genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9400415--9400449	15	2.3	15	85	0	52	82	0	14	2	0.77
9401105--9401175	31	2.3	31	80	0	88	46	12	19	21	1.83
9401312--9401413	27	3.8	28	82	10	113	38	19	22	19	1.94
9401572--9401636	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
9402063--9402151	27	3.3	26	77	10	99	24	21	19	34	1.96
9402133--9402636	27	18.7	27	78	7	193	35	7	20	35	1.82
9402189--9402368	82	2.2	81	82	3	200	30	9	20	40	1.84
9402360--9402598	54	4.4	54	86	1	318	40	6	21	30	1.79
9402377--9402598	81	2.7	81	88	1	338	40	6	22	30	1.78
9402584--9402636	26	2.1	25	82	10	63	26	7	22	43	1.80
9403664--9403698	18	1.9	18	94	0	61	22	14	5	57	1.59
9406194--9406328	27	5.1	26	71	10	94	39	20	22	17	1.93
9406170--9406328	52	3.0	54	76	7	171	39	19	20	20	1.93
9409997--9410111	44	2.7	43	82	6	144	21	20	26	31	1.98
9409997--9410121	42	2.9	43	78	12	150	21	20	27	30	1.98
9409997--9410160	43	3.8	42	75	10	163	21	20	26	31	1.98
9414121--9414160	14	2.9	13	85	10	53	17	32	30	20	1.95
9417652--9417746	13	7.2	13	73	10	68	36	16	2	44	1.60
9424484--9424519	17	2.1	18	89	5	56	19	22	36	22	1.95
9433742--9433798	29	2.0	29	82	6	71	12	10	1	75	1.12
9441318--9441373	26	2.2	25	93	3	94	35	17	21	25	1.95
9442879--9442966	43	2.0	43	93	0	149	18	14	28	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9446735--9446824	26	3.6	24	81	3	90	37	21	23	17	1.94
9446658--9446824	74	2.2	73	78	6	165	37	22	20	19	1.95
9448398--9448489	42	2.2	41	78	7	96	43	17	18	20	1.88
9452014--9452056	21	2.0	21	100	0	86	44	9	9	37	1.69
9454684--9454855	93	1.8	92	90	4	274	31	27	18	22	1.97
9454676--9454853	46	3.8	46	78	10	193	32	27	17	22	1.97
9457420--9457454	17	2.1	17	94	0	61	31	17	8	42	1.79
9469456--9469617	6	26.8	6	74	17	140	51	14	14	19	1.76
9469435--9469617	30	6.1	29	80	9	190	50	14	15	19	1.77
9469739--9469808	27	2.6	25	78	14	77	35	18	25	20	1.95
9469759--9469816	27	2.1	27	81	6	64	36	25	20	17	1.94
9470119--9470201	27	3.1	26	86	5	94	37	21	21	19	1.94
9470401--9470595	27	7.2	27	81	4	214	27	20	16	35	1.94
9470400--9470595	54	3.6	54	85	2	259	27	19	17	35	1.94
9470419--9470595	81	2.2	81	85	2	248	26	19	18	36	1.94
9470600--9470903	27	11.3	27	80	5	355	40	9	22	27	1.85
9470605--9470903	54	5.5	54	87	4	399	40	9	22	28	1.85
9470589--9470932	54	6.4	54	84	6	389	39	9	22	29	1.85
9470600--9470898	81	3.7	81	85	2	395	40	9	21	28	1.84
9482463--9482500	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
9499554--9499580	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
9508961--9509025	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9515414--9515460	24	2.0	24	82	0	58	27	2	6	63	1.30
9515741--9516107	186	2.0	185	95	1	664	39	7	5	46	1.57
9522287--9522458	93	1.8	93	90	2	274	28	17	25	29	1.97
9527137--9527209	10	7.5	10	79	10	80	86	2	10	0	0.68
9527140--9527209	28	2.5	28	86	6	88	85	2	11	0	0.69
9527137--9527188	1	52.0	1	80	0	59	90	0	9	0	0.46
9533743--9533780	17	2.2	17	86	9	51	68	0	0	31	0.90
9538999--9539104	56	1.9	56	90	3	169	31	15	16	37	1.89
9542701--9542744	13	3.4	13	96	0	79	18	31	36	13	1.90
9542701--9542753	26	2.0	26	85	0	70	20	30	33	15	1.93
9545696--9545761	28	2.4	28	89	5	98	34	27	10	27	1.90
9546129--9546443	101	3.0	107	89	7	507	40	15	7	36	1.76
9550163--9550232	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
9550617--9550912	101	2.8	105	91	4	483	41	14	7	35	1.75
9550596--9550914	109	3.0	106	88	7	486	40	16	7	36	1.77
9556987--9557093	26	4.2	26	92	2	189	29	7	27	35	1.84
9556987--9557093	51	2.1	52	94	1	189	29	7	27	35	1.84
9558532--9558619	43	2.0	43	100	0	176	51	6	11	30	1.64
9575034--9575102	30	2.3	30	100	0	138	15	27	27	28	1.96
9579517--9579550	16	2.0	18	88	11	54	52	17	11	17	1.73
9580116--9580206	43	2.1	43	89	2	139	27	34	17	20	1.95
9587210--9587242	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9587809--9587898	43	2.1	42	89	2	144	26	31	17	24	1.97
9592561--9592677	60	2.0	59	93	1	198	45	14	9	30	1.77
9593807--9593841	12	2.9	12	91	0	52	8	20	48	22	1.76
9599022--9599059	4	9.2	4	88	5	58	23	2	0	73	0.95
9599022--9599057	17	2.1	17	94	0	63	22	2	0	75	0.94
9601926--9601966	21	1.9	22	90	5	66	73	0	0	26	0.84
9603467--9603500	16	2.1	17	94	5	61	73	0	0	26	0.83
9607146--9607183	18	2.1	19	90	5	60	60	0	5	34	1.19
9611558--9611633	37	2.1	37	95	5	136	44	2	38	14	1.59
9613614--9613657	22	2.0	22	90	0	70	36	0	22	40	1.54
9619975--9620041	2	33.5	2	100	0	134	0	49	0	50	1.00
9622785--9622872	40	2.3	38	88	7	124	55	5	0	38	1.24
9623274--9623391	62	1.9	63	83	1	157	35	10	4	50	1.56
9623579--9623768	84	2.3	83	80	5	213	38	15	6	39	1.72
9624306--9624384	19	4.2	19	74	6	72	29	2	3	64	1.24
9624306--9624444	29	4.9	28	72	14	99	32	2	3	61	1.28
9624838--9624887	2	26.5	2	84	11	70	50	2	0	48	1.12
9626010--9626067	28	2.1	28	100	0	116	24	3	17	55	1.57
9626019--9626066	15	3.3	15	71	11	55	27	2	18	52	1.57
9631941--9632009	35	2.0	35	88	0	102	28	24	7	39	1.82
9637057--9637128	35	2.1	35	86	0	99	26	23	11	38	1.88
9640839--9641055	21	10.4	21	74	7	147	48	16	17	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9640835--9641055	63	3.5	63	78	7	191	47	15	17	19	1.83
9640858--9641054	84	2.3	84	85	1	261	48	15	16	18	1.81
9640858--9641054	42	4.7	42	82	2	225	48	15	16	18	1.81
9643327--9643414	27	3.3	27	80	0	104	34	20	20	25	1.97
9647390--9647560	54	3.2	53	84	3	216	35	19	19	25	1.96
9647391--9647542	81	1.9	81	88	0	232	34	19	21	24	1.97
9647391--9647560	81	2.1	81	85	0	223	34	20	20	25	1.96
9647391--9647563	27	6.4	27	82	0	193	34	20	20	24	1.96
9647779--9647907	59	2.2	59	87	0	177	12	10	38	38	1.77
9647938--9648025	28	2.8	32	78	16	103	26	19	26	28	1.99
9651745--9651776	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
9658667--9658696	11	2.9	10	90	9	51	10	10	0	80	0.92
9659646--9659708	6	10.5	6	75	5	56	74	4	4	15	1.16
9659653--9659708	18	3.1	18	81	2	67	75	5	5	14	1.16
9661413--9661460	16	3.1	15	82	11	62	79	0	2	18	0.84
9662541--9662665	64	2.0	64	91	3	207	28	16	24	30	1.97
9663235--9663759	262	2.0	261	96	0	969	34	21	13	30	1.91
9665658--9665747	44	2.0	44	100	0	180	68	2	11	17	1.29
9666447--9666521	34	2.2	34	97	2	141	53	12	6	28	1.63
9677224--9677261	17	2.2	18	90	4	60	21	7	7	63	1.47
9678649--9678700	27	2.0	26	82	10	63	30	1	21	46	1.62
9680821--9680916	40	2.4	40	84	8	124	29	14	28	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9682683--9682799	62	1.9	61	87	5	175	49	3	3	43	1.36
9682789--9682902	25	4.7	26	71	12	89	51	2	3	42	1.32
9682742--9682945	73	2.7	73	92	3	318	51	3	3	41	1.35
9682817--9682877	29	2.0	30	87	6	88	57	0	3	39	1.15
9687374--9687544	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
9687369--9687541	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
9687962--9688021	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
9694939--9695109	46	3.7	45	80	12	213	28	28	21	21	1.99
9694944--9695113	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
9695530--9695589	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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