genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83631219--83631252	13	2.6	13	90	0	50	50	0	2	47	1.16
83642070--83642286	40	5.4	40	94	0	362	22	19	29	28	1.98
83646571--83646609	2	19.5	2	83	0	51	0	51	7	41	1.31
83646571--83646607	10	3.7	10	100	0	74	0	51	8	40	1.32
83652244--83652272	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
83653393--83653451	31	1.9	31	85	0	82	40	11	11	35	1.79
83660133--83660181	20	2.3	21	86	6	64	38	0	2	59	1.09
83660140--83660214	28	2.7	28	72	2	71	44	2	1	52	1.23
83660187--83660271	38	2.2	38	77	4	91	41	5	1	51	1.33
83667105--83667142	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
83675395--83675514	51	2.4	51	86	0	168	56	4	2	36	1.32
83680798--83680824	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
83680890--83680952	31	2.0	32	84	9	85	47	1	0	50	1.10
83684475--83684513	21	1.9	20	84	5	51	17	5	33	43	1.72
83686027--83686072	22	2.0	23	83	4	58	32	2	4	60	1.28
83687680--83687730	21	2.5	22	75	12	54	25	1	27	45	1.64
83687735--83687788	22	2.3	25	78	9	60	22	0	31	46	1.52
83687740--83687774	15	2.4	15	95	4	63	20	0	31	48	1.50
83687814--83687910	7	13.6	7	74	7	61	19	3	36	41	1.67
83687824--83687897	28	2.6	27	77	8	76	20	4	36	39	1.71
83688004--83688069	7	9.4	7	86	0	87	18	0	28	53	1.45
83688004--83688078	21	3.6	21	80	7	80	20	0	29	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83688043--83688137	22	4.4	21	73	2	64	26	2	31	40	1.68
83687598--83688220	324	1.9	320	78	10	667	27	2	25	44	1.66
83688441--83688500	20	2.9	20	80	16	61	68	5	1	25	1.19
83693970--83694081	42	2.6	42	81	4	118	25	14	24	35	1.93
83696375--83696419	18	2.4	20	82	14	60	77	0	2	20	0.87
83696373--83696419	9	5.6	8	85	9	51	76	0	2	21	0.89
83696489--83696529	12	3.4	12	86	6	57	68	0	7	24	1.15
83698405--83698838	44	9.7	44	75	6	343	28	20	17	32	1.96
83698405--83698836	140	3.2	133	78	8	424	28	20	17	32	1.96
83698857--83698973	58	2.0	58	96	0	216	19	19	19	41	1.91
83704540--83704683	44	3.3	44	82	5	175	29	22	17	30	1.97
83704559--83704747	88	2.1	89	84	2	238	29	19	17	33	1.95
83704559--83704971	44	9.2	44	70	7	211	28	19	17	34	1.95
83706951--83707024	37	2.0	37	97	0	139	29	20	10	39	1.86
83712343--83712382	14	2.7	15	88	11	57	37	0	5	57	1.21
83717745--83717779	18	2.0	18	88	5	54	34	0	5	60	1.21
83717746--83717835	44	2.0	44	89	0	135	37	5	3	53	1.41
83719894--83719936	15	2.8	16	82	3	52	41	2	2	53	1.26
83719935--83719977	21	2.1	20	82	4	50	65	2	2	30	1.18
83721438--83721492	23	2.5	20	73	18	56	60	0	1	38	1.08
83721481--83721546	26	2.6	27	81	13	77	60	1	3	34	1.21
83722506--83722589	15	5.6	15	72	10	73	28	19	7	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83722472--83722595	30	4.1	30	91	1	185	28	23	5	42	1.76
83727180--83727259	15	5.3	15	66	11	56	23	21	7	47	1.76
83727158--83727281	30	4.1	30	92	1	194	25	24	6	43	1.78
83731947--83732022	3	25.3	3	100	0	152	67	0	0	32	0.91
83735244--83735395	77	2.0	77	92	2	252	25	21	24	29	1.99
83735894--83735959	18	3.7	18	79	4	71	30	21	22	25	1.99
83738005--83738038	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
83740007--83740139	70	1.9	70	93	1	232	44	6	6	43	1.53
83740445--83740473	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
83745811--83745916	41	2.6	41	87	0	149	27	29	19	23	1.98
83746143--83746436	27	10.9	26	75	7	110	30	9	18	40	1.83
83746149--83746292	27	5.3	27	79	6	112	30	9	18	42	1.81
83746149--83746436	54	5.3	54	72	11	144	30	9	18	41	1.82
83746149--83746363	54	3.9	55	78	8	172	30	9	18	41	1.82
83746226--83746384	54	3.0	52	79	5	158	30	8	20	40	1.82
83746369--83746436	26	2.6	27	83	4	93	30	8	17	42	1.80
83746425--83746501	27	2.9	27	86	0	100	29	20	15	33	1.94
83749474--83749555	41	2.0	41	97	0	155	25	31	23	19	1.98
83749820--83750081	27	9.8	25	75	10	146	30	8	18	41	1.80
83749822--83750081	54	4.8	53	76	7	181	30	8	18	42	1.80
83749814--83750071	81	3.2	81	80	8	285	31	9	18	40	1.82
83750037--83750106	26	2.6	27	90	4	115	31	8	21	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83750095--83750171	27	2.9	27	90	0	118	28	22	15	33	1.94
83751996--83752040	21	2.1	21	95	0	81	28	6	17	46	1.73
83754651--83754794	28	5.2	28	93	1	229	37	21	23	17	1.94
83756018--83756081	26	2.5	25	77	18	62	65	0	29	4	1.13
83758882--83758943	25	2.5	25	86	5	81	24	24	19	32	1.98
83761308--83761534	46	5.0	46	85	4	280	19	24	14	41	1.88
83763342--83763389	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
83766188--83766235	21	2.3	21	85	0	60	18	39	27	14	1.90
83767379--83767440	31	2.0	31	100	0	124	41	3	25	29	1.71
83780103--83780133	10	3.1	10	100	0	62	12	29	0	58	1.35
83782348--83782392	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
83784981--83785480	50	10.7	47	66	17	184	34	19	18	27	1.95
83785058--83785295	44	5.2	43	71	18	140	36	19	16	28	1.93
83785827--83785982	50	3.2	50	72	20	168	31	17	22	28	1.97
83784958--83786016	94	11.3	93	80	5	738	34	18	18	28	1.95
83785492--83786087	94	6.4	94	79	5	278	34	17	18	29	1.94
83786317--83786358	13	3.3	13	83	12	52	80	14	0	4	0.86
83788608--83788641	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
83791519--83791766	124	2.0	124	100	0	496	36	11	14	37	1.82
83799154--83799206	24	2.2	24	89	0	79	52	7	3	35	1.48
83801301--83801354	25	2.2	25	83	6	65	18	27	16	37	1.93
83801351--83801430	25	3.2	25	75	7	81	18	30	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83803845--83803896	24	2.2	24	82	6	61	53	7	3	34	1.48
83806844--83806897	17	3.2	17	78	0	63	61	1	1	35	1.18
83806833--83806897	34	1.9	34	90	0	103	58	1	1	38	1.17
83809952--83810005	21	2.6	21	78	0	63	48	20	11	20	1.80
83819528--83819835	158	1.9	158	92	2	521	21	25	21	32	1.98
83827308--83827457	16	9.8	15	73	15	103	81	2	4	11	0.94
83827308--83827457	39	3.9	37	78	15	137	81	2	4	11	0.94
83827312--83827416	46	2.3	46	80	8	124	84	2	4	7	0.84
83827305--83827450	54	2.7	54	80	13	140	81	2	4	10	0.94
83827312--83827416	1	105.0	1	69	0	66	84	2	4	7	0.84
83827308--83827457	8	19.6	7	75	19	88	81	2	4	11	0.94
83829332--83829629	159	1.9	150	80	13	327	20	26	22	30	1.98
83838809--83839116	158	1.9	158	92	2	521	21	25	21	32	1.98
83842281--83842351	32	2.2	32	94	0	124	19	18	38	23	1.93
83845534--83845616	33	2.5	33	83	12	93	39	10	13	36	1.79
83846275--83846320	18	2.7	16	83	12	56	19	0	6	73	1.04
83855391--83855443	19	2.8	18	80	8	52	54	0	9	35	1.33
83856239--83856275	13	2.8	14	84	12	51	35	0	5	59	1.20
83856696--83856746	26	2.0	24	85	7	66	23	3	5	66	1.30
83858623--83858666	21	2.0	22	87	12	65	50	2	9	38	1.47
83860693--83860739	23	2.0	23	100	0	94	29	0	17	53	1.44
83863691--83864004	48	6.7	47	77	5	289	34	18	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83863694--83863898	44	4.5	44	80	4	176	35	16	19	28	1.93
83863661--83863898	92	2.6	88	79	7	242	35	15	20	28	1.94
83864047--83864309	34	7.8	34	71	5	194	41	16	13	28	1.86
83864047--83864297	68	3.7	68	77	3	220	41	16	13	28	1.86
83864047--83864306	102	2.6	102	80	4	283	41	16	13	28	1.86
83864446--83864482	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
83866835--83866929	40	2.4	41	82	3	104	27	14	27	30	1.95
83870139--83870188	25	2.0	25	84	7	66	62	0	2	36	1.07
83870151--83870188	17	2.2	17	90	0	58	68	0	0	31	0.90
83870151--83870188	8	4.4	9	83	9	53	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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