genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22386748--22386817	34	2.1	34	100	0	140	37	11	20	31	1.88
22389027--22389064	18	2.1	19	90	5	60	21	26	13	39	1.89
22396725--22396774	25	2.0	25	96	0	91	30	28	8	34	1.86
22402378--22402411	8	4.1	8	96	3	59	61	23	0	14	1.33
22405269--22405322	5	11.0	5	80	7	58	1	20	1	75	0.98
22405276--22405320	23	2.0	23	81	0	54	2	20	2	75	1.01
22406460--22406514	21	2.6	21	86	8	76	29	23	18	29	1.98
22410857--22411001	41	3.6	41	86	1	193	40	20	20	18	1.92
22411034--22411122	7	12.6	7	73	11	56	22	1	24	51	1.55
22411040--22411122	21	3.9	22	76	9	75	22	1	24	51	1.55
22411112--22411163	21	2.4	23	87	9	67	23	0	19	57	1.40
22411078--22411158	28	2.8	28	72	22	69	22	0	22	55	1.44
22411118--22411163	22	2.1	21	92	4	74	21	0	21	56	1.42
22411361--22411416	14	4.0	14	73	0	58	21	1	32	44	1.63
22411726--22412166	240	1.8	237	82	5	557	37	18	17	25	1.93
22412427--22412473	18	2.5	19	80	16	62	25	36	0	38	1.56
22414369--22414547	9	19.9	9	74	4	119	43	18	0	38	1.50
22414372--22414482	36	3.3	36	73	21	132	45	20	0	34	1.52
22414370--22414520	63	2.4	63	87	0	212	43	18	0	37	1.50
22414441--22414556	45	2.6	46	79	4	146	43	14	0	42	1.45
22420342--22420386	3	14.7	3	86	4	63	28	0	4	66	1.11
22421232--22421265	18	1.9	18	88	5	52	44	0	23	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22421779--22421875	27	3.5	27	80	9	106	20	4	34	41	1.72
22422978--22423060	31	2.4	32	82	15	96	38	4	9	46	1.58
22423008--22423067	31	1.9	31	100	0	120	40	3	10	46	1.54
22424334--22424537	73	2.9	72	80	7	202	39	16	20	24	1.92
22424334--22424539	35	5.8	35	80	4	223	38	16	21	23	1.92
22427409--22427445	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
22428111--22428165	16	3.4	17	78	16	55	61	0	7	30	1.23
22435308--22435391	44	1.9	44	85	4	116	38	20	10	30	1.87
22437048--22437096	23	2.2	22	92	3	80	61	0	14	24	1.33
22437223--22437264	16	2.6	16	85	10	59	64	0	9	26	1.24
22437222--22437291	6	12.7	6	74	15	53	60	1	12	25	1.41
22437222--22437274	22	2.4	22	93	0	88	60	1	11	26	1.41
22437223--22437287	22	2.9	22	88	6	87	60	1	10	27	1.39
22437529--22437582	17	3.2	16	73	5	54	66	3	12	16	1.38
22437659--22437692	17	2.0	17	94	0	59	50	5	14	29	1.67
22437790--22437930	58	2.5	56	70	11	115	60	2	10	25	1.43
22437907--22437959	18	2.9	19	83	10	58	58	5	7	28	1.48
22437742--22437937	57	3.4	56	72	11	171	62	3	10	23	1.43
22437739--22437994	115	2.2	113	82	6	309	60	3	10	24	1.46
22438024--22438065	11	3.7	11	81	15	50	54	0	14	30	1.40
22438044--22438089	17	2.7	17	77	12	58	58	0	15	26	1.37
22439976--22440064	19	4.8	19	87	8	139	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22439997--22440052	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
22439984--22440064	35	2.2	37	91	6	130	37	12	13	37	1.83
22445742--22445784	9	4.8	9	82	5	52	81	0	18	0	0.69
22445718--22445791	34	2.2	34	83	9	89	82	1	14	1	0.81
22446729--22446871	43	3.3	41	70	19	121	32	23	20	23	1.98
22446718--22446925	87	2.5	84	84	9	280	31	23	22	22	1.98
22447047--22448591	207	7.5	207	94	0	2669	29	17	23	29	1.97
22448984--22449089	19	5.8	18	78	16	78	35	11	15	37	1.83
22448983--22449089	18	5.8	19	83	8	150	36	11	14	37	1.83
22448983--22449089	35	2.9	35	86	6	142	36	11	14	37	1.83
22450024--22450254	88	2.6	89	88	2	338	58	13	4	24	1.54
22450521--22450591	26	2.7	25	78	10	79	45	29	4	21	1.70
22452659--22452732	29	2.5	29	75	4	76	21	5	12	60	1.51
22454501--22454568	10	6.9	10	79	17	72	36	1	1	60	1.15
22454543--22454569	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
22459488--22459614	62	2.1	59	80	10	132	51	8	17	22	1.72
22460588--22460708	61	2.0	61	91	0	197	52	14	8	25	1.69
22463024--22463127	42	2.4	43	84	12	133	37	26	13	22	1.91
22472278--22472321	15	2.9	15	82	0	61	56	13	11	18	1.66
22474148--22474193	20	2.3	20	96	0	83	8	30	36	23	1.85
22481111--22481217	42	2.5	42	78	4	126	32	24	17	25	1.97
22481111--22481272	43	3.8	44	74	11	138	33	24	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22481111--22481256	42	3.4	43	72	13	122	32	24	17	25	1.96
22487035--22487084	10	4.9	10	85	4	64	82	2	10	6	0.92
22487036--22487089	26	2.1	25	82	3	63	81	1	7	9	0.94
22487041--22487080	21	1.9	21	89	0	62	80	2	10	7	1.00
22489313--22489378	28	2.4	28	87	2	98	16	22	24	36	1.94
22500088--22500305	45	4.9	45	92	2	361	27	29	20	22	1.99
22507761--22507820	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
22510920--22511080	45	3.6	45	90	0	259	27	27	21	23	1.99
22542461--22542540	42	1.9	42	81	0	97	33	21	17	27	1.96
22542849--22542882	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
22544171--22544211	20	2.0	20	100	0	82	51	14	9	24	1.72
22546794--22546842	22	2.3	21	82	10	55	32	42	2	22	1.65
22546898--22546978	21	3.6	22	76	14	94	43	25	1	29	1.63
22546882--22546972	46	2.0	46	93	4	157	41	25	2	30	1.67
22546995--22547044	25	2.0	25	100	0	100	44	8	4	44	1.52
22547173--22547268	41	2.4	41	89	1	140	13	19	27	39	1.89
22547173--22547287	41	2.8	41	85	3	126	16	19	26	37	1.93
22550625--22550666	16	2.6	16	82	14	59	16	0	2	80	0.81
22551028--22551088	31	2.0	31	100	0	122	19	0	32	47	1.50
22556988--22557210	40	5.7	40	81	5	215	25	28	20	25	1.99
22556988--22557172	79	2.3	79	81	5	214	24	28	21	25	1.99
22556988--22557208	79	2.8	79	78	7	191	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22557143--22557219	40	1.9	41	84	7	104	27	28	19	24	1.99
22640216--22640271	20	2.7	21	76	15	62	57	8	26	7	1.55
22642013--22642131	38	3.1	38	81	9	127	25	27	19	27	1.99
22649407--22649627	39	5.7	40	78	11	199	25	28	20	25	1.99
22649407--22649574	77	2.2	79	82	6	209	25	28	20	25	1.99
22649445--22649627	79	2.3	78	79	9	187	25	28	20	25	1.99
22658260--22658329	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
22664068--22664092	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
22693995--22694226	49	4.7	49	83	3	293	28	26	18	26	1.98
22693995--22694226	100	2.3	99	85	4	306	28	26	18	26	1.98
22697547--22697733	40	4.7	40	90	4	290	24	22	27	25	2.00
22697547--22697733	79	2.4	79	89	3	288	24	22	27	25	2.00
22700187--22700219	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
22703319--22703550	49	4.7	49	82	3	284	28	26	18	26	1.98
22703319--22703550	100	2.3	99	84	4	297	28	26	18	26	1.98
22707109--22707205	33	2.9	34	78	3	106	26	18	25	28	1.98
22710815--22711141	47	7.0	47	91	0	501	31	11	29	26	1.92
22710842--22710917	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
22710955--22711034	25	3.3	25	67	28	73	32	8	28	30	1.87
22711030--22711105	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
22711307--22711492	37	5.0	37	91	0	291	22	18	33	26	1.96
22715880--22716009	51	2.6	51	80	3	156	28	24	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22720536--22720708	49	3.5	49	80	3	211	28	23	20	27	1.99
22720523--22720715	100	1.9	100	91	0	314	27	23	21	27	1.99
22726103--22726127	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
22737264--22737459	55	3.6	53	78	9	191	35	16	26	21	1.95
22737275--22737471	108	1.8	110	84	4	274	35	15	26	23	1.94
22737587--22737631	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
22739674--22739707	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
22739744--22739788	23	2.0	23	100	0	90	48	6	13	31	1.68
22747364--22748172	210	3.8	210	92	1	1363	30	19	21	29	1.97
22747364--22748168	422	1.9	420	94	1	1423	30	19	21	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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