genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85211596--85211703	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	33	1.80
85215719--85215788	34	2.1	34	100	0	140	67	0	0	32	0.91
85215741--85215783	21	2.1	21	91	4	70	72	0	0	27	0.85
85215727--85215762	13	2.7	13	91	4	54	69	0	0	30	0.89
85218079--85218104	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
85222144--85222217	25	3.0	25	84	4	87	18	27	18	35	1.95
85229913--85229946	17	1.9	17	88	5	50	35	2	0	61	1.11
85232737--85232839	23	4.5	22	77	19	86	34	16	23	25	1.95
85232750--85232886	45	2.9	47	79	15	151	33	16	22	27	1.96
85233039--85233084	21	2.2	21	84	0	56	52	6	0	41	1.27
85235621--85235667	21	2.2	22	81	7	53	63	0	0	36	0.94
85235650--85235675	10	2.6	10	100	0	52	80	0	0	19	0.71
85236106--85236139	11	2.8	12	86	13	52	26	0	0	73	0.83
85236113--85236140	11	2.5	11	100	0	56	25	0	0	75	0.81
85239453--85239531	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
85239655--85239829	47	3.7	47	83	3	210	26	30	9	33	1.89
85411107--85411289	40	4.6	40	81	7	187	24	20	27	28	1.99
85411107--85411286	80	2.3	81	83	10	212	23	20	27	27	1.99
85418499--85418531	14	2.2	15	89	10	50	63	0	6	30	1.18
85439415--85439456	22	1.9	22	85	0	57	35	0	2	61	1.09
85443999--85444085	43	2.0	43	100	0	174	28	6	32	32	1.84
85447503--85447543	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85447693--85447756	3	21.3	3	96	0	119	0	34	0	65	0.93
85449001--85449121	27	4.4	28	71	15	90	50	2	0	46	1.20
85452000--85452045	18	2.8	18	78	18	55	2	30	39	28	1.69
85454577--85454653	22	3.3	23	72	22	63	57	5	6	31	1.46
85454636--85454675	17	2.3	17	86	4	53	65	7	2	25	1.32
85457159--85457197	6	6.5	6	96	0	60	0	20	10	69	1.17
85458349--85458384	19	1.9	19	88	5	56	50	11	8	30	1.67
85464813--85464853	21	2.0	20	85	4	55	48	2	12	36	1.54
85467067--85467138	3	23.7	3	83	8	92	63	0	34	1	1.03
85470009--85470092	33	2.5	33	84	0	96	17	47	9	25	1.78
85470475--85470678	21	9.1	22	67	22	88	57	4	1	35	1.29
85470557--85470651	25	4.0	25	77	13	101	58	4	1	35	1.24
85470397--85470627	87	2.6	88	88	3	340	58	4	1	35	1.30
85470397--85470750	46	7.9	46	73	17	300	57	4	1	35	1.29
85470479--85470750	135	2.0	134	93	2	465	57	4	1	36	1.28
85470692--85470753	25	2.5	24	84	10	79	62	3	0	33	1.11
85473441--85473483	21	2.0	21	82	8	52	53	4	13	27	1.60
85474263--85474338	35	2.2	35	82	0	89	27	7	19	44	1.78
85474408--85474820	41	10.2	40	83	5	474	34	24	16	23	1.95
85474408--85474820	81	5.1	81	84	3	528	34	24	16	23	1.95
85475123--85475199	21	3.6	21	68	8	57	50	27	0	22	1.49
85475344--85475423	38	2.2	36	86	8	108	26	1	26	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85475432--85475503	39	1.9	35	84	15	92	19	1	26	52	1.54
85477247--85477289	18	2.4	18	96	0	77	20	4	23	51	1.66
85478209--85478237	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
85479466--85479494	15	1.9	15	100	0	58	13	6	6	72	1.26
85479612--85479672	27	2.2	27	97	2	113	16	9	24	49	1.76
85486273--85486439	35	4.6	35	83	8	192	31	10	23	34	1.89
85486273--85486443	75	2.4	75	84	7	212	31	11	23	33	1.90
85487669--85487912	132	1.8	132	85	1	346	36	20	18	25	1.94
85490671--85490719	25	2.0	25	95	0	89	18	6	44	30	1.74
85492863--85492888	9	2.9	9	100	0	52	30	0	23	46	1.53
85493863--85494039	50	3.5	50	91	0	282	35	15	23	25	1.95
85494015--85494163	31	4.8	31	89	0	226	26	20	27	25	1.99
85494263--85494438	42	4.0	45	82	9	168	28	13	26	31	1.93
85500456--85500492	17	2.1	17	90	10	56	75	2	5	16	1.10
85501557--85501656	45	2.2	45	83	3	130	24	17	16	43	1.88
85503307--85503365	21	2.7	22	78	2	66	55	6	5	32	1.48
85503553--85503596	21	2.2	20	91	4	70	70	9	0	20	1.14
85503593--85503858	104	2.6	104	86	4	376	58	13	1	26	1.44
85503901--85503969	26	2.5	28	84	13	83	50	15	0	33	1.45
85505828--85505897	22	3.1	22	75	15	70	24	22	20	32	1.97
85505792--85505920	46	2.7	45	82	7	123	27	23	18	31	1.98
85515812--85515916	31	3.4	31	94	0	183	27	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85515941--85516032	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
85516165--85516300	26	5.3	26	85	3	181	27	22	21	27	1.99
85516171--85516300	52	2.6	51	92	4	212	28	21	21	28	1.99
85516350--85516436	20	4.3	20	92	2	140	29	18	10	41	1.84
85516350--85516446	20	4.9	19	91	5	67	30	18	9	41	1.82
85517262--85517369	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
85517325--85517534	27	7.8	26	81	6	208	29	10	20	40	1.85
85517325--85517543	80	2.7	79	81	7	226	28	10	21	39	1.86
85517336--85517563	107	2.1	108	79	7	252	31	9	20	39	1.85
85517533--85517730	27	7.3	27	85	4	202	38	8	24	28	1.84
85517533--85517730	81	2.4	81	88	1	281	38	8	24	28	1.84
85517533--85517730	54	3.7	54	87	1	245	38	8	24	28	1.84
85525660--85525690	16	1.9	16	93	0	53	41	22	0	35	1.54
85534124--85534177	7	7.6	7	89	10	83	70	0	0	29	0.88
85536643--85536734	27	3.4	27	80	5	105	30	22	6	40	1.79
85536630--85536734	54	1.9	54	84	0	138	34	21	6	37	1.80
85536766--85536941	81	2.2	81	85	0	235	43	19	7	30	1.78
85536774--85536941	54	3.1	54	85	2	212	42	19	7	30	1.79
85536766--85536919	27	5.7	27	86	3	220	41	20	7	29	1.81
85536873--85536941	27	2.5	28	75	13	72	47	18	4	28	1.68
85536921--85537006	27	3.1	27	79	14	86	40	12	9	37	1.76
85537047--85537119	27	2.7	27	76	19	73	38	21	19	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85537505--85537608	20	5.2	20	87	2	129	41	8	18	31	1.81
85537555--85537605	9	5.0	11	72	18	56	43	5	17	33	1.73
85537661--85537771	26	4.3	26	88	4	165	28	19	23	27	1.98
85537904--85537995	42	2.2	42	86	3	123	30	14	22	32	1.93
85538019--85538097	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
85542307--85542345	16	2.4	16	82	4	51	15	2	17	64	1.41
85549106--85549147	20	2.1	20	91	8	68	71	0	0	28	0.86
85550403--85550435	7	4.6	7	96	3	57	27	0	0	72	0.85
85555219--85555283	33	2.0	33	100	0	130	35	9	3	52	1.49
85559559--85559607	25	2.0	25	84	8	64	34	18	16	30	1.93
85560815--85560846	16	2.0	16	100	0	64	81	0	6	12	0.87
85564876--85564972	42	2.3	42	91	3	151	28	26	12	31	1.93
85564903--85565063	47	3.6	45	78	8	141	29	25	14	30	1.95
85565095--85565274	31	5.8	31	92	2	272	26	27	19	26	1.99
85565250--85565378	50	2.5	51	87	7	183	26	20	16	36	1.94
85569258--85569283	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
85573306--85573442	55	2.5	55	84	0	157	29	29	21	18	1.97
85573961--85573999	12	3.3	13	80	20	50	23	28	7	41	1.82
85579171--85579201	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
85579168--85579207	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
85579393--85579647	55	4.8	53	80	11	231	22	24	17	36	1.95
85579440--85579640	108	1.8	110	86	6	293	23	24	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85585409--85585626	40	5.5	40	89	2	298	25	27	23	22	2.00
85593986--85594026	19	2.2	19	100	0	82	36	9	4	48	1.58
85595891--85596224	48	7.0	48	79	5	318	25	27	18	28	1.98
85595891--85596224	144	2.3	144	82	3	411	25	27	18	28	1.98
85599180--85599239	26	2.3	26	82	5	68	30	26	15	28	1.96
85599579--85599715	60	2.3	59	86	8	179	29	20	25	24	1.99
85610482--85610533	26	2.0	26	100	0	104	15	11	30	42	1.82
85621795--85621931	60	2.3	61	80	11	158	26	24	19	29	1.99
85627011--85627052	19	2.2	19	87	8	59	19	21	14	45	1.85
85629725--85629758	12	2.9	12	86	4	52	85	0	14	0	0.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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