genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65730890--65731061	46	3.7	47	74	14	176	31	27	18	22	1.97
65730895--65731065	93	1.8	93	91	2	281	30	28	18	22	1.97
65730889--65731081	46	4.2	46	69	14	137	31	27	18	22	1.97
65736587--65736738	43	3.5	43	83	12	179	32	26	18	23	1.97
65737901--65737953	17	3.5	17	66	28	55	49	3	0	47	1.19
65737892--65737970	28	2.8	28	100	0	158	50	2	0	46	1.14
65739227--65739259	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
65742936--65743081	75	2.0	75	93	1	249	27	11	35	25	1.91
65743942--65743995	22	2.5	22	100	0	108	9	25	24	40	1.85
65744447--65744517	24	3.0	24	91	0	106	36	1	35	26	1.66
65745926--65746037	27	4.2	26	83	7	134	14	25	23	37	1.92
65745926--65746037	54	2.1	54	88	3	163	14	25	23	37	1.92
65751622--65751730	54	2.0	54	82	3	130	15	22	22	39	1.92
65756224--65756277	25	2.3	23	81	12	56	35	16	27	20	1.94
65757616--65757841	25	9.1	25	74	9	167	35	21	16	26	1.94
65757611--65757853	50	4.9	50	77	2	220	35	20	16	27	1.94
65769005--65769225	46	4.7	47	76	10	179	23	28	19	27	1.98
65771434--65771651	40	5.5	40	93	1	350	22	24	27	24	2.00
65779423--65779600	40	4.5	40	95	2	297	23	23	28	24	1.99
65783040--65783089	26	2.0	26	81	14	61	60	2	8	30	1.37
65784166--65784194	14	2.1	14	100	0	58	72	0	6	20	1.07
65785116--65785501	45	8.4	46	69	14	226	28	20	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65785298--65785501	44	4.7	42	74	7	158	29	24	17	29	1.97
65789362--65789413	25	2.1	25	100	0	104	30	11	7	50	1.67
65790784--65790912	50	2.5	51	93	2	224	34	17	24	24	1.96
65790888--65790972	31	2.7	31	88	0	134	27	18	28	25	1.98
65791000--65791205	47	4.5	47	82	8	185	28	15	26	29	1.96
65791135--65791249	42	2.7	42	88	6	162	31	13	26	28	1.94
65793315--65793422	26	4.2	26	89	0	162	34	4	23	37	1.75
65793315--65793422	52	2.1	52	92	0	180	34	4	23	37	1.75
65795046--65795186	27	5.2	27	80	11	173	18	24	22	34	1.96
65795043--65795186	54	2.7	54	92	2	236	18	24	22	34	1.96
65795046--65795204	27	5.9	26	82	9	142	19	24	21	34	1.96
65795049--65795204	81	1.9	80	83	11	203	19	24	21	34	1.96
65800423--65800470	24	2.0	24	83	0	60	14	20	16	47	1.82
65800606--65800659	19	2.8	20	88	5	76	48	5	18	27	1.70
65804380--65804418	19	2.1	19	90	0	60	71	7	2	17	1.21
65804487--65804536	26	2.0	26	84	7	68	58	2	10	30	1.42
65804650--65804691	20	2.0	21	90	4	68	59	2	2	35	1.23
65805613--65805654	8	5.1	8	78	16	50	80	0	4	14	0.86
65807355--65807385	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
65809226--65809288	22	2.8	22	83	9	74	49	4	0	46	1.23
65809973--65810027	20	2.8	20	80	2	67	30	1	14	52	1.52
65814606--65814686	28	2.9	28	92	0	135	20	44	19	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65815744--65816100	49	7.5	50	78	8	248	24	29	19	27	1.98
65815982--65816099	46	2.5	48	88	2	168	23	30	17	27	1.97
65823592--65823717	49	2.6	49	84	5	148	22	26	20	30	1.98
65823542--65823717	98	1.8	97	81	6	221	25	26	19	28	1.98
65825319--65825508	41	4.7	41	79	8	199	22	26	13	37	1.92
65831047--65831169	61	2.0	61	98	0	237	27	8	27	35	1.87
65832790--65832819	15	2.1	15	93	6	53	13	23	0	63	1.29
65852538--65852609	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
65863406--65863583	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
65863406--65863583	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
65863427--65863582	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
65871274--65871451	27	6.6	27	78	3	106	28	28	16	26	1.97
65871274--65871451	54	3.3	55	78	10	195	28	28	16	26	1.97
65874717--65874751	14	2.5	14	95	0	61	31	0	45	22	1.53
65877472--65877854	50	7.6	50	76	7	337	31	25	16	27	1.96
65877470--65877855	151	2.6	150	88	2	560	31	25	16	27	1.96
65877470--65877853	101	3.8	99	77	6	344	31	25	16	27	1.96
65879141--65879359	93	2.4	90	81	8	244	26	21	29	23	1.99
65903313--65903521	39	5.3	38	78	8	165	26	25	21	26	1.99
65903348--65903524	39	4.6	39	78	11	177	25	27	22	24	2.00
65903350--65903528	78	2.3	79	81	9	199	25	26	22	24	2.00
65904761--65904804	23	1.9	23	86	9	63	6	18	2	72	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65910477--65910659	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
65910475--65910659	40	4.7	40	81	10	209	25	28	22	23	1.99
65911895--65911951	25	2.5	23	81	15	66	8	19	1	70	1.23
65917385--65917491	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
65925744--65925951	45	4.7	45	90	3	307	23	22	27	26	1.99
65925744--65925951	89	2.3	89	89	3	312	23	22	27	26	1.99
65933529--65933736	45	4.7	45	88	2	289	22	22	28	26	1.99
65934220--65934252	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
65938573--65938766	100	1.9	100	94	2	345	59	11	2	27	1.43
65942306--65942363	6	9.7	6	96	0	107	82	0	1	15	0.74
65942468--65942516	17	2.7	19	87	12	84	36	12	14	36	1.83
65949434--65949748	44	7.1	45	73	12	249	31	16	24	27	1.96
65949434--65949752	132	2.4	132	91	1	512	31	16	24	27	1.96
65949713--65950282	175	3.3	175	92	0	917	33	18	20	27	1.96
65949842--65950321	87	5.5	87	66	16	278	32	18	20	28	1.96
65950576--65950603	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
65950726--65950785	17	3.2	19	83	13	79	36	10	18	35	1.84
65952798--65952860	33	1.9	33	100	0	126	39	15	4	39	1.69
65955592--65955633	20	2.1	20	100	0	84	26	9	26	38	1.87
65974257--65974496	48	4.9	48	95	2	417	35	6	28	29	1.82
65974637--65974776	37	3.8	37	94	0	244	23	18	32	25	1.97
65986743--65986772	9	3.4	9	95	4	53	23	30	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65994998--65995133	44	3.1	44	71	12	127	36	21	20	21	1.95
65995008--65995172	87	1.9	85	84	8	217	36	22	21	20	1.95
66002873--66003104	49	4.7	49	81	3	266	30	27	16	25	1.97
66008097--66008192	49	2.0	49	89	0	147	27	27	19	26	1.99
66012976--66013012	17	2.2	17	95	0	65	37	2	27	32	1.71
66020078--66020607	48	11.0	48	93	0	889	35	6	26	31	1.81
66020748--66020850	37	2.8	37	93	0	179	23	19	32	25	1.98
66026139--66026445	102	3.0	102	97	0	569	16	28	26	28	1.97
66032111--66032153	19	2.3	19	100	0	86	37	9	16	37	1.81
66037770--66037813	20	2.3	19	88	11	72	84	0	15	0	0.63
66037770--66037821	19	2.9	18	86	10	72	84	0	15	0	0.62
66037770--66037822	9	5.9	9	79	16	65	84	0	15	0	0.61
66038776--66039304	84	6.3	84	89	4	793	29	23	22	24	1.99
66038776--66039304	250	2.1	248	89	4	785	29	23	22	24	1.99
66039120--66039257	41	3.3	41	69	13	129	31	22	21	24	1.98
66040045--66040123	19	4.2	19	87	9	117	36	10	16	36	1.82
66063223--66063265	21	2.0	21	95	0	77	39	11	13	34	1.82
66064038--66064095	27	2.1	27	90	0	89	37	17	25	18	1.93
66064049--66064106	27	2.1	27	80	0	62	39	15	24	20	1.91
66067226--66067294	6	11.2	6	72	17	52	47	14	20	17	1.82
66067226--66067294	31	2.2	31	86	0	93	47	14	20	17	1.82
66067417--66067468	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66067401--66067554	67	2.3	67	100	0	308	30	22	29	17	1.97
66067484--66067535	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
66067781--66068056	27	10.2	27	81	6	245	24	18	18	38	1.93
66067784--66068053	54	5.0	54	84	4	285	24	18	18	38	1.93
66067781--66068056	81	3.4	79	80	6	286	24	18	18	38	1.93
66068040--66068783	27	27.8	26	74	11	83	32	8	20	39	1.82
66068169--66069206	27	38.6	27	82	1	1224	30	7	21	40	1.81
66068169--66069206	54	19.3	54	87	1	1431	30	7	21	40	1.81
66072218--66072399	37	4.9	37	93	2	303	25	30	19	24	1.98
66072546--66072955	48	8.4	48	94	4	712	31	26	5	36	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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