genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74866261--74866559	104	2.9	104	85	1	321	34	15	19	30	1.93
74874864--74875060	3	66.7	3	67	14	63	60	4	7	27	1.42
74876757--74876786	15	2.0	15	93	0	51	43	3	0	53	1.17
74878625--74878673	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
74881199--74881250	20	2.7	19	79	5	59	44	1	5	48	1.38
74882395--74882426	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
74882568--74882602	12	2.9	12	82	0	52	65	2	2	28	1.21
74886496--74886545	26	1.9	26	100	0	100	20	8	24	48	1.76
74886583--74886796	89	2.4	89	83	0	266	29	20	16	33	1.95
74886629--74886797	44	3.8	44	71	4	142	28	20	17	33	1.95
74901112--74901149	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
74901295--74901329	12	2.9	12	82	0	52	65	2	2	28	1.21
74905456--74905595	69	2.0	69	91	0	226	44	3	10	42	1.55
74906678--74906720	23	1.9	23	86	13	63	23	16	6	53	1.67
74908685--74908726	18	2.3	18	95	0	75	23	30	21	23	1.99
74913426--74913566	69	2.0	69	91	0	228	43	3	9	42	1.55
74914649--74914691	23	1.9	23	86	13	63	23	16	6	53	1.67
74916658--74916699	18	2.3	18	95	0	75	23	30	21	23	1.99
74921398--74921538	69	2.0	69	93	0	237	43	3	10	42	1.56
74922621--74922667	22	2.2	22	85	14	64	27	17	8	46	1.76
74925048--74925080	11	3.1	11	82	8	50	33	0	0	66	0.92
74928114--74928418	126	2.4	126	91	0	502	28	19	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74928446--74929983	313	4.9	312	89	4	2212	43	20	1	34	1.62
74928439--74929983	155	9.8	157	89	4	2195	43	20	1	34	1.62
74929375--74929408	16	2.1	17	94	5	61	52	35	0	11	1.38
74929532--74929564	16	2.0	17	94	5	59	51	36	0	12	1.39
74941223--74941252	12	2.5	12	88	0	51	43	20	0	36	1.52
74944427--74944460	17	1.9	18	94	5	61	52	0	0	47	1.00
74946342--74946463	45	2.7	45	83	2	165	21	18	22	38	1.93
74950405--74950472	29	2.3	28	83	14	84	30	1	4	63	1.23
74950551--74950585	18	1.9	18	94	0	61	40	11	17	31	1.85
74952758--74953013	62	4.1	61	80	5	248	19	26	27	26	1.99
74953660--74953717	16	3.8	14	74	17	53	81	1	10	6	0.95
74953680--74953727	24	2.0	24	87	0	69	83	0	6	10	0.81
74959880--74960049	62	2.7	61	82	2	196	21	25	25	26	2.00
74962431--74962489	30	2.0	29	93	3	100	25	6	3	64	1.34
74968406--74968446	22	2.0	20	85	9	55	51	0	9	39	1.35
74969408--74969452	20	2.2	20	84	7	56	62	2	6	28	1.33
74971305--74971339	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
74971493--74971638	25	5.8	25	72	13	104	56	4	6	31	1.46
74971576--74971703	23	5.5	23	69	15	59	55	3	6	35	1.41
74972182--74972280	30	3.3	30	89	0	162	19	6	48	26	1.72
74972894--74973497	92	6.8	88	79	9	486	37	18	16	27	1.92
74973435--74973771	73	4.6	73	86	2	433	31	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74973438--74973772	147	2.3	147	93	0	562	31	20	16	31	1.95
74973962--74974006	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
74973790--74974078	100	2.9	101	89	3	424	39	17	17	25	1.92
74973986--74974153	73	2.3	74	88	1	248	34	20	16	28	1.94
74975096--74975128	17	2.0	17	94	5	59	0	15	0	84	0.61
74975099--74975128	16	1.9	16	93	6	53	0	13	0	86	0.57
74981218--74981252	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
74981367--74981426	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
74981380--74981554	25	7.0	25	71	11	108	56	4	6	32	1.46
74981407--74981469	26	2.4	25	84	5	72	58	6	4	30	1.43
74981434--74981475	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
74981459--74981525	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
74981403--74981554	50	3.0	49	75	12	137	55	4	6	33	1.46
74982106--74982159	18	3.3	18	66	28	57	18	7	50	24	1.72
74982101--74982169	30	2.3	30	100	0	138	14	5	52	27	1.64
74984161--74984197	19	1.9	19	100	0	74	29	5	43	21	1.75
74987637--74987688	25	2.1	25	100	0	104	34	38	7	19	1.80
75009849--75009883	16	2.1	17	94	5	63	28	17	25	28	1.97
75011938--75012029	38	2.4	38	77	15	100	65	0	3	31	1.09
75011938--75012029	20	4.7	19	73	15	64	65	0	3	31	1.09
75011945--75012028	19	4.4	18	73	16	64	64	0	3	32	1.11
75012032--75012068	19	1.9	19	88	0	56	56	2	2	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75011937--75012069	9	13.6	9	67	20	54	63	0	3	32	1.18
75012267--75012328	22	2.9	22	87	2	90	25	8	11	54	1.63
75016550--75016576	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
75023155--75023192	17	2.2	18	90	4	60	13	2	5	78	1.02
75027023--75027079	3	19.3	3	85	10	82	29	0	1	68	1.00
75027023--75027094	24	3.2	23	81	11	62	27	2	1	68	1.12
75028804--75028850	19	2.4	20	86	10	62	19	4	4	72	1.18
75037188--75037212	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
75039711--75039777	31	2.2	30	78	5	73	35	1	10	52	1.45
75048722--75048781	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
75048869--75048893	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
75049369--75049863	252	2.0	252	94	0	866	46	17	18	18	1.85
75050463--75050493	15	2.0	16	93	6	55	83	0	3	12	0.75
75051116--75051221	45	2.4	45	88	3	160	25	29	16	28	1.97
75051209--75051234	13	2.0	13	100	0	52	30	46	7	15	1.74
75051280--75052263	177	5.6	177	87	1	1341	26	24	17	31	1.97
75051280--75052263	353	2.8	352	86	2	1352	26	24	17	31	1.97
75051308--75052262	44	21.7	44	67	9	275	26	25	17	31	1.97
75052333--75052459	64	2.0	64	90	0	200	38	14	16	30	1.88
75054139--75054185	14	3.4	15	75	19	57	4	14	0	80	0.85
75054139--75054209	23	2.9	23	81	12	63	4	12	5	77	1.09
75063542--75063723	50	3.7	49	85	4	215	27	21	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75065718--75065801	42	2.0	42	85	0	114	27	25	27	20	1.99
75065739--75065819	42	1.9	42	82	5	101	25	19	30	23	1.98
75067910--75068043	23	5.8	23	79	8	130	17	4	34	43	1.70
75067917--75068022	48	2.3	46	88	6	151	16	4	34	44	1.68
75076437--75076543	55	1.9	55	81	3	126	32	27	25	14	1.95
75078768--75078803	17	2.1	17	94	0	63	27	30	25	16	1.97
75083237--75083274	14	2.7	14	100	0	76	21	7	13	57	1.60
75085530--75085555	12	2.2	12	100	0	52	30	23	26	19	1.98
75096488--75096594	28	3.9	27	81	12	119	36	22	23	17	1.95
75124090--75124312	104	2.2	103	93	2	376	31	31	19	17	1.95
75124639--75124702	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
75124646--75124702	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
75131557--75131608	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
75131569--75131718	70	2.1	71	92	1	248	30	30	16	23	1.96
75131638--75131860	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
75132189--75132252	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
75132196--75132252	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
75137648--75137755	27	4.0	26	83	9	126	37	22	22	17	1.94
75137648--75137755	55	2.0	54	87	5	155	37	22	22	17	1.94
75142211--75142241	11	2.8	11	100	0	62	38	6	9	45	1.63
75143514--75143682	43	4.0	43	78	7	175	27	13	25	33	1.94
75148704--75148759	29	2.0	28	82	3	67	35	30	16	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75158119--75158636	257	2.0	257	98	0	1009	30	16	16	36	1.91
75163190--75163219	10	2.8	11	90	10	53	36	0	26	36	1.57
75163800--75163860	24	2.5	24	80	15	72	18	26	19	36	1.94
75163805--75163917	25	4.6	25	75	7	88	21	27	17	33	1.96
75172382--75172411	10	2.8	11	90	10	53	36	0	26	36	1.57
75172980--75173051	24	3.0	24	75	15	76	16	27	19	36	1.93
75179727--75179775	20	2.4	21	86	10	66	61	4	0	34	1.15
75182981--75183049	29	2.4	29	100	0	138	49	14	13	23	1.78
75183489--75183536	22	2.3	21	86	13	64	66	4	0	29	1.10
75183499--75183550	23	2.3	23	75	18	54	63	3	0	32	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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