.80
17813024--17813083	14	4.4	13	80	15	59	46	40	0	13	1.43
17813031--17813083	14	3.7	14	87	2	70	47	39	0	13	1.43
17813037--17813118	7	11.7	7	76	3	76	46	36	0	17	1.48
17813037--17813118	28	2.9	28	83	3	103	46	36	0	17	1.48
17819596--17819671	40	1.9	40	83	0	98	32	19	14	32	1.92
17821069--17821118	19	2.6	19	93	3	82	36	8	22	34	1.83
17822216--17822261	21	2.2	21	96	0	83	56	2	4	36	1.31
17822707--17823458	376	2.0	376	100	0	1504	32	20	13	32	1.92
17829061--17829130	34	2.1	34	97	0	131	28	24	21	25	1.99
17836758--17836827	34	2.1	34	88	0	104	31	22	18	27	1.97
17836961--17837007	21	2.2	21	92	0	76	31	21	25	21	1.98
17840491--17840601	43	2.6	43	82	0	132	30	27	18	24	1.97
17840776--17840841	35	1.9	35	84	9	91	53	4	4	37	1.42
17840891--17840939	19	2.6	19	80	0	53	69	2	2	26	1.10
17844015--17844048	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
17844248--17844300	14	3.9	14	75	5	54	45	33	0	20	1.52
17844455--17844490	15	2.5	15	90	4	56	72	22	0	5	1.05
17844457--17844490	7	4.7	7	89	7	50	73	23	0	2	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17844457--17844503	22	2.1	22	84	7	60	68	25	0	6	1.13
17844480--17844615	43	3.2	42	69	7	112	50	25	1	22	1.57
17845103--17845192	14	6.5	15	77	11	59	42	38	1	17	1.57
17845111--17845185	21	3.5	21	80	5	80	42	38	1	17	1.58
17845210--17845309	40	2.5	40	75	4	105	29	20	22	29	1.98
17845249--17845539	116	2.5	115	86	1	413	32	20	16	30	1.95
17846949--17846999	19	2.6	19	93	3	84	33	13	23	29	1.93
17848105--17848150	21	2.2	21	92	0	74	58	2	2	36	1.22
17856465--17856534	34	2.1	34	91	0	113	32	22	17	27	1.96
17856453--17856541	34	2.4	38	75	19	98	35	22	15	25	1.94
17856668--17856714	21	2.2	21	84	0	58	31	17	23	27	1.96
17856980--17857016	18	2.1	19	85	10	51	18	43	24	13	1.86
17863220--17863412	91	2.1	91	96	0	350	36	18	16	28	1.92
17872039--17872126	44	2.0	42	91	4	140	59	5	0	35	1.21
17873532--17873615	36	2.3	36	84	8	100	42	4	1	51	1.30
17873556--17873614	17	3.3	18	67	9	57	40	3	1	54	1.27
17888124--17888171	22	2.2	22	88	0	69	25	14	12	47	1.79
17888131--17888174	22	2.0	22	100	0	88	22	13	13	50	1.77
17888602--17888639	20	2.0	19	85	10	51	23	2	18	55	1.55
17890283--17890326	23	1.9	23	95	0	79	36	29	9	25	1.86
17891534--17891566	16	2.0	17	88	5	50	51	18	9	21	1.73
17894764--17894795	16	2.0	16	93	0	55	59	9	0	31	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17904201--17904579	193	2.0	191	87	4	548	35	24	8	31	1.85
17920478--17920516	17	2.3	17	86	0	60	38	28	10	23	1.87
17926774--17927018	49	4.9	49	82	3	292	28	26	18	25	1.98
17926781--17927016	101	2.4	101	84	3	291	29	26	18	25	1.98
17927637--17927663	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
17928936--17929030	20	4.8	20	73	7	86	33	8	16	41	1.79
17928943--17929064	59	2.1	58	80	6	138	33	9	17	40	1.81
17929715--17929796	29	2.7	30	78	12	80	54	10	9	24	1.65
17932832--17932880	23	2.1	23	96	0	89	32	6	16	44	1.72
17942685--17942735	20	2.5	20	100	0	102	27	0	0	72	0.85
17946352--17946407	23	2.4	23	93	0	94	58	7	8	25	1.53
17946455--17946498	23	1.9	23	81	9	54	72	20	2	4	1.13
17946868--17946915	22	2.2	20	80	20	60	0	10	14	75	1.06
17952720--17953004	40	7.2	40	91	2	416	24	22	26	26	2.00
17954745--17954807	29	2.2	29	97	0	117	41	9	17	31	1.82
17964645--17964680	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
17971569--17971618	12	4.1	12	72	23	50	46	4	0	50	1.20
17973826--17973870	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
17975883--17976110	92	2.5	92	88	0	330	31	17	22	28	1.96
17978675--17978855	75	2.4	75	88	2	267	22	12	28	37	1.91
17978698--17978822	27	4.9	26	70	13	98	21	12	29	36	1.90
17980540--17980597	30	1.9	30	96	0	107	24	10	18	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17981201--17981375	46	3.8	46	79	11	180	22	29	19	28	1.98
17984313--17984394	40	2.0	40	95	0	146	29	13	19	37	1.90
17985571--17985632	31	2.0	31	100	0	124	19	12	19	48	1.81
17996095--17996307	46	4.6	44	75	14	157	21	27	20	30	1.98
17999832--18000015	40	4.6	40	77	10	189	23	27	22	25	2.00
17999834--18000016	79	2.3	81	81	7	205	24	27	22	25	2.00
18012971--18013029	29	2.1	27	84	9	73	69	13	8	8	1.36
18013754--18013833	40	2.0	40	100	0	160	40	5	17	37	1.72
18017155--18017278	49	2.5	49	83	7	162	20	24	22	32	1.98
18017298--18017511	46	4.6	47	76	6	193	21	27	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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