genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61877308--61877341	15	2.2	16	89	5	52	55	5	17	20	1.62
61878977--61879113	60	2.3	59	81	8	143	27	24	18	29	1.98
61879763--61879816	8	6.8	8	89	0	81	3	22	20	53	1.61
61879763--61879816	16	3.4	16	89	0	90	3	22	20	53	1.61
61880501--61880534	17	2.0	17	88	11	52	76	0	17	5	0.98
61882471--61882734	102	2.6	103	89	4	399	19	20	29	30	1.97
61893114--61893396	142	2.0	142	97	0	539	38	7	22	31	1.83
61895348--61895426	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
61895596--61895832	47	5.0	47	95	2	429	29	29	8	32	1.87
61895545--61895832	96	3.0	94	90	2	432	28	30	9	31	1.88
61898510--61898662	48	3.2	48	84	1	182	25	17	30	26	1.97
61903251--61903505	55	4.8	54	78	10	244	35	18	24	21	1.95
61903258--61903458	108	1.8	110	87	4	300	33	18	24	22	1.96
61903697--61903727	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
61908019--61908344	48	6.8	48	87	2	440	24	16	30	28	1.97
61916294--61916330	19	1.9	19	94	0	65	37	0	8	54	1.30
61926584--61926613	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
61929996--61930142	60	2.4	60	80	5	145	40	13	6	39	1.71
61945567--61945602	17	2.1	17	90	10	56	38	2	2	55	1.29
61945669--61945702	14	2.4	14	95	0	59	47	0	2	50	1.16
61950692--61950766	28	2.7	28	85	0	96	37	13	21	28	1.91
61951176--61951216	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61953122--61953187	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
61958937--61959001	15	4.4	15	79	9	71	7	15	15	61	1.55
61958933--61959001	30	2.3	30	82	7	88	7	14	18	59	1.58
61965290--61965321	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
61967103--61967154	20	2.6	20	84	9	70	17	46	28	7	1.75
61971776--61971967	53	3.6	55	81	10	190	34	18	24	22	1.96
61972159--61972189	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
61976079--61976151	28	2.6	28	100	0	146	46	8	26	19	1.77
61976823--61976858	8	4.4	8	89	3	54	58	0	0	41	0.98
61978634--61978680	20	2.3	20	92	0	76	21	44	25	8	1.80
61984591--61984681	19	4.9	19	89	8	152	38	9	15	36	1.81
61984599--61984669	35	2.0	36	94	2	126	39	9	14	36	1.79
61984591--61984704	19	5.8	22	73	21	78	37	8	15	37	1.79
61984968--61985004	17	2.2	17	90	9	58	32	0	0	67	0.91
61995208--61995424	78	2.8	77	88	2	317	31	18	24	25	1.98
61995438--61995636	45	4.5	45	81	4	206	33	13	28	25	1.93
61995544--61995636	44	2.1	45	86	6	109	31	12	29	26	1.93
61995455--61995616	89	1.8	88	91	1	270	30	11	29	28	1.92
61995997--61996087	19	4.9	19	90	8	152	37	12	15	35	1.84
61996005--61996094	35	2.5	37	87	10	134	37	12	15	34	1.85
61996379--61996412	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
61997125--61997208	44	1.9	44	80	4	98	40	11	22	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61997362--61997499	55	2.5	53	81	4	159	34	18	23	24	1.96
61997515--61997630	47	2.5	47	89	0	169	36	14	23	25	1.93
61997609--61997803	55	3.6	54	76	7	207	36	17	23	22	1.95
61997354--61997802	54	8.6	53	75	10	236	35	16	23	24	1.95
62007218--62007263	16	2.8	17	83	12	60	76	0	10	13	1.03
62013662--62013829	43	3.9	43	82	6	189	32	26	14	26	1.95
62016558--62016614	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
62016556--62016618	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
62016673--62016770	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
62016672--62016791	24	5.0	24	88	10	174	30	20	21	27	1.98
62016984--62017047	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
62024836--62024878	18	2.5	17	81	7	50	65	6	4	23	1.37
62028493--62028562	27	2.7	25	82	4	77	27	22	27	22	1.99
62038949--62039020	34	2.1	34	87	10	103	25	26	23	25	2.00
62058597--62058627	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62058594--62058633	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62058819--62059073	55	4.8	54	79	8	249	21	24	16	36	1.94
62058866--62059066	108	1.8	110	87	4	300	22	24	16	35	1.95
62065597--62065634	17	2.3	16	91	8	67	28	21	5	44	1.73
62073970--62074314	115	3.0	114	91	1	555	40	15	22	22	1.91
62076091--62076122	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
62079726--62079786	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62080453--62080702	67	3.8	64	75	11	181	28	16	30	24	1.97
62090510--62091652	591	1.9	590	94	0	2027	30	22	16	31	1.95
62096419--62096472	25	2.3	23	84	9	65	55	9	0	35	1.32
62101219--62101338	5	22.8	5	73	19	77	75	0	2	21	0.98
62101227--62101338	21	5.3	21	78	8	95	75	0	2	21	0.99
62101283--62101340	6	10.0	6	78	14	68	82	0	1	15	0.74
62109803--62110023	40	5.6	40	81	2	223	26	22	25	25	2.00
62112884--62113039	54	2.9	54	87	2	226	32	24	16	26	1.96
62119319--62119666	40	8.7	40	93	0	588	30	20	27	22	1.98
62127673--62128020	40	8.7	40	93	0	588	30	20	27	22	1.98
62140703--62140811	27	4.0	27	83	2	94	42	17	12	27	1.86
62148611--62148741	48	2.7	48	84	4	158	35	25	17	22	1.95
62155565--62155692	48	2.7	47	83	8	136	34	25	19	20	1.96
62157116--62157156	18	2.3	18	91	4	66	43	0	14	41	1.45
62162810--62162885	40	1.9	40	81	5	91	71	6	2	19	1.21
62170188--62170247	30	2.0	30	96	0	111	41	10	21	26	1.85
62171845--62171973	42	3.0	42	79	2	150	31	13	25	29	1.94
62173003--62173061	17	3.4	17	70	21	50	30	1	28	38	1.67
62174766--62174912	40	3.7	40	91	0	233	24	19	27	28	1.98
62181350--62181512	40	4.1	40	84	3	220	26	27	22	23	1.99
62181351--62181507	80	2.0	80	89	2	244	28	26	21	23	1.99
62189511--62189687	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62194840--62194917	30	2.6	30	88	7	115	28	30	16	24	1.97
62195140--62195194	24	2.2	24	87	3	74	12	21	18	47	1.82
62198607--62198679	24	3.1	23	80	7	85	24	23	20	31	1.98
62201674--62201716	16	2.8	16	85	3	61	58	0	6	34	1.25
62201780--62201813	16	2.2	15	94	5	59	17	8	0	73	1.08
62296747--62297001	40	6.5	39	92	3	372	25	27	22	23	2.00
62296747--62297001	118	2.2	119	89	5	383	25	27	22	23	2.00
62306126--62306257	39	3.4	39	86	2	176	30	17	25	27	1.97
62306250--62306465	39	5.5	39	92	1	333	19	24	28	27	1.99
62306224--62306455	78	3.0	78	86	3	308	21	22	29	26	1.99
62332358--62332415	29	2.0	30	82	3	73	41	5	1	51	1.34
62332951--62333006	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
62333810--62333867	19	3.1	18	75	7	53	37	1	0	60	1.07
62333812--62333887	40	1.9	40	84	10	102	35	1	1	61	1.12
62334624--62334660	18	2.1	18	100	0	74	35	0	27	37	1.57
62334744--62334818	24	3.2	24	65	24	68	30	4	10	54	1.53
62334727--62334821	47	2.0	47	100	0	190	31	4	10	53	1.54
62336813--62336850	17	2.2	18	86	13	53	47	7	10	34	1.67
62340792--62340902	40	2.8	40	84	5	127	25	27	19	27	1.99
62340839--62340969	40	3.3	39	84	4	172	29	27	19	23	1.98
62340842--62341014	80	2.2	80	81	11	196	28	27	19	24	1.98
62348616--62348726	40	2.8	40	84	5	127	25	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62348626--62348793	80	2.1	80	81	5	189	27	27	19	25	1.99
62348666--62348839	80	2.2	80	83	10	214	28	27	20	24	1.99
62348663--62348793	40	3.3	40	88	2	192	29	27	19	23	1.99
62352095--62352272	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62352116--62352271	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62354780--62354820	7	5.9	7	100	0	82	26	29	0	43	1.55
62358051--62358125	20	3.8	20	89	0	114	12	28	22	37	1.90
62358995--62359036	20	2.1	20	86	0	57	26	0	30	42	1.55
62368876--62368919	23	1.9	23	81	9	54	38	27	0	34	1.57
62375182--62375248	25	2.7	25	88	0	98	20	16	26	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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