genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92612869--92612897	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
92612987--92613058	13	5.2	13	71	12	54	72	4	1	22	1.10
92613462--92613497	13	2.9	12	84	8	54	77	5	0	16	0.94
92613562--92613604	13	3.4	13	80	6	52	67	4	2	25	1.22
92613564--92613643	25	3.0	25	78	16	88	67	5	3	23	1.27
92613717--92613752	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
92613680--92613784	54	1.9	55	82	5	133	64	5	2	26	1.30
92612864--92613784	147	6.3	148	89	4	1354	59	7	5	28	1.46
92612901--92613793	435	2.1	429	89	4	1401	59	7	5	27	1.46
92620092--92620133	22	1.9	22	90	9	68	2	28	0	69	1.01
92620232--92620284	27	2.0	27	92	0	88	9	37	32	20	1.85
92620803--92620849	9	5.1	9	80	14	51	4	21	0	74	0.99
92620826--92620886	22	2.7	23	79	5	61	0	32	1	65	1.02
92623885--92623916	15	2.1	15	94	0	55	34	15	9	40	1.80
92625810--92626017	105	2.0	103	87	3	303	47	6	12	34	1.67
92628974--92629010	19	2.0	19	89	5	58	32	0	10	56	1.34
92628979--92629017	18	2.0	20	85	9	55	38	0	10	51	1.36
92629950--92629990	19	2.2	19	91	8	66	68	0	31	0	0.90
92631047--92631079	6	5.5	6	96	0	57	18	21	15	45	1.85
92631047--92631085	18	2.2	18	85	0	51	17	25	12	43	1.85
92631472--92631508	18	2.1	18	94	0	65	45	21	13	18	1.84
92638533--92638705	39	4.5	39	92	2	287	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92638533--92638705	76	2.2	78	90	4	287	20	23	28	27	1.99
92644212--92644263	22	2.4	22	83	3	70	32	7	0	59	1.26
92644885--92644914	11	2.7	11	89	0	51	66	0	0	33	0.92
92645151--92645185	13	2.7	13	95	0	61	62	5	22	8	1.45
92645484--92645537	28	2.0	27	86	10	76	40	11	1	46	1.50
92645680--92645747	30	2.2	31	86	2	93	25	20	8	45	1.80
92647540--92647590	24	2.1	25	88	3	77	17	15	17	49	1.81
92648391--92648427	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
92650213--92650317	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
92651757--92651925	46	3.7	44	78	7	151	25	18	31	24	1.97
92651808--92651928	46	2.7	46	83	5	158	24	19	30	25	1.98
92654756--92654792	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
92657515--92657602	42	2.1	42	83	4	108	15	23	34	26	1.95
92658987--92659034	6	8.0	6	78	17	55	52	0	0	47	1.00
92680986--92681053	22	3.0	22	84	2	82	32	1	4	61	1.24
92681025--92681122	22	4.4	22	67	16	58	35	3	3	58	1.29
92681234--92681272	20	2.0	20	84	0	51	30	5	5	58	1.41
92684455--92684536	37	2.2	37	82	8	96	59	2	0	37	1.11
92687431--92687486	21	2.7	21	82	0	67	10	16	35	37	1.83
92688036--92688143	40	2.7	40	92	2	173	46	22	8	23	1.78
92689793--92689821	15	1.9	15	100	0	58	41	37	6	13	1.72
92690129--92690328	64	3.1	64	91	0	310	45	16	14	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92690449--92690513	30	2.2	30	83	5	78	50	13	9	26	1.71
92690476--92690526	18	2.8	17	77	11	57	50	15	9	23	1.73
92690546--92690607	6	10.3	6	84	6	72	64	11	4	19	1.43
92690536--92690607	18	4.0	18	83	0	72	61	11	5	22	1.50
92690546--92690607	24	2.6	24	89	5	90	64	11	4	19	1.43
92690575--92690614	18	2.2	18	86	0	53	62	12	5	20	1.48
92693417--92693668	113	2.3	108	84	10	343	28	0	12	58	1.40
92693458--92693700	113	2.2	113	93	3	418	26	0	13	58	1.39
92695855--92696072	40	5.5	40	91	2	325	23	22	28	25	1.99
92698822--92698846	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
92700752--92701015	46	5.7	46	90	2	343	21	25	14	39	1.90
92703147--92703208	11	5.5	11	81	11	63	64	1	0	33	1.03
92703147--92703177	14	2.2	14	100	0	62	70	0	0	29	0.87
92703443--92703501	30	1.9	31	86	3	84	30	20	1	47	1.60
92703443--92703511	30	2.3	31	82	7	79	30	18	4	46	1.69
92705868--92705919	24	2.2	24	85	0	68	51	9	3	34	1.53
92707996--92708098	49	2.1	49	83	8	129	49	2	6	40	1.44
92708223--92708300	40	2.0	40	97	0	147	29	10	19	41	1.84
92710510--92710543	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
92713343--92713383	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
92715289--92715322	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
92724007--92724072	10	6.2	10	75	19	53	43	1	1	53	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92724039--92724072	5	7.0	5	86	6	52	44	0	0	55	0.99
92724039--92724079	15	2.8	14	82	10	55	46	0	0	53	1.00
92725792--92725867	38	2.0	38	82	5	91	21	19	27	31	1.97
92730213--92730238	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
92734331--92734487	78	2.0	78	86	0	215	31	24	17	26	1.97
92734631--92734698	34	2.0	34	100	0	136	29	17	23	29	1.97
92734642--92734714	34	2.1	34	85	5	94	30	17	21	30	1.97
92753284--92753332	14	3.5	14	83	5	55	26	4	28	40	1.74
92755882--92755938	28	2.0	28	96	0	105	43	15	7	33	1.74
92758972--92759005	15	2.2	16	89	5	52	32	11	14	41	1.82
92762965--92763350	134	2.9	133	85	1	497	31	19	17	32	1.94
92762965--92763380	132	3.1	132	84	1	517	31	18	16	32	1.94
92763501--92763743	130	1.9	129	84	0	324	25	21	18	33	1.96
92772912--92772936	11	2.3	11	100	0	50	44	16	0	40	1.47
92773395--92773495	30	3.4	30	87	2	132	29	21	3	44	1.70
92774071--92774133	3	21.0	3	76	15	51	69	3	26	0	1.03
92774070--92774133	10	6.7	10	75	13	64	70	3	26	0	1.02
92774043--92774136	47	2.0	47	87	8	138	70	7	22	0	1.12
92774834--92774882	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
92774881--92774918	19	1.9	19	89	5	58	42	10	10	36	1.74
92774910--92774959	9	5.7	9	86	11	68	82	0	0	18	0.68
92774911--92774959	8	6.0	8	81	13	64	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92774912--92774956	17	2.8	16	93	6	81	82	0	0	17	0.68
92775023--92775461	18	25.0	18	68	17	183	30	13	11	44	1.79
92775023--92775454	17	24.6	17	69	15	168	29	13	11	44	1.80
92775023--92775230	56	3.9	53	73	9	152	29	14	12	43	1.82
92775036--92775178	74	1.9	74	81	8	175	30	13	12	42	1.82
92775267--92775463	94	2.2	90	80	9	215	31	12	11	44	1.78
92803341--92803768	129	3.4	122	77	15	421	28	13	20	37	1.91
92803351--92803768	122	3.3	119	76	14	407	28	13	20	37	1.91
92803730--92804249	71	7.1	73	82	10	537	30	16	19	34	1.94
92804168--92804380	85	2.5	86	87	2	306	27	17	19	35	1.95
92804347--92804546	54	3.7	53	84	7	217	33	16	18	32	1.92
92804815--92804912	30	3.3	30	84	8	114	30	21	4	43	1.71
92805477--92805538	3	20.0	3	76	12	54	69	3	27	0	1.04
92805474--92805534	16	4.1	14	72	15	59	72	3	24	0	1.00
92805476--92805538	10	6.7	10	75	17	64	69	3	26	0	1.03
92806235--92806283	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
92806282--92806319	19	1.9	19	89	5	58	42	10	10	36	1.74
92806314--92806355	6	6.8	6	84	10	50	80	0	0	19	0.70
92806311--92806358	9	5.7	9	85	11	66	81	0	0	18	0.70
92806314--92806355	16	2.7	15	92	7	75	80	0	0	19	0.70
92806422--92806840	18	24.0	18	67	18	138	30	13	11	44	1.79
92806510--92806558	17	2.8	17	90	3	71	24	16	12	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92806426--92806600	90	1.9	91	82	3	219	32	14	12	40	1.84
92806517--92806615	17	5.8	16	73	16	67	30	18	12	39	1.87
92806533--92806615	34	2.5	33	82	5	103	31	18	12	38	1.87
92806667--92806840	17	9.6	17	73	16	102	31	12	10	45	1.76
92810245--92810282	20	1.9	20	88	0	58	31	0	26	42	1.56
92811145--92811190	24	2.0	22	87	8	65	34	0	2	63	1.07
92818133--92818192	18	3.3	19	79	9	63	33	13	10	43	1.77
92818324--92818349	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
92820458--92820683	50	4.5	50	92	1	355	34	15	23	26	1.94
92820458--92820683	99	2.3	101	91	1	357	34	15	23	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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