genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59492209--59492345	40	3.4	40	87	2	195	11	13	28	45	1.79
59498469--59498631	24	6.7	24	68	8	96	24	14	27	33	1.94
59500611--59500645	18	1.9	18	88	11	54	42	8	17	31	1.79
59505056--59505091	18	2.0	18	100	0	72	38	22	0	38	1.54
59510011--59510235	49	4.5	49	85	2	279	29	27	17	25	1.97
59511961--59512288	164	2.0	164	95	0	593	31	21	25	21	1.98
59518734--59518768	17	2.0	17	88	5	52	34	0	11	54	1.37
59539019--59539189	46	3.7	45	74	14	159	29	27	19	23	1.98
59539026--59539196	93	1.8	93	87	0	252	28	26	21	23	1.99
59539752--59539777	12	2.2	12	100	0	52	30	30	0	38	1.58
59544430--59544607	27	6.6	27	79	3	178	28	15	26	29	1.96
59544431--59544586	82	1.9	81	84	3	206	28	15	26	29	1.96
59544427--59544606	82	2.2	81	80	3	200	28	15	25	30	1.96
59549764--59549934	93	1.8	93	89	0	270	29	28	20	21	1.98
59549757--59549929	46	3.8	45	76	13	172	29	28	19	21	1.98
59559513--59559733	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
59559553--59559733	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
59559550--59559733	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
59567401--59567621	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
59567441--59567621	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
59567438--59567621	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
59573094--59573232	43	3.2	43	78	9	131	29	15	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59579100--59579229	43	3.1	42	76	15	115	29	13	23	33	1.92
59582160--59582274	43	2.7	42	81	11	144	31	25	20	23	1.98
59590744--59590939	39	4.9	39	86	5	227	25	21	28	24	1.99
59590744--59590967	40	5.7	39	83	7	240	24	22	28	24	1.99
59590797--59591000	79	2.6	79	81	5	191	25	21	28	24	1.99
59593961--59594086	39	3.2	39	87	0	180	21	22	26	29	1.99
59601488--59601712	40	5.6	40	87	6	312	24	28	23	23	1.99
59601488--59601712	83	2.8	83	88	6	322	24	28	23	23	1.99
59605561--59605606	15	2.9	15	83	9	56	8	0	17	73	1.07
59608741--59608816	37	2.1	37	82	9	93	51	2	1	44	1.23
59612161--59612365	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
59612162--59612365	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
59619072--59619276	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
59619073--59619276	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
59626328--59626374	24	2.0	24	100	0	94	44	21	8	25	1.80
59637001--59637216	46	4.6	47	75	14	157	27	17	30	25	1.97
59641452--59641556	53	2.0	53	80	0	120	20	22	18	38	1.94
59648729--59649014	47	6.1	47	93	0	468	32	11	29	26	1.91
59648973--59649119	50	3.0	50	91	3	235	37	7	25	29	1.83
59649269--59649377	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
59656451--59656573	46	2.6	47	80	5	142	29	18	30	21	1.97
59662681--59662772	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59663216--59663316	24	4.2	23	90	6	148	37	4	37	19	1.74
59671135--59671225	24	3.8	24	89	2	139	38	4	34	23	1.75
59673674--59673743	25	2.8	26	86	4	90	24	22	27	25	2.00
59674603--59674702	27	3.6	26	71	18	76	35	10	16	39	1.82
59674687--59674766	27	3.0	27	75	14	92	28	11	20	40	1.86
59674795--59674886	27	3.4	27	80	5	114	40	7	22	29	1.82
59677232--59677319	42	2.1	42	89	0	131	36	18	13	31	1.90
59677467--59677535	25	2.8	24	91	6	111	23	23	31	21	1.98
59677569--59677598	16	1.9	15	93	6	51	33	13	23	30	1.93
59678395--59678494	27	3.6	26	71	18	76	35	10	16	39	1.82
59678479--59678558	27	3.0	27	75	14	92	28	11	20	40	1.86
59678587--59678678	27	3.4	27	80	5	114	40	7	22	29	1.82
59681018--59681105	42	2.1	42	89	0	131	36	18	13	31	1.90
59681252--59681320	25	2.8	26	91	6	108	23	23	30	23	1.99
59681353--59681382	16	1.9	15	93	6	51	33	13	23	30	1.93
59682123--59682186	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
59682304--59682400	27	3.6	27	74	13	83	26	8	21	43	1.81
59682422--59682547	27	4.8	27	74	6	98	37	7	23	31	1.83
59684650--59684816	46	3.6	46	77	10	171	28	22	28	20	1.99
59687231--59687358	42	3.0	42	75	6	123	32	25	12	30	1.92
59696667--59697348	47	14.5	47	97	0	1247	32	8	30	29	1.87
59697467--59697545	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59702782--59702819	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
59703048--59703218	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
59703043--59703215	46	3.7	46	79	13	210	29	28	20	21	1.98
59710349--59710386	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
59710609--59710733	45	2.7	46	92	1	207	30	27	21	20	1.98
59729110--59729278	40	4.3	40	83	8	188	24	27	21	26	2.00
59739492--59739715	40	5.7	40	82	7	242	25	27	21	25	1.99
59739492--59739715	79	2.8	77	81	6	252	25	27	21	25	1.99
59739647--59739724	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
59741333--59741529	56	3.6	56	90	2	294	36	23	14	25	1.93
59745357--59745424	30	2.3	29	92	2	109	23	19	23	33	1.97
59752452--59752515	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
59754632--59754656	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
59758227--59758395	27	6.3	27	88	0	230	24	11	18	44	1.83
59758245--59758398	81	1.9	81	94	0	272	22	9	20	46	1.80
59758250--59758430	81	2.2	81	84	0	218	24	11	19	44	1.84
59763289--59763344	27	2.1	27	100	0	112	33	21	14	30	1.93
59770193--59770340	51	3.0	50	80	4	181	29	23	19	27	1.98
59777495--59777594	40	2.5	41	83	4	125	21	28	18	33	1.96
59784587--59784625	19	2.1	19	85	0	51	48	10	5	35	1.59
59793145--59793237	34	2.5	38	76	8	95	33	18	22	25	1.97
59810926--59810959	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59814997--59815141	43	3.4	42	75	9	132	31	27	16	24	1.96
59816287--59816398	27	4.2	26	84	10	136	39	23	21	16	1.92
59816287--59816398	54	2.1	54	88	3	163	39	23	21	16	1.92
59822544--59823125	47	12.4	47	93	0	939	32	8	30	27	1.87
59822599--59822721	22	5.3	22	62	18	61	32	9	30	26	1.89
59828647--59828749	27	3.8	27	82	10	120	36	21	23	18	1.95
59828640--59828749	54	2.0	54	87	3	159	37	21	22	18	1.94
59839791--59839925	23	5.7	23	76	9	112	27	23	17	31	1.96
59841437--59841498	28	2.2	28	82	2	81	27	14	12	45	1.82
59855714--59855874	24	6.6	24	70	10	112	34	31	11	23	1.90
59855729--59855868	74	1.9	75	82	7	178	35	31	10	23	1.88
59873077--59873238	40	4.1	40	83	4	211	24	18	26	30	1.98
59881238--59881392	39	4.0	38	83	8	181	23	21	26	28	1.99
59883574--59883750	39	4.3	40	79	9	162	27	21	27	23	1.99
59883574--59883729	40	3.8	44	79	10	143	28	19	26	25	1.99
59891303--59891526	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
59891303--59891526	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
59891383--59891559	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
59908312--59908572	120	2.2	119	85	4	339	28	22	25	23	1.99
59908312--59908539	40	5.7	40	89	3	334	27	21	25	24	1.99
59919232--59919296	27	2.4	27	86	0	85	24	24	12	38	1.90
59919360--59919533	31	5.5	31	85	2	215	25	28	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59924311--59924531	40	5.6	40	86	6	281	27	22	27	22	1.99
59926420--59926452	15	2.1	16	94	5	59	9	6	0	84	0.76
59926658--59926703	21	2.1	23	88	8	69	13	8	10	67	1.42
59927098--59927130	16	2.1	16	100	0	66	18	6	33	42	1.75
59927249--59927478	111	2.1	112	82	6	281	37	14	21	26	1.92
59927456--59927495	14	2.8	15	82	17	50	77	0	0	22	0.77
59927459--59927497	18	2.2	17	86	13	53	79	0	0	20	0.73
59928073--59928102	12	2.5	12	94	0	51	26	0	16	56	1.40
59929115--59929169	26	2.2	27	84	12	73	40	9	7	43	1.64
59929600--59929636	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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