genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51794448--51794593	20	7.3	20	65	9	64	18	31	15	34	1.92
51794468--51794613	20	7.3	20	67	3	78	19	32	15	32	1.94
51796535--51796568	18	1.9	17	88	5	50	55	2	8	32	1.45
51799274--51799328	28	2.0	28	96	0	101	36	9	32	21	1.85
51803901--51803956	27	2.1	27	100	0	112	44	3	19	32	1.68
51804518--51804570	22	2.5	20	82	11	54	35	0	24	39	1.56
51807334--51807384	26	2.0	26	88	0	75	23	19	21	35	1.96
51807348--51807409	27	2.3	26	83	8	72	27	16	17	38	1.91
51809916--51809975	28	2.1	29	81	9	70	43	3	23	30	1.70
51810464--51810631	43	3.9	43	77	6	153	27	16	25	30	1.96
51811999--51812105	55	1.9	55	82	1	133	18	32	26	22	1.97
51816770--51816806	18	2.1	18	89	0	56	27	8	13	51	1.69
51821793--51821832	19	2.0	21	90	9	66	52	0	2	45	1.14
51829674--51829712	20	2.0	20	85	10	53	28	2	2	66	1.18
51834267--51834303	18	2.1	18	89	0	56	54	13	16	16	1.72
51845396--51845476	43	1.9	42	82	2	99	17	24	39	18	1.92
51847531--51848009	48	10.0	48	79	1	521	26	16	28	28	1.97
51847533--51848005	96	4.9	96	92	0	732	26	16	28	28	1.97
51851887--51852169	41	6.9	41	91	2	419	31	23	24	20	1.98
51851889--51852169	124	2.3	122	88	3	413	31	23	23	20	1.98
51852473--51852505	15	2.3	15	89	5	50	24	0	27	48	1.51
51853325--51853358	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51853459--51853490	16	2.0	16	93	0	55	62	21	6	9	1.47
51858164--51858210	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
51860422--51860544	43	2.9	43	86	1	149	18	20	31	29	1.96
51860461--51860544	43	2.0	43	95	0	150	20	21	30	27	1.98
51865213--51865295	29	2.9	29	83	0	103	24	30	18	27	1.98
51865654--51865695	20	2.1	20	100	0	84	40	19	4	35	1.72
51867000--51867172	46	3.7	46	76	10	181	21	19	27	30	1.98
51866997--51867167	93	1.8	93	89	0	270	21	19	28	29	1.98
51873281--51873540	43	6.1	43	77	7	246	26	16	26	30	1.97
51873719--51873762	18	2.3	18	84	7	52	50	2	13	34	1.55
51878581--51878756	46	3.8	45	80	10	203	21	20	29	28	1.98
51878577--51878748	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
51881422--51881490	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
51881413--51881491	30	2.6	30	82	7	97	11	16	15	56	1.66
51883884--51884059	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
51883880--51884051	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
51887372--51887569	43	4.6	42	75	12	172	24	15	27	32	1.95
51887742--51887782	18	2.2	20	86	8	59	46	4	17	31	1.69
51891385--51891409	13	1.9	13	100	0	50	16	40	8	36	1.77
51894586--51894643	28	2.1	28	100	0	116	36	29	3	31	1.74
51902721--51902759	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
51908925--51908993	30	2.3	30	97	0	129	21	39	23	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51909793--51909954	42	3.8	42	80	1	180	30	23	16	29	1.96
51909793--51909954	85	1.9	84	82	6	202	30	23	16	29	1.96
51914893--51915015	23	5.4	23	75	13	128	34	15	21	29	1.94
51914887--51915015	68	1.9	68	82	9	165	34	15	20	28	1.94
51914894--51915015	45	2.7	45	81	12	133	34	15	20	29	1.94
51915929--51915982	27	2.0	27	100	0	108	40	22	3	33	1.71
51922747--51922789	21	2.0	21	100	0	86	23	18	25	32	1.97
51928778--51928878	42	2.4	44	83	9	138	31	24	17	25	1.97
51928758--51928878	43	2.8	43	80	9	140	32	24	18	24	1.97
51930455--51930563	23	4.8	23	73	17	102	31	18	23	26	1.97
51930449--51930563	45	2.5	45	79	10	119	32	18	23	26	1.97
51938247--51938296	24	2.2	24	86	10	70	28	6	22	44	1.76
51944674--51944725	25	2.1	24	96	3	95	21	36	0	42	1.53
51958953--51959047	48	2.0	48	93	4	165	46	11	11	30	1.76
51961985--51962060	26	2.8	26	86	4	89	38	19	9	32	1.84
51962164--51962329	27	6.2	26	80	7	179	18	23	21	36	1.95
51962164--51962329	54	3.1	54	90	1	253	18	23	21	36	1.95
51962190--51962351	81	2.0	81	79	7	177	17	24	20	37	1.94
51966090--51966288	38	5.3	38	94	1	346	31	25	23	20	1.98
51966090--51966288	75	2.6	76	94	0	346	31	25	23	20	1.98
51973620--51973768	27	5.5	26	81	7	172	16	21	22	38	1.92
51973603--51973768	54	3.1	54	88	3	237	16	21	24	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51976754--51976785	14	2.3	14	94	0	55	31	0	9	59	1.29
51976377--51976858	241	2.0	237	91	6	774	32	13	16	37	1.88
51978747--51978847	20	5.3	19	74	17	86	65	1	0	31	1.10
51978726--51978848	39	3.2	37	77	11	122	61	1	1	34	1.15
51978746--51978846	10	10.5	10	70	15	63	65	1	0	31	1.10
51978743--51978859	19	6.2	19	74	14	75	64	2	1	31	1.17
51979132--51979205	10	7.8	10	70	15	50	33	1	1	63	1.11
51993047--51993085	14	2.9	14	84	3	53	53	0	0	46	1.00
51993053--51993088	8	4.4	8	92	3	54	52	0	0	47	1.00
51993114--51993170	21	2.6	22	80	5	62	26	7	1	64	1.28
52004109--52004186	39	2.0	39	94	0	138	38	23	0	38	1.55
52008240--52008375	57	2.4	56	85	3	166	38	19	1	40	1.61
52008248--52008397	56	2.6	57	81	1	149	36	20	1	41	1.61
52008793--52008868	38	2.0	38	100	0	152	34	26	0	39	1.57
52011723--52011753	5	6.2	5	92	0	53	41	22	0	35	1.54
52014160--52014208	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
52014602--52014687	43	2.0	43	88	8	131	53	1	22	23	1.53
52014662--52014702	19	2.2	19	86	4	57	53	0	19	26	1.45
52015956--52016005	15	3.0	15	76	23	55	32	0	10	58	1.31
52017480--52017801	118	2.7	118	90	1	493	41	13	13	31	1.84
52020504--52020533	15	1.9	16	93	6	53	80	16	3	0	0.85
52026973--52027032	30	2.0	30	83	6	77	35	13	20	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52032241--52032276	18	2.0	18	88	0	54	36	25	11	27	1.90
52033264--52033361	41	2.4	40	93	3	169	5	22	4	68	1.27
52033920--52033959	11	3.6	11	80	12	55	20	22	5	52	1.65
52034520--52034579	31	1.9	31	100	0	120	50	10	3	36	1.53
52039827--52039879	27	2.0	27	88	0	79	30	26	15	28	1.96
52044214--52044308	17	5.8	16	67	15	50	27	20	15	36	1.93
52047183--52047277	46	2.1	45	82	9	113	40	16	18	24	1.91
52048715--52048761	24	2.0	24	92	8	80	27	2	12	57	1.47
52053913--52053996	26	3.2	26	91	3	134	36	3	22	36	1.72
52055464--52055514	27	1.9	26	92	4	84	31	25	13	29	1.94
52055616--52055728	27	4.2	27	79	3	102	16	23	22	37	1.94
52055614--52055728	54	2.1	54	87	3	160	16	23	22	37	1.94
52057797--52057835	19	2.0	21	90	10	64	5	41	5	48	1.47
52058647--52058681	15	2.4	14	86	13	52	20	28	8	42	1.81
52062508--52062647	41	3.4	41	88	2	192	36	21	21	20	1.95
52062493--52062647	82	1.9	82	85	2	213	34	20	21	23	1.97
52062662--52062696	18	1.9	18	88	0	52	60	22	0	17	1.37
52062652--52062789	53	2.8	47	75	13	141	49	28	0	21	1.50
52062717--52062750	16	2.1	17	88	5	52	50	26	0	23	1.50
52063367--52063496	66	2.0	66	85	0	179	46	27	0	24	1.58
52063457--52063551	22	4.4	22	66	18	65	47	30	0	22	1.51
52063542--52063596	14	3.8	15	80	9	53	40	47	0	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52063550--52063594	14	3.2	14	84	6	56	40	48	0	11	1.39
52063866--52063918	21	2.5	21	90	3	88	71	5	0	22	1.06
52063854--52063926	14	5.3	14	85	4	78	73	5	0	20	1.02
52063879--52063929	21	2.3	22	86	6	68	72	3	0	23	1.01
52063872--52063918	7	6.7	7	97	0	85	74	2	0	23	0.93
52063924--52063953	14	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
52068418--52068522	43	2.4	43	92	3	176	21	22	31	23	1.98
52073376--52073503	46	2.8	46	81	9	154	29	26	20	23	1.99
52073379--52073522	46	3.1	45	71	18	127	29	27	20	23	1.99
52081088--52081148	27	2.3	27	85	8	88	49	4	14	31	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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