genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28079088--28079177	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
28079098--28079188	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
28079088--28079202	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
28086759--28086819	28	2.2	28	90	0	95	32	26	8	32	1.86
28086929--28087018	28	3.2	27	81	7	101	18	23	24	33	1.97
28086929--28087043	55	2.1	56	80	8	128	18	23	22	35	1.95
28087482--28087520	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
28088602--28089100	40	12.5	40	92	0	827	24	19	28	28	1.98
28089160--28089288	29	4.5	28	78	8	118	21	17	30	31	1.96
28089128--28089295	57	2.9	57	88	1	239	22	17	29	30	1.97
28089132--28089288	28	5.6	27	75	10	136	21	17	29	30	1.97
28092635--28092966	47	7.1	47	93	0	522	34	11	27	25	1.91
28092940--28093058	46	2.6	46	88	5	186	34	10	31	24	1.88
28095775--28095841	32	2.1	32	91	0	107	29	31	5	32	1.82
28095906--28096071	84	2.0	84	84	0	215	31	28	16	22	1.96
28095906--28096058	42	3.6	42	82	3	191	31	29	17	21	1.96
28101802--28101861	24	2.4	25	86	5	95	45	20	20	15	1.86
28101908--28101980	26	2.8	26	81	4	85	38	20	24	16	1.93
28107538--28107578	17	2.4	18	84	12	59	4	31	0	63	1.15
28111513--28111570	21	2.8	21	84	5	73	34	15	18	31	1.93
28111619--28111687	25	2.8	25	93	0	120	27	27	21	23	1.99
28111621--28111703	25	3.4	25	83	11	84	30	22	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28111619--28111715	50	1.9	50	81	8	117	28	24	21	24	1.99
28117039--28117079	21	2.0	21	95	0	73	34	14	19	31	1.92
28117130--28117188	25	2.4	25	81	13	77	30	20	23	25	1.98
28122040--28122075	18	2.0	18	100	0	72	50	0	16	33	1.46
28132423--28132455	13	2.5	13	95	0	57	18	6	24	51	1.68
28138526--28138560	7	5.1	7	86	6	54	85	0	0	14	0.59
28148345--28148406	7	8.9	7	83	0	70	35	0	32	32	1.58
28148593--28148670	38	2.1	38	95	0	138	34	5	12	47	1.64
28150200--28150263	28	2.3	28	81	10	78	20	25	25	29	1.99
28158495--28158523	14	2.0	15	93	6	51	37	13	6	41	1.72
28162032--28162071	19	2.1	19	100	0	80	32	0	32	35	1.58
28176048--28176072	12	2.1	12	100	0	50	36	0	32	32	1.58
28202105--28202259	80	1.9	80	89	2	240	41	18	7	32	1.79
28202079--28202290	54	4.0	53	81	3	221	38	19	9	31	1.85
28202078--28202293	27	8.0	27	77	7	181	38	19	10	31	1.85
28208749--28208824	38	2.0	38	92	0	125	32	6	27	32	1.83
28242639--28242686	19	2.5	19	100	0	96	20	43	0	35	1.52
28242999--28243066	35	1.9	35	100	0	136	19	14	20	45	1.85
28246245--28246416	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
28246238--28246413	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
28253815--28253986	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
28253808--28253983	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28257151--28257208	18	3.4	18	68	18	52	34	25	15	24	1.95
28259355--28259433	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
28259552--28260243	47	14.5	47	94	1	1096	29	29	8	32	1.87
28259567--28260243	192	3.5	192	93	2	1137	29	29	8	32	1.87
28266188--28266215	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
28267480--28267511	10	3.2	10	100	0	64	59	31	0	9	1.29
28267676--28267725	23	2.1	24	96	3	93	50	16	14	20	1.78
28269251--28269284	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
28269362--28269396	17	2.0	18	88	5	54	17	40	34	8	1.80
28277461--28277892	216	2.0	216	97	0	819	36	17	14	31	1.90
28278574--28278677	48	2.2	48	85	3	138	22	14	32	30	1.93
28282892--28283020	55	2.3	55	81	2	143	20	27	24	27	1.99
28287407--28287582	46	3.8	45	75	18	164	22	19	28	29	1.98
28289912--28290015	48	2.2	48	82	3	120	22	13	35	28	1.92
28293333--28293584	125	2.0	125	99	0	495	38	23	10	27	1.87
28298641--28298689	19	2.6	18	81	9	62	44	4	0	51	1.20
28298710--28298820	17	6.2	17	71	21	68	34	2	0	63	1.09
28298696--28298828	9	15.8	9	71	20	76	34	3	0	62	1.11
28302211--28302266	19	2.8	21	76	17	57	35	0	7	57	1.26
28302229--28302269	21	2.1	19	86	9	55	31	0	4	63	1.15
28305817--28306053	104	2.3	104	89	0	366	24	28	24	22	2.00
28307702--28307762	30	2.1	29	90	3	95	37	21	14	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28309709--28309753	19	2.3	20	85	11	58	46	2	17	33	1.61
28313291--28313320	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
28313525--28313712	101	1.9	101	87	1	279	28	25	18	27	1.98
28313519--28313760	50	4.8	50	73	8	188	30	25	16	27	1.96
28313630--28313759	52	2.6	50	84	7	156	34	26	12	26	1.92
28316937--28316975	3	13.3	3	89	5	62	66	0	2	30	1.05
28319963--28320010	21	2.2	21	78	10	53	50	8	8	33	1.63
28323590--28323623	18	2.0	16	88	11	50	29	2	0	67	1.05
28324134--28324263	9	14.0	9	69	24	58	33	3	2	60	1.25
28324158--28324200	19	2.4	19	80	7	54	30	2	4	62	1.28
28324279--28324353	30	2.5	30	91	0	114	20	13	12	54	1.70
28325063--28325100	19	2.0	19	89	0	58	26	0	5	68	1.11
28338669--28338738	34	2.1	33	84	7	88	42	0	4	52	1.20
28357036--28357118	42	2.0	42	95	0	148	12	18	25	44	1.84
28363306--28363347	19	2.3	19	87	4	59	40	11	11	35	1.79
28364781--28364833	26	2.0	27	88	3	81	20	9	15	54	1.68
28367632--28367827	54	3.6	54	86	3	261	21	25	16	36	1.94
28368558--28368616	30	1.9	31	82	3	75	30	18	15	35	1.92
28370416--28370504	44	2.0	44	97	0	169	33	15	10	40	1.81
28374255--28374442	55	3.5	54	83	9	233	21	25	18	35	1.95
28376770--28376855	44	2.0	44	97	0	163	36	16	30	17	1.92
28379732--28379784	26	2.0	26	85	3	70	26	9	11	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28384218--28384390	27	6.4	27	87	0	238	35	19	20	24	1.95
28386673--28386796	56	2.2	58	81	5	137	31	20	18	29	1.96
28395693--28395738	15	3.3	14	85	8	58	80	0	15	4	0.86
28395704--28395737	10	3.3	10	88	8	50	82	0	14	2	0.79
28395764--28395805	21	2.0	22	90	4	68	73	0	26	0	0.83
28397832--28398159	46	7.0	46	82	6	363	42	14	22	20	1.88
28397842--28398159	96	3.4	95	89	3	428	42	15	22	20	1.88
28400122--28400164	22	2.0	22	85	0	59	34	25	27	11	1.91
28400400--28400474	27	2.8	26	72	9	71	25	20	20	34	1.96
28400468--28400524	27	2.1	27	93	3	98	33	12	21	33	1.90
28410166--28410215	19	2.6	19	81	9	57	32	24	14	30	1.94
28412433--28412472	20	1.9	22	85	10	57	42	10	0	47	1.37
28418042--28418144	27	3.8	26	75	14	75	25	14	22	37	1.92
28418106--28418158	27	2.0	27	88	0	79	32	11	22	33	1.90
28418375--28418422	19	2.5	19	86	10	62	25	43	20	10	1.83
28419295--28419332	19	2.0	19	100	0	76	31	36	10	21	1.87
28419625--28419715	31	2.8	31	80	11	94	18	10	26	43	1.83
28419606--28419813	37	5.8	37	79	11	173	19	10	27	41	1.84
28419627--28419755	68	1.9	67	84	7	172	20	10	26	42	1.84
28421336--28421419	42	2.0	42	100	0	168	33	14	19	33	1.91
28424802--28424954	28	5.5	28	97	0	272	26	11	28	33	1.91
28424777--28424954	56	3.2	56	91	1	277	25	11	28	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28427787--28427820	13	2.5	13	85	4	50	55	20	14	8	1.65
28436544--28436576	5	6.6	5	100	0	66	39	0	0	60	0.97
28447505--28447578	27	2.8	27	74	13	73	40	13	14	31	1.85
28453147--28453938	398	2.0	398	98	0	1548	35	17	20	27	1.95
28457181--28457241	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
28468750--28468811	17	3.7	16	72	10	61	32	1	20	45	1.61
28468721--28468811	34	2.5	36	89	8	132	30	2	21	45	1.64
28473234--28473260	8	3.4	8	100	0	54	25	0	25	48	1.52
28473638--28473724	28	3.1	28	83	0	111	39	10	19	31	1.85
28473641--28473745	56	1.9	55	86	2	147	39	8	21	30	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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