genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85058331--85058357	13	2.1	13	100	0	54	7	29	0	62	1.22
85059888--85059926	19	2.1	19	100	0	78	53	25	5	15	1.62
85061506--85061717	65	3.2	62	74	9	172	29	21	13	35	1.91
85061467--85061712	33	7.5	33	78	3	156	28	22	13	36	1.91
85061473--85061717	98	2.5	98	76	2	222	28	22	13	35	1.92
85062398--85062445	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
85062897--85062922	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
85068445--85068480	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
85068717--85068751	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
85068675--85068747	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
85068864--85068898	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
85068636--85068910	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
85068884--85069062	55	3.1	54	63	22	119	48	7	2	41	1.43
85068984--85069018	17	2.0	17	88	5	52	57	0	0	42	0.99
85069094--85069125	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
85068847--85069139	120	2.4	120	90	2	473	49	5	2	43	1.36
85072367--85072519	33	4.7	32	77	8	128	35	11	23	29	1.89
85073804--85073839	17	2.1	17	100	0	72	25	22	11	41	1.86
85075582--85075614	12	2.6	13	85	9	50	6	18	0	75	1.00
85075637--85075680	22	2.0	22	82	8	54	40	4	0	54	1.21
85085078--85085261	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
85085078--85085258	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85085159--85085308	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
85090977--85091142	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
85098061--85098226	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
85101041--85101087	20	2.3	20	78	7	51	38	2	2	57	1.23
85101104--85101162	11	5.5	11	74	9	50	25	10	1	62	1.36
85101138--85101196	31	1.9	31	93	3	102	37	8	1	52	1.42
85105823--85105861	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
85105842--85105887	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
85107134--85107208	31	2.5	30	76	20	75	41	0	8	50	1.32
85107282--85107373	41	2.3	39	78	9	94	34	20	21	22	1.96
85107309--85107549	41	5.9	41	77	3	218	31	21	19	27	1.97
85107310--85107552	122	2.0	123	80	5	278	31	21	19	27	1.97
85107484--85107562	41	1.9	41	84	5	106	30	16	20	32	1.94
85108059--85108099	15	2.8	16	85	14	61	17	0	29	53	1.44
85108059--85108105	15	3.2	14	80	19	60	19	0	29	51	1.47
85108179--85108228	15	3.4	15	86	2	66	26	0	28	46	1.53
85108375--85108453	21	3.7	20	73	18	70	18	2	31	46	1.63
85108618--85108992	123	3.1	123	85	1	475	36	13	24	25	1.91
85108646--85109011	122	3.0	123	86	1	482	36	13	24	26	1.92
85111668--85111706	19	2.0	20	85	9	55	53	7	0	38	1.30
85111734--85111900	9	18.6	9	78	10	146	46	20	0	32	1.55
85111743--85111888	56	2.7	54	85	7	199	45	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85120590--85120647	28	2.1	28	93	0	98	24	25	25	24	2.00
85122516--85122582	30	2.2	31	81	5	75	44	4	22	28	1.72
85122779--85122854	26	2.9	27	75	18	70	38	0	3	57	1.17
85122781--85122861	32	2.7	30	79	9	92	37	0	2	60	1.10
85124314--85124469	33	4.7	33	70	12	97	30	19	25	24	1.98
85124483--85124583	45	2.2	45	84	3	123	36	19	23	19	1.95
85124479--85124594	45	2.6	44	80	5	117	37	18	24	19	1.93
85124576--85124839	46	5.7	46	88	0	350	44	15	22	17	1.86
85125699--85125856	64	2.5	64	94	2	273	43	3	7	45	1.50
85125828--85125857	14	2.1	14	100	0	60	53	6	0	40	1.27
85126598--85126790	43	4.5	43	88	2	289	24	30	21	22	1.99
85127825--85128096	138	2.0	138	94	1	474	48	14	9	26	1.75
85130336--85130376	15	2.9	15	85	7	59	48	26	0	24	1.51
85130341--85130383	22	2.0	22	81	9	52	46	27	0	25	1.53
85130524--85130565	15	2.9	15	82	3	50	40	30	0	28	1.57
85130825--85130911	41	2.2	40	87	2	120	65	6	3	24	1.33
85131135--85131293	41	3.9	40	84	7	187	19	22	22	35	1.96
85131135--85131300	81	2.0	81	81	4	192	19	22	21	36	1.95
85131941--85131975	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
85134457--85134501	19	2.4	18	85	7	54	4	31	0	64	1.13
85141756--85141808	22	2.4	22	90	0	79	43	0	13	43	1.43
85141713--85141870	86	1.9	84	86	2	226	40	1	17	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85141784--85142001	34	7.5	28	73	19	119	40	0	16	42	1.54
85141787--85141926	34	4.3	33	78	12	146	41	1	15	41	1.56
85141778--85142046	62	4.5	63	78	14	275	39	1	17	42	1.57
85141905--85141956	22	2.4	22	93	0	86	40	0	19	40	1.51
85141941--85142002	26	2.5	26	94	5	110	40	0	19	40	1.52
85141821--85142045	111	2.0	113	85	4	303	39	0	17	41	1.56
85142858--85142907	25	2.0	25	92	7	84	54	6	0	40	1.25
85143856--85143893	7	5.6	7	81	6	51	55	13	5	26	1.59
85143856--85143897	20	2.1	20	86	8	59	54	11	7	26	1.62
85145006--85145044	20	2.1	18	85	9	51	61	0	2	35	1.10
85145048--85145099	11	5.1	10	77	13	52	73	3	9	13	1.23
85147491--85147555	16	3.9	16	78	11	53	61	3	0	35	1.12
85147491--85147545	16	3.5	15	80	9	56	60	3	0	36	1.15
85147707--85147760	21	2.6	21	76	5	56	38	1	24	35	1.66
85151508--85151677	40	4.2	40	81	5	146	22	18	27	31	1.97
85151528--85151685	81	2.0	81	79	5	176	22	17	29	30	1.96
85153631--85153679	17	2.8	17	82	14	64	28	0	6	65	1.16
85156390--85156494	26	4.2	25	93	6	178	35	24	7	32	1.84
85156390--85156494	49	2.1	51	92	7	180	35	24	7	32	1.84
85163422--85163557	26	5.2	26	98	0	236	36	25	5	33	1.78
85165519--85165551	15	2.2	15	100	0	66	33	12	12	42	1.79
85167536--85167666	65	2.0	65	100	0	262	29	12	18	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85172032--85172088	5	12.0	5	78	10	66	42	0	1	56	1.10
85172422--85172469	23	2.1	23	84	7	62	39	4	6	50	1.47
85173486--85173530	16	2.5	19	75	13	51	40	0	20	40	1.52
85173862--85173926	21	3.1	21	77	0	85	18	21	23	36	1.95
85175261--85175508	41	6.1	41	87	3	333	35	21	21	21	1.96
85176736--85176770	15	2.3	15	100	0	70	68	0	0	31	0.90
85176744--85176792	15	3.4	14	82	5	53	73	2	2	22	1.04
85176940--85177048	41	2.7	41	80	0	119	44	11	13	30	1.78
85181710--85181756	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
85181706--85181776	31	2.3	30	83	11	90	23	2	5	67	1.25
85181708--85181776	30	2.2	31	82	12	88	24	1	5	68	1.20
85182275--85182335	32	2.0	30	84	9	79	9	24	9	55	1.63
85184448--85184506	25	2.4	25	80	11	68	38	0	0	61	0.96
85184588--85184638	18	3.0	17	80	5	59	58	9	0	31	1.30
85185115--85185203	44	2.0	46	91	4	146	29	4	26	39	1.76
85185116--85185220	39	2.5	42	83	12	126	31	3	28	36	1.75
85185363--85185401	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
85185368--85185401	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
85185457--85185514	26	2.2	26	87	6	82	55	0	1	43	1.10
85185385--85185820	100	4.1	104	86	11	545	51	4	1	42	1.31
85185580--85185618	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
85185485--85185824	117	3.0	117	91	7	533	51	4	1	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85185585--85185618	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
85185651--85185690	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
85185658--85185737	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
85185552--85185770	43	5.3	41	67	23	104	51	4	1	42	1.33
85185780--85185843	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
85188030--85188096	27	2.4	27	79	18	75	58	7	1	32	1.35
85194208--85194244	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
85196327--85196735	203	2.0	203	98	0	791	29	13	23	33	1.92
85198198--85198229	10	3.1	11	82	17	50	65	0	0	34	0.93
85207838--85207966	48	2.7	48	95	2	226	24	27	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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